肾细胞癌（RCC）是一种异质性疾病。识别有效的生物标志物对于提高预后准确性和治疗结果至关重要。本研究探讨细胞分裂周期相关 3 (CDCA3) 作为 RCC 预后评估和免疫治疗反应的新型生物标志物。本研究分析了癌症基因组图谱 (TCGA) 中肾透明细胞癌 (KIRC) 的多组学数据，肾乳头状细胞癌 (KIRP) 和肾嫌色细胞 (KICH) 亚型，以评估 CDCA3 表达及其临床意义。使用生物信息学工具基因集富集分析 (GSEA) 和 xCell 进行功能富集和免疫浸润分析。通过 Cox 回归和 Kaplan-Meier 生存分析评估 CDCA3 的预后价值。采用免疫组织化学 (IHC) 来确认 RCC 样本中蛋白质水平的 CDCA3 表达。较高的 CDCA3 表达与较差的生存结果以及对程序性细胞死亡蛋白 1 (PD-1) 阻断疗法的反应降低相关。统计分析表明CDCA3是肾细胞癌生存不良的独立预后因素。与正常组织相比，CDCA3 在 RCC 组织中持续过度表达，并与不良临床特征相关，包括高 Th2 细胞浸润和免疫途径抑制。CDCA3 是 RCC 的一种有前途的生物标志物，可以深入了解肿瘤的预后和对免疫治疗的潜在反应。 CDCA3 表达与不良治疗结果之间的密切关联表明，CDCA3 可以成为未来治疗策略的目标。2024 AME 出版公司。版权所有。

钙结合蛋白 S100A9 已成为肿瘤学中的关键生物分子角色，与多种恶性肿瘤有关。这项全面的生物信息学研究超越了传统界限，研究了 S100A9 在不同肿瘤实体中的预后和治疗潜力。利用广泛的生物信息学工具和公开的癌症基因组数据库（例如 TCGA），我们系统地检查了 S100A9 基因。我们的方法包括差异表达分析、突变负荷评估、蛋白质相互作用网络和生存分析。这个强大的计算框架提供了 S100A9 在癌症生物学中的作用的高分辨率视图。该研究仔细探索了S100A9的致癌方面，综合分析了其与各种肿瘤类型的预后、肿瘤突变负荷（TMB）、微卫星不稳定性（MSI）、DNA甲基化和免疫细胞浸润的关系。这项研究呈现了一系列人类癌症中 S100A9 表达的全景图，揭示了异质表达景观。在 BLCA（膀胱尿路上皮癌）、CESC（宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌）、COAD（结肠​​腺癌）、ESCA（食管癌）和 GBM（多形性胶质母细胞瘤）等恶性肿瘤中检测到 S100A9 表达升高，而在常见于 BRCA（乳腺癌）、HNSC（头颈鳞状细胞癌）和 KICH（肾嫌色症）。这种不同的表达模式表明 S100A9 在癌症生物学中的作用是多方面的且依赖于背景。从预后来看，S100A9 表达与不同癌症类型的患者预后存在不同的相关性。此外，其表达与九种癌症类型中的 TMB 和 MSI 密切相关。六种选定肿瘤的详细检查——BRCA、CESC、KIRC（肾透明细胞癌）、LUSC（肺鳞状细胞癌）、SKCM（皮肤黑色素瘤）； STAD（胃腺癌）——显示 S100A9 表达与大多数免疫细胞的浸润呈负相关，但与中性粒细胞、M1 巨噬细胞和活化 NK 细胞呈正相关，凸显了 S100A9 与肿瘤免疫环境之间复杂的相互作用。这一生物信息学综合表明 S100A9 在癌症进展中发挥着重要作用，提供了宝贵的预后见解。这些数据强调了 S100A9 作为预后生物标志物的实用性及其作为治疗靶点的潜力。其治疗意义是深远的，表明 S100A9 活性的调节可能会显着影响癌症管理策略。© 2024。作者。

简介 细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂 2A (CDKN2A) 是一种抑制性致癌基因，由于其在细胞周期调节和细胞分裂中的关键作用，该基因在乳腺癌、肝癌、甲状腺癌和胆管癌等多种类型的癌症中表达上调。尽管如此，它主要是在基因水平上进行研究，但作为生物标志物在泛癌分析方面的研究仍然很少，这项研究显示了其显着的潜在诊断和预后特征。然而，本研究旨在调查 CDKN2A 作为各种类型癌症的诊断和预后生物标志物的作用，主要关注结肠腺癌 (COAD)。方法我们通过使用各种生物信息学工具，包括肿瘤免疫估计资源（TIMER）2.0、基因表达谱交互分析（GEPIA）和大学，研究了不同类型癌症的泛癌分析中的 CDKN2A 基因表达，以显示其诊断潜在特征。阿拉巴马州伯明翰癌症数据分析门户 (UALCAN) 数据库。 TIMER 用于分析由从癌症基因组图谱 (TCGA) 获得的 10,000 个 RNA-seq 样本组成的 32 种癌症的基因表达，并分析肿瘤浸润免疫细胞。此外，GEPIA和UALCAN还进一步用于分析基因表达，包括基因调控、病理阶段和临床参数，包括性别、年龄和种族。因此，我们使用 GEPIA、UALCAN 和 Kaplan-Meier 绘图仪，特别是在腺癌中，通过研究其高表达与患者总体生存率的关联来研究 CDKN2A 的预后，以显示肿瘤进展。然后，我们利用cBio癌症基因组学门户网站（cBioPortal）研究了CDKN2A的基因改变，包括10项泛癌研究。我们通过使用基因表达综合库 (GEO) 中的公共队列来完成基因验证分析。结果 CDKN2A 在大多数癌症中呈上调趋势，在 5 种癌症中显着上调，这些癌症在三个数据库中通常可识别，包括乳腺浸润性癌 (p < 0.001)、肾嫌色细胞 (p < 0.001)、肾肾透明细胞癌(p < 0.001)、肾肾乳头状细胞癌 (p < 0.001) 和 COAD (p < 0.001)。 上调与 II 期和 III 期致病性 (pr(>F) = 0.00234) 的相关性显着不同，这在 COAD 中比在其他癌症中更明显。该基因在三种癌症中表现出与患者生存不良预后相关的高度上调，包括 COAD（对数秩 p = 0.011）、间皮瘤（对数秩 p = 5.9e-07）和肝癌（对数秩 p = 5.9e-07） p = 0.0045）。因此，COAD 是唯一经过全面分析、在 CDKN2A 高度上调期间显示出诊断和预后潜在特征的肿瘤。此外，CDKN2A 显示出深度缺失形式的罕见突变 (9%)，并显示随着免疫细胞浸润，与 CD4 T 细胞 (p = 0.0108)、巨噬细胞 (p = 0.0073) 和中性粒细胞 (p = 0.0272) 相关的上调COAD。  结论 我们的研究证明了 CDKN2A 的泛癌相关性，并揭示了 CDKN2A 的新颖性，强调了其作为 COAD 诊断预后生物标志物的潜力，因为 CDKN2A 主要在 COAD 的基因水平上进行研究。版权所有 © 2024，Salem 等人。

作用于 RNA 1 (ADAR1) 的腺苷脱氨酶是一种 RNA 编辑酶，可显着影响癌症进展和各种生物过程。使用癌症基因组图谱 (TCGA) 数据集检查了多种癌症类型中 ADAR1 mRNA 的表达，揭示了肾嫌色细胞 (KICH)、肾肾透明细胞癌 (KIRC)、肾肾乳头状细胞癌 (KIRP)、和肝细胞癌（LIHC）与正常对照相比。然而，这些差异表达的原因仍不清楚。在本研究中，我们进行了 RT-PCR 和蛋白质印迹 (WB) 来验证临床组织样本中 ADAR1 的表达模式。使用TCGA数据进行生存分析和免疫微环境分析（包括免疫评分和基质评分），以确定与ADAR1相关的特定细胞类型，以及这些细胞类型中的关键基因。使用临床肝癌和肾癌样本，通过免疫组织化学 (IHC) 验证 ADAR1 与特定细胞类型关键基因之间的关系。我们的验证分析显示，与相比，ADAR1 在 KICH、KIRC 和 KIRP 中表达下调，而在 LIHC 中表达上调正常组织。值得注意的是，ADAR1 mRNA 表达与患者预后之间存在显着相关性，特别是在 KIRC、KIRP 和 LIHC 中。有趣的是，我们在 KIRC 中观察到 ADAR1 表达与基质评分之间呈正相关，而在 LIHC 中观察到负相关。细胞类型分析强调了 ADAR1 表达与两种基质细胞类型（血液内皮细胞 (BEC) 和淋巴内皮细胞 (LEC)）之间的独特关系，并进一步确定了 KIRC 和 LIHC 中的特征基因claudin-5 (CLDN5)。此外，通过 IHC 验证，ADAR1 在 KIRC (n = 26) 和 LIHC (n = 30) 样本中与 CLDN5 呈负相关。ADAR1 在 LIHC 和 KIRC 中起着相反的作用，与肿瘤内 BEC 和 LEC 的富集相关。这项研究揭示了基质细胞在复杂的肿瘤微环境 (TME) 中的重要作用，并为肿瘤免疫治疗和精准医学的未来研究提供了新的见解。版权所有 © 2024 Elsevier B.V. 保留所有权利。

在这项涵盖 33 种恶性肿瘤的综合研究中，我们探讨了硫酸乙酰肝素 6-O-磺基转移酶 2 (HS6ST2) 的差异表达和预后意义。TIMER2、UALCAN 和 GEPIA2 用于表达分析。 cBioPortal 用于突变分析。 CancerSEA、STRING 和 DAVID 分别用于单细胞测序数据分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络开发和基因富集分析。采用GSCAlite和RT-qPCR进行药物敏感性和表达验证分析。HS6ST2在多种癌症中表现出显着（P < 0.05）过表达。从预后来看，HS6ST2 表达升高与宫颈鳞状细胞癌 (CESC)、肾嫌色细胞 (KICH)、肺腺癌 (LUAD) 和胃腺癌 (STAD) 患者的总生存期 (OS) 较差显着相关，强调了其作为癌症治疗的潜力。这些癌症的预后指标。此外，HS6ST2 表达与 CESC、KICH、LUAD 和 STAD 患者的病理阶段相关。使用 cBioPortal 对遗传改变的探索揭示了不同的突变景观，CESC、KICH、LUAD 和 STAD 中的突变频率较低。此外，CESC、KICH、LUAD 和 STAD 中 DNA 甲基化的减少表明低甲基化与 HS6ST2 表达升高之间存在潜在联系。免疫细胞浸润分析显示，CESC、KICH、LUAD 和 STAD 中 HS6ST2 表达与 CD8 T 和 CD4 T 细胞浸润呈正相关，强调了其参与肿瘤免疫过程。单细胞功能状态分析证明了 HS6ST2 与多种细胞过程之间的关联。此外，基因富集分析揭示了 HS6ST2 参与关键的细胞活动。 GSCAlite 分析强调了 HS6ST2 作为治疗靶点的潜力，显示出与药物敏感性的相关性。最后，通过逆转录定量聚合酶链反应（RT-qPCR）和免疫组织化学在 LUAD 组织中进行的实验验证证实了 HS6ST2 表达升高。总体而言，本研究提供了对 CESC、KICH、LUAD 和 STAD 中 HS6ST2 的全面了解，强调了其潜力作为预后生物标志物和治疗靶点。AJTR 版权所有 © 2024。

脯氨酰 3-羟化酶 1 (P3H1) 与癌症发展有关，但尚未对 P3H1 进行泛癌分析。本研究首次对P3H1相关的mRNA表达、突变、启动子甲基化、预后意义等方面进行了研究，并通过检索相关文献，探讨了P3H1与临床病理参数、药物敏感性、免疫细胞浸润的关系。数据库包括使用生物信息学工具的癌症基因组图谱 (TCGA)、基因型组织表达 (GTEx)、cBioPortal 和肿瘤免疫评估资源 (TIMER2.0)。研究结果表明，与正常组织相比，大多数肿瘤中 P3H1 的表达存在显着差异，与临床预后密切相关。泛癌 Cox 回归分析显示，P3H1 高表达与脑低级别胶质瘤、肾透明细胞癌、肾上腺皮质癌、肝细胞癌、间皮瘤、肉瘤、葡萄膜黑色素瘤、膀胱尿路上皮癌患者的低总生存率显着相关。肾乳头状细胞癌、肾嫌色细胞癌、胸腺瘤和甲状腺癌。 P3H1 DNA 甲基化与其表达呈负相关。 P3H1 与浸润细胞、免疫相关基因、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性和错配修复显着相关。最后，发现P3H1表达与对九种药物的敏感性之间存在显着相关性。因此，P3H1表达增强与多种肿瘤的不良预后相关，这可能是由于其在肿瘤免疫调节和肿瘤微环境中的作用。这种泛癌分析深入了解了 P3H1 在不同癌症肿瘤发生中的功能，并为后续的进一步深入研究提供了理论基础。© 2023。作者，获得 Springer Science Business Media, LLC 独家许可，施普林格自然的一部分。

载脂蛋白 B mRNA 编辑催化多肽样 (APOBEC) 3C 型 (A3C) 在过去十年已被确定为癌症分子生物标志物。然而，A3C 在低级别胶质瘤 (LGG) 中改善临床结果的实际作用仍不清楚。本研究旨在探讨A3C在LGGs免疫治疗中的功能。从UCSC Xena中提取RNA测序（RNA-seq）和相应的临床数据，并在中国胶质瘤基因组图谱（CGGA）中验证结果。采用加权基因共表达网络分析（WGCNA）筛选A3C相关基因。进行全面的生物信息分析，评估多水平的表达、存活率和生物学功能，以探讨 A3C 的功能。A3C 在 LGG 中的表达显着高于正常组织，但低于胶质母细胞瘤（GBM），表明其在LGG 的独立预后预测因子。通过 WGCNA 进行无监督聚类分析，发现了 28 个 A3C 相关基因，并确定了具有不同结果和免疫细胞浸润的三种修饰模式。 A3C和A3C评分还与免疫细胞浸润和免疫检查点的表达相关。此外，A3C 评分与化疗敏感性增加相关。单细胞 RNA (scRNA) 分析表明，A3C 最有可能在免疫细胞上表达，如 T 细胞、B 细胞和巨噬细胞。A3C 是 LGG 中免疫相关的预后生物标志物。开发阻断A3C的药物可以提高免疫治疗的效率并提高疾病的生存率。 缩写：A3C：载脂蛋白B mRNA编辑催化多肽样（APOBEC）3C型； LGGs：低级别神经胶质瘤； CGGA：中国胶质瘤基因组图谱； WGCNA：加权基因共表达网络分析； scRNA：单细胞RNA； HGG：高级神经胶质瘤； OS：总生存期； TME：肿瘤微环境； KM：卡普兰-迈耶； PFI：无进展间期； IDH：异柠檬酸脱氢酶； ROC：接收器工作特性； GS：基因显着性； MM：模块成员资格； TIMER：肿瘤免疫估计资源； GSVA：基因集变异分析； ssGSEA：单样本基因集富集分析； PCA：主成分分析； AUC：ROC曲线下面积； HAVCR2：甲型肝炎病毒细胞受体2； PDCD1：程序性细胞死亡1； PDCD1LG2：PDCD1配体2； PTPRC：C型蛋白酪氨酸磷酸酶受体； ACC：肾上腺皮质癌； BLCA：膀胱尿路上皮癌；BRCA：乳腺浸润性癌； CESC：宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌； CHOL胆管癌； COAD结肠腺癌； DLBC：淋巴肿瘤弥漫性大 B 细胞淋巴瘤； ESCA：食管癌； GBM：多形性胶质母细胞瘤； HNSC：头颈鳞状细胞癌； KICH：肾嫌色症； KIRC：肾透明细胞癌； KIRP：肾肾乳头状细胞癌； LAML：急性髓系白血病； LGG：脑低级别胶质瘤； LIHC：肝细胞癌； LUAD：肺腺癌； LUSC：肺鳞状细胞癌； MESO：间皮瘤； OV：卵巢浆液性囊腺癌； PAAD：胰腺腺癌； PCPG：嗜铬细胞瘤和副神经节瘤； PRAD：前列腺腺癌；阅读：直肠腺癌； SARC：肉瘤； SKCM：皮肤黑色素瘤； STAD：胃腺癌； TGCT：睾丸生殖细胞肿瘤； THCA：甲状腺癌；胸腺瘤：胸腺瘤； UCEC：子宫体子宫内膜癌； UCS：子宫癌肉瘤； UVM：葡萄膜黑色素瘤。

癌症免疫疗法的进步在治疗癌症方面显示出显着的效果。为了设计有效的免疫疗法，根据患者的基因组图谱了解患者的免疫反应非常重要。然而，要做到这一点的分析需要熟练掌握生物信息学方法。快速发展的测序技术和统计方法给那些想要寻找不同癌症的生物标志物但不具备详细的编码或工具知识的科学家造成了障碍。在这里，我们提供基于网络的资源，使没有生物信息学专业知识的科学家能够获得不同水平的不同癌症类型的预后生物标志物。我们计算了 8346 名癌症患者的 20 种癌症类型的预后生物标志物。这些生物标志物的计算基于 i) 352 种 I 类人类白细胞抗原，ii) 660959 种肿瘤特异性 HLA1 新结合剂，以及 iii) 153 种细胞因子的表达谱。据观察，癌症患者的生存风险取决于某些类型的 HLA-I 等位基因的存在；例如，HLA-A*03:01的肝癌患者风险较低。我们的分析表明 HLA-I 等位基因的新结合物与某些类型癌症患者的总生存期具有高度相关性。例如，HLA-B*07:02 结合物与肺鳞状细胞癌的生存相关性为 0.49，与肾嫌色细胞患者的生存相关性为 -0.77。此外，我们根据细胞因子表达计算了预后生物标志物。少数细胞因子的较高表达有利于膀胱尿路上皮癌的生存，例如 IL-2，而 IL-5R 对于肾嫌色细胞患者的生存不利。 CancerHLA-I 维护原始和分析数据，可供公众免费访问 (https://webs.iiitd.edu.in/raghava/cancerhla1/)。版权所有 © 2023 Elsevier Ltd。保留所有权利。

透镜上皮源性生长因子（LEDGF/p75）是表观遗传标记的识别者，也是治疗干预的潜在靶点。其在人类免疫缺陷病毒（HIV）整合和由MLL（又称KMT2A）基因融合驱动的白血病发展中的参与使其成为药物开发的理想候选。然而，关于LEDGF/p75作为肿瘤中H3K36me3表观遗传读取者的探索还有限。在此，我们首次通过多个在线数据库和体外实验分析了LEDGF/p75在多种癌症中的作用。我们使用全癌样本测序数据和在线工具分析了LEDGF/p75与预后、基因组不稳定性、DNA损伤修复、预后的可选择剪接、蛋白相互作用和肿瘤免疫之间的相关性。总结起来，本研究发现LEDGF/p75可能作为下丘脑皮质腺瘤癌、肾脏嗜铬细胞瘤、肝细胞癌、胰腺腺癌、皮肤黑色素瘤和清除细胞型肾细胞癌（ccRCC）等肿瘤的预后预测指标。此外，我们进行了体外实验和基因微阵列测序，探讨了LEDGF/p75在ccRCC中的功能，为非突变SETD2 ccRCC亚型的发病机制提供了新的见解。© 2023 年该作者发表于Research Network of Computational and Structural Biotechnology并由Elsevier B.V.出版。