大量研究表明，转录因子类克鲁佩尔样因子（KLFs）家族调节真核生物的多种生理过程，包括动物细胞的增殖、分化、衰老、死亡和癌变等。此外，它们还参与细胞周期、DNA 修复和免疫反应等关键生物过程的调节。目前的研究重点是研究KLFs在正常生理条件下的作用以及疾病的发生和发展。然而，KLFs 家族基因在透明细胞肾细胞癌 (ccRCC) 中的重要性仍被部分了解；因此，需要深入研究它们在这种癌症中的作用和临床价值。该研究旨在探讨KLF家族基因在ccRCC发生、发展和预后中的作用，并确定相关的潜在生物标志物和治疗靶点。使用R软件分析TCGA数据库中613个ccRCC的RNA测序数据中KLF的表达，并通过UALCAN和GEPIA评估ccRCC中KLF基因的表达。使用来自南昌大学第一附属医院的10对配对ccRCC样本组织和肾癌细胞系进行实时荧光定量PCR分析。使用 R 软件对 TCGA 数据库中 KLF 差异表达的肾透明细胞癌 (KIRC) 样本的总生存期 (OS)、无进展间期 (PFI) 和疾病特异性生存期 (DSS) 进行分析，然后生成列线图预测模型。 GSCALite 评估了 KLF 基因与 miRNA 的相互作用并生成了网络图。使用 STRING 以及 GO 和 KEGG 功能富集分析，分析了与 KLF 突变相关的 50 个邻近基因的蛋白质相互作用网络图。 cBioPortal 确定了 KLF 基因突变的概率及其对 ccRCC 患者 OS 和无病生存 (DFS) 的影响。使用 TIMER 分析 KLF 的免疫细胞浸润。最后，使用 GSCALite 分析 KLF 的药物敏感性和相关作用途径。使用细胞实验进行相关性验证。与癌旁组织相比，KLF3/5/9/15 在 ccRCC 组织中显着下调，而 KLF16/17 上调。 KLF16/17 mRNA 水平较高的患者 OS、PFI 和 DSS 显着降低，而 KLF3/5/9 则呈现相反趋势。在 ccRCC 患者中，观察到 KLF 突变与 OS 和 DSS 之间存在显着相关性。此外，KLF3/5/9与免疫细胞浸润的相关性强于KLF15/16，而KLF17与上皮-间质转化（EMT）途径显着相关。 KLF5的过度表达会抑制肾癌细胞（786-O和OS-RC-2）的增殖和迁移能力，以及它们对相关小分子药物的敏感性。我们的研究揭示了 KLF 基因在 ccRCC 中的表达水平和生物学意义，特别强调了 KLF5 作为 ccRCC 有效预后和诊断的有前途的生物标志物和治疗靶点的潜力。© 2024。作者。

肾透明细胞癌 (KIRC) 是肾癌的主要形式，对免疫检查点抑制剂 (ICIs) 表现出多种治疗反应，凸显了对 ICI 疗效预测模型的需求。我们的研究构建了一个基于 13 种类型的程序性细胞死亡 (PCD) 的预后模型，这些细胞死亡与肿瘤进展和免疫微环境交织在一起。通过对综合数据集的分析进行验证，该模型确定了七个关键的 PCD 基因，这些基因描绘了具有不同免疫特征和对抗 PD-1 治疗敏感性的两种亚型。高 PCD 组表现出更强的免疫抑制环境，而低 PCD 组对 PD-1 治疗表现出更好的反应。特别是，TOP2A 变得至关重要，它的抑制显着降低 KIRC 细胞的生长和迁移率。这些发现强调了 PCD 在预测 KIRC 结果和免疫治疗反应方面的相关性，对增强临床决策具有影响。© 2024。作者。

脯氨酰 3-羟化酶 1 (P3H1) 与癌症发展有关，但尚未对 P3H1 进行泛癌分析。本研究首次对P3H1相关的mRNA表达、突变、启动子甲基化、预后意义等方面进行了研究，并通过检索相关文献，探讨了P3H1与临床病理参数、药物敏感性、免疫细胞浸润的关系。数据库包括使用生物信息学工具的癌症基因组图谱 (TCGA)、基因型组织表达 (GTEx)、cBioPortal 和肿瘤免疫评估资源 (TIMER2.0)。研究结果表明，与正常组织相比，大多数肿瘤中 P3H1 的表达存在显着差异，与临床预后密切相关。泛癌 Cox 回归分析显示，P3H1 高表达与脑低级别胶质瘤、肾透明细胞癌、肾上腺皮质癌、肝细胞癌、间皮瘤、肉瘤、葡萄膜黑色素瘤、膀胱尿路上皮癌患者的低总生存率显着相关。肾乳头状细胞癌、肾嫌色细胞癌、胸腺瘤和甲状腺癌。 P3H1 DNA 甲基化与其表达呈负相关。 P3H1 与浸润细胞、免疫相关基因、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性和错配修复显着相关。最后，发现P3H1表达与对九种药物的敏感性之间存在显着相关性。因此，P3H1表达增强与多种肿瘤的不良预后相关，这可能是由于其在肿瘤免疫调节和肿瘤微环境中的作用。这种泛癌分析深入了解了 P3H1 在不同癌症肿瘤发生中的功能，并为后续的进一步深入研究提供了理论基础。© 2023。作者，获得 Springer Science Business Media, LLC 独家许可，施普林格自然的一部分。