背景：FAM110B 属于具有 110 序列相似性的家族 (FAM110)，位于中心体和有丝分裂纺锤体中。早期研究表明 FAM110B 与肿瘤细胞生长有关。 FAM110B 在肿瘤微环境以及泛癌微环境中的功能存在不确定性。方法：为了评估正常组织和泛癌组织内 FAM110B 表达的变化，我们结合了 TCGA 和 GTEx 数据库。使用cBioPortal数据库和GSCALite平台检查FAM110B的基因组变异和甲基化改变。采用Cox回归、Kaplan-Meier和SangerBox检查FAM110B和泛癌的临床特征和预后。相关研究的目的是调查免疫相关基因、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性、免疫相关基因以及免疫检查点和 FAM110B 表达之间的关联。采用ESTIMATE、EPIC、QUANTISEQ和MCPCOUNTER方法计算FAM110B表达与肿瘤免疫微环境之间的相互作用。通过单细胞数据库（TISCH和CancerSEA）分析FAM110B的免疫浸润和功能。最后，我们通过GDSC和CTRP数据库评估了FAM110B对小分子药物的敏感性。结果：FAM110B的转录和蛋白表达在不同癌症类型中存在显着差异，这对某些肿瘤的预后具有预测价值；包括脑低级别胶质瘤（LGG）、胃腺癌（STAD）、胰腺腺癌（PAAD）等。在肿瘤微环境中，FAM110B的表达水平与免疫细胞浸润、免疫检查点免疫调节基因、肿瘤突变负荷、以及微卫星在一定程度上的脆弱性。结论：本工作探讨了 FAM110B 作为预测泛癌免疫治疗反应标志物的可能性，为癌症治疗提供理论基础。版权所有 © 2024 Li、Li、Wu、Su、Su 和Guo。

在癌症发展过程中，microRNA (miRNA) 的表达失调已被广泛报道，然而，其根本机制在很大程度上仍未得到解答。在目前的工作中，我们对全基因组 DNA 甲基化、拷贝数变异和 miRNA 表达数据进行了系统的综合研究，以确定低级别胶质瘤中 miRNA 失调的机制。我们鉴定了 719 个 miRNA，其表达与拷贝数变异或启动子甲基化的改变相关。综合多组学分析揭示了四种具有不同预后的亚型。这些神经胶质瘤亚型表现出独特的免疫相关特征以及临床和遗传特征。通过构建 miRNA 调控网络，我们鉴定了与免疫逃避和免疫治疗反应相关的候选 miRNA。最后，通过体外实验验证了八种预后相关的miRNA能够促进细胞迁移、侵袭和增殖。我们的研究揭示了神经胶质瘤中免疫调节的 DNA 甲基化、拷贝数变异和 miRNA 表达之间的串扰，并且可能对患者分层和免疫治疗方法生物标志物的开发产生重要影响。© 2024。作者。

IDH 野生型 (-wt) 状态是诊断胶质母细胞瘤 (GBM) 的先决条件；然而，具有低级别或间变形态的 IDH-wt 神经胶质瘤历来被排除在 GBM 试验之外，并且可能代表一个独特的预后实体。虽然烷化剂化疗可改善 IDH-wt GBM 和 IDH 突变胶质瘤的总生存期 (OS) 和无进展生存期 (PFS)，无论级别如何，但对于 IDH-wt 弥漫性组织学低级别胶质瘤的益处尚不清楚。对世界卫生组织 (WHO) 2-3 级神经胶质瘤（2009 年至今）的随机临床试验进行荟萃分析，使用具有逆方差的随机效应模型确定烷基化化疗对 IDH-wt 和 IDH-mutant 神经胶质瘤的影响我们确定了 6 项试验，涉及 1,204 名患者（430 名 IDH 野生型，774 名 IDH 突变型），这些试验评估了烷基化放化疗与单独放疗的比较，使我们能够进行重点分析在放疗中添加烷基化化疗的价值。对于 IDH-wt 肿瘤患者，烷化化疗联合放疗与改善 PFS 相关（HR：0.77 [95% CI 0.62-0.97]，P=.03），但与 OS 无关（HR：0.87 [95% CI 0.64-1.18] ]，P=.17)。对于 IDH 突变肿瘤患者，烷化化疗联合放疗改善了 OS（HR：0.52 [95%CI 0.42-0.64]，P<.001）和 PFS（HR=0.47 [95%CI 0.39-0.57]，P） <.001) 与单独放疗相比。对于有或没有 1p19q 编码缺失的 IDH 突变神经胶质瘤，获益程度相似。对于 IDH 突变神经胶质瘤患者，烷基化化疗可降低 48% 的死亡率和 53% 的进展率。 IDH-wt 弥漫性组织学低级别胶质瘤的最佳治疗仍有待确定，因为几乎没有证据支持烷基化化疗对 OS 有益。© 作者 2024。由牛津大学出版社代表神经学会出版肿瘤学。版权所有。如需商业重复使用，请联系 reprints@oup.com 获取转载和转载的翻译权。所有其他权限均可通过我们网站文章页面上的“权限”链接通过我们的 RightsLink 服务获得 - 欲了解更多信息，请联系journals.permissions@oup.com。

多形性胶质母细胞瘤 (GBM) 是最致命的脑癌类型之一，由于其侵袭性且缺乏有效的治疗方案，中位生存期仅为 12 个月。星形细胞瘤和少突胶质细胞瘤被归类为低级别胶质瘤（LGG），有可能进展为继发性 GBM。 YAP1 和 TAZ 是 hippo 通路的转录共激活因子，通过控制细胞增殖和分化在肿瘤发生中发挥重要作用。本研究的目的是分析YAP1和TAZ是否影响星形细胞瘤和少突胶质细胞瘤患者的生存。使用实时PCR对总共22个星形细胞瘤患者样本和11个少突胶质细胞瘤样本进行了分析。我们利用了癌症基因组图谱 (TCGA) 的开放获取数据，重点关注“脑低级神经胶质瘤”。 mRNA 表达率用于验证我们的生存分析结果。YAP1 的表达在星形细胞瘤中是少突胶质细胞瘤中的两倍，而在 TAZ 中没有差异。在少突胶质细胞瘤中，复发肿瘤中TAZ的表达高于原发肿瘤。 YAP1 高表达的星形细胞瘤患者的总生存期明显短于低表达的患者（中位生存期 161 个月 vs. 86 个月，p=0.0248）。这些发现通过 TCGA 数据的生存分析得到了验证。高 YAP1 表达显示与 LGG 较差的总体生存率高度相关。 YAP1 在星形细胞瘤中的表达水平高于少突胶质细胞瘤。版权所有 © 2024 国际抗癌研究所（George J. Delinasios 博士），保留所有权利。

线粒体RNA修饰（MRM）在调节关键线粒体基因的表达和促进肿瘤转移中发挥着至关重要的作用。尽管其意义重大，但低级别胶质瘤 (LGG) 中 MRM 的综合研究仍然未知。使用单细胞RNA-seq数据（GSE89567）评估LGG微环境中不同细胞类型中MRM相关基因的分布功能状态和相关性。我们基于 TCGA、CGGA、GSE16011 和 E-MTAB-3892 的多个批量 RNA-seq 数据集，通过使用 LASSO 回归分析和随机生存森林算法选择潜在的 MRM 相关基因，开发了 MRM 评分系统。对预后和免疫学特征、信号通路、代谢、体细胞突变和拷贝数变异（CNV）、治疗反应以及潜在小分子药物的预测进行了分析。从文献中总共筛选出35个MRM相关基因。对1120个正常脑组织和529个LGG的差异表达分析显示，分别有22个和10个基因上调和下调。大多数基因与 LGG 的预后相关。 METLL8、METLL2A、TRMT112 和 METTL2B 在所有细胞类型和每种细胞类型的不同细胞周期中广泛表达。几乎所有细胞类型都具有与线粒体 RNA 加工、核糖体生物发生或氧化磷酸化相关的簇。细胞间通讯和Pearson相关分析表明，MRM可能通过调节NCMA信号通路和ICP表达，促进有利于恶性进展的微环境的发展。通过LASSO和RSF算法分别观察到11个和9个MRM相关基因，最终利用6个MRM相关基因建立MRM评分系统（TRMT2B、TRMT11、METTL6、METTL8、TRMT6和TRUB2）。然后通过 qPCR 在神经胶质瘤和正常组织中验证这 6 个 MRM 相关基因。 MRM评分可以预测恶性临床特征、免疫浸润丰度、基因变异、临床结果、信号通路和代谢的富集程度。 体外实验表明，沉默 METTL8 可显着抑制神经胶质瘤细胞增殖并增强细胞凋亡。 MRM 评分高的患者对免疫疗法和小分子药物（如花生四烯基三氟甲基酮、MS.275、AH.6809、他克莫司和 TTNPB）表现出更好的反应。这些关于 MRM 在神经胶质瘤微环境中的生物学影响的新颖见解强调了其作为开发精确疗法（包括免疫治疗方法）的目标的潜力。© 2024。作者。

原发性恶性脑肿瘤占所有脑肿瘤的三分之一以上，尽管通过分子研究来识别癌症驱动突变，但由于肿瘤内的高度异质性，目前可用的治疗方案仍具有挑战性。此外，免疫抑制和炎症性肿瘤微环境会加剧癌症的进展。因此，我们定义了脑膜瘤和神经胶质瘤的免疫和炎症分析，以阐明免疫浸润在这些癌症类型中的作用。使用 158 个脑肿瘤样本的组织微阵列，我们评估了 CD3、CD4、CD8、CD20、CD138、颗粒酶 B通过免疫组织化学 (IHC) 检测 (GzmB)、5-脂氧合酶 (5-LOX)、程序性死亡配体 1 (PD-L1)、O-6-甲基鸟嘌呤-DNA 甲基转移酶 (MGMT) 和转谷氨酰胺酶 2 (TG2) 的表达。 IHC 结果使用 Spearman 相关矩阵进行关联。使用 GEPIA2 上胶质母细胞瘤 (GBM) 和低级别胶质瘤 (LGG) 队列中可用的公共数据集评估转录表达、相关性和总生存 (OS) 分析。十分之七的标记物在至少一种中显示出显着不同的 IHC 表达在评估的队列中，CD3、CD4 和 5-LOX 在 GBM 和星形细胞瘤之间表达存在差异。相关矩阵分析显示，5-LOX 和 GzmB 表达在脑膜瘤和 GBM 中均相关，而 5-LOX 表达在脑膜瘤和星形细胞瘤队列中均与 TG2 显着正相关。这些发现通过 TCGA-GBM 和 LGG 数据集的相关分析得到证实。 mRNA 水平分析表明，与对照组织相比，GBM 中 CD3（CD3D、CD3E）和 CD138（SDC1）表达显着增加。在 GBM 和 LGG 中，肿瘤样本中的 CD4 和 5-LOX (ALOX5) mRNA 水平明显高于正常组织。在 GBM 队列中，GzmB (GZMB)、SDC1 和 MGMT 基因表达预测总生存期 (OS) 较差。此外，在 LGG 队列中，CD3（CD3D、CD3E、CD3G）、CD8（CD8A）、GZMB、CD20（MS4A1）、SDC1、PD-L1、ALOX5 和 TG2（TGM2）基因表达增加与较差的 OS 相关我们的数据显示，5-LOX 和 GzmB 的表达在 RNA 和蛋白质水平上均存在显着的正相关性。需要进一步评估以了解 5-LOX 和免疫浸润在神经胶质瘤进展中的相互作用。© 2024。作者。

REEP4 参与有丝分裂生物过程的调节。低级别胶质瘤（LGG）作为一种恶性肿瘤，伴有有丝分裂异常，但迄今为止尚未见REEP4的报道。我们收集了数千例LGG患者的转录组数据、DNA甲基化数据和临床特征。采用各种大数据分析方法和分子生物学实验揭示REEP4对LGG病理过程的影响，发现REEP4的表达显着升高，并受到其甲基化位点的负调控。因此，REEP4的高表达和cg16311504的低甲基化状态均表明患者与较低的患者生存率相关。此外，REEP4的高表达参与多种癌症相关细胞信号通路的调节，如细胞周期、MAPK信号通路、NOD样受体信号通路等。更重要的是，免疫细胞浸润水平显着增加。 LGG肿瘤微环境中REEP4高表达组，且REEP4与PD-L1等免疫检查点呈高度正相关。简而言之，本研究首次将REEP4引入恶性肿瘤中，可作为独立危险因素参与LGG恶性过程的因素。更重要的是，REEP4有潜力成为抗肿瘤治疗领域的新星。

溶质载体家族31（铜转运蛋白），成员1（SLC31A1）是维持细胞内铜浓度的关键因素，也是影响癌症能量代谢的重要因素。因此，探索SLC31A1潜在的生物学功能和价值可以为肿瘤的靶向治疗提供新的方向。本研究评估了基因表达水平、生存、临床病理、基因突变、甲基化水平、肿瘤突变负荷（TMB）、微卫星不稳定性(MSI)，以及使用肿瘤免疫估计资源 2.0 (TIMER2.0)、基因表达谱交互分析 (GEPIA)、阿拉巴马大学伯明翰分校癌症 (UALCAN) 数据分析门户进行 SLC31A1 在泛癌中的免疫细胞浸润，和 cBioPortal 数据库。为了进一步了解SLC31A1在不同癌症中的潜在生物学机制，还对SLC31A1进行了单细胞水平测序和基因本体/京都基因和基因组百科全书（GO/KEGG）富集分析。最后，使用实时定量聚合酶链反应（RT-qPCR）和蛋白质印迹（WB）来验证SLC31A1在癌症（例如胃癌）中的表达。SLC31A1在大多数癌症组织中表达。在肾透明细胞癌（KIRC）中，SLC31A1的高表达与良好的总生存期（OS）相关，而在肾上腺皮质癌（ACC）、乳腺浸润性癌（BRCA）、低级别胶质瘤（LGG）、间皮瘤（MESO）中) 和皮肤黑色素瘤 (SKCM) 中，SLC31A1 的低表达与良好的 OS 相关。在 ACC 中观察到 SLC31A1 扩增频率最高。此外，错义突变占突变类型的主要部分。截短突变 S105Y 可能是假定的癌症驱动因素。 SLC31A1影响癌症中的甲基化水平，并与TMB、MSI和各种免疫细胞的浸润水平相关。此外，单细胞测序结果表明SLC31A1与癌症中的多种生物学功能相关。最后，SLC31A1富集分析显示，SLC31A1相关基因主要富集于线粒体基质和包膜囊泡中。 RT-qPCR和WB结果与预测结果一致。SLC31A1可能是与癌症能量代谢相关的潜在靶点，可能具有预后价值。2024转化癌症研究。版权所有。

低级别胶质瘤（LGG）的治疗是目前颅内肿瘤治疗中最具挑战性的难题。坏死性凋亡是一种与肿瘤进展密切相关的程序性细胞死亡，然而坏死性凋亡相关基因在LGG中的作用尚未得到很好的阐明。利用在线数据库获取基因表达和临床信息。经过基因差异表达分析，构建了基于预后差异表达坏死性凋亡相关基因（DENG）的风险评分模型来预测 LGG 患者的预后。然后用 Kaplan-Meier 生存曲线评估风险评分模型的有效性。然后对风险评分模型中包含的预后DENG进行基因表达分析、功能富集分析、共识聚类分析和单细胞测序分析。最后，我们研究了LGG肿瘤微环境中的风险评分和免疫浸润以及不同风险组LGG患者的药物敏感性的相关性。基于七个预后DENG构建了生存风险评分模型，在预测LGG患者的预后方面表现出了令人满意的性能。 LGG患者。根据功能富集分析，这七个DENG可能通过多种免疫和代谢途径在LGG肿瘤发生中发挥调节作用。根据 7 个 DENG 的表达情况，LGG 患者可分为具有不同预后和临床病理特征的两类。单细胞测序分析表明，DENG 特征在 LGG 的各种类型细胞中差异表达，可能在肿瘤发生中发挥重要作用。此外，药物敏感性分析表明七基因特征可以指导 LGG 患者的临床用药。我们的研究开发了可靠的坏死性凋亡相关特征来预测 LGG 患者的预后。该基因特征还可能有助于估计 LGG 患者的免疫状态和抗癌药物敏感性。我们的研究结果可能为增强我们对 LGG 坏死性凋亡的理解铺平道路。© 2023 作者。

脯氨酰 3-羟化酶 1 (P3H1) 与癌症发展有关，但尚未对 P3H1 进行泛癌分析。本研究首次对P3H1相关的mRNA表达、突变、启动子甲基化、预后意义等方面进行了研究，并通过检索相关文献，探讨了P3H1与临床病理参数、药物敏感性、免疫细胞浸润的关系。数据库包括使用生物信息学工具的癌症基因组图谱 (TCGA)、基因型组织表达 (GTEx)、cBioPortal 和肿瘤免疫评估资源 (TIMER2.0)。研究结果表明，与正常组织相比，大多数肿瘤中 P3H1 的表达存在显着差异，与临床预后密切相关。泛癌 Cox 回归分析显示，P3H1 高表达与脑低级别胶质瘤、肾透明细胞癌、肾上腺皮质癌、肝细胞癌、间皮瘤、肉瘤、葡萄膜黑色素瘤、膀胱尿路上皮癌患者的低总生存率显着相关。肾乳头状细胞癌、肾嫌色细胞癌、胸腺瘤和甲状腺癌。 P3H1 DNA 甲基化与其表达呈负相关。 P3H1 与浸润细胞、免疫相关基因、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性和错配修复显着相关。最后，发现P3H1表达与对九种药物的敏感性之间存在显着相关性。因此，P3H1表达增强与多种肿瘤的不良预后相关，这可能是由于其在肿瘤免疫调节和肿瘤微环境中的作用。这种泛癌分析深入了解了 P3H1 在不同癌症肿瘤发生中的功能，并为后续的进一步深入研究提供了理论基础。© 2023。作者，获得 Springer Science Business Media, LLC 独家许可，施普林格自然的一部分。