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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2024 Jul 09

JeongInSeo,YoungBeom...
An in silico-guided Approach for Assessing Herb-Drug Interaction Potential: A Case Study with Cudrania tricuspidata leaf Extracts.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
柘树叶提取物 (CLE) 长期以来一直被韩国、中国和日本等亚洲国家用作传统东方药物。这些提取物因其在解决炎症、肿瘤、肥胖和糖尿病方面的治疗功效而闻名,保持了其作为关键民间疗法的地位。鉴于草药与传统药物相结合的趋势不断上升,探索潜在的草药与药物相互作用(HDI)势在必行。然而,目前缺乏评估 CLE 的 HDI 的研究。此外,药草复杂的化学成分在建立其成分与 HDI 之间的因果关系方面存在方法学障碍。为了克服这些挑战,开发了计算机模拟和体外相结合的工作流程,并有效地应用于评估 CLE 的潜在 HDI 以及相关的化学因素。在体外 CYP 抑制测定中,CLE 对 CYP1A2 和 CYP2C8 表现出有效的抑制作用,其中槲皮素、山奈酚及其苷类被确定为主要成分。基于预测工具(ADMETlab2.0 和 pkCSM)的计算机分析确定了 CYP 抑制的关键因素:槲皮素和山奈酚。此外,分子对接 (MD) 分析验证了配体(槲皮素和山奈酚)与蛋白质(CYP1A2 和 CYP2C8)的结合。这些发现表明 CLE 可以抑制 CYP1A2 和 CYP2C8,有助于了解 CLE 安全临床应用的 HDI 潜力。此外,这种方法可以广泛应用于研究各种草药的 HDI,通过考虑与草药制剂中 HDI 潜力相关的化学特征来增强其治疗效果并减少不良反应。Thieme。版权所有。
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Epigenetics & Chromatin
2024 Jul 09

HangZhou,WenjunWang,...
Metabolic reprograming mediated by tumor cell-intrinsic type I IFN signaling is required for CD47-SIRPα blockade efficacy.
Epigenetics & Chromatin
I型干扰素因其在肿瘤免疫治疗过程中各种类型免疫细胞中的作用而得到广泛认可。然而,它们对肿瘤细胞的直接影响尚不清楚。氧化磷酸化通常潜伏在肿瘤细胞中。氧化磷酸化是否可以作为免疫治疗的目标尚不清楚。在这里,我们发现肿瘤细胞对 I 型干扰素(而非 II 型干扰素)的反应对于雌性小鼠的 CD47-SIRPα 阻断免疫治疗至关重要。从机制上讲,I 型干扰素通过以 ISG15 依赖性方式激活氧化磷酸化以产生 ATP,从而直接重新编程肿瘤细胞代谢。由于分泌性自噬增强,I 型干扰素也促进 ATP 细胞外释放。从功能上讲,氧化磷酸化或自噬遗传缺陷的肿瘤细胞对 CD47-SIRPα 阻断具有抵抗力。 CD47-SIRPα 阻断后释放的 ATP 是通过 P2X7 受体介导的树突状细胞激活诱导抗肿瘤 T 细胞反应所必需的。基于这一机制,设计了与 ATP 降解胞外酶抑制剂 CD39 和 CD73 的组合,并显示出与 CD47-SIRPα 阻断的协同抗肿瘤作用。总之,这些数据揭示了 I 型干扰素对肿瘤免疫治疗的肿瘤细胞代谢重编程的重要作用,并提供了利用该机制增强 CD47-SIRPα 阻断功效的合理策略。© 2024。作者。
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Epigenetics & Chromatin
2024 Jul 09

LeiWang,WenlongXu,Sh...
Sensing and guiding cell-state transitions by using genetically encoded endoribonuclease-mediated microRNA sensors.
Epigenetics & Chromatin
通过适当分化因子的条件遗传激活来精确感知和引导细胞状态转变具有挑战性。在这里,我们表明,所需的细胞状态转换可以通过基因编码的传感器来引导,从而内源性细胞状态特异性 miRNA 调节组成型转录的内切核糖核酸酶的翻译,而内切核糖核酸酶反过来又控制感兴趣基因的翻译。我们使用这种方法来监测几种细胞状态转变,以丰富特定的细胞类型,并自动引导人类诱导多能干细胞通过内皮细胞作为中间状态向造血谱系多步分化。这种基因表达的条件激活是持久的,并且能够抵抗表观遗传沉默,并且可以促进生理和病理条件下细胞状态转变的监测,并最终“重新布线”细胞状态转变,以应用于基于类器官的疾病建模、细胞疗法和再生医学。© 2024。作者,获得 Springer Nature Limited 的独家许可。
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Epigenetics & Chromatin
2024 Jul 09

FarhadJeddi,ElnazFag...
The common bisulfite-conversion-based techniques to analyze DNA methylation in human cancers.
Epigenetics & Chromatin
DNA甲基化是一种重要的分子修饰,在癌症基因的表达中发挥着关键作用。评估特定基因的表观遗传变化、低甲基化和高甲基化可用于癌症诊断。许多研究集中于描述 DNA 甲基化模式作为癌症诊断监测和预测癌症治疗反应的生物标志物。用于检测癌症中 DNA 甲基化状态的各种技术都是基于亚硫酸氢钠治疗。根据这些方法在研究和临床研究中的应用,它们具有许多优点和缺点。当前的综述重点介绍了基于亚硫酸氢钠治疗的技术,以及这些方法在人类癌症评估中的优点、缺点和应用。© 2024。作者。
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Epigenetics & Chromatin
2024 Jul 08

Hyun-YongKim,Hyun-Ju...
Novel insights into regulators and functional modulators of adipogenesis.
Epigenetics & Chromatin
脂肪生成是一个将新脂肪细胞与前体细胞区分开来的过程,并受到多种因素的严格调控,包括许多转录因子和各种翻译后修饰。最近,脂肪生成在各种疾病中发挥了新的作用。然而,这些脂肪形成基因的分子机制和功能调节仍然知之甚少。本文总结了脂肪生成的调节因素和调节剂,并讨论了未来的研究方向,以确定调节脂肪生成的新机制以及脂肪生成调节剂在病理条件下的作用。主要的脂肪形成转录因子 PPARγ 和 C/EBPα 以及其他关键调节因子(例如 SREBP、Kroxs、STAT5、Wnt、FOXO1、SWI/SNF、KLF 和 PARP)均被鉴定。这些转录因子通过特定机制调节脂肪生成,具体取决于脂肪生成阶段。然而,需要进一步研究新发现的脂肪形成调节剂的体内作用及其在各种疾病中的功能,以开发针对代谢疾病和癌症的新的有效治疗策略。版权所有 © 2024 作者。由 Elsevier Masson SAS 出版。保留所有权利。
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Epigenetics & Chromatin
2024 Jul 05

YixinZhou,HuiYu,Chen...
Placebo immune-related adverse events (irAEs): A neglected phenomenon in cancer immunotherapy trials.
Epigenetics & Chromatin
本研究旨在调查免疫检查点抑制剂 (ICI) 试验中安慰剂报告的免疫相关不良事件 (irAE) 的患病率。我们在公共数据库中搜索了涉及恶性肿瘤患者中 ICI 与安慰剂治疗的随机临床试验 (RCT)。使用随机效应模型提取研究特征和 irAE 发生情况进行荟萃分析。报告经历任何级别和 3 至 5 级安慰剂 irAE 的患者比例;实验组中报告“假”irAE 的风险比 (RR)(定义为“假-irAE 比率”,通过将安慰剂组中记录有 irAE 的患者比例除以实验组中的患者比例来计算)。47 RCT对 30,119 名患者进行了分析。在安慰剂参与者中,报告经历任何级别和 3 至 5 级 irAE 的患者的汇总比例分别为 22.85% (17.33%-29.50%) 和 3.40% (2.35%-4.63%)。接受安慰剂治疗的患者中出现严重 irAE 的汇总比例为 0.67% (0.03%-1.91%)。因安慰剂 irAE 导致治疗中断和死亡的患者分别为 0.69% (<0.01%-1.30%) 和 0.12% (<0.01%-0.40%)。任何级别和 3 至 5 级 irAE 的假-irAE 比率分别为 0.49 和 0.28。安慰剂加非免疫治疗对照组的随机对照试验中,假-irAE 比率显着高于单独使用安慰剂的随机对照试验(任何等级:0.57 与 0.32,P < 0.001;3 至 5 级:0.36 与 0.12,P = 0.009)。我们对 ICI 随机对照试验中接受安慰剂治疗的参与者的分析记录了安慰剂 irAE 的常见发生情况。这些发现对于解释 irAE 概况、避免不适当的治疗干预非常重要。版权所有 © 2024 Elsevier Ltd。保留所有权利。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2024 Jul 08

AnaMPeiró,AnnaGrimby...
Health-Related Quality of Life in Chronic Pain Treated With Tapentadol Versus Oxycodone/Naloxone and Its Determinants: A Real-World, Single-Center Retrospective Cohort Study in Spain.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
相当大比例的慢性非癌性疼痛 (CNCP) 患者接受他喷他多 (TAP) 或羟考酮/纳洛酮 (OXN) 治疗,以随着时间的推移改善他们的身心健康状况。一项横断面研究对 135 名 CNCP 门诊患者进行了一项横断面研究。在西班牙三级医院开处方(TAP:n = 58,OXN:n = 77),以比较与健康相关的生活质量 (HRQoL) 记录。健康实用程序源自 EQ-5D-3L。建立回归模型来寻找其他 HRQoL 决定因素。疼痛强度、缓解情况、镇痛处方、不良事件、住院时间、急诊科就诊以及止痛药处方的变更均通过电子记录进行登记。两种阿片类药物的健康效用(0.43 ± 0.24 分,从 -0.654 到 1)相似,尽管与 OXN 相比,TAP 的每日阿片类药物剂量需求、神经调节剂的使用和便秘副作用均显着降低。多变量调整后,HRQoL 受损的显着预测因素是疼痛强度(β = -0.227,95% CI -0-035 至 -0.005)、不良事件数量(β = -0.201,95% CI -0.024 至 -0.004)和阿片类药物每日剂量(β = -0.175,95% CI -0.097 至 -0.012)。未来的研究应考虑男性 (β = -0.044) 和疼痛缓解 (β = 0.158)。在现实世界的 CNCP 患者中,TAP 和 OXN 的 HRQoL 相似,尽管具有 TAP 阿片类药物节约效应。需要开展更多工作来探索与 CNCP 中长期使用阿片类药物相关的 HRQoL 决定因素。版权所有 © 2024 国际卫生经济学和结果研究学会。由爱思唯尔公司出版。保留所有权利。
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Cellular & Molecular Immunology
2024 Jul 10

SusanMBailey,Stephen...
The Central Role of Cytogenetics in Radiation Biology.
Cellular & Molecular Immunology
放射细胞遗传学有着丰富的历史,但很少被该领域之外的人认识到。早期的放射生物学以物理学和生物物理学概念为主,这些概念大量借鉴了辐射引起的染色体畸变的研究。从这些研究中,生物效应与吸收剂量、剂量率和电离密度变化之间的定量关系被编入放射生物学理论的关键概念,并持续了近一个世纪。这篇综述旨在提供其中一些概念的历史视角,包括支持这一论点的证据,即染色体畸变是人类暴露于电离辐射(包括癌症诱发)的许多(如果不是大多数)生物效应发展的基础,一方面一方面是根除肿瘤。这些研究发现的意义已经扩大并远远超出了其最初的范围。在有丝分裂细胞中观察到的染色体结构重排首先归因于间期期间辐射产生的断裂,然后是其他附近断裂末端之间的重新连接或错误重新连接。这些相对温和的开端最终导致了通过非同源末端连接修复双链断裂的 DNA 修复的发现和表征,其对各种生物过程的重要性现已得到广泛认识。其中两个例子是 V(D)J 重组和物种形成。细胞遗传学、分子放射生物学和第三代测序等新兴领域的快速技术进步成为新旧技术的交汇点。因此,新兴的“细胞基因组学”领域现在变得具有独特的地位,可以更全面地理解电离辐射暴露的生物效应背后的机制。© 2024 by Radiation Research Society。保留以任何形式复制的所有权利。
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Cellular & Molecular Immunology
2024 Jul 09

YangYang,TianduoPei,...
Glutamine metabolic competition drives immunosuppressive reprogramming of intratumour GPR109A+ myeloid cells to promote liver cancer progression.
Cellular & Molecular Immunology
肝癌的代谢特征给免疫细胞功能和癌症免疫治疗带来了相当大的障碍。然而,肿瘤微环境中的代谢重编程如何损害抗肿瘤免疫反应仍不清楚。采用人类样本和多个小鼠模型来评估GPR109A与肝癌进展之间的相关性。采用 GPR109A 敲除小鼠、免疫细胞耗竭和原代细胞共培养模型来确定 GPR109A 对肿瘤微环境的调节,并确定肿瘤内 GPR109A 髓样细胞形成的潜在机制。免疫抑制性 GPR109A 骨髓细胞浸润,导致逃避免疫监视。阻断 GPR109A 会降低 G-MDSC 和 M2 样 TAM 丰度,从而触发 CD8 T 细胞的抗肿瘤反应,并进一步提高肝癌的免疫治疗效果。从机制上讲,肿瘤细胞和肿瘤浸润的骨髓细胞通过转运蛋白SLC1A5竞争谷氨酰胺的摄取来控制抗肿瘤免疫,从而破坏内质网(ER)稳态并诱导骨髓细胞的未折叠蛋白反应,通过IRE1α/XBP1途径促进GPR109A表达。限制肝癌细胞中谷氨酰胺的摄取,以及阻断 IRE1α/XBP1 信号传导或补充谷氨酰胺,可以消除 GPR109A 骨髓细胞的免疫抑制作用并减缓肿瘤进展。我们的研究结果确定了肝癌细胞和肝癌细胞之间的免疫代谢串扰。骨髓细胞通过谷氨酰胺代谢/内质网应激/GPR109A 轴促进肿瘤进展,表明 GPR109A 可以用作免疫代谢检查点和癌症治疗的推定靶点。© 作者(或其雇主)2024 年。无商业用途重复使用。请参阅权利和权限。英国医学杂志出版。
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Cellular & Molecular Immunology
2024 Jul 09

DanielDavis,AvishaiW...
Accurate estimation of pathway activity in single cells for clustering and differential analysis.
Cellular & Molecular Immunology
在许多利用单细胞 RNA 测序的研究中,推断生物途径和基因组的变化以及如何变化是一个关键问题。通常,这些问题是通过量化全局分析得出的基因列表中已知基因集的富集度来解决的。在这里,我们提供 SiPSiC,这是一种推断每个单细胞通路活性的新方法。这允许更灵敏的差异分析和利用通路分数来聚类细胞并计算 UMAP 或其他类似的预测。我们将我们的方法应用于 COVID-19、肺腺癌和神经胶质瘤数据集,并证明其实用性。 SiPSiC 分析结果与之前许多情况下的研究报告的结果一致,但 SiPSiC 还揭示了新途径的差异活性,使我们能够提出这些疾病病理生理学的新机制,并证明 SiPSiC 在检测生物功能和检测方面具有高精度和灵敏度。特征。此外,我们还展示了如何使用它根据生物途径的活性而不是单个基因更好地对细胞进行分类,以及它克服患者特异性伪影的能力。© 2024 Davis 等人;由冷泉港实验室出版社出版。
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