癌症具有共同的细胞和生理特征。关于癌细胞中的基因家族是否可以在单细胞水平上显示独特的基因表达模式，人们知之甚少。家族内基因同源物的表达可以表现出并发性和排他性。并发可以促进相关基因的全有或全无表达模式，并成为替代生理状态的基础。相反，排他性基因家族在每个细胞中表达相同或相似数量的同源物，从而允许产生广泛的细胞身份。我们发现参与细胞周期和抗原呈递的基因家族是同时表达的。 DNA 复制复合体 MCM 的并发反映了细胞的复制状态，包括细胞系和癌症衍生的类器官。排他性表达需要精确的调节机制，但癌细胞保留了这种离子稳态控制形式，并将其扩展到参与细胞迁移的基因家族。因此，健康细胞基于细胞粘附的身份转变为基于癌细胞群迁移的身份，让人想起上皮-间质转化。© 2024 作者。

溶酶体在细胞功能和疾病中至关重要，通过酸性鞘磷脂酶 (ASM) 控制其膜完整性，影响癌症进展和治疗耐药性。此外，阳离子两亲性药物（CAD）被称为 ASM 抑制剂并具有抗癌活性，但其与溶酶体膜和 ASM 相互作用的结构机制尚不清楚。我们的研究利用全原子显式溶剂分子动力学模拟，深入研究了糖基化 ASM 与溶酶体膜的相互作用，以及 CAD 代表（即依巴斯汀、羟基依巴斯汀和氯雷他定）对膜和 ASM 的影响。我们的结果证实了 ASM 通过皂苷域与膜的关联，之前仅在粗粒度模型中显示。此外，我们阐明了特定残基和 ASM 诱导的膜曲率在脂质募集和定向中的作用。 CAD 还会在参与膜相互作用的催化域中的环水平上干扰 ASM 与膜的结合。我们的计算方法适用于各种 CAD 或膜成分，可深入了解 ASM 和 CAD 与膜的相互作用，为未来的研究提供有价值的工具。© 2024 由 Elsevier B.V. 代表计算和结构生物技术研究网络发布。

早发性结直肠癌（EOCRC）的发病率在全球范围内显着增加。发现 EOCRC 特有的生物标志物对于促进预防和检测这种不断增长的癌症亚型非常重要。尽管我们在 CRC 数据管理方面做出了努力，但还没有一个集成平台可以访问与年轻 CRC 患者相关的数据。在这里，我们构建了一个用户友好的开放式集成资源，称为CRCDB（URL：http://crcdb-hust.com），其中包含785个EOCRC、4898个迟发CRC（LOCRC）和1110个正常对照样本的多组学数据来自组织、全血、血小板和血清外泌体。 CRCDB管理不同CRC组的差异分析、生存分析、共表达分析和免疫细胞浸润比较分析结果。还为用户提供荟萃分析结果以供进一步的数据解释。利用 CRCDB 中的资源，我们发现与代谢过程相关的基因在 EOCRC 患者中表达较少，而与有丝分裂过程最相关的上调基因可能在 LOCRC 的分子发病机制中发挥重要作用。 EOCRC 中与生存相关的基因在氧化还原途径中最为丰富，而在 LOCRC 中则在免疫相关途径中最为丰富。通过收集和处理所有数据，我们预计 CRCDB 可以成为一个实用的数据挖掘平台，帮助探索组学数据的潜在应用，并为特定的 CRC 患者群体制定有效的预防和治疗策略。© 2024 作者。

肺炎克雷伯菌复合体成员感染的主要危险因素是先前的肠道定植，而感染通常是由定植菌株引起的。尽管肠道作为传染性肺炎克雷伯菌的储存库非常重要，但人们对肠道微生物群与感染之间的关系知之甚少。为了探讨这种关系，我们进行了一项病例对照研究，比较了肺炎克雷伯菌定植的重症监护患者和血液/肿瘤患者的肠道群落结构。病例是被肺炎克雷伯菌定植菌株感染的患者（N = 83）。对照是肺炎克雷伯菌定植且无症状的患者 (N = 149)。首先，我们对肺炎克雷伯菌定植患者的肠道群落结构进行了表征，且与病例状态无关。接下来，我们确定肠道群落数据对于使用机器学习模型对病例和对照进行分类非常有用，并且病例和对照之间的肠道群落结构有所不同。肺炎克雷伯菌的相对丰度是一种已知的感染风险因素，具有最大的特征重要性，但其他肠道微生物也提供了信息。最后，我们表明，肠道群落结构与细菌基因型数据的整合增强了机器学习模型区分病例和对照的能力。有趣的是，纳入患者临床变量未能提高机器学习模型区分病例和对照的能力。这项研究表明，将肠道菌群数据与肺炎克雷伯菌衍生的生物标志物结合起来，可以提高我们对肺炎克雷伯菌定植患者的感染进行分类的能力。重要性定植通常是具有致病潜力的细菌发病机制的第一步。此步骤提供了一个独特的干预窗口，因为给定的潜在病原体尚未对其宿主造成损害。此外，定植阶段的干预可能有助于减轻随着抗菌素耐药性上升而导致治疗失败的负担。然而，为了了解针对定植的干预措施的治疗潜力，我们必须首先了解定植的生物学原理，以及定植阶段的生物标志物是否可用于对感染风险进行分层。克雷伯菌属细菌包括许多具有不同程度致病潜力的物种。肺炎克雷伯菌复合体的成员具有最高的致病潜力。肠道中被这些细菌定植的患者随后被定植菌株感染的风险更高。然而，我们不知道肠道微生物群的其他成员是否可以用作预测感染风险的生物标志物。在这项研究中，我们表明，发生感染的定植患者与未发生感染的定植患者之间的肠道微生物群存在差异。此外，我们还表明，将肠道微生物群数据与细菌因素相结合可以提高对感染进行分类的能力。令人惊讶的是，患者临床因素对于单独或添加到基于微生物群的模型中对感染进行分类没有用。这表明细菌基因型及其所在的微生物群落可能决定感染的进展。当我们继续探索定植作为预防潜在病原体定植个体感染的干预点时，我们必须开发有效的方法来预测和分层感染风险。

肥胖是非传染性疾病（NCD）的主要危险因素，而非传染性疾病已成为当今死亡的主要原因。本研究的目的是探讨成年期体重指数 (BMI) 总变化与老年人肥胖相关复杂多发病风险之间的关联，表征 BMI 波预测主要慢性疾病的能力。 在这项回顾性研究中对 1999 年至 2018 年国家健康与营养检查调查 (NHANES) 中的 15,520 名参与者进行了分析。BMI 分为肥胖（≥30.0 kg/m²）、超重（25.0-29.9 kg/m²）、正常体重（18.5-24.9千克/平方米），并且体重不足（<18.5 千克/平方米）。 BMI 变化模式与高血压、癌症、慢性阻塞性肺病、心血管疾病和糖尿病等主要健康结果之间关系的优势比 (OR) 和 95% 置信区间 (CI) 以及 BMI 的人群归因分数 (PAF) 为与保持非肥胖的参与者相比，稳定肥胖的参与者在晚年罹患至少一种慢性疾病的风险最高，从 25 岁开始，比值比为 2.76（95% CI：2.20 至 3.45）到基线前 10 年，从 25 岁到基线为 2.90（2.28 至 3.68），从基线前 10 年为 2.49（2.11 至 2.95）。所有时期从非肥胖到肥胖的体重变化模式（从 25 岁到基线前 10 岁：OR = 1.82；95% CI，1.57 到 2.11；从 25 岁到基线：OR = 1.87；95% CI，1.59 至 2.19；从基线前 10 年到基线：OR = 1.62；95% CI，1.26 至 2.08），从肥胖转向非肥胖，基线前 10 年（OR = 1.89；95% CI） ，1.39 至 2.57）与慢性病风险增加相关。中年肥胖状况可以解释老年人8.6%的慢性病发生风险。保持稳定的健康体重并在成年早期和中年减肥对于提高老龄化过程中的生活质量非常重要。需要更有效的战略和政策来减少肥胖的患病率。版权所有 © 2024 龚、唐和周。

甲状腺乳头状癌（PTC）术后复发可能性较高，术后治疗多采用促甲状腺激素（TSH）抑制和放射性碘（131I）治疗。本研究探讨淋巴结转移（LNM）的潜在机制，旨在为PTC制定差异化治疗方案。本研究通过分析2073例PTC的临床资料，探讨PTC淋巴结转移的危险因素。对甲状腺癌癌症基因组图谱（TCGA-THCA）和基因表达综合数据库（GEO）的基因表达进行分析，以确定基因表达与表型之间的相互关系。分析临床数据，我们发现男性、年龄较小、肿瘤较大大小、甲状腺外延伸（ETE）是淋巴结转移的显着危险因素（P<0.05）。相反，TSH、FT3、FT4、TSH/FT3、TSH/FT4等甲状腺功能参数与LNM无相关性(P>0.05)，且女性TSH水平较高(P<0.05)。基因表达分析显示，SLC5A5在男性、年轻个体和有淋巴结转移的个体中表达下调，且较低水平的SLC5A5与较差的无病生存率相关（P<0.05）。此外，我们对单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 数据的检查表明，肿瘤和淋巴结转移样本中 SLC5A5 表达降低，与 TSHR 的表达呈正相关。 TSH 对 PTC 行为的影响仍不清楚，而依赖于 SLC5A5 的 131I 吸收能力在不同性别和年龄之间表现出差异。我们得出结论，PTC术后治疗应考虑性别和年龄引起的差异。版权所有©2024 Yan，Sun，He和Jia。

库欣病 (CD) 患者的骨矿物质密度 (BMD) 恢复通常缓慢，而抗骨质疏松药物对于手术后已实现生化缓解的年轻 CD 患者的有效性尚不清楚。因此，我们旨在探讨双磷酸盐是否可以帮助加速缓解的年轻CD患者骨质疏松的恢复。我们回顾性入组了34名术后实现生化缓解的年轻CD患者。所有患者术前均患有骨质疏松症，术后分为双膦酸盐治疗组（16例）和未接受双膦酸盐治疗组（18例）。在诊断时和成功肿瘤切除一年后收集临床数据、BMD（Z 值）和骨转换标志物。随访时两组腰椎 Z 值均较基线略有改善，但这种改善在统计上并不显着。随访时两组之间没有观察到显着差异。术后一年，两组骨形成标志物（OC和P1NP）均显着高于基线。然而，一年随访时，双膦酸盐治疗组的 OC 和 P1NP 低于对照组。未接受双膦酸盐治疗组随访时β-CTX高于基线，而双膦酸盐治疗组手术前后无显着差异。年轻库欣病合并骨质疏松患者可能无法从双膦酸盐中获益实现生化缓解后第一年骨质疏松恢复的治疗。版权所有 © 2024 Sun、Sun、Ye 和Zhang。

治疗性单克隆抗体 (mAb) 在多种临床适应症中表现出了良好的效果，包括但不限于最近的移植排斥、癌症和自身免疫性疾病。认识到科学界迫切需要快速、轻松地获取有关单克隆抗体 (mAb) 的可靠信息），IMGT®，国际 ImMunoGeneTics 信息系统®，提供独特且宝贵的资源：IMGT/mAb-DB，治疗性单克隆抗体的综合数据库，可通过用户友好的网络界面访问。然而，这种方法限制了更复杂的查询并将信息与其他数据库隔离。为了将 IMGT/mAb-DB 与其他 IMGT 数据库连接起来，我们创建了 IMGT/mAb-KG，这是一个与 IMGT 结构连接的治疗性单克隆抗体的知识图，基因组学数据库。 IMGT/mAb-KG是使用语义网最有效的方法和标准开发的，并从IMGT/mAb-DB获取数据。在互操作性方面，IMGT/mAb-KG重用了生物医学资源中的术语，并连接到相关资源。2024年2月，IMGT/mAb-KG总共包含139,629个三联体，提供对1,489个mAb、约500个靶点和超过500个抗体的访问临床指征。它提供了对单克隆抗体的作用机制、其结构及其各种产品和相关研究的详细见解。链接到其他资源，例如 Thera-SAbDab（治疗性结构抗体数据库）、PharmGKB（关于遗传变异对药物反应影响的综合资源管理知识）、PubMed 和 HGNC（HUGO 基因命名委员会）、IMGT/mAb-KG是单克隆抗体开发的重要资源。用户友好的 Web 界面有助于探索和分析 IMGT/mAb-KG 的内容。版权所有 © 2024 Sanou、Manso、Todorov、Giudicelli、Duroux 和 Kossida。

高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）由于其异质性和晚期诊断而面临重大挑战。使用单细胞和空间转录组学来阐明 HGSOC 的复杂景观，以了解其潜在机制。我们的分析揭示了显着的肿瘤间和肿瘤内多样性，这通过不同的细胞亚群和不同的微环境生态位表现出来。值得注意的是，我们的研究结果强调了广泛的免疫抑制环境，其特征是复杂的细胞间相互作用网络，在转移样本中肿瘤细胞密度升高的区域尤其明显。我们确定了转移标本中仅存在 COL14A1 肿瘤细胞，同时 CD8A NKT 细胞与不良预后之间存在很强的相关性，并且 HGSOC 转移组织中 CHODL 表达升高。此外，针对 CHODL 的敲除实验证明了其在降低 HGSOC 细胞迁移和侵袭能力方面的作用。我们研究的一个关键发现是描绘与不良后果相关的特定细胞特征，特别是 CHODL 肿瘤细胞的子集，其特征是具有独特的代谢表型，且倾向于脂质代谢。利用现有抑制剂以这种代谢途径为靶标进行治疗似乎有望抑制肿瘤增殖。这些发现增强了我们对 HGSOC 异质性的理解，并揭示了潜在的治疗靶点，有望为这种侵袭性癌症亚型提供更有效的管理策略。版权所有 © 2024 Luo、Wang 和 Li。

与老年患者相比，年轻的非小细胞肺癌 (NSCLC) 患者（<50 岁）代表了一个重要的患者群体，具有独特的临床病理特征和丰富的靶向基因组改变。然而，之前针对年轻 NSCLC 的研究结果不一致，很少有研究将性别纳入分析，并且缺乏针对肿瘤免疫微环境中与年龄相关的差异的研究。我们对 8,230 名 NSCLC 患者进行了回顾性分析，比较了基因组改变和年轻和老年患者的免疫原性标志物，同时还考虑男性和女性患者之间的差异。我们将老年患者定义为≥65岁的患者，并使用从<45岁到<65岁的5年滑动阈值来定义各组年轻患者。此外，在一个独立的 NSCLC 患者队列中，我们利用我们的观察结果来测试年龄和性别对接受或不接受化疗的免疫治疗的患者生存的组合影响。我们观察到年轻患者肿瘤的不同基因组和免疫微环境特征与老年患者的肿瘤相比。年轻患者的肿瘤富含临床相关的基因组改变，并且具有表明免疫系统激活减少的基因表达模式，这在分析男性患者时最为明显。此外，我们发现，与≥65岁的男性患者相比，仅接受免疫治疗的年轻男性患者的生存率明显较差，而联合化疗则缩小了这种差异。相反，我们发现，与 ≥65 岁的女性患者相比，接受免疫治疗加化疗时，年轻女性患者的生存率明显更高，而单独使用免疫治疗的治疗结果相似。这些结果显示了综合基因组和免疫分析 (CGIP) 的价值为年轻 NSCLC 患者的临床治疗提供信息，并为更广泛的 CGIP 覆盖晚期 NSCLC 年轻患者提供支持。版权所有 © 2024 Wallen, Ko, Nesline, Hastings, Strickland, Previs, Zhuang, Pabla, Conroy, Jackson, Saini, Jensen,艾森伯格、卡夫尼、萨蒂安、塞弗森和拉姆基松。