辐射在癌症治疗中的放射生物学有效性可以在不同尺度（分子至器官尺度）和辐射后不同时间进行研究。水辐射分解过程中自由基和活性氧的产生对于理解在观察到的生物学结果中发挥作用的基本机制特别相关。集成辐射后物理、物理化学和化学阶段模拟的蒙特卡罗工具的开发和验证对于维持实验非常重要。因此，在本研究中，我们建议通过模拟验证新的 Geant4-DNA 化学模块在质子临床前束线上进行水辐射分解和 Fricke 剂量测定实验。在本研究中，我们使用 GATE 蒙特卡罗模拟平台（版本 9.3）模拟 ARRONAX 等时回旋加速器 (IBA Cyclone 70XP) 在常规条件下产生的 67.5 MeV 质子束剂量率（0.2 Gy/s）模拟超纯液态水样品和弗里克剂量计的辐照。我们将深度剂量分布与平面平行 Advanced PTW 34045 Markus 电离室进行的测量进行了比较。然后，Geant4 版本 11.2 提出的新 Geant4-DNA 化学应用已用于评估 HO • ${\mathrm{HO}}^ \bullet $ , e aq - ${\mathrm{e}}_{ {\mathrm{aq}}}^ - $ , H 3 O ${{\mathrm{H}}}_3{{\mathrm{O}}}^ $ , H 2 O 2 ${{\mathrm{H} }}_2{{\mathrm{O}}}_2$ , H 2 ${{\mathrm{H}}}_2$ , HO 2 • ${\mathrm{HO}}_2^ \bullet $ , HO 2 - , O 2 • - ${\mathrm{HO}}_2^ - ,{\mathrm{\ O}}_2^{ \bullet - }$ 和 HO - ${\mathrm{HO}}^ - $ 反应物种时间直到照射后1小时。特别是，通过与 H 2 O 2 ${{\mathrm{H}}}_2{{\mathrm{O}}}_2$ 和 Fe3 的辐射分解产率的实验测量值进行比较，研究了氧气和 pH 值的影响。 GATE 模拟再现了液态水中的深度剂量分布，误差在 4% 以内。使用 Geant4-DNA，我们能够重现实验性 H 2 O 2 ${{\mathrm{H}}}_2{{\mathrm{O}}}_2$ 在通气和脱气条件下辐照后 1 小时的辐射分解产量，显示氧气浓度的微小变化对物种进化的影响。对于 Fricke 剂量计，模拟 G(Fe3 ) 为 15.97 ± 0.2 分子/100 eV，比测量值（14.4 ± 04 分子/100 eV）高 11%。这些结果旨在通过涉及其他辐射分解物质的新比较来巩固，例如 e aq - ${\mathrm{e}}_{{\mathrm{aq}}}^ - $ 或 , O 2 • - $,{\mathrm{\ O}}_2^{ \bullet - } $ 进一步研究超高剂量率 (UHDR) 下观察到的 FLASH 效应的机制。© 2024 美国医学物理学家协会。

异源性鼠白血病病毒 (MLV) 相关病毒 (XMRV) 于 2006 年首次在一些人类前列腺癌中被描述。但直到 2009 年，它才引起人们的注意，当时在肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合症 (ME/CFS) 患者的样本中也发现了它，作为传染性病毒和 MLV 相关 DNA。这一发现之后，国际研究界迅速努力了解这种关联的重要性及其作为一种重要的人类病原体广泛传播的潜力。几年之内，世界各地研究人员的努力未能重复这些发现，越来越多的证据表明实验室受到小鼠源性病毒和病毒 DNA 序列的污染，这被接受为最初发现的解释。作为从事这些研究的研究人员，我们在此对 XMRV 作为人类病原体的兴衰进行历史回顾，并讨论从这些事件中吸取的教训。

DNA 甲基化谱的改变属于癌症发展的重要机制，其评估可用于快速、精确的诊断。因此，建立甲基化谱数据集可以提高和加深我们对表观遗传变化在癌症发展中作用的理解，并提高我们的诊断能力。在此数据集中，我们生成了 189 个儿科中枢神经系统、软组织和骨肿瘤样本的 NGS 数据。测序文库是使用甲基捕获亚硫酸氢盐测序来制备的，这是全基因组亚硫酸氢盐测序和基于阵列的方法之间的有效折衷，目标区域范围更有限。该队列的大部分使用 Agilent SureSelectXT 人类甲基测序试剂盒（149 个样本）进行处理，其余部分则使用 Illumina TruSeq 甲基捕获 EPIC 文库制备试剂盒（40 个样本）进行处理。本文中提供的数据可能有助于其他研究人员进一步阐明甲基化在诊断儿科中枢神经系统肿瘤、软组织和骨肿瘤中的重要性。© 2024 作者。

卵巢癌 (OC) 患者会出现腹水，腹水在腹膜腔内积聚，是肿瘤在腹膜腔内播散的迹象。这种体液的研究不足，主要是关于肿瘤进展过程中形成的腹水，这些腹水没有诊断价值，因此被丢弃。我们进行了一项发现性蛋白质组学研究，以确定 OC 患者腹水上清液中的新生物标志物。在这项初步研究中，我们分析了少量的 OC 腹水，以强调在治疗过程中不丢弃此类生物材料的重要性，这对于 OC 管理可能很有价值。我们的研究结果表明，OC 恶性腹水 (MAF) 表现出一种增殖环境，可促进 OC 细胞的生长，从而利用替代营养来源（例如胆固醇途径）改变代谢途径。此外，治疗期间从患者排出的 OC 腹水显示出免疫抑制环境，IL-4 和 IL-13 信号通路中的蛋白质上调，而 MHC-II 信号通路中的蛋白质下调。这项初步研究确定了 OC 背景下的一种新蛋白质（跨膜蛋白 132A），值得在更广泛的患者样本队列中进行更好的探索。 OC 患者的 MAF 蛋白质组学特征为了解疾病进展过程中癌细胞的代谢动力学提供了独特的见解，这些信息可用于制定更有效的治疗策略。© 2024 作者。由 Elsevier B.V. 出版

炎症性肠病是一种使人衰弱的疾病，会经历复发和缓解过程。这种疾病如何表现的发病机制仍有待阐明；然而，越来越多的证据表明，家族易感性和受环境因素影响的表观遗传改变的协同作用都会导致该疾病的发展。考虑到肿瘤转化的风险更大以及对单独使用现有药物治疗不适当缓解的担忧，营养在改善病情结果中的作用引起了越来越多的关注。现有的报告（通常是轶事）记录了采用各种饮食策略后患者症状得到缓解。这些引起了人们对营养评估和营养疗法的好奇，以改善该疾病的发病率和全因死亡率。其中一组由现有文章纲要支持的营养疗法是类黄酮，尽管大量的体外实验和相对较少的临床试验限制了它们的临床应用。尽管如此，黄酮类化合物已被证明是具有免疫调节能力的功能性食品。因此，本文将深入探讨黄酮类化合物在改变炎症性肠病免疫反应过程中的作用，同时评估其在人体试验中的临床结果。版权所有：© 2024 希腊胃肠病学会。

结直肠癌（CRC）的患病率和发病率不断增加，特别是在年轻人中，强调了了解其基本机制、发现新的诊断和预后标志物以及增强治疗策略的必要性。在这里，我们整合了多组学数据，包括基因表达、体细胞突变数据和 DNA 甲基化数据，以揭示结直肠癌中肿瘤微环境 (TME) 的复杂性，并寻找新的预后标志物。通过根据表达谱计算每位患者的免疫评分，我们描绘了差异免疫细胞分数，构建了免疫相关的多组学图谱，并确定了分子特征。整个结直肠数据集 (n = 343) 被随机分为训练数据集 (n = 249) 和测试数据集 (n = 94)。我们筛选了 144 个免疫相关基因、6 个突变基因和 38 个与总生存期 (OS) 相关的甲基化探针。然后使用训练数据集中的 Lasso 和 Cox 回归将这些标记纳入 10 基因预后模型，并在独立的验证数据集中评估模型的性能。该模型表现出令人满意的结果（平均一致性指数 [C-index] = 0.77），训练数据集中的平均 1 年、3 年和 5 年 AUC 分别为 0.79、0.76 和 0.76，平均 1 年、3 年和 5 年 AUC 分别为 0.74、0.80，测试数据集中为 0.90。此外，该预后模型证明了其在指导 CRC 患者化疗方面的适用性，并在风险分层中表现出一定程度的泛癌实用性。总之，我们对多组学数据的综合分析揭示了 TME 的免疫相关遗传和表观遗传特征。我们提出了一种综合预后模型，可以对 CRC 患者进行风险分层并指导化疗。该模型在不同癌症类型风险分层中的普遍性在泛癌症队列中得到了验证。© 2024 作者。由爱思唯尔有限公司出版

基于转录组数据筛选食管鳞状细胞癌（ESCC）中程序性细胞死亡（PCD）相关基因并探讨其临床价值。从ESCC转录组和TCGA数据库的临床数据中筛选差异表达的PCD基因（DEPCDGs）。对 ESCC 中的预后 DEPCDG 进行单变量 COX 和 LASSO COX 以开发预后模型。通过 ssGSEA 和 CIBERSORT 确定不同 RiskScore 组中免疫细胞浸润的差异。通过肿瘤免疫功能障碍和排除 (TIDE) 和 IMvigor210 队列探讨了 RiskScore 在免疫治疗反应中的作用。在 ESCC 中挖掘了 14 个与预后相关的 DEPCDG。这些 DEPCDG 形成了一个具有良好预后预测性能的 RiskScore。 RiskScore 在三个数据集中表现出了出色的预测准确性。高RiskScore组中M2巨噬细胞和Tregs的丰度较高，而低RiskScore组中M1巨噬细胞的丰度较高。 RiskScore 还显示出良好的免疫治疗敏感性。 RT-qPCR分析显示AUP1、BCAP31、DYRK2、TAF9和UBQLN2在KYSE-150细胞中表达较高。敲低 BCAP31 可抑制迁移和侵袭。预后风险模型可以预测 ESCC 的预后，并可能成为风险分层和免疫治疗评估的有用生物标志物。

肺鳞状细胞癌（LSCC）是世界上一种致命的癌症。组蛋白去甲基化酶 Jmjd2c 是多种肿瘤中关键的表观遗传调节因子，而 Jmjd2c 在 LSCC 中调节的分子机制尚不清楚。我们使用乙醛脱氢酶bright（ALDHbri）亚型作为LSCC中癌症干细胞（CSC）的研究模型，并检测Jmjd2c干扰和咖啡酸（CA）处理下的球体形成能力和ALDHbri CSC的比例。此外，我们对 Jmjd2c RNAi 小鼠的表达文件进行了生物信息学分析，并进行了蛋白质印迹、qRT-PCR、Co-IP 和 GST Pull-down 测定，以证实生物信息学结果。此外，我们还制备了 Jmjd2c 沉默和 Jmjd2c-SOX2 沉默 ALDHbri 荷瘤 BALB/c 裸鼠来检测对肿瘤进展的影响。结果表明，Jmjd2c 下调抑制了 ALDHbri CSCs 的球体形成和比例。 Jmjd2c RNAi小鼠中SOX2的表达显着降低，生物信息学分析显示它们呈阳性共表达。此外，Jmjd2c shRNA ALDHbri CSCs 中 SOX2 表达下降，Jmjd2c 和 SOX2 蛋白相互作用。此外，Jmjd2c干扰显示出显着的阻断作用，并且Jmjd2c-SOX2干扰对ALDHbri肿瘤进展具有更强的抑制作用。 Jmjd2c、SOX2水平与LSCC患者的病情发展及预后密切相关。这项研究表明，Jmjd2c 通过与转录因子 SOX2 相互作用，在维持 LSCC 中 ALDHbri CSC 活性方面​​发挥着关键作用。 Jmjd2c可能是肺癌诊断和临床治疗中治疗靶点和生物标志物的新型分子。

探讨髓源性抑制细胞（MDSC）的丰度和亚群以及载脂蛋白E（apoE）的亚型和表达是否影响肝细胞癌（HCC）患者的预后。 将31名HCC患者根据不同情况分为三组通过流式细胞术检测血液总apoE水平以检测免疫调节细胞的丰度。通过免疫荧光染色和免疫组化染色评估360例HCC患者肿瘤组织芯片中MDSC的丰度和亚群以及apoE2、apoE3、apoE4的表达。根据临床病理检查和10年随访数据，对360例患者进行单因素、多因素COX回归和Kaplan-Meier法进行生存分析。apoE较低组外周血中MDSC丰度较高HCC 患者的比例高于 apoE 较高组。 apoE 低水平组中单核细胞样 MDSC (M-MDSC) 的丰度高于高水平组 (p = 0.0399)。肿瘤组织中 apoE2 较低的 H 分数（HR = 6.140，p = 0.00005）和 apoE4 较高的 H 分数（HR = 7.001，p = 0.009）与较短的总生存期 (OS) 显着相关。肿瘤组织中多形核粒细胞样MDSCs（PMN-MDSCs，HR = 3.762，p = 0.000009）浸润较高和M-MDSCs占总细胞比例较小（HR = 0.454，​​p = 0.006）是肿瘤组织中较短的独立危险因素。无复发生存期（RFS）。HCC患者血浆中MDSC的丰度与apoE水平呈负相关。 HCC 组织中 apoE4 的表达表明预后不良，而 apoE2 可能是潜在的保护因素。© 2024。作者。

体内每个细胞的正常功能取决于其生物电特性，许多疾病是由潜在离子通道的遗传和/或表观遗传失调引起的。转移是癌症死亡的主要原因，是一个复杂的多阶段过程，其中细胞脱离原发肿瘤，侵入周围组织，通过遇到血管进入循环并扩散到全身，最终驻留在远处器官并增殖形成继发性肿瘤，导致毁灭性的器官衰竭。众所周知，这种细胞行为涉及离子通道。 CELEX 模型为转移提供了一种新颖的见解，其中癌细胞的电激发导致了它们的攻击性和侵袭性行为。反过来，过度兴奋性是由功能性电压门控钠通道的同时上调和电压门控钾通道的下调所支撑的。在这里，我们更新了支持 CELEX 癌症模型的体外和体内证据。对于钠通道来说，结果是明确的。钾通道臂也得到现有证据的广泛支持，尽管这些数据因通道对膜电位的影响和随之而来的次级效应而变得复杂。最后，与 CELEX 模型一致，我们表明（i）癌症确实是可电兴奋的并且能够产生动作电位，并且（ii）钠通道抑制剂和钾通道开放剂的组合可以产生强效的附加抗侵袭性影响。我们讨论了 CELEX 模型在癌症治疗中可能的临床意义。© 2024。作者。