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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2024 Jul 07

KatrinaCollins,Julia...
Renal epithelioid angiomyolipomas overexpress TFE3 and the TFE3-regulated gene TRIM63 in the absence of TFE3 rearrangement.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
血管平滑肌脂肪瘤(AML)是血管周围上皮样细胞肿瘤家族中的一种肿瘤,在肾脏中经常发生。大多数是惰性的并且是偶然发现的,罕见的肿瘤表现出恶性的临床行为。一小部分具有上皮样特征的肾 AML 与攻击行为相关,并且可能与肾细胞癌(例如透明细胞肾细胞癌 (RCC)、TFE3 重排的 RCC)表现出形态学重叠。先前对梭形细胞和上皮样 AML 的研究已经发现了具有潜在 TFE3 基因融合的罕见例子。先前在 4/24 AML (17%) 中报道过 TFE3 蛋白表达(通过免疫组织化学证明),但没有并发 TFE3 重排的证据(Argani 等人,Am J Surg Pathol 34:1395-1406, 2010)。目前,肾上皮样 AML 中 TFE3 蛋白表达、TFE3 融合和 TFE3 介导基因表达之间的关系仍不完全清楚。我们试图通过免疫组织化学方法,对具有中度至强 TFE3 表达的上皮样 AML 使用 TFE3 断裂荧光原位杂交 (FISH) 和 TRIM63 RNA 原位杂交 (ISH) 来探索这些关系。对两例 FISH 结果呈阴性的病例进行 RNA 测序(融合组),以评估 FISH 隐性基因融合情况。该系列包括来自 4 名年龄在 13 岁至 76 岁之间的患者(三名女性,一名男性)的 5 例上皮样 AML。免疫组织化学结果显示,所有样本均呈 TFE3 阳性(2 /3 表达)。 TRIM63 ISH 对三名患者的四份标本进行了检测,在成功分析的 3/3 肿瘤(100%)中产生了阳性结果。对所有样本进行 TFE3 断裂 FISH,证明仅 1/4 肿瘤 (25%) 中存在 TFE3 重排。 RNA 测序表明,三个肿瘤中不存在有效的 TFE3 基因融合,且断裂 TFE3 FISH 结果为阴性。这项研究表明,即使在没有 TFE3 重排的情况下,肾上皮样 AML 也会过度表达 TFE3 和 TFE3 介导的基因 (TRIM63)。这一发现可以通过哺乳动物雷帕霉素复合物靶标 1 (mTORC1) 激活继发的 TFE3 功能上调来解释。鉴于上皮样 AML 和 TFE3 改变的肾细胞癌之间的形态学和免疫表型重叠,TFE3 和 TRIM63 在这种肿瘤类型中的表达代表了一个潜在的陷阱。© 2024。作者获得 Springer-Verlag GmbH 德国的独家许可,施普林格自然的一部分。
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Epigenetics & Chromatin
2024 Jul 04

AndrewKalra,StephenJ...
The Role of DNA Methylation in Gastrointestinal Disease: An Expanded Review of Malignant and Non-Malignant Gastrointestinal Diseases.
Epigenetics & Chromatin
食管癌、结直肠癌、胰腺癌、肝细胞癌和胃癌每年共同影响全球数百万患者,总体死亡率很高,而且发病率还在不断增加。此外,巴雷特食管和炎症性肠病等癌前胃肠道疾病的发病率也在增加。然而,异常 DNA 甲基化与这些疾病的关系尚不完全清楚,特别是考虑到该领域最近的研究进展。在这里,我们回顾了胃肠道肿瘤前期和肿瘤形成中的表观遗传机制的知识,考虑了作用机制、遗传和环境因素以及 CpG 岛甲基化表型。我们还重点介绍转化研究的进展,重点关注全基因组数据库数据、基于甲基化的生物标志物和诊断测试、机器学习和表观遗传治疗策略。版权所有 © 2024 AGA Institute。由爱思唯尔公司出版。保留所有权利。
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Epigenetics & Chromatin
2024 Jul 04

JeffreyWang,WeiweiZh...
Clinicopathologic Features and Outcomes of Acute Leukemia Harboring PICALM::MLLT10 Fusion.
Epigenetics & Chromatin
PICALM::MLLT10 融合是急性白血病中一种罕见但复发的细胞遗传学异常,可用的临床病理学和结果数据有限。在此,我们分析了 156 例 PICALM::MLLT10 融合的急性白血病患者,其中 12 例来自我们机构,144 例来自文献。 PICALM::MLLT10 融合优先出现在儿童和年轻成人患者中,中位年龄为 24 岁。 T 淋巴细胞白血病/淋巴瘤 (T-ALL) 占病例的 65%,急性髓系白血病 (AML) 占 27%,急性谱系不明白血病 (ALAL) 占 8%。大约一半的 T-ALL 被归类为早期 T 前体 (ETP)-ALL。在我们机构的队列中,纵隔是最常见的髓外受累部位。 12 名患者中的 8 名被诊断为 T-ALL,表现出前 T 期/前 T 期表型(CD4/CD8 双阴性、CD7 阳性)和频繁的 CD79a 表达。 NGS 揭示了 6 例测试病例中 5 例的致病突变,包括 NOTCH1、RAS 和 JAK-STAT 通路中的基因以及表观遗传修饰因子。在 138 例随访病例中,儿童患者(<18 岁)的 5 年总生存率 (OS) 为 71%,明显优于成人的 33%。 AML 患者的 5 年 OS 为 25%,明显短于 T-ALL 患者的 54%;在儿童和成人人群中都观察到了这种区别。此外,与非 ETP-ALL 患者相比,成人而非儿童 ETP-ALL 患者的生存率较低。核型复杂性和移植状态都对 OS 没有明显影响。总之,PICALM::MLLT10 融合最常见于 T-ALL 患者,尤其是具有 ETP 表型的患者。 AML和成人ETP-ALL患者预后不良。 PICALM::MLTT10 融合检测应考虑用于 T-ALL、AML 和 ALAL 患者。版权所有 © 2024。由 Elsevier Inc. 出版。
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Epigenetics & Chromatin
2024 Jul 04

FabienZoulim,Pei-Jer...
Hepatitis B Virus DNA integration: Implications for diagnostics, therapy, and outcome.
Epigenetics & Chromatin
HBV DNA 整合最初被认为是 HBV 生命周期的非功能性副产品,现在已被认为是 HBV 发病机制和 HDV 持续存在的重要因素。整合的 HBV DNA 源自病毒颗粒中存在的线性基因组 DNA,或由感染后异常加工的松弛环状基因组 DNA 产生,并且可以驱动 HBsAg 和 HBx 的表达。 DNA 整合事件在病毒感染过程中不断积累,范围从早期阶段的百分之几到长期慢性感染后感染细胞的近 100%。 HBV DNA 整合事件主要在 HCC 发展的背景下进行研究,其中它们可以激活已知的癌基因和其他生长促进基因,导致染色体不稳定,并可能导致促进肿瘤生长的表观遗传改变。最近的证据表明,整合 DNA 的 HBsAg 表达可能通过减弱免疫反应而促进 HBV 发病。整合的 DNA 提供了 HDV 复制所需的包膜蛋白来源,因此代表了 HDV 持久性的一种手段。由于整合的 DNA 负责在没有病毒复制的情况下 HBsAg 的持续存在,因此它会影响依赖 HBsAg 作为诊断标记物的 HBV 感染解决的既定标准。整合的 HBV DNA 可用于评估受感染肝细胞的更新,这种更新发生在慢性乙型肝炎的所有阶段,包括历史上称为免疫耐受的感染初始阶段。 HBV DNA 整合也被证明会影响针对病毒 RNA 的新型疗法的开发。版权所有 © 2024 作者。由 Elsevier B.V. 出版。保留所有权利。
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Epigenetics & Chromatin
2024 Jul 04

IwonaKarwaciak,Joann...
Evaluation of the Activity of Cardiac Glycosides on RORγ and RORγT Nuclear Receptors.
Epigenetics & Chromatin
强心苷源自植物和动物,自古以来就已被人们所认识。这些物质阻碍真核细胞内钠钾泵的功能。许多报告表明这些化合物影响核受体的活性。因此,我们评估了无毒浓度的各种强心苷对 RORγ 和 RORγT 的影响。 RORγT 是参与 Th17 淋巴细胞分化的关键蛋白。分析的 16 种强心苷在 HepG2 细胞中表现出不同的毒性,所有这些都表现出对 RORγ 的激动作用,这在 RORγ-HepG2 报告细胞系中得到了证实。 RORγ 和 RORγT 亚型的过度表达增强了这些化合物的作用。此外,这些苷类还诱导 HepG2 细胞中 G6PC(一种受 RORγ 调节的基因)的表达。随后,在 Th17 原代淋巴细胞中评估了两种内源性强心苷(marinobufagenin 和哇巴因)和三种最有效的苷(蟾蜍灵、夹竹桃苷和 telecinobufagenin)的作用。所有这些化合物均增加了 IL17A、IL17F、IFNG 和 CXCL10 基因的表达,但它们对 GZMB 和 CCL20 表达表现出不同的影响。分子对接分析揭示了强心苷与 RORγ/RORγT 受体配体结合域的强大结合亲和力。因此,我们证明,在无毒浓度下,强心苷对 RORγ/RORγT 核受体具有激动作用,增强其活性。在对抗各种类型癌症的过继疗法中,可以利用这种潜力来调节表达 IL17 的细胞(例如 Th17 或 Tc17 淋巴细胞)的表型。版权所有 © 2024。由 Elsevier Inc. 出版。
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Epigenetics & Chromatin
2024 Jul 06

FlaviaLimaCostaFaldo...
DNA methylation profile of inflammatory breast cancer and its impact on prognosis and outcome.
Epigenetics & Chromatin
炎性乳腺癌(IBC)是一种罕见疾病,具有进展快、转移早、死亡率高的特点。进行了全基因组DNA甲基化分析(EPIC BeadChip平台,Illumina)和体细胞基因变异(105个癌症相关基因)在从 140 个病例队列中选出的 24 个 IBC 中。我们鉴定了 46,908 个 DMP(差异甲基化位置)(66% 低甲基化); CpG 岛主要高度甲基化 (39.9%)。无监督聚类分析揭示了三个 DMP 簇,其特征是特定基因突变和激素受体状态的富集。 DNA 甲基化结果与外部数据集(TCGA-BRCA III-IV 期)之间的比较得出了 333 个基因(264 个超甲基化)中映射的 385 个共享 DMP。 151 个 DMP 与先前在 IBC 中检测为差异表达的 110 个基因 (GSE45581) 相关,68 个 DMP 与基因表达呈负相关。我们还确定了映射到已知基因(2392 个低甲基化)的 4369 个 DMR(差异甲基化区域)。通过亚硫酸氢盐焦磷酸测序在 31 个 IBC 样品中选择和评估 BCAT1、CXCL12 和 TBX15 位点。与非三阴性 IBC 病例相比,三阴性 IBC 病例中 BCAT1 和 TBX15 的甲基化水平较高,而三阴性 IBC 病例中 CXCL12 的甲基化水平较低。 TBX15 甲基化水平与肥胖相关。我们的研究结果揭示了具有潜在功能性 DMP 和 DMR 的异质 DNA 甲基化谱。 DNA 甲基化数据为预后分层和治疗选择提供了宝贵的见解,以改善患者的治疗结果。© 2024。作者。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2024 Jul 05

ChristophHieber,Al-H...
Inhibitors of the tyrosine kinases FMS-like tyrosine kinase-3 and WEE1 induce apoptosis and DNA damage synergistically in acute myeloid leukemia cells.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
具有内部串联重复的高活性 FMS 样受体酪氨酸激酶 3 突变体 (FLT3-ITD) 是侵袭性急性髓性白血病 (AML) 的常见驱动突变。 FLT3 抑制剂在合理设计的共治疗方案中产生了有希望的结果。由于 FLT3-ITD 调节 DNA 复制和 DNA 修复,因此有效的抗白血病策略可能依赖于 FLT3-ITD 的联合抑制以及细胞周期进程和 DNA 完整性的调节剂。其中包括控制细胞周期进程、核苷酸合成和 DNA 复制起点激发的 WEE1 激酶。我们研究了 FLT3 和 WEE1 的药理抑制如何影响 AML 细胞系和原代 AML 细胞的存活和基因组完整性。我们发现,FLT3 和 WEE1 的有前途的临床级和临床前抑制剂可协同触发表达 FLT3-ITD 的白血病细胞凋亡。在此过程之前,单链和双链 DNA 损伤会累积。基于质谱的蛋白质组学分析表明,FLT3-ITD 和 WEE1 维持核糖核苷酸还原酶亚基 RRM2 的表达,为 DNA 复制提供 dNTP。与 FLT3-ITD 对白血病细胞的强烈促凋亡作用不同,FLT3 和 WEE1 抑制剂不会损害健康的人类血细胞和小鼠造血干细胞。因此,FLT3-ITD 和 WEE1 的药理学抑制可能成为一种改进的、合理设计的治疗选择。版权所有 © 2024 作者。由 Elsevier Masson SAS 出版。保留所有权利。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2024 Jul 06

Tu-XiongHuang,Hui-Si...
ATP6V0A1-dependent cholesterol absorption in colorectal cancer cells triggers immunosuppressive signaling to inactivate memory CD8+ T cells.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
肥胖通过脂质代谢塑造抗肿瘤免疫力;然而,结直肠癌(CRC)细胞如何利用脂质抑制抗肿瘤免疫的机制仍不清楚。在这里,我们发现肿瘤细胞固有的 ATP6V0A1 驱动外源性胆固醇诱导的 CRC 免疫抑制。 ATP6V0A1 通过 RAB 鸟嘌呤核苷酸交换因子 1 (RABGEF1) 依赖性内体成熟促进 CRC 细胞中胆固醇的吸收,导致胆固醇在内质网内积累并增加 24-羟基胆固醇 (24-OHC) 的产生。 ATP6V0A1 诱导的 24-OHC 通过激活肝脏 X 受体 (LXR) 信号传导上调 TGF-β1。随后,CRC 细胞将 TGF-β1 释放到肿瘤微环境中,激活记忆 CD8 T 细胞中的 SMAD3 通路,最终抑制其抗肿瘤活性。此外,我们发现临床上使用的抗丙型肝炎病毒(HCV)药物达卡他韦作为ATP6V0A1抑制剂,可以有效增强记忆CD8 T细胞活性并抑制CRC肿瘤生长。这些发现揭示了 CRC 中 ATP6V0A1 靶向免疫疗法的潜力。© 2024。作者。
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Cellular & Molecular Immunology
2024 Jul 06

BalazsHarangi,GergoB...
Pixel-wise segmentation of cells in digitized Pap smear images.
Cellular & Molecular Immunology
识别宫颈癌的一种简单而廉价的方法是使用巴氏涂片图像的光学显微镜分析。在这个领域训练基于人工智能的系统成为可能,例如,遵循欧洲的建议来筛查阴性涂片以减少假阴性病例。这一过程的第一步是对细胞进行分割。此任务需要大型且手动分段的数据集,可用于训练基于深度学习的解决方案。我们描述了一个相应的数据集,其中包含对所包含的单元格进行准确的手动分割。总之,APACS23(Annotated PAp smear images for Cell Segmentation 2023)数据集包含约 37,000 个手动分割的细胞,并分为专用训练和测试部分,可用于科学研究或重大挑战的官方基准。© 2024 . 作者。
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Cellular & Molecular Immunology
2024 Jul 06

RamMohanRamKumar
Exosomal microRNAs: impact on cancer detection, treatment, and monitoring.
Cellular & Molecular Immunology
外泌体的直径在 30 至 150 nm 之间,是由脂质双层膜包围的小囊泡。它们由体内的各种细胞释放,并携带多种分子有效负载,包括蛋白质、脂质、mRNA 和不同的 RNA 种类,例如长非编码 RNA、环状 RNA 和 microRNA (miRNA)。 miRNA 的长度约为 19-22 个核苷酸,构成外泌体中的主要货物,并作为蛋白质生物合成的关键调节因子。在癌症检测中,外泌体 miRNA 由于其稳定性和存在于各种体液中而有望成为非侵入性生物标志物,有助于利用与不同癌症类型相关的特定 miRNA 特征进行早期检测和精确诊断。此外,外泌体 miRNA 通过影响细胞生长、细胞死亡和耐药性等细胞过程来影响治疗结果,从而影响对治疗的反应。此外,它们还可以作为疾病进展和治疗反应的指标,提供可以指导治疗决策和改善患者护理的见解。通过纵向研究,观察到外泌体 miRNA 谱的变化与疾病进展、转移和治疗反应相关,突出了它们实时监测肿瘤动态和治疗效果的潜力。了解外泌体 miRNA 在癌症生物学中的复杂作用,为开发针对个体患者的创新诊断工具和治疗策略提供了机会,最终推进精准医疗方法并改善癌症患者的治疗结果。本综述旨在了解外泌体 miRNA 在癌症检测、治疗和监测中的作用,揭示其彻底改变肿瘤学实践和患者护理的潜力。© 2024。作者获得 Federación de 独家许可西班牙肿瘤学会 (FESEO)。
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