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BIOLOGICAL PROCEDURES ONLINE
2024 Jul 05

TianyuCao,QianSun,Xi...
EAF2 Downregulation Recruits Tumor-associated Macrophages in Prostate Cancer through Upregulation of MIF.
BIOLOGICAL PROCEDURES ONLINE
肿瘤炎症微环境在癌症(特别是前列腺癌)进展中的作用已得到广泛认可。 ELL 相关因子 2 (EAF2) 是一种在前列腺中发现的肿瘤抑制因子,在前列腺癌中经常下调。早期的研究表明,EAF2基因敲除的小鼠表现出大量炎症细胞浸润到前列腺基质中。选择了由38名被诊断患有前列腺癌并随后接受根治性前列腺切除术(RP)的患者组成的队列。根据格里森评分系统对这些患者进行病理分级并分为两组。此选择的目的是使用免疫组织化学 (IHC) 染色研究 EAF2 和 CD163 之间的潜在相关性。此外,我们还进行了体外实验来验证EAF2表达与巨噬细胞迁移和极化之间的关系。我们的研究表明,在人类前列腺癌标本中,EAF2的表达显着下调,并且这种下调与CD163的数量呈负相关。 - 浸润癌组织的阳性巨噬细胞。细胞共培养实验表明,当EAF2被敲除时,肿瘤细胞对巨噬细胞的趋化作用增强,并且巨噬细胞分化为肿瘤相关巨噬细胞(TAM)。此外,细胞因子蛋白微阵列的应用显示,EAF2敲除后趋化因子巨噬细胞迁移抑制因子(MIF)的表达增加。我们的研究结果表明,EAF2通过MIF参与前列腺癌中CD163阳性巨噬细胞的浸润。© 2024。作者。
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COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
2024 Jul 04

IshaniPaul,AlankarRo...
Mutations in LIFR rewire the JAK/STAT signaling pathway: A study unveiling mechanistic details of Stüve-Wiedemann syndrome.
COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
Stüve-Wiedemann 综合征 (SWS) 是一种罕见的常染色体隐性遗传疾病,其特征是体型矮小、细长的骨骼弯曲、手指弯曲、体温升高、呼吸困难或屏气期以及进食困难,尤其是原因婴儿死亡。 SWS 是白血病抑制因子受体基因中潜在错义突变的结果,反映为蛋白质水平上的大量氨基酸突变。采用计算机工具和技术,例如使用 Pred_MutHTP、I-Mutant2.0、PANTHER.db、PolyPhen 进行突变筛选,将突变分类为有害/破坏稳定,并结合实验数据分析,P136A 和 S279P 成为导致“效应”的突变。现有知识表明,SWS 进展是由构象改变和功能失调的 LIFR 实现的,无法与 LIF 结合并进一步形成 LIF/LIFR/gp130 信号复合物。为了深入了解所述突变对野生型蛋白质的影响,按照对接方法进行了全原子、显式、溶剂分子动力学模拟。因此,参考 RMSD、RMSF、蛋白质动态网络分析、能量景观图和结构域运动分析,发现未结合的 LIFR_WT 更容易像往常一样发生 LIF 结合,而突变体表现出相当大的结构域闭合以抑制 LIF 结合。我们通过 MM/GBSA 进行结合亲和力分析,并在 LIFR-LIF 对接后进行解离常数估计,发现与 SWS 相关的柔性突变体复合物相比,WT_complex 整体上更加稳定和紧凑。我们的研究提供了一种了解 LIFR 突变的分子水平影响的途径,这为治疗干预开辟了途径。版权所有 © 2024 Elsevier Ltd。保留所有权利。
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Comput Meth Prog Bio
2024 Jun 28

CamilloMariaCaruso,V...
A deep learning approach for overall survival prediction in lung cancer with missing values.
Comput Meth Prog Bio
在肺癌研究领域,特别是在总生存期(OS)分析中,人工智能(AI)在特定目标中发挥着至关重要的作用。鉴于医疗领域普遍存在数据缺失的问题,我们的主要目标是开发一种能够动态处理这些缺失数据的人工智能模型。此外,我们的目标是利用所有可访问的数据,通过在我们的人工智能模型中嵌入一种在其他人工智能任务中不常用的专门技术,有效地分析经历过感兴趣事件的未经审查的患者和未经历过感兴趣事件的审查患者。通过实现这些目标,我们的模型旨在为非小细胞肺癌 (NSCLC) 患者提供精确的 OS 预测,从而克服这些重大挑战。我们提出了一种在 NSCLC 背景下进行缺失值生存分析的新方法,它利用变压器架构的优势来仅考虑可用特征,而不需要任何插补策略。更具体地说,该模型通过调整其特征嵌入和屏蔽自注意力来掩盖缺失数据并充分利用可用数据,从而将转换器架构定制为表格数据。通过利用专门设计的 OS 损失,它能够解释审查和未经审查的患者,以及风险随时间的变化。我们将我们的方法与最先进的生存分析模型进行了比较采用不同的插补策略。我们使用不同的时间粒度评估了 6 年期间获得的结果,获得了 Ct 指数(C 指数的时间依赖性变体),对于 1 个月、1 年和 2 年的时间单位,分别为 71.97、77.58 和 80.72 ,分别优于所有最先进的方法,无论使用何种插补方法。结果表明,我们的模型不仅优于最先进的性能,而且还简化了存在缺失数据的情况下的分析,通过有效消除确定预测 NSCLC 患者 OS 的最合适插补策略的需要。版权所有 © 2024 作者。由 Elsevier B.V. 出版。保留所有权利。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2024 Jul 05

YanXu,LiDing,ChaoLi,...
Molecular alterations and prognosis of breast cancer with cutaneous metastasis.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
皮肤转移(CM)占乳腺癌(BC)患者的5-30%,治疗反应不佳且预后不良。更好地了解转移中涉及的分子改变至关重要,这将有助于确定 CM 的诊断和疗效生物标志物。我们回顾性审查了总共 13 名组织学或细胞学诊断为乳腺癌和 CM 的患者。从医疗记录中提取临床信息。使用 425 个癌症相关基因的下一代测序 (NGS) 分析匹配的原发肿瘤及其淋巴结或 CM 组织的突变情况。所有组织也通过免疫组织化学(IHC)进行分析。还评估了预后与各种临床和分子因素的关联。超过一半的患者Ki67低(< 50%,53.7%)。大多数患者(12 例,92.3%)有皮肤以外的其他转移部位。从诊断到出现 CM (T1) 的中位时间为 15 个月(范围:0-94 个月),从 CM 到死亡 (T2) 的中位时间为 13 个月(范围 1-78)。三种组织中最常改变的基因是 TP53 (69.6%, 16/23)、PIK3CA (34.8%, 8/23) 和 MYC (26.1%)。 CM 中的改变数量往往高于原发肿瘤(中位数 8 比 6,P = 0.077)。 STK11 中的拷贝数丢失、FGFR4、TERT、AR、FLT4 和 VEGFA 中的拷贝数增加以及 ATRX、SRC、AMER1 和 RAD51C 中的突变在 CM 中显着富集(所有 P<0.05)。 Ki67 高组(> 50%)的 T1 显着短于 Ki67 低组(≤ 50%)(中位 12.5 个月与 50.0 个月,P = 0.036)。 TP53、PIK3CA 突变和 TERT 扩增组与 T2 较差相关(中位时间分别为 11 个月与 36 个月,P = 0.065;8 个月与 36 个月,P = 0.013;中位 7 个月与 36 个月,P = 0.003)。所有p值均未调整。我们比较了原发性乳腺癌组织与其相应CM组织的基因组特征,并讨论了可能导致晚期乳腺癌患者皮肤转移的潜在基因和途径。 TP53、PIK3CA 突变体和 TERT 扩增可作为 CM 患者预后不良的生物标志物。© 2024。作者。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2024 Jul 05

FengLong,XueLi,Jingy...
The role of lncRNA NEAT1 in human cancer chemoresistance.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
化疗是目前临床癌症治疗最有效的方法之一。然而化疗耐药是导致化疗疗效和预后不良的重要原因,已成为肿瘤化疗领域亟待解决的问题。因此,深入研究分析癌症化疗耐药的机制及其调控因素非常重要。长非编码 RNA 核副斑组装转录本 1 (LncRNA NEAT1) 已被证明与癌症的化疗耐药性密切相关。 NEAT1通过调节细胞凋亡、细胞周期、药物转运和代谢、DNA损伤修复、EMT、自噬、癌症干细胞特征和代谢重编程来诱导癌细胞对化疗药物的耐药性。这表明NEAT1可能是克服化疗耐药的重要靶点,并有望成为预测化疗效果的潜在生物标志物。本文总结了NEAT1在不同癌症中的表达特点及临床特点,深入探讨了NEAT1在癌症化疗耐药中的调控作用及相关分子机制,旨在阐明NEAT1作为克服癌症化疗耐药的新靶点及化疗的可行性敏化剂,以期为未来克服癌症耐药困境提供潜在的治疗方向。© 2024。作者。
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Journal for ImmunoTherapy of Cancer
2024 Jul 05

EliasBurri,JoannaMan...
Infliximab in steroid-refractory immune-related hepatitis does not demonstrate hepatotoxicity and may shorten time on steroids.
Journal for ImmunoTherapy of Cancer
免疫相关性肝炎(irHepatitis)是检查点抑制剂相对常见的免疫相关不良事件(irAE)。通常,它对类固醇反应良好。然而,在难治性病例中,需要进一步治疗。抗肿瘤坏死因子 (TNF) 抗体可用于治疗多种 irAE,但有关 irHepatitis 的数据很少。在这里,我们报告了英夫利昔单抗治疗 10 例类固醇难治性肝炎的安全性和有效性。我们回顾性审查了苏黎世大学医院皮肤科接受英夫利昔单抗治疗的类固醇难治性 ≥3 级肝炎的患者。对英夫利昔单抗的阳性反应定义为丙氨酸氨基转移酶 (ALT)/天冬氨酸氨基转移酶 (AST) 比首次输注英夫利昔单抗时没有进一步增加 50% 以上,并且在没有类固醇和英夫利昔单抗以外的治疗的情况下控制了肝炎。 10 例使用类固醇的患者使用英夫利昔单抗 5mg/kg 治疗≥3 级的耐药性肝炎,其中 7 例(70%)出现阳性反应。在两个病例中,在肝炎得到控制之前,肝脏值增加了 50% 以上。在另一个病例中,给予了英夫利昔单抗和类固醇以外的治疗。中位随访时间为 487 天,90% 的患者在注射英夫利昔单抗后表现出 ir 肝炎得到缓解,且没有 AST/ALT 升高。用英夫利昔单抗治疗 ir 肝炎不会导致肝毒性,并且 10 例患者中有 9 例出现长期阳性反应。案件。需要进一步研究来评估抗 TNF 抗体在治疗肝炎中的作用。© 作者(或其雇主)2024。根据 CC BY-NC 允许重复使用。禁止商业再利用。请参阅权利和权限。由英国医学杂志出版。
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Journal for ImmunoTherapy of Cancer
2024 Jul 05

SaraíGDeLeón-Rodrígu...
TCF1-positive and TCF1-negative TRM CD8 T cell subsets and cDC1s orchestrate melanoma protection and immunotherapy response.
Journal for ImmunoTherapy of Cancer
黑色素瘤是最致命的皮肤癌,随着检查点阻断免疫疗法 (CBI) 的出现,治疗方法发生了变革。了解浸润肿瘤的免疫细胞的复杂网络、协调黑色素瘤细胞的控制以及对 CBI 的反应目前至关重要。有证据强调组织驻留记忆 (TRM) CD8 T 细胞和经典树突状细胞 1 型 (cDC1) 在癌症保护中的重要性。转录组学研究也支持 TCF7(编码 TCF1)T 细胞的存在对于免疫治疗反应最重要,尽管由于有证据表明 TCF1 下调导致组织驻留激活,因此是否存在 TCF1 TRM T 细胞存在不确定性。我们使用了多重免疫荧光和光谱流式细胞术评估两个黑色素瘤患者队列中的 TRM CD8 T 细胞和 cDC1:一组未接受免疫治疗,另一组接受免疫治疗。第一个队列被分为无疾病或诊断后 2 年有转移的患者,第二个队列被分为 CBI 应答者和无应答者。我们的研究确定了两个 CD8 TRM 子集:TCF1 和 TCF1-,与黑色素瘤保护相关。 TCF1 TRM 细胞显示出 IFN-γ 和 Ki67 表达增加,而 TCF1-TRM 细胞显示出细胞毒性分子表达增加。在转移性患者中,TRM 子集的标记物表达发生变化,TCF1 子集显示耗竭标记物的表达增加。我们观察到cDC1和TRM之间存在密切的空间相关性,TCF1 TRM/cDC1对在基质中富集,而TCF1-TRM/cDC1对在肿瘤区域中富集。值得注意的是,这些 TCF1-TRM 表达细胞毒性分子并与凋亡的黑色素瘤细胞相关。 TCF1 和 TCF1-TRM 子集以及 cDC1 都被证明与 CBI 反应相关。我们的研究支持 TRM CD8 T 细胞和 cDC1 在黑色素瘤保护中的重要性,同时也强调了功能独特的 TCF1 和 TCF1-TRM 子集的存在,这两者对于黑色素瘤保护至关重要。黑色素瘤控制和 CBI 响应。© 作者(或其雇主)2024。根据 CC BY-NC 允许重复使用。禁止商业再利用。请参阅权利和权限。由英国医学杂志出版。
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Epigenetics & Chromatin
2024 Jul 03

LudiYang,GaomingWang...
RBMS1 reflects a distinct microenvironment and promotes tumor progression in ocular melanoma.
Epigenetics & Chromatin
眼部黑色素瘤,包括葡萄膜黑色素瘤(UM)和结膜黑色素瘤(CM),是成人中最常见的眼部癌症,复发率高,预后差。表观遗传稳态的丧失会扰乱基因表达模式,导致肿瘤发生。在此,我们通过多种机器学习算法综合分析了 UM 患者的 DNA 甲基化、转录组谱和相应的临床信息,发现甲基化驱动的基因 RBMS1 与 UM 患者不良的临床结果相关。 RNA-seq 和单细胞 RNA-seq 分析表明,RBMS1 反映了不同的肿瘤微环境,其中高 RBMS1 表达标志着免疫活性 TME。此外,我们发现肿瘤细胞在 RBMS1 状态下具有更高的通讯概率。功能富集分析显示RBMS1与色素颗粒和黑素体相关,参与细胞增殖以及凋亡信号通路。生物学实验表明,RBMS1的沉默可抑制眼部黑色素瘤的增殖并促进细胞凋亡。我们的研究强调,RBMS1 反映了独特的微环境并促进眼部黑色素瘤的肿瘤进展,有助于治疗定制和临床决策。版权所有 © 2024。由 Elsevier Ltd 出版。
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Epigenetics & Chromatin
2024 Jul 03

RanjiniBhattacharya,...
A gene for all seasons: The evolutionary consequences of HIF-1 in carcinogenesis, tumor growth and metastasis.
Epigenetics & Chromatin
氧气在寒武纪大爆发期间多细胞生物的进化中发挥了关键作用。毫不奇怪,对氧气浓度波动的反应是癌症进化不可或缺的一部分,癌症是一种以多细胞破坏为特征的疾病。组织不良的肿瘤脉管系统会导致血流的混乱模式,其特征是肿瘤内氧浓度的巨大空间和时间变化。缺氧诱导生长因子 (HIF-1) 在使细胞适应低氧条件、代谢和增殖方面发挥着关键作用。 HIF-1 在癌症中通常被组成性激活,这强调了它在癌症进展中的重要性。在这里,我们认为 HIF-1 介导的表型变化除了使癌细胞适应其局部环境外,还“预适应”它们在远处转移部位的增殖。 HIF-1 介导的适应包括向无氧呼吸或糖酵解的代谢转变、表型可塑性和表观遗传重编程等细胞生存机制的激活以及通过血管生成形成肿瘤脉管系统。缺氧诱导的表观遗传重编程可以触发癌细胞的上皮细胞向间质细胞的转变——这是转移级联反应的第一步。高度糖酵解细胞通过酸化肿瘤微环境来促进局部侵袭。由于血管生成而形成的新血管为癌细胞提供了通往循环系统的管道。此外,癌细胞在原发部位获得的生存机制使它们能够重塑转移部位的组织,产生促进肿瘤的微环境。因此,原发肿瘤中的缺氧促进了有利于转移级联的所有阶段的适应,从最初逃逸进入血管、血管内存活、外渗到远处组织以及继发性肿瘤的建立。版权所有©2024。由Elsevier Ltd.出版。
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Epigenetics & Chromatin
2024 Jul 06

PouryaArbabJafari,Ra...
DNMT3A-R882: a mutation with many paradoxes.
Epigenetics & Chromatin
了解急性髓系白血病 (AML) 的潜在机制有助于发现新的生物标志物,以帮助预测、治疗和监测白血病。 DNA (胞嘧啶-5)-甲基转移酶 3 A (DNMT3A) 被认为是具有 R882 热点突变的 AML 患者的预后和治疗表观遗传靶点。 R882 突变与骨髓中造血干细胞分化受损和疾病进展相关。 R882 突变的患病率在不同种族和国家中存在差异,同样,其对预后的影响在众多研究中也存在差异。然而,R882 突变与 NPM1 和 FLT3 共现的报道更为频繁,并且与较差的预后相关。这些研究还表明,骨髓移植反应作为一种治疗方法有不同的结果,而化疗耐药则是最终的结果。这些研究结果凸显了深入讨论 R882 突变在 AML 患者中的重要性的迫切需要。了解其对白血病转化、预后和治疗的影响对于推进临床意义至关重要。© 2024。作者获得 Springer-Verlag GmbH 德国(Springer Nature 旗下公司)的独家许可。
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