我们引入量子电路，使用矩阵乘积状态表示在 3D 电路量子电动力学 (cQED) 处理器上模拟多模状态向量。该电路被证明适用于基于全息高斯玻色子采样（GBS）的分子对接模拟，如含硫醇的芳基磺酰胺配体与肿瘤坏死因子-α转换酶受体的结合所示。我们表明，通过测量和重新初始化重新调整工作模式，可以使用具有适当数量模式的 cQED 器件来模拟多模系统。我们预计可以使用全息方法在紧凑型 3D cQED 处理器上实现广泛的 GBS 应用。基于量子位的量子计算机的模拟可以使用代表福克状态截断展开式的连续变量的电路来类似地实现。

赖氨酸甲基转移酶 2D (KMT2D) 介导哺乳动物中组蛋白 H3 赖氨酸 4 (H3K4me1) 的单甲基化。 H3K4me1 标记参与建立活性染色质结构以促进基因转录。然而，KMT2D介导的H3K4me1标记调节三阴性乳腺癌（TNBC）进展中基因表达的精确分子机制尚未解决。我们认为Y盒结合蛋白1（YBX1）是H3K4me1标记的“阅读器” ，而 YBX1 (E121A) 的点突变破坏了这种相互作用。我们发现KMT2D和YBX1在体外和体内协同促进TNBC细胞的生长和转移。 KMT2D和YBX1在肿瘤组织中的表达水平均上调，且与乳腺癌患者的不良预后相关。 ChIP-seq 和 RNA-seq 数据的联合分析表明，YBX1 与 KMT2D 介导的 H3K4me1 共定位于 c-Myc 和 SENP1 的启动子区域，从而激活它们在 TNBC 细胞中的表达。此外，我们证明YBX1以KMT2D依赖性方式激活c-Myc和SENP1的表达。我们的结果表明KMT2D介导的H3K4me1招募YBX1通过c-Myc和SENP1的表观遗传激活促进TNBC进展。这些结果共同揭示了 TNBC 进展中组蛋白标记和基因调控之间的关键相互作用，从而为靶向 KMT2D-H3K4me1-YBX1 轴进行 TNBC 治疗提供了新的见解。YBX1 是 KMT2D 介导的 H3K4me1 结合效应蛋白和 YBX1 突变（ E121A) 破坏其与 H3K4me1 的结合。 KMT2D 和 YBX1 通过激活体外和体内 c-Myc 和 SENP1 表达协同促进 TNBC 增殖和转移。在 TNBC 细胞中，YBX1 与 H3K4me1 共定位于 c-Myc 和 SENP1 启动子区域，YBX1 表达增加预示乳腺癌患者预后不良。© 2024 作者。约翰·威利出版的《临床与转化医学》

Infinium 甲基化 BeadChip 阵列仍然是表观基因组范围关联研究最受欢迎的平台之一，但下游通路分析工具有其局限性。功能类别评分 (FCS) 是一组通路富集技术，涉及基因排序和评估其在生物系统中的集体调控，但 Infinium 甲基化阵列数据描述的实现不保留方向信息，这对于机制理解很重要的基因组调控。在这里，我们评估了几种保留方向信息的候选 FCS 方法。根据模拟结果，性能最佳的方法涉及按基因对探针 limma t 统计量进行平均聚合，然后使用 mitch 包进行排名方差分析富集测试。这种方法，我们称之为“LAM”，在模拟中优于现有的过度表征分析方法，并且在真实肺肿瘤-正常配对数据集的分析中表现出更高的灵敏度和鲁棒性。使用匹配的 RNA-seq 数据，我们检查了启动子和基因体的甲基化差异与肺癌通路水平的 RNA 表达的关系。为了证明我们的方法的实用性，我们将其应用于可获得公共数据的其他三个环境。首先，我们检查与实际年龄相关的差异途径甲基化。其次，我们研究了体外受精婴儿的通路甲基化差异。最后，我们分析了 19 种疾病状态下的差异通路甲基化，确定了数百种新的关联。这些结果表明 LAM 是一种检测差异途径甲基化的强大方法，是对现有方法的补充。提供了可重现的小插图来说明如何实现此方法。

眼黑色素瘤是成人常见的原发性恶性眼肿瘤，有效的治疗方法有限。表观遗传调控在肿瘤发生发展中发挥着重要作用。转换/蔗糖非发酵 (SWI/SNF) 染色质重塑复合物以及溴结构域和末端外结构域家族蛋白是多种癌症中涉及的表观遗传调节因子。我们的目的是筛选针对这些调节因子的候选小分子抑制剂，并研究其在眼部黑色素瘤中的作用和机制。我们观察了相应基因敲低引起的表型以及与 BRD 抑制剂治疗和 SWI/SNF 复合物敲低的协同效应。采用流式细胞术分析JQ-1对眼部黑色素瘤细胞周期和凋亡的影响。通过RNA测序，我们还探讨了BRD4的机制。虽然shBRD4和shBRD9组没有统计学上明显的变化，但BRD4抑制剂（JQ-1）的肿瘤抑制效果最好。有趣的是，shBRD4组中JQ-1的抑制作用降低。 JQ-1 抑制多种细胞系和荷瘤小鼠中黑色素瘤的生长。我们发现这 28 个常见差异表达基因中有 17 个在用 JQ-1 处理 MEL270 和 MEL290 细胞后下调。这 17 个基因中的 4 个：TP53I11、SH2D5、SEMA5A 和 MDGA1，与 BRD4 呈正相关。在TCGA数据库中，TP53I11、SH2D5、SEMA5A和MDGA1的低表达提高了患者的总体生存率。此外，TP53I11、SH2D5 和 SEMA5A 低表达组的无病生存率增加。JQ-1 可能作用于 BRD4 下游，通过诱导 G1 细胞周期停滞来抑制眼部黑色素瘤生长。

将肿瘤相关巨噬细胞 (TAM) 复极化为肿瘤抑制性 M1 巨噬细胞被认为是增强癌症免疫治疗的一种有前景的策略。然而，一些免疫抑制配体（例如 LSECtin）仍然可以在 M1 巨噬细胞上高表达，导致治疗结果不令人满意。我们在此开发了一种抗体修饰的纳米平台，由聚乙二醇化氧化铁纳米颗粒（IONP）和通过腙键缀合到 IONP 表面的 LSECtin 抗体组成，用于增强癌症免疫治疗。静脉注射后，肿瘤微环境（TME）pH值可以触发腙键断裂并诱导纳米平台解离成游离的LSECtin抗体和IONP。因此，IONP 可以将 TAM 重新极化为 M1 巨噬细胞，从而重塑免疫抑制性 TME，并通过分泌肿瘤因子（例如白细胞介素 12）提供额外的抗癌作用。同时，LSECtin抗体可以进一步阻断M1巨噬细胞表达的LSECtin活性，解除其对CD8 T细胞的免疫抑制作用，最终显着抑制肿瘤生长。

据报道，在全球所有类型的头颈癌中，喉癌（LC）的发病率较高。由于涉及侵袭和转移，LC的发病机制非常复杂，需要了解这个复杂的多步骤过程。包括基质金属蛋白酶 (MMP) 在内的许多分子都参与调节转移机制。此外，在炎症、侵袭和转移等多种病理和生理事件中观察到不同类别的 MMP 的激活和表达。在 MMP 的所有成员中，基质金属蛋白酶 2 (MMP-2) 和基质金属蛋白酶 9 (MMP-9) 经常被报道与肿瘤发病机制相关。本研究旨在检查 MMP-2 和 MMP-9 在 LC 发病机制中的参与情况。收集184个喉肿瘤样本以及邻近的未受累健康切片，使用实时PCR和免疫组织化学（IHC）检查LC中上述基因的表达失调。实时 PCR 和 IHC 分析显示，与对照相比，喉肿瘤中 MMP-2 (P < .0001) 和 MMP-9 (P < .0001) 基因显着上调。 Spearman 相关性显示所选 MMP 的表达失调与晚期 TNM 分期呈正相关 [MMP-2，(P < .0001)； MMP-9，P < .0001] 和吸烟状况 [MMP-2 (P < .0001)； MMP-9 P < .0001]在喉部发病机制中的作用。受试者工作曲线（ROC）分析显示所述标志物对喉癌患者具有良好的诊断/预后价值。本研究表明，选定的 MMP 的显着上调与喉癌风险增加相关，并且可以作为检测所述疾病的良好诊断标记。版权所有 © 2024 作者。由 Wolters Kluwer Health, Inc. 出版

放射治疗（RT）是一种广泛使用的肿瘤治疗方法，而这种治疗方式的一个重大障碍是肿瘤细胞表现出的放射抗性。为了提高放疗的有效性，科学家们探索了放射增敏方法，包括使用放射增敏剂和物理刺激。然而，一些方法表现出令人失望的结果，包括副作用和有限的功效。低强度超声(LIUS)是一种更安全、更有效的放射增敏方法，它选择性地靶向肿瘤组织，提高放射治疗的疗效。本文综述了肿瘤放射抵抗的原因，并探讨了LIUS潜在的放射增敏机制。此外，它还涵盖了放射增敏中的多种 LIUS 应用策略，包括单独使用 LIUS、超声靶向血管内微泡破坏、超声介导的靶向放射增敏剂递送和声动力治疗。最后，该综述介绍了在临床环境中采用 LIUS-RT 联合治疗的局限性和前景，强调将研究结果与实际应用相结合的必要性。 LIUS 采用具有成本效益的设备来促进肿瘤放射增敏、减少辐射暴露并提高质量患者的生命。这种功效归因于 LIUS 能够利用热、空化和机械效应来克服肿瘤细胞对 RT 的抵抗。多项实验分析强调了 LIUS 使用不同策略诱导肿瘤放射增敏的有效性。虽然初步研究显示出有希望的结果，但进行更全面的临床试验对于确认其在现实情况下的安全性和有效性至关重要。© 2024 作者。约翰·威利出版的癌症医学

非小细胞肺癌 (NSCLC) 患者容易感染 2019 年冠状病毒病 (COVID-19)，但目前的治疗方法有限。 Icariside II (IS) 是一种从植物淫羊藿中提取的黄酮类化合物，具有抗癌、抗炎和免疫调节作用。本研究旨在评估IS对患有COVID-19的NSCLC患者（NSCLC/COVID-19）的可能作用和潜在机制。NSCLC/COVID-19靶点被​​定义为NSCLC的共同靶点（收集自癌症基因组图谱）数据库）和 COVID-19 目标（从 Genecards、OMIM 和 NCBI 疾病数据库收集）。使用survival R包分析NSCLC/COVID-19目标与NSCLC患者生存率的相关性。使用单变量和多变量 Cox 比例风险回归模型进行预后分析。此外，NSCLC/COVID-19的IS治疗靶点被定义为IS的重叠靶点（根据TMSCP、HERBs、SwissTarget Prediction的药物数据库预测）和NSCLC/COVID-19靶点。对这些治疗靶标进行基因本体论和京都基因和基因组百科全书富集分析，旨在了解生物过程、细胞成分、分子功能和信号通路。通过蛋白质-蛋白质相互作用网络分析枢纽靶点，并通过分子对接表征与IS的结合能力。IS治疗NSCLC/COVID-19的枢纽靶点包括F2、SELE、MMP1、MMP2、AGTR1和AGTR2 ，分子对接结果表明上述目标蛋白与IS具有良好的结合程度。网络药理学表明，IS可能影响NSCLC/COVID-19中的白细胞迁移、炎症反应和活性氧代谢过程，并调节白细胞介素17、肿瘤坏死因子和缺氧诱导因子1信号通路。IS可能增强当前临床抗炎抗癌治疗的疗效，使 NSCLC 合并 COVID-19 患者受益。© 2024 John Wiley

肝细胞癌（HCC）是一种在世界范围内发生的恶性肿瘤，通常与不良预后相关。对索拉非尼等靶向治疗产生耐药性是临床癌症治疗的主要挑战。本研究发现10-11易位蛋白1（TET1）在索拉非尼耐药的HCC细胞中高表达，敲低TET1可以显着提高索拉非尼对HCC的治疗效果，表明TET1在索拉非尼中潜在的重要作用HCC 中的耐药性。机制研究确定，TET1 和 Yes 相关蛋白 1 (YAP1) 协同调节索拉非尼耐药 HCC 细胞中 DNA 修复相关基因的启动子甲基化和基因表达。 RNA 测序表明 DNA 损伤修复信号的激活被 TET1 抑制剂 Bobcat339 广泛抑制。我们还通过索拉非尼耐药 HCC 细胞中的启动子分析和染色质免疫沉淀测定，确定 TET1 是 YAP1 的直接转录靶标。此外，我们还表明，Bobcat339 可以克服索拉非尼耐药性，并与索拉非尼协同诱导 HCC 细胞和小鼠模型中的肿瘤根除。最后，免疫染色显示临床样本中TET1和YAP1呈正相关。我们的研究结果发现了一种以前未被认识的 HCC 索拉非尼耐药性分子途径，从而揭示了一种有前景的癌症治疗策略。© 2024。作者。

使用放射性配体和抗体疗法靶向细胞表面分子在癌症治疗中取得了相当大的成功。然而，目前尚不清楚假定的谱系标记物，特别是细胞表面分子的表达在谱系可塑性过程中如何变化，其中肿瘤细胞改变其身份并获得新的致癌特性。谱系可塑性的一个显着例子是前列腺腺癌（PRAD）向神经内分泌前列腺癌（NEPC）的转变，这是一种不断增长的耐药机制，导致对雄激素阻断的反应性丧失，并预示着患者生存的惨淡。为了了解谱系标记在前列腺癌谱系可塑性进化过程中的变化，我们对 21 个人类前列腺肿瘤活检组织和两个基因工程小鼠模型进行了单细胞分析，并对 131 个肿瘤样本进行了组织微阵列分析。我们不仅观察到去势抵抗性 PRAD 和 NEPC 的表型异质性程度高于之前的预期，而且还发现治疗靶向分子（即 PSMA、STEAP1、STEAP2、TROP2、CEACAM5 和 DLL3）的表达在一个子集中存在差异。基因调控网络（GRN）。我们还注意到，NEPC 和小细胞肺癌亚型共享一组 GRN，这表明可以在跨肿瘤类型的治疗中利用保守的生物学途径。虽然这种极端水平的转录异质性，特别是在细胞表面标志物表达方面，可能会降低对当前和未来抗原导向疗法的临床反应的持久性，但其描述可能会为临床试验中的患者选择产生特征，可能跨越不同的癌症类型。