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Genes & Diseases
2024 Oct 21
WenGao,HuiYuan,Sheng...
Identification of three subtypes of ovarian cancer and construction of prognostic models based on immune-related genes.
Genes & Diseases
免疫疗法彻底改变了卵巢癌(OC)的治疗,但不同的免疫微环境往往限制免疫治疗干预的疗效。因此,有必要描述新的免疫亚型以开发有效的免疫治疗策略。通过共识聚类分析鉴定了OC的免疫亚型。分析亚型之间临床特征、基因突变、mRNA 干性(mRNAsi)和免疫微环境的差异。随后,利用加权相关网络分析,基于免疫亚型的差异表达基因(DEG)构建预后风险模型。将OC患者分为三种具有不同生存率和临床特征的免疫亚型。不同的亚型表现出不同的肿瘤突变负荷、同源重组缺陷和 mRNAsi 水平。在免疫检查点表达和免疫原性细胞死亡方面观察到免疫亚型之间存在显着差异。预后风险模型经过验证,因为独立的预后因素对 OC 患者的生存表现出良好的预测性能。在这项研究中,根据与疫苗反应相关的基因集确定了三种不同的免疫亚型,其中 C2 亚型的预后明显较差。虽然三种亚型的肿瘤突变负荷 (TMB) 没有观察到统计学上的显着差异,但与其他亚型相比,C2 组的同源重组缺陷 (HRD) 评分和 mRNA 干性指数 (mRNAsi) 显着升高。免疫浸润分析表明,C2 亚型可能存在更多的调节性 T (Treg) 细胞,可能有助于对涉及 PARP 抑制剂和免疫疗法的联合疗法产生更有利的反应。这些发现为卵巢癌患者定制免疫治疗提供了一种精准医学方法。此外,C3 亚型的免疫检查点基因表达水平显着降低,这种模式经过独立数据集验证,并且与更好的预后相关。进一步研究发现,免疫相关基因FCRL5与卵巢癌预后相关,体外实验显示其影响卵巢癌细胞系SKOV3的增殖和迁移。© 2024。作者。
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Genes & Diseases
2024 Oct 21
WenjiaZhang,LeiZhao,...
Comprehensive multi-omics integration uncovers mitochondrial gene signatures for prognosis and personalized therapy in lung adenocarcinoma.
Genes & Diseases
肺腺癌(LUAD)是原发性肺癌最常见的组织学亚型,其治疗效果仍然不足,准确的预后评估构成了重大挑战。本研究试图通过综合多组学方法阐明 LUAD 中线粒体相关基因的预后意义,旨在制定个性化治疗策略。利用转录组和单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 数据以及来自公开数据库的临床信息,我们首先将降维和聚类技术应用于 LUAD 单细胞数据集,重点关注成纤维细胞、上皮细胞和T细胞。随后使用 TCGA-LUAD 数据识别线粒体相关的预后基因,并通过共识聚类将 LUAD 病例分层为不同的分子亚型,从而可以探索不同亚型的基因表达谱和临床特征分布。通过利用机器学习算法的集合,我们开发了基于线粒体相关基因的人工智能衍生的预后特征(AIDPS)模型,并在多个独立数据集中验证了其预后准确性。 AIDPS 模型对 LUAD 患者的结局表现出强大的预测能力,揭示了免疫疗法和化疗反应的显着差异,以及风险组之间生存结局的显着差异。此外,我们对肿瘤突变负荷(TMB)、免疫微环境特征和全基因组关联研究(GWAS)数据进行了全面分析,为线粒体相关基因在 LUAD 发病机制中的机制作用提供了更多见解。这项研究不仅提供了一种改善 LUAD 预后评估的新方法,而且还为个性化治疗干预措施的发展奠定了坚实的基础。© 2024。作者。
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Genes & Diseases
2024 Oct
MariamAbdulazizAlkha...
Elucidating gastric cancer mechanisms and therapeutic potential of Adociaquinone A targeting EGFR: A genomic analysis and Computer Aided Drug Design (CADD) approach.
Genes & Diseases
胃癌以腺癌为主,占胃癌诊断的85%以上。目前的治疗选择有限,需要发现新的药物靶点和有效的治疗方法。 Affymetrix 基因表达微阵列数据集 (GSE64951) 从 NCBI-GEO 数据标准化中检索,并使用 R-Bioconductor 软件包进行 DEG 识别。使用 DAVID 进行 DEG 的基因本体 (GO) 分析。蛋白质-蛋白质相互作用网络是通过Cytoscape中的STRING数据库插件构建的。使用MCODE提取主网络中重要相互作用基因的子簇/模块。使用 Cytohubba 识别网络中的枢纽基因。 miRNet工具构建了中心基因/mRNA-miRNA网络,Kaplan-Meier-Plotter进行了生存分析。 AutoDock Vina 和 GROMACS MD 模拟用于海洋化合物与 5CNN 蛋白的对接和稳定性分析。总共鉴定出 734 个 DEG(507 个上调和 228 个下调)。差异表达基因 (DEG) 在细胞间粘附和 ATP 结合等过程中富集。选择八个中心基因(EGFR、HSPA90AA1、MAPK1、HSPA4、PPP2CA、CDKN2A、CDC20 和 ATM)进行进一步分析。总共鉴定出 23 个与 hub 基因相关的 miRNA,其中 12 个针对 PPP2CA。 EGFR 在生存分析中表现出最高的表达和危险率。选择 EGFR 的激酶结构域(PDBID:5CNN)作为药物靶点。来自 Petrosia alfiani 的 Adociaquinone A 与 5CNN 对接,在 50 ns MD 模拟中显示出最低的结合能和稳定的相互作用,突显了其作为针对 EGFR 的先导分子的潜力。这项研究确定了胃癌中的关键DEG和枢纽基因,提出了新的治疗靶点。具体而言,Adociaquinone A 作为针对胃癌中 EGFR 的生物活性药物表现出巨大的潜力,值得进一步研究。针对中心基因/蛋白质的预测 miRNA 也可用作潜在的治疗靶点。© 2024 作者。细胞与分子医学基金会和约翰·威利出版的《细胞与分子医学杂志》
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Genes & Diseases
2024 Oct
YongfuZhu,PengchengZ...
Single-cell and spatial transcriptomics reveal apelin/APJ pathway's role in microvessel formation and tumour progression in hepatocellular carcinoma.
Genes & Diseases
apelin 受体 (APJ) 是肿瘤血管生成的关键参与者,但其在肝细胞癌 (HCC) 中的作用仍不清楚。本研究旨在利用多组学方法阐明 Apelin/APJ 通路在 HCC 中的功能,并确定潜在的治疗生物标志物。从大量转录组学中鉴定出与 apelin/APJ 轴相关的差异表达基因,以揭示与 HCC 相关的差异。单细胞和空间转录组学用于定位和分析这些基因的功能。构建机器学习模型以根据 apelin/APJ 表达预测结果,并进行实验验证以探索该途径对 HCC 血管生成的影响。单细胞分析显示内皮细胞中 APJ/Aplin 过度表达。高apelin/APJ的内皮细胞(EC)干性增强,TGFb、氧化应激和PI3K/AKT通路基因的表达也增强。空间转录组学证实,具有高 APJ 评分的 EC 群体在肿瘤内富集。机器学习模型显示出很高的预测准确性。 APJ 高表达与较差的结果相关 (p=0.001),AUC 值较高 (1 年、3 年、5 年) (0.95、0.97、0.98)。在高危人群中也出现了免疫抑制和免疫治疗无反应的情况。实验验证表明,沉默 apelin 会减少血管生成 (p<0.05)、内皮增殖,降低 ANG2、KLF2、VEGFA 的表达并降低 ERK1/2 磷酸化。鉴于 Apelin 在促进肿瘤血管生成和不良患者预后方面的作用,它可能成为 HCC 的潜在治疗靶点。© 2024 作者。细胞与分子医学基金会和约翰·威利出版的《细胞与分子医学杂志》
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Burns & Trauma
2024 Oct 19
YingqiFeng,QiyuJiang...
Photosensitizing metal-organic framework nanoparticles combined with tumor-sensitization strategies can enhance the phototherapeutic effect upon medullary thyroid carcinoma.
Burns & Trauma
利用金属有机框架(MOF)的光动力疗法(PDT)已发展成为一种针对人体表面恶性肿瘤的有效治疗方法。为了达到更有效的PDT治疗效果,传统的方法一直是增加激光照射的强度,但这种方法很容易导致组织烧伤。在这项研究中,我们开发了一种新型纳米颗粒 F68-PKI@PCN224,旨在对甲状腺髓样癌 (MTC) 实现有效的 PDT,MTC 是一种罕见的甲状腺癌,起源于甲状腺滤泡旁细胞,治疗方法MTC 患者的前景仍然不能令人满意。 F68-PKI@PCN224 将 PDT 的抗肿瘤特性与哺乳动物雷帕霉素靶点 (mTOR) 抑制剂 PKI-587 (PKI) 相结合。 F68-PKI@PCN224 的肿瘤致敏、缓慢释放和 pH 响应特性通过一系列体外和体内实验/测定得到证明。 F68-PKI@PCN224实现了MTC肿瘤组织中PKI和TCPP的长期激活和缓慢释放。在产生PDT效应的过程中,F68-PKI@PCN224增强了肿瘤对PDT、直接激光照射MTC细胞或皮下肿瘤组织的敏感性。因此,与 TCPP 相比,低剂量光疗对 F68-PKI@PCN224 具有更高的抗肿瘤效果。这项研究揭示了 mTOR 抑制剂和 PDT 的肿瘤致敏作用之间的协同作用,并初步揭示了这些纳米颗粒的作用机制。版权所有 © 2024。由 Elsevier B.V. 出版。
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Burns & Trauma
2024 Oct 15
BaochenZhu,YangXiao,...
[Emergency management and perioperative strategies for intra-tumoral hemorrhage in neurofibromatosis type 1-related giant plexiform neurofibroma].
Burns & Trauma
综述破裂性神经纤维瘤病1型(NF1)相关巨大丛状神经纤维瘤(PNF)的应急处理和围手术期策略,为改善巨大PNF患者的治疗效果和生活质量提供系统的治疗方案。总结巨大PNF破裂出血的临床经验,总结其诊断、治疗及围手术期处理,实施早期诊断、影像学评估、急诊超选择性动脉栓塞联合手术的一体化诊治策略。手术切除后,可以有效控制急性出血,同时还可以降低术中大出血的风险,最大限度地减少术后并发症。因此,该方法显着提高了治疗成功率和患者生活质量。对于破裂的NF1相关巨大PNF,在多学科团队的协作下,采用紧急超选择性动脉栓塞联合手术切除,可以有效提高治疗成功率率,快速控制出血,缩小肿瘤大小,并降低死亡率。未来的研究应侧重于评估巨大 PNF 破裂出血患者的长期生活质量,并进一步优化治疗方案。
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Microbiome
2024 Oct 21
MerelvanGogh,JonasML...
Next-generation IgA-SEQ allows for high-throughput, anaerobic, and metagenomic assessment of IgA-coated bacteria.
Microbiome
肠道微生物群在维持全身和肠道稳态方面发挥着重要作用,但也会影响炎症性肠病(IBD)和癌症等疾病。肠道内的某些细菌种类可以长期激活免疫系统,导致低度肠道炎症。结果,浆细胞产生高水平的分泌性抗原特异性免疫球蛋白 A (IgA),其包裹着免疫刺激细菌。这种针对肠道细菌的 IgA 免疫反应可能与维持体内平衡和健康以及疾病有关。解开这种二分法并识别免疫刺激细菌对于了解肠道微生物群与免疫系统之间的关系及其在健康和疾病中的作用至关重要。 IgA-SEQ 技术已成功从粪便中鉴定出具有免疫刺激性的 IgA 包被细菌。但原有技术耗时长,下游应用受到限制。在这项研究中,我们的目标是开发一种下一代、高通量、基于磁体的分选方法 (ng-IgA-SEQ),以克服原始 IgA-SEQ 方案的局限性。我们表明,在各种复杂性设置下,从简单的细菌混合物到人类粪便样本,我们的基于磁性 96 孔板的 ng-IgA-SEQ 方案能够以高通量和省时的方式高效地分选和识别 IgA 包被的细菌。此外,我们对不同的 IgA-SEQ 方案进行了比较分析,强调原始基于 FACS 的 IgA-SEQ 方法由于分选细菌的产量低而忽略了 IgA 包被细菌的某些细微差别。此外,基于磁性的 ng-IgA-SEQ 允许新颖的下游应用。首先,作为概念验证,我们对 10 份人类粪便样本进行了宏基因组鸟枪法测序,以鉴定 IgA 包被的细菌菌株以及相关途径和 CAZymes。其次,我们通过在厌氧条件下执行分离方案,成功分离和培养了 IgA 包被细菌。我们基于磁性 96 孔板的高通量下一代 IgA-SEQ 技术有效地从粪便中鉴定了大量 IgA 包被细菌。样品。这为分析大型群体以及新颖的下游应用铺平了道路,包括鸟枪法宏基因组测序、培养组学和各种功能测定。这些下游应用对于揭示免疫刺激细菌在健康和疾病中的作用至关重要。视频摘要。© 2024。作者。
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Drug Delivery and Translational Research
2024 Oct 21
MehrnazAbbasi,Braede...
Iontophoresis and electroporation-assisted microneedles: advancements and therapeutic potentials in transdermal drug delivery.
Drug Delivery and Translational Research
使用电辅助微针 (MN) 系统的透皮给药 (TDD) 已成为传统给药途径的一种有前途的替代方案。这篇综述探讨了该技术在各种治疗应用中的最新进展。将离子电渗疗法 (IP) 和电穿孔 (EP) 与 MN 技术相结合,在改善各种病症的治疗效果方面显示出巨大的潜力。研究证明它们在增强疫苗和 DNA 递送、改善糖尿病管理以及提高皮肤病学应用功效方面的有效性。该技术还在提供非甾体抗炎药 (NSAID)、治疗多发性硬化症以及推进肥胖和癌症治疗方面展现出前景。这些系统可改善药物渗透、靶向递送并增强治疗效果。尽管安全问题和技术限制等挑战仍然存在,但正在进行的研究重点是优化这些系统以实现更广泛的临床应用。 TDD 中的电辅助 MN 技术的未来似乎充满希望,在个性化医疗、智能监测系统和扩展的治疗应用方面具有潜在的进步。© 2024。作者。
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Arthritis & Rheumatology
2024 Oct 20
Tong-ShengZhou,Chun-...
Identification of serum exosomal lncRNAs and their potential regulation of characteristic genes of fibroblast-like synoviocytes in rheumatoid arthritis.
Arthritis & Rheumatology
类风湿性关节炎(RA)是一种常见的自身免疫性疾病,其发病机制尚不清楚。实验室生物标志物的缺陷导致缺乏临床上可用的 RA 早期诊断和治疗策略。本研究旨在鉴定血清外泌体 lncRNA 作为有前途的生物标志物,并揭示它们影响成纤维样滑膜细胞 (FLS) 特征基因以诱导 RA 恶性特性的潜在机制。有目的地挖掘血清外泌体(GSE271161和PRJNA911001)和FLS(GSE103578、GSE122616、GSE128813、GSE181614和GSE83147)的RNA测序数据集。对差异表达(DE)lncRNA/蛋白质编码基因进行可视化和功能富集,筛选重要的lncRNA,并构建竞争性内源RNA(ceRNA)和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。对验证队列进行实时定量 PCR、受试者工作特征曲线 (ROC) 和相关性分析。结果,我们总共筛选了131个血清外泌体DElncRNA和125个FLS DEmRNA,它们主要富集于增殖、炎症和代谢途径。使用4种机器学习算法(SVM、KNN、RF、Logit)对DElncRNA表达谱进行深度学习,以识别具有更好性能的模型和具有更高重要性分数的lncRNA,从而建立了连接血清外泌体lncRNA和FLS的特征基因。简而言之,我们提出4种RA代表的血清外泌体lncRNA(DLEU2、FAM13A-AS1、MEG3和SNHG15)可能作为实验室检测的有价值的指标,它们介导的细胞间通讯和ceRNA网络可能调控FLS的特征基因,从而在 RA 中产生恶性表型和适应性滑膜微环境。版权所有 © 2024 Elsevier B.V. 保留所有权利。
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Arthritis & Rheumatology
2024 Oct 19
YouWu,ZhicongZhao,Xi...
Pregnancy zone protein, a potential research target in multiple diseases.
Arthritis & Rheumatology
妊娠区蛋白 (PZP) 是一种抗蛋白酶抗性免疫抑制剂,属于 α-巨球蛋白 (αM) 蛋白家族。 PZP 由肝脏分泌,并被发现在怀孕期间血浆中表达上调。 α-2-巨球蛋白 (α2M) 与 PZP 具有 71% 的序列同源性,但低 PZP 水平不会导致妊娠期 A2M 水平升高。 PZP 可以与多种因子相互作用,例如低密度脂蛋白受体相关蛋白 (LRP)、转化生长因子-β (TGF-β)、78kDa 葡萄糖调节蛋白 (GRP78) 和糖苷 A (GdA)。 PZP 参与糖脂代谢紊乱、支气管扩张、阿尔茨海默病 (AD)、类风湿性关节炎 (RA)、心肌梗死 (MI) 和炎症性肠病 (IBD) 的发生。 PZP 还与乳腺癌 (BC)、同源肝细胞癌 (HCC)、肺腺癌 (LAC) 和结直肠癌 (CRC) 等肿瘤发生的进展相关。因此,本综述分析了 PZP 在各种疾病病理生理学中的作用。版权所有 © 2024。由 Elsevier B.V. 出版。
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