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CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
2024 Jul 02

CIsaksson,AKZiegler,...
Transcriptome analysis of avian livers reveals different molecular changes to three urban pollutants: soot, artificial light at night and noise.
CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
确定参与城市污染物反应的关键分子途径和基因是进一步了解城市化对野生动物影响的重要一步。城市栖息地的扩张以及相关的人类环境变化被认为对人类和野生动物的健康和生存构成全球威胁。本研究通过实验研究了短期暴露于三种与城市相关的污染物——烟尘、夜间人造光(ALAN)和交通噪音——如何影响圈养雌性斑胸草雀(Taeniopygia guttata)肝脏中转录组范围的基因表达。与未暴露的对照相比,在烟尘、ALAN 和噪声暴露的鸟类中分别有 17、52 和 28 个基因存在差异表达。在暴露于烟灰的鸟类中,丰富的基因本体(GO)术语与受抑制的免疫系统有关,例如干扰素调节基因(IRG)和对外部刺激的反应。对于暴露于 ALAN 的鸟类,丰富的 GO 术语是基于与解毒、氧化还原、激素和代谢过程相关的下调基因。噪声暴露导致与 GO 术语相关的基因下调:细胞对物质的反应、分解代谢和细胞因子反应。在个体差异表达基因(DEG)中,烟尘导致与肿瘤进展相关的基因表达增加。同样,ALAN 揭示了与不同癌症类型相关的多个基因的上调。两种感觉污染物(ALAN 和噪音)都会导致与神经元功能相关的基因表达增加。有趣的是,噪音会导致与血清素调节和功能相关的基因(SLC6A4 和 HTR7)上调,之前的研究表明城市鸟类会选择这些基因。这些结果表明,短期暴露于三种城市污染物会扰乱肝脏转录组,但最常见的是以不同的方式,这突出了未来对多重压力暴露及其相互作用影响的研究,以及它们对城市居住的长期影响野生动物。版权所有 © 2024。由 Elsevier Ltd 出版。
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Stem Cell Research & Therapy
2024 Jul 04

AlbertoHernández-Sán...
Rearrangements involving 11q23.3/KMT2A in adult AML: mutational landscape and prognostic implications - a HARMONY study.
Stem Cell Research & Therapy
涉及 KMT2A 基因 (KMT2Ar) 的平衡重排是急性髓系白血病 (AML) 中反复出现的遗传异常,但对于不同融合伴侣的预后影响缺乏共识。此外,与 KMT2Ar 同时发生的基因突变对预后的影响尚未确定。从 HARMONY AML 数据库中选择了 205 名 KMT2Ar 成年患者,其中 185 名患者通过基于面板的下一代测序分析获得了突变信息。不同易位的总生存期 (OS) 相似,包括 t(9;11)(p21.3;q23.3)/KMT2A::MLLT3 (p = 0.756)。然而,强化治疗患者 OS 的独立预后因素是年龄 > 60 岁(HR 2.1,p = 0.001)、继发性 AML(HR 2.2,p = 0.043)、DNMT3A-mut(HR 2.1,p = 0.047)和 KRAS-突变(HR 2.0,p = 0.005)。在 60 岁以下的新发 AML 患者子集中,KRAS 和 TP53 是与预后最相关的突变基因,因为这两个基因中任何一个突变的患者的完全缓解率较低(50% vs 86%,p< 0.001)和较差的 OS(中位 7 个月与 30 个月,p< 0.001)。首次完全缓解时的同种异体造血干细胞移植能够改善 OS (p = 0.003)。我们的研究强调了成人 KMT2Ar AML 突变模式的重要性,并为这些患者的更准确的预后分层提供了新的见解。© 2024。作者。
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Stem Cell Research & Therapy
2024 Jul 04

LalithaVaishnaviSubr...
GNA13 suppresses proliferation of ER+ breast cancer cells via ERα dependent upregulation of the MYC oncogene.
Stem Cell Research & Therapy
GNA13 (Gα13) 是异源三聚体 G 蛋白 G12/13 家族的两个 α 亚基成员之一,介导 GPCR 下游信号传导。众所周知,它对于胚胎发育和血管发生至关重要,并且越来越多的证据表明它参与介导癌症进展的多个步骤。最近的研究发现,Gα13 可以作为癌基因发挥作用,并有助于多种肿瘤类型的进展和转移,包括卵巢癌、头颈癌和前列腺癌。在大多数情况下,Gα12 和 Gα13 作为该亚家族中密切相关的 α 亚基,具有相似的细胞作用。然而,近年来,它们在信号传导和功能上的差异开始显现。我们之前发现 Gα13 在体外驱动三阴性乳腺癌 (TNBC) 细胞的侵袭。作为一种高度异质性的疾病,具有各种明确的分子亚型(ER /Her2-、ER /Her2、Her2、TNBC)和亚型相关结果,应探索 Gα13 在 TNBC 之外的功能。在这里,我们报告了 GNA13 低表达预示着乳腺癌生存率较差的发现,这挑战了 Gα12/13 是实体瘤中普遍癌基因的传统观点。我们一致发现 Gα13 抑制多种 ER 乳腺癌细胞系(MCF-7、ZR-75-1 和 T47D)的增殖。在原位异种移植模型中,GNA13 表达缺失会驱动细胞增殖、软琼脂集落形成和体内肿瘤形成。为了评估 Gα13 的作用机制,我们对这些细胞系进行了 RNA 测序分析,发现 GNA13 的缺失会导致 ER 乳腺癌细胞中 MYC 信号通路的上调。同时沉默 MYC 逆转了 GNA13 缺失造成的增殖效应,验证了 MYC 在 Gα13 增殖调节中的作用。此外,我们发现 Gα13 在转录物和蛋白质水平上以 ERα 依赖性方式调节 MYC 的表达。总之,我们的研究为 Gα13 在乳腺癌细胞中的肿瘤抑制作用提供了第一个证据,并首次证明 Gα13 直接参与 ER 依赖性 MYC 信号传导的调节。除少数例外,Gα13 水平升高通常被认为具有致癌性,与 Gα12 类似。这项研究证明了 Gα13 通过调节 MYC 在 ER 乳腺癌中发挥了意想不到的肿瘤抑制作用,表明 Gα13 在乳腺癌中具有亚型依赖性肿瘤抑制作用。© 2024。作者。
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Stem Cell Research & Therapy
2024 Jul 05

ShanshanQin,YueLiu,X...
lncRNA FGD5-AS1 is required for gastric cancer proliferation by inhibiting cell senescence and ROS production via stabilizing YBX1.
Stem Cell Research & Therapy
绝大多数lncRNA的表达丰度较低,这极大地限制了它们的功能范围和影响。作为一种高表达丰度的lncRNA,FGD5-AS1在癌症中的非ceRNA生物学功能尚不清楚。进行RNA-seq研究和染色质免疫沉淀(芯片)测定来鉴定ZEB1调节的lncRNA。通过RNA测序、RNA Pulldown、RNA免疫沉淀实验和救援实验来探索FGD5-AS1在GC中的分子机制。作为细胞中最丰富的lncRNA之一,FGD5-AS1已被证明可以被ZEB1转录激活,因此与上皮间质转化(EMT)信号密切相关。临床分析表明,FGD5-AS1 过表达在临床上与淋巴结转移相关,并预测 GC 患者的生存率较差。功能丧失研究证实,FGD5-AS1 敲低可抑制 GC 增殖,并诱导 GC 细胞顺铂化疗敏感性、细胞衰老和 DNA 损伤。从机制上讲,FGD5-AS1 是一种 YBX1 结合 lncRNA,因为其 mRNA 包含三个可以被 YBX1 识别和结合的相邻结构基序(UAAUCCCA、ACCAGCCU 和 CAGUGAGC)。这种RNA-蛋白质相互作用延长了YBX1蛋白在GC中的半衰期。此外,救援试验表明,FGD5-AS1 通过 YBX1 抑制细胞衰老和 ROS 产生来促进 GC。FGD5-AS1 是一种细胞高丰度 lncRNA,受 ZEB1 转录调控。 FGD5-AS1 过表达通过结合和稳定 YBX1 蛋白来抑制细胞衰老和 ROS 产生,从而促进 GC 进展。© 2024。作者。
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Stem Cell Research & Therapy
2024 Jul 01

SuleAyla,EmreKarakoc...
Splicing variants of versican in CD133+/CD44+ prostate cancer stem cells.
Stem Cell Research & Therapy
癌肿块由异质细胞群组成,其中一小部分构成癌症干细胞,因为它们分化程度较低且具有较高的发展癌症的能力。 Versican 是一种存在于许多人体组织中的细胞外基质蛋白。通过 RT-PCR、Northern 印迹分析和 cDNA 测序检测发现,多功能蛋白聚糖的 mRNA 具有“剪接模式”。基于这一知识,本研究旨在揭示多功能蛋白聚糖分子的剪接变体,这些剪接变体被认为参与DU-145人前列腺癌细胞系和从该细胞系分离的前列腺癌干细胞的发病机制。在本研究中,使用了RWPE-1正常前列腺细胞系和DU-145人类前列腺癌细胞系。根据其 CD133 /CD44 分离前列腺癌干细胞和其余组的非前列腺癌干细胞(群体)。分离所有组中的RNA,并通过Illumina NextSeq 500测序系统完成剪接变体的序列分析。通过生物信息学评估对结果进行分析。通过分析 Versacan 基因的 5 个异构体在差异转录表达中的情况,观察到仅在异构体 Versican 0 和 Versican 1 中发现显着变化。在本研究中,我们探讨了该分子的功能,我们认为该分子是对癌症进展有效,并表明完成体内实验后可以获得更有价值的结果。版权所有 © 2024 Elsevier GmbH。版权所有。
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Stem Cell Research & Therapy
2024 Jun 18

RozaliyaTsikandelova...
Retinal cells derived from patients with DRAM2-dependent CORD21 dystrophy exhibit key lysosomal enzyme deficiency and lysosomal content accumulation.
Stem Cell Research & Therapy
DRAM2 中的双等位基因突变会导致常染色体隐性遗传锥杆营养不良症,称为 CORD21,通常出现在生命的三至六十岁之间。尽管 DRAM2 定位于感光细胞和视网膜色素上皮 (RPE) 细胞的溶酶体,但其在视网膜变性中的具体作用尚未完全阐明。在这项研究中,我们从两名 CORD21 患者的诱导多能干细胞 (iPSC) 中生成并表征了视网膜类器官 (RO) 和 RPE 细胞。我们的研究表明,CORD21-RO 和 RPE 细胞表现出脂质代谢异常、自噬流缺陷、异常溶酶体含量积累以及溶酶体酶活性降低。我们发现了 DRAM2 与囊泡运输蛋白的潜在相互作用,表明它参与了这一细胞过程。这些发现共同表明,DRAM2 通过调节溶酶体功能、自噬和潜在的囊泡运输,在维持光感受器和 RPE 细胞的完整性方面发挥着至关重要的作用。版权所有 © 2024 作者。由爱思唯尔公司出版。保留所有权利。
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Stem Cell Research & Therapy
2024 Jul 02

HuiWang,ZhuoranYao,K...
Preclinical study and phase II trial of adapting low-dose radiotherapy to immunotherapy in small cell lung cancer.
Stem Cell Research & Therapy
免疫检查点抑制剂 (ICIs) 对广泛期小细胞肺癌 (ES-SCLC) 的疗效有限,但效果并不令人满意。制定治疗 ES-SCLC 的策略至关重要。我们初步探讨了挽救性低剂量放疗 (LDRT) 联合 ICI 对难治性 SCLC 患者的疗效。接下来,我们评估了小鼠 SCLC 的组合疗效。分析肿瘤免疫微环境(TIME)以进行机制研究。随后,我们进行了一项多中心、前瞻性 II 期试验,对初治 ES-SCLC 患者同时进行胸部 LDRT 加化学免疫治疗(MATCH 试验,NCT04622228)。主要终点是确定的客观缓解率 (ORR),关键次要终点包括无进展生存期 (PFS) 和安全性。对 15 名接受 LDRT 加 ICI 治疗的难治性 SCLC 患者进行回顾性评价。 ORR 为 73.3%(95% 置信区间 [CI],44.9-92.2)。我们确定了特定剂量的 LDRT(15 Gy/5 次),与 ICI 联合使用时,可显示小鼠 SCLC 生长迟缓并提高生存率。这种组合从肿瘤引流淋巴结中招募了一种特殊的 T 细胞群,TCF1 PD-1 CD8 干样 T 细胞,进入 TIME。 MATCH 试验显示确认的 ORR 为 87.5%(95% CI,75.9-94.8)。中位 PFS 为 6.9 个月(95% CI,5.4-9.3)。这些结果证实 LDRT 联合化学免疫治疗对于 ES-SCLC 是安全、可行和有效的,值得进一步研究。这项研究由华西医院资助(编号:2017)。 ZYJC21003)、国家自然科学基金项目(No. 82073336),MATCH试验由罗氏(中国)控股有限公司(RCHL)和上海罗氏制药有限公司(SRPL)全额资助。版权所有©2024作者( s)。由爱思唯尔公司出版。保留所有权利。
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Stem Cell Research & Therapy
2024 Jul 02

DilaraAkbulut,Kariss...
Differential NEUROD1, ASCL1, and POU2F3 Expression Defines Molecular Subsets of Bladder Small Cell/Neuroendocrine Carcinoma with Prognostic Implications.
Stem Cell Research & Therapy
肺癌小细胞癌 (SMC) 现在根据转录调节因子(NEUROD1、ASCL1、POU2F3、YAP1)和 DLL3 的表达进行分子分类,DLL3 已成为研究治疗靶点。 PLCG2 已被证明可以识别具有干细胞样和促转移特征以及不良预后的肺 SMC 的独特亚群。我们在由 103 个 SMC 和 19 个大细胞神经内分泌癌 (LCNEC) 组成的膀胱神经内分泌癌 (NEC) 队列中分析了这些新型神经内分泌标记物的表达及其与传统神经内分泌标记物和患者结果的关系,这些膀胱神经内分泌癌 (NEC) 由组装在组织微阵列中的 103 个 SMC 和 19 个大细胞神经内分泌癌 (LCNEC) 组成。评估共表达模式并与详细的临床注释相结合,包括总体(OS)和无复发生存(RFS)以及对新辅助/辅助化疗的反应。我们根据 ASCL1、NEUROD1 和 POU2F3 的表达确定了膀胱 SMC 中五种不同的分子亚型:ASCL1 /NEUROD1- (n=33; 34%)、ASCL1-/NEUROD1 (n=21; 21%)、ASCL1 /NEUROD1 (n =17; 17%)、POU2F3 (n=22, 22%) 和 ASCL1-/NEUROD1-/POU2F3- (n=5, 5%)。 POU2F3 肿瘤与表达 ASCL1 和 NEUROD1 的肿瘤相互排斥,并且传统神经内分泌标志物的表达较低。 PLCG2 表达在 33 个肿瘤 (32%) 中被发现,并且与 POU2F3 表达高度相关 (p < 0.001)。 DLL3 在 SMC (n=72, 82%) 和 LCNEC (n=11, 85%) 中表达较高。 YAP1 表达在非神经内分泌成分中富集,并与所有神经内分泌标志物呈负相关。在接受根治性膀胱切除术的无转移性疾病的患者中,PLCG2或POU2F3肿瘤的RFS和OS较短(p<0.05),但它们的表达与转移状态或对新辅助/辅助化疗的反应无关。总之,根据 ASCL1、NEUROD1 和 POU2F3 的表达,膀胱 NEC 可分为不同的分子亚型。表达 POU2F3 的肿瘤代表膀胱 NEC 的 ASCL1/NEUROD1 阴性子集,其特征是传统神经内分泌标志物表达较低。 SMC 和 LCNEC 中的标志物表达模式相似。 PLCG2 和 POU2F3 的表达与较短的无复发生存期和总生存期相关。 DLL3 在膀胱 SMC 和 LCNEC 中高水平表达,将其提名为潜在的治疗靶点。版权所有 © 2024。由 Elsevier Inc. 出版。
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COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
2024 Jul 03

AlessandroStefano
Challenges and limitations in applying radiomics to PET imaging: Possible opportunities and avenues for research.
COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
放射组学是从医学图像中高通量提取定量成像特征的技术,在推进肿瘤学及其他领域的精准医学方面具有巨大的潜力。虽然应用于正电子发射断层扫描(PET)成像的放射组学为肿瘤生物学和治疗反应提供了独特的见解,但必须阐明该领域固有的挑战和限制,以促进其转化为临床实践。本综述探讨了将放射组学应用于 PET 成像的挑战和局限性,综合了过去五年(2019-2023)的研究结果,并强调了解决这些挑战对于实现放射组学在肿瘤学和分子成像中的全部临床潜力的重要性。使用与 PET 成像中放射组学问题相关的关键词,在多个电子数据库(包括 PubMed、Scopus 和 Web of Science)中进行了全面搜索。只有在同行评审期刊上发表的研究才有资格纳入本次评审。尽管许多研究强调了放射组学在预测治疗反应、评估肿瘤异质性、实现风险分层和个性化治疗选择方面的潜力,但仍需要解决有关所提出模型的实际实施的各种挑战。这篇综述阐述了放射组学在各种癌症类型的 PET 成像中的挑战和局限性,包括体模和临床研究。分析的研究强调了可重复的分割方法、标准化的预处理和后处理方法的重要性,以及创建在集中数据库中注册的大型多中心研究的必要性,以促进放射组学与 PET 成像的持续验证和临床整合。版权所有 © 2024 作者。由爱思唯尔有限公司出版。保留所有权利。
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COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
2024 Jul 03

XiangfuMeng,ChunlinY...
TG-Net: Using text prompts for improved skin lesion segmentation.
COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
自动皮肤分割是皮肤癌早期诊断的有效方法,可以最大限度地减少漏检率,及时治疗早期皮肤癌。然而,皮肤镜图像中纹理、大小、形状、病变位置的显着变化以及模糊的边界使得准确定位和分割病变变得极具挑战性。为了应对这些挑战,我们提出了一种名为 TG-Net 的新颖框架,它利用文本诊断信息来指导皮肤镜图像的分割。具体来说,TG-Net采用双流编码器-解码器架构。双流编码器包括用于提取图像特征的 Res2Net 和我们提出的用于提取文本特征的文本注意(TA)块。通过分层引导,将文本特征嵌入到图像特征提取过程中。此外,我们设计了一个多级融合(MLF)模块来合并更高级别的特征并生成全局特征图作为后续步骤的指导。在网络的解码阶段,三个多尺度反向注意模块(MSRA)利用局部特征和全局特征图来产生最终的分割结果。我们对三个可公开访问的数据集(即 ISIC 2017、HAM10000 和 PH2)进行了广泛的实验。实验结果表明 TG-Net 优于最先进的方法,验证了我们方法的可靠性。源代码可在 https://github.com/ukeLin/TG-Net 获取。版权所有 © 2024 Elsevier Ltd。保留所有权利。
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