RNA-seq 在 RNA 加工异常方面取得了重大发现，表明这些 RNA 变异与多种疾病有关。 RNA 中的异常剪接和单核苷酸变异 (SNV) 已被证明会改变转录本稳定性、定位和功能。特别是 ADAR（一种介导腺苷至肌苷编辑的酶）的上调先前已被认为与肺腺癌细胞侵袭性的增加以及剪接调节有关。尽管研究剪接和 SNV 具有重要的功能，但短读长 RNA-seq 的使用限制了社区同时询问两种形式的 RNA 变异的能力。我们采用长读长测序技术来获得全长转录本序列，阐明顺式-单分子水平上变异对剪接变化的影响。我们开发了一个计算工作流程，增强了 FLAIR（一种调用长读数据中表达的异构体模型的工具），以将 RNA 变体调用与承载它们的相关异构体集成。我们从敲低和未敲低 ADAR 的 H1975 肺腺癌细胞中生成具有高序列准确性的纳米孔数据。我们应用我们的工作流程来识别关键的肌苷亚型关联，以帮助阐明 ADAR 在肿瘤发生中的重要性。最终，我们发现长读方法为表征 RNA 变体和剪接模式之间的关系提供了宝贵的见解。© 2024。作者（ s）。

计算细胞类型反卷积能够估计大块组织中的细胞类型丰度，对于理解组织微环境（尤其是肿瘤组织）非常重要。随着反卷积方法的快速发展，许多基准研究已经发表，旨在对这些方法进行综合评估。基准研究依赖于细胞类型解析的单细胞 RNA-seq 数据，通过按受控比例添加单个细胞类型来创建模拟伪批量数据集。在我们的工作中，我们展示了这种方法的标准应用，该方法使用随机选择的单细胞无论它们之间的内在差异如何，都会生成缺乏适当生物方差的合成批量表达值。我们演示了当前使用随机单元的批量仿真流程为何以及如何不现实，并提出了异构仿真策略作为解决方案。异构模拟的批量样本与实际批量数据集中观察到的方差相匹配，因此可以通过多种方式为基准测试提供具体的好处。我们证明，反卷积方法的概念类别在对异质性的鲁棒性方面存在显着差异，而无参考方法的表现特别差。对于基于回归的方法，异构模拟提供了一个明确的框架来区分参考构建和回归方法对性能的贡献。最后，我们对八个不同数据集的不同方法进行了广泛的基准测试，发现 BayesPrism 和混合 MuSiC/CIBERSORTx 方法表现最佳。我们的异构批量模拟方法和整个基准测试框架是在一个用户友好的包中实现的 https:// /github.com/humengying0907/deconvBenchmarking 和 https://doi.org/10.5281/zenodo.8206516，促进反卷积方法的进一步发展。© 2024。作者。

尽管过去经常推荐间歇性雄激素剥夺疗法用于转移性激素敏感癌症治疗，但我们不知道其使用是否可以推广到联合治疗。评估间歇性治疗的试验是必要的，因为这种策略可以改善患者的生活质量并减少不良事件和费用。版权所有 © 2024 欧洲泌尿外科协会。由 Elsevier B.V. 出版。保留所有权利。

消化系统癌症占癌症病例的很大一部分，但其负担并不均匀。随着全球癌症观察站 (GLOBOCAN) 2022 最近更新了其对癌症负担的估计，我们旨在调查全球和中国六种主要消化系统癌症的负担，以及癌症特定发病率和死亡率的地理和时间变化。我们从 GLOBOCAN 数据库中提取了 2022 年食管癌、胃癌、结直肠癌、肝癌、胰腺癌和胆囊癌的原发性癌症数据。按性别、国家、地区和人类发展指数 (HDI) 计算并分层了年龄标准化发病率和死亡率。 ）。我们利用联合国2022年修订版《世界人口展望》获取了1988年至2012年中国各年龄段的人口数据，并利用连接点模型和平均年度百分比变化（AAPC）分析了中国癌症发病趋势。 2022 年，全球消化系统癌症发病率估计达到 4,905,882 例，癌症相关死亡人数估计为 3,324,774 例。就发病率和死亡率而言，结直肠癌最为普遍。胃肠道癌症的负担与国家 HDI 之间存在显着相关性。 1988年至2012年，中国食管癌、胃癌和肝癌发病率呈下降趋势，而结直肠癌和胰腺癌发病率持续上升。到 2050 年，就发病率和死亡率而言，结直肠癌和肝癌预计仍将分别是中国的主要癌症类型。消化系统癌症仍然是全球和中国的重大公共卫生挑战。尽管一些癌症的预防和控制取得了进展，但消化系统癌症的负担仍然存在。必须加强三级预防策略的实施，以降低消化系统癌症的发病率和死亡率，减轻其对公众健康的影响。版权所有 © 2024 中华医学会，由 Wolters Kluwer, Inc. 制作，CC-BY-NC- ND 许可证。

背景：C-X-C 基序趋化因子配体 9 (CXCL9) 通过招募和激活免疫细胞在肿瘤免疫中发挥关键作用。然而，CXCL9表达与三阴性乳腺癌（TNBC）预后之间的关系尚不清楚。方法：我们研究了 TNBC 患者的 CXCL9 mRNA 表达、临床病理特征和预后。我们还使用计算图像分析来量化和评估 CXCL9 蛋白在肿瘤核心 (TC) 和浸润边缘 (IM) 中的分布。结果：与正常组织相比，TNBC 肿瘤中的 CXCL9 mRNA 表达显着较高 (p < 0.001)，并且与较小的肿瘤 (p = 0.022) 和早期阶段 (p = 0.033) 相关。在三个独立队列中，CXCL9 mRNA 高表达与总生存期 (OS) 的改善相关（所有 p < 0.05）。在另一项分析中，CXCL9 蛋白表达低与淋巴结转移增加相关（p = 0.018 和 p = 0.036）。 TC、IM 或两者中的高 CXCL9 蛋白表达与 OS 延长相关（所有 p < 0.001）。结论：CXCL9 在 mRNA 和蛋白质水平上的高表达与 TNBC 患者预后的改善相关。 TC 和/或 IM 中的 CXCL9 表达可能是一个独立的预后因素。版权所有 © 2024 曹、宋、吴、任、孙和梁。

在这项研究中，我们深入研究了 RNA-Seq 和 NanoString 平台上基因表达数据的比较分析。虽然 RNA-Seq 覆盖了 19,671 个基因，NanoString 靶向了与病毒免疫反应相关的 773 个基因，但我们的主要关注点是在两个平台中发现的 754 个基因。我们的实验涉及 16 种不同的感染条件，来自 3D 气道器官组织等效物的样本受到三种病毒类型的影响：甲型流感病毒 (IAV)、人类偏肺病毒 (MPV) 和副流感病毒 3 (PIV3)。经过 UV（非活性病毒）和非 UV（活性病毒）处理后，每隔 24 小时和 72 小时记录一次感染后测量结果。将未经处理和模拟感染的 OTE 作为对照组，能够将病毒引起的变化与程序因素引起的变化区分开来。通过一系列方法论（包括 Spearman 相关性、距离相关性、Bland-Altman 分析、广义线性模型 Huber 回归、幅度-高度评分 (MAS) 算法和基因本体分析），该研究仔细对比了 RNA-Seq 和 NanoString 数据集。幅度-高度评分算法整合了基因表达变化的幅度（幅度）及其统计相关性（高度），提供了一种综合工具，用于根据特定病毒感染条件下的差异表达谱对基因进行优先级排序。我们观察到平台之间存在很强的一致性，特别是在识别关键的抗病毒防御基因方面。两个平台一致强调基因，包括 ISG15、MX1、RSAD2 和 OAS 家族成员（OAS1、OAS2、OAS3）。 IFIT 蛋白（IFIT1、IFIT2、IFIT3）因其在两个平台对抗病毒复制中的关键作用而受到强调。此外，CXCL10 和 CXCL11 被精确定位，揭示了器官组织等效物对病毒感染的先天免疫反应。虽然这两个平台都为病毒感染下类器官的遗传景观提供了宝贵的见解，但 NanoString 平台通常在 RNA-Seq 信号更微妙的情况下提供更详细的图片。来自两个平台的综合数据强调了它们在增进我们对病毒对肺类器官影响的理解方面的共同价值。版权所有 © 2024 Rezapour、Walker、Ornelles、Niazi、McNutt、Atala 和 Gurcan。

骨肉瘤（OS）恶性程度高，易发生局部浸润和远处转移。由于OS患者的预后较差，本研究旨在识别OS中的差异表达基因（DEG）并探讨其在OS癌发生和进展中的作用。通过RNA测序来识别OS中的DEG。使用生物信息学分析研究 OS 中 DEG 的功能，并使用 RT-qPCR 和 Western blotting 验证 DEG 表达。使用基因集富集分析 (GSEA) 评估 SLC25A4 的作用，然后使用 OS 细胞中的功能测定进行研究。总共筛选了 8353 个 DEG。 GO和KEGG富集分析表明这些DEG在钙信号通路和癌症通路中表现出强烈的富集。此外，Kaplan-Meier 生存分析显示 10 个中心基因与 OS 患者的预后相关。 OS中SLC25A4转录物和蛋白表达均显着降低，GSEA提示SLC25A4与细胞周期、细胞凋亡和炎症相关。 SLC25A4过表达的OS细胞表现出增殖、迁移、侵袭受到抑制和细胞凋亡增强。发现SLC25A4在OS患者中显着下调，这与不良预后相关。 SLC25A4 表达水平的调节可能有益于 OS 治疗。版权所有 © 2024 张、王、张、冯、兴、王、黄、李和张。

简介：观察性研究发现吸烟和饮酒与患肾细胞癌的可能性之间存在相关性。然而，这些关联是否表明因果关系尚不清楚。方法：为了确定这些联系是否表明因果关系，我们使用两个样本方法进行了孟德尔随机化 (MR) 分析。对于每日吸烟数量、终生吸烟指数、开始吸烟和每周饮酒，我们采用 44、108、174 和 76 个单核苷酸多态性 (SNP) 作为工具变量。结果数据来自 FinnGen Alliance，该联盟总共包括 429,290 人。使用逆方差加权（IVW）方法进行MR分析来估计因果效应。为了解决由于方向多效性而可能违反 MR 假设的问题，我们进行了 MR-Egger 回归和 MR-PRESSO（孟德尔随机多效性残差和离群值）分析。结果：受遗传影响的吸烟开始与患肾细胞癌的风险直接相关（OR = 1.55，95% CI：1.04-2.33；p = 0.03）。每日吸烟量和终生吸烟指数与肾细胞癌风险之间没有发现因果关系。每周饮酒的遗传倾向显示肾细胞癌的风险降低（OR = 0.45，95% CI：0.26-0.81；p = 0.007）。讨论：我们的研究表明饮酒与降低肾细胞癌风险之间存在潜在因果关系，而与吸烟没有观察到这种关联。需要进一步的研究来证实这些发现。版权所有 © 2024 Cui、Du、Xue、Zhao 和 Li。

纳米材料在刺激免疫反应方面表现出巨大的潜力，可以对多种疾病提供局部和全身调节。脾脏和淋巴结等淋巴器官是各种免疫细胞的所在地，包括单核细胞和树突状细胞，它们有助于疾病的进展和预防/治疗。因此，许多纳米材料制剂被合理设计为针对这些器官并与特定细胞类型结合，从而产生治疗和保护作用。在这篇综述中，我们探讨了免疫调节中涉及的关键细胞相互作用和过程，并重点介绍了基于纳米的创新免疫调节方法。我们概述了纳米材料设计的基本考虑因素，重点是它们对生物相互作用、靶向能力和治疗功效的影响。通过选定的例子，我们说明了治疗活性纳米材料对淋巴器官的战略靶向以及随后的免疫调节以抵抗感染、炎症抑制、自身抗原耐受和癌症免疫治疗。此外，我们还应对当前的挑战，讨论新兴主题，并分享我们对该领域未来发展的展望。

目前，金属配合物有很多用途，特别是在药物化学和催化领域。因此，制造作为催化剂和化疗药物的新复合物始终是对文献的有益补充。在此，我们报道了三种杂环缩氨基硫脲基Pd(II)配合物[Pd(HL1)Cl] (C1)、[Pd(L2)(PPh3)] (C2)和[Pd(L3)(PPh3)]Cl (C3) )具有共配体Cl和PPh3。使用多种光谱技术系统地表征了缩氨基硫脲配体（H2L1、H2L2 和 HL3）和配合物（C1-C3）。单晶X射线衍射方法表明，C2金属中心周围的结构环境是方形平面，而C1和C3则是稍微扭曲的方形平面。化合物的超分子网络是通过氢键、C-H⋯π和π⋯π相互作用构建的。配合物结构的密度泛函理论（DFT）研究支持了实验结果。这些配合物作为 Suzuki-Miyaura 偶联反应催化剂的应用已经在 PEG 400 溶剂中用各种芳基卤化物和苯基硼酸进行了检验。该复合物与 DNA/蛋白质表现出良好的生物分子相互作用，结合常数值为 105 M-1 量级。与其他复合物相比，C3 对这些生物分子表现出更大的结合效力，这可能是由于 C3 的阳离子性质。此外，还研究了该复合物针对人类三阴性乳腺癌 (TNBC) 细胞系 MDA-MB-231 的抗肿瘤活性。结果发现，C3 对 MDA-MB-231 细胞的毒性（IC50 = 10 ± 2.90 μM）比其他复合物更高。已知的化疗药物 5-氟尿嘧啶作为阳性对照。 C3的程序性细胞死亡机制得到证实。此外，复合物诱导的细胞凋亡已被证实并通过线粒体依赖性（内在）途径发生。