肿瘤类器官

研究动态

Articles below are published ahead of final publication in an issue. Please cite articles in the following format: authors, (year), title, journal, DOI.

查看全部

肾上腺皮质癌

膀胱尿路上皮癌

乳腺浸润癌

宫颈鳞癌和腺癌

弥漫性大B细胞淋巴瘤

胶质母细胞瘤

胶质细胞瘤

肾嫌色细胞癌

肾透明细胞癌

肾乳头状细胞癌

急性髓系白血病

脑低级别胶质瘤

肺鳞状细胞癌

嗜铬细胞瘤和副神经节瘤

皮肤黑色素瘤

子宫内膜样癌

子宫癌肉瘤

眼部黑色素瘤

肿瘤类器官

肾上腺皮质癌

膀胱尿路上皮癌

乳腺浸润癌

宫颈鳞癌和腺癌

弥漫性大B细胞淋巴瘤

胶质母细胞瘤

胶质细胞瘤

肾嫌色细胞癌

肾透明细胞癌

肾乳头状细胞癌

急性髓系白血病

脑低级别胶质瘤

肺鳞状细胞癌

嗜铬细胞瘤和副神经节瘤

皮肤黑色素瘤

子宫内膜样癌

子宫癌肉瘤

眼部黑色素瘤

NATURE BIOTECHNOLOGY

PengpengLiu,Karthike...

Increasing intracellular dNTP levels improves prime editing efficiency.

NATURE BIOTECHNOLOGY

在原代细胞类型中，细胞内脱氧核苷酸三磷酸 (dNTP) 水平以细胞周期依赖性方式受到严格调节。我们报告说，通过改善莫洛尼鼠白血病病毒逆转录酶酶特性的突变和增加细胞内 dNTP 水平的治疗，可以提高引物编辑效率。综合起来，这些修改可大幅提高精确编辑率。© 2024。作者获得 Springer Nature America, Inc. 的独家许可。

NATURE BIOTECHNOLOGY

ShaoboYang,MichalShe...

Non-pathogenic E. coli displaying decoy-resistant IL18 mutein boosts anti-tumor and CAR NK cell responses.

NATURE BIOTECHNOLOGY

肿瘤微环境可以通过运输不良和免疫细胞耗尽等机制抑制癌症治疗的功效。在这里，为了应对这一挑战，我们利用非致病性大肠杆菌 (E. coli) 的安全性、肿瘤向性和易于遗传操作的特性，通过大肠杆菌外膜上的表面展示将关键的免疫激活细胞因子传递到肿瘤K-12 DH5α。在具有免疫活性的结直肠癌和黑色素瘤小鼠模型中，表达鼠诱饵抗性 IL18 突变蛋白 (DR18) 的非致病性大肠杆菌可诱导强大的 CD8 T 和自然杀伤 (NK) 细胞依赖性免疫反应，并抑制肿瘤进展。大肠杆菌 K-12 DH5α 经工程改造，可展示人 DR18 有效激活的间皮素靶向嵌合抗原受体 (CAR) NK 细胞，并增强其向肿瘤的运输，从而通过增强 TNF 信号传导和上调 NK 激活标记。我们基于活细菌的免疫治疗系统可以安全有效地在难治性实体瘤中诱导有效的抗肿瘤反应，从而促进在临床上进一步评估这种方法。© 2024。作者获得 Springer Nature America 的独家许可，公司

NATURE BIOTECHNOLOGY

JayeonSong,MiHyeonCh...

Amplifying mutational profiling of extracellular vesicle mRNA with SCOPE.

NATURE BIOTECHNOLOGY

对液体活检中细胞外囊泡 (EV) 中发现的信使 RNA (mRNA) 进行测序可以提供体细胞突变、耐药谱和肿瘤复发等临床信息。尽管如此，由于液体活检中的丰度较低，EV mRNA 仍未得到充分利用，并且需要大量样本或专门的分析技术。在这里，我们介绍自扩增和 CRISPR 辅助操作来分析 EV（SCOPE），这是一个用于 EV mRNA 检测的平台。 SCOPE 利用 Cas13 对目标 RNA 进行 CRISPR 介导的识别来启动复制和信号放大，在保持单核苷酸分辨率的同时实现亚阿摩尔检测限。作为概念验证，我们设计了针对 KRAS、BRAF、EGFR 和 IDH1 基因关键突变的探针，优化了单罐检测方案，并实施了用于多样本检测的自动化设备。我们验证了 SCOPE 在动物模型中检测早期肺癌的能力，监测结直肠癌患者的肿瘤突变负荷以及对胶质母细胞瘤患者进行分层。 SCOPE 可以加快读数，增强 EV 在精准肿瘤学中的临床应用。© 2024。作者获得 Springer Nature America, Inc. 的独家许可。

NATURE BIOTECHNOLOGY

NuoLiu,WalaaEKattan,...

Scalable, compressed phenotypic screening using pooled perturbations.

NATURE BIOTECHNOLOGY

使用生化扰动和高内涵读数的高通量表型筛选受到规模的限制。为了解决这个问题，我们建立了一种汇集外源扰动的方法，然后进行计算反卷积，以减少所需的样本量、劳动力和成本。通过使用生物活性小分子库和高内涵成像读数进行基准测试，我们证明了压缩实验设计与传统方法相比效率的提高。然后，我们在两个生物发现活动中应用压缩筛选。首先，我们使用早期传代的胰腺癌类器官将转录反应映射到重组肿瘤微环境蛋白配体库，揭示由不同于典型参考特征且与临床结果相关的特定配体诱导的可重复表型转变。在第二部分中，我们确定了具有已知作用机制的化合物库对原代人外周血单核细胞免疫反应的多效调节作用。总之，我们的方法为表型筛选提供了信息丰富的读数，以推进药物发现工作和基本的生物学探究。© 2024。作者。

NATURE BIOTECHNOLOGY

JiachengGu,AbhishekI...

Mapping multimodal phenotypes to perturbations in cells and tissue with CRISPRmap.

NATURE BIOTECHNOLOGY

与需要细胞裂解的基于测序的方法不同，光学混合遗传筛选可以研究空间表型，包括细胞形态、蛋白质亚细胞定位、细胞间相互作用和组织组织，以响应靶向 CRISPR 扰动。在这里，我们报告了一种多模态光学混合 CRISPR 筛选方法，我们称之为 CRISPRmap。 CRISPRmap 将原位 CRISPR 引导识别条形码读出与多重免疫荧光和 RNA 检测相结合。通过 DNA 寡核苷酸的组合杂交来检测和读出条形码，提高条形码检测效率。 CRISPRmap能够在传统光学混合筛选难以捉摸的细胞类型和环境中进行原位条形码读出，包括培养的原代细胞、胚胎干细胞、诱导多能干细胞、衍生神经元和组织环境中的体内细胞。我们在乳腺癌细胞系中进行了一项筛选，了解 DNA 损伤修复基因变异对细胞对常用癌症疗法的反应的影响，并且我们表明，光学表型分析可以查明可能的致病性患者衍生突变，这些突变以前被归类为未知临床变异重要性。© 2024。作者。

NATURE BIOTECHNOLOGY

TakamasaKudo,AnaMMei...

Multiplexed, image-based pooled screens in primary cells and tissues with PerturbView.

NATURE BIOTECHNOLOGY

光学联合筛选 (OPS) 是一种可扩展的方法，用于将基于图像的表型与细胞扰动联系起来。然而，由于与扰动条形码的原位测序相关的限制，迄今为止它仅限于培养的癌细胞系中相对低复杂的表型读数。在这里，我们开发了 PerturbView，这是一种 OPS 技术，它在原位测序之前利用体外转录来放大条形码，从而能够在包括原代细胞和组织在内的不同系统中进行高度多重表型读数的筛选。我们在动物模型的诱导多能干细胞衍生神经元、原代免疫细胞和肿瘤组织切片中展示了 PerturbView。在对原代骨髓源性巨噬细胞中的免疫信号通路进行筛选时，PerturbView 发现了 NF-κB 信号传导的已知和新型调节因子。此外，我们将 PerturbView 与小鼠异种移植模型组织切片中的空间转录组学相结合，为具有丰富光学和转录组表型的原位筛选铺平了道路。 PerturbView 将 OPS 的范围扩大到更广泛的模型和应用。© 2024。作者获得 Springer Nature America, Inc. 的独家许可。

NATURE BIOTECHNOLOGY

FlorianHuber,MarionA...

A comprehensive proteogenomic pipeline for neoantigen discovery to advance personalized cancer immunotherapy.

NATURE BIOTECHNOLOGY

抗原肽的准确识别和优先排序对于个性化癌症免疫疗法的开发至关重要。预测临床新抗原的公开渠道不允许直接整合质谱免疫肽组学数据，而质谱免疫肽组学数据可以揭示源自各种规范和非规范来源的抗原肽。为了解决这个问题，我们提出了一个名为 NeoDisc 的端到端临床蛋白质组学管道，它将用于免疫肽组学、基因组学和转录组学的最先进的公开和内部软件与用于识别、预测的计算机工具相结合优先考虑多个来源的肿瘤特异性和免疫原性抗原，包括新抗原、病毒抗原、高置信度肿瘤特异性抗原和肿瘤特异性非典型抗原。我们证明了 NeoDisc 在准确优先考虑免疫原性新抗原方面优于最近的优先级划分流程。我们展示 NeoDisc 提供的各种功能，这些功能支持基于规则和机器学习的方法，用于个性化抗原发现和新抗原癌症疫苗设计。此外，我们还演示了 NeoDisc 的多组学整合如何识别细胞抗原呈递机制中的缺陷，这些缺陷会影响异质肿瘤抗原景观。© 2024。作者。

NATURE BIOTECHNOLOGY

LeiChang,YangXie,Bre...

Droplet Hi-C enables scalable, single-cell profiling of chromatin architecture in heterogeneous tissues.

NATURE BIOTECHNOLOGY

目前分析染色质结构的方法不容易扩展到异质组织。在这里，我们介绍 Droplet Hi-C，它使用商业微流体装置进行液滴中的高通量、单细胞染色质构象分析。使用 Droplet Hi-C，我们绘制了小鼠皮质的染色质结构图，并分析了主要皮质细胞类型的基因调控程序。此外，我们还利用该技术检测人类胶质母细胞瘤、结直肠癌和血癌细胞中的拷贝数变异、结构变异和染色体外DNA，揭示治疗过程中的克隆动态和其他致癌事件。我们改进了该技术，以允许对单细胞中的染色质结构和转录组进行联合分析，从而有助于探索正常组织和肿瘤中染色质结构与基因表达之间的联系。因此，Droplet Hi-C 既解决了异质组织染色质分析中的关键差距，又增强了对基因调控的理解。© 2024。作者。

NATURE MEDICINE

ScottKopetz,Danielle...

Molecular profiling of BRAF-V600E-mutant metastatic colorectal cancer in the phase 3 BEACON CRC trial.

NATURE MEDICINE

BEACON CRC 研究表明，对于既往接受过治疗的 BRAF-V600E 突变 mCRC 患者，encorafenib (Enco) 西妥昔单抗 (Cetux)±binimetinib (Bini) 与 Cetux 化疗相比显着改善了总生存期 (OS)，为 Enco 的批准提供了基础美国和欧盟的 Cetux 方案。更好地了解预测 Enco Cetux±Bini 治疗反应的生物标志物具有临床意义。在 BEACON CRC 研究的这项预先指定的探索性生物标志物分析中，我们通过综合临床和分子分析（包括全外显子组和转录组组织测序以及循环肿瘤 DNA 基因组分析）来描述临床结果的基因组和转录组相关性以及获得性耐药机制。具有较高免疫特征的肿瘤显示出 Enco Bini Cetux 增加 OS 益处的趋势。 RAS、MAP2K1 和 MET 改变最常通过 Enco Cetux±Bini 获得，并且在具有高基线细胞周期基因特征的患者中更常见；基线 TP53 突变与获得性 MET 扩增相关。获得性突变为亚克隆和多克隆，有证据表明 Enco Cetux±Bini 和突变特征 (SBS17a/b) 导致肿瘤突变率增加。这些发现支持 Enco Cetux±Bini 对 BRAF-V600E 突变 mCRC 患者的治疗，并提供了对 MAPK 途径靶向治疗的反应和耐药生物学的见解。 ClinicalTrials.gov 注册：NCT02928224.© 2024。作者。

NATURE MEDICINE

StéphaneVerguet,Sara...

The economic value of reducing mortality due to noncommunicable diseases and injuries.

NATURE MEDICINE

随着人口老龄化，国家卫生系统在资源分配方面面临着艰难的权衡。世界银行发起了健康长寿倡议，为投资可改善健康长寿和人力资本的政策提供证据。作为该计划的一部分，我们量化了减少主要非传染性疾病和伤害造成的可避免死亡率的经济价值。我们估计了 2000 年、2019 年和 2050 年每种死因以及地理区域的可避免死亡率（最低达到的死亡率边界与预计死亡率轨迹之间的差异），并分别考虑了高收入国家、印度和中国；我们将经济价值应用于这些估计。降低心血管疾病可避免死亡率的经济价值对于所有地区的男女来说都很大，到 2019 年将达到年收入的 2-8%。对于癌症，在高收入国家和中国，这一数字将达到年收入的 5-6%就伤害而言，撒哈拉以南非洲以及拉丁美洲和加勒比地区的比例约为 5%。尽管我们的估计存在很大的不确定性，但我们通过原因和与年收入相当的指标提供了降低可避免死亡率的经济价值，这使得多部门优先事项设定成为可能，并与围绕预算和资源分配的高层政策讨论相关。© 2024。作者（s）。