肿瘤类器官

研究动态

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肾上腺皮质癌

膀胱尿路上皮癌

乳腺浸润癌

宫颈鳞癌和腺癌

弥漫性大B细胞淋巴瘤

胶质母细胞瘤

胶质细胞瘤

肾嫌色细胞癌

肾透明细胞癌

肾乳头状细胞癌

急性髓系白血病

脑低级别胶质瘤

肺鳞状细胞癌

嗜铬细胞瘤和副神经节瘤

皮肤黑色素瘤

子宫内膜样癌

子宫癌肉瘤

眼部黑色素瘤

肿瘤类器官

肾上腺皮质癌

膀胱尿路上皮癌

乳腺浸润癌

宫颈鳞癌和腺癌

弥漫性大B细胞淋巴瘤

胶质母细胞瘤

胶质细胞瘤

肾嫌色细胞癌

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脑低级别胶质瘤

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嗜铬细胞瘤和副神经节瘤

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子宫内膜样癌

子宫癌肉瘤

眼部黑色素瘤

JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

XianhuiCheng,Wenjing...

Proteomic Characterization of Urinary Exosomes with Pancreatic Cancer by Phosphatidylserine Imprinted Polymer Enrichment and Mass Spectrometry Analysis.

JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

外泌体作为细胞间通讯的载体，可以作为探索癌症早期诊断的有前景的生物标志物。胰腺癌是胰腺常见的恶性肿瘤，起病隐匿，早期诊断困难。本研究的目的是通过磷脂酰丝氨酸分子印迹聚合物（PS-MIP）捕获尿液样本中的外泌体。透射电子显微镜和纳米颗粒跟踪分析以及蛋白质印迹表明我们的分子印迹材料可以有效捕获尿液外泌体。三个平行测试验证了质谱测定的重现性和材料捕获效率的稳定性。质谱与非靶向蛋白质组学相结合，显示 5 名胰腺癌患者和 5 名健康对照者的外泌体中蛋白质表达存在差异。与健康对照相比，胰腺癌患者蛋白质组谱最显着的变化是 SLC9A3R1、SPAG9 和铁蛋白轻链 (FTL) 的过度表达。这些蛋白质可能在诊断和预后评估中发挥重要作用，支持进一步的科学和临床研究关于胰腺癌。

JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

ZhenqiZhou,BrihgetSi...

Proteomic Analysis Reveals Major Proteins and Pathways That Mediate the Effect of 17-β-Estradiol in Cell Division and Apoptosis in Breast Cancer MCF7 Cells.

JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

尽管进行了广泛的研究，但负责雌激素生理作用的基因/蛋白质和途径仍然难以捉摸。在这项研究中，我们使用蛋白质组学方法确定了雌激素对乳腺癌 MCF7 细胞总体蛋白质表达的影响。 17-β-雌二醇 (E2) 显着改变了 77 种胞浆蛋白、74 种核蛋白和 81 种膜/细胞器蛋白的表达。蛋白质富集分析表明，E2 可能主要通过促进 G1 到 S 相转变和推进 G2/M 检查点来刺激细胞分裂。 E2对细胞存活的影响是复杂的，因为它可以同时增强和抑制细胞凋亡。生物信息学分析提示，E2可能通过促进线粒体中成孔蛋白Bax的积累来增强细胞凋亡，并通过激活PI3K/AKT/mTOR信号通路抑制细胞凋亡。我们使用免疫印迹验证了 PI3K 信号传导的激活以及 E2 处理的细胞膜/细胞器部分中 Bax 的积累。与单独用E2处理的细胞相比，用E2和PI3K抑制剂Ly294002处理MCF7细胞显着增强细胞凋亡，这表明雌激素与PI3K抑制剂联合可能是治疗ERα阳性乳腺癌的有前途的策略。有趣的是，许多 E2 上调蛋白含有 HEAT、KH 和 RRM 结构域。

JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

PradeepKumar,RohitKu...

LC-Orbitrap HRMS-Based Proteomics Reveals Novel Mitochondrial Dynamics Regulatory Proteins Associated with RasV12-Induced Glioblastoma (GBM) of Drosophila.

JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

多形性胶质母细胞瘤 (GBM) 是成年人中最常见、最具侵袭性的脑肿瘤，预后较差，平均生存期为 14-15 个月。为了全面了解蛋白质组并确定新的治疗靶点，本研究主要集中于 RasV12 诱导的 GBM 的差异丰度蛋白（DAP）。 RasV12 是一种组成型活性 Ras 突变体，通过持续激活信号通路导致肿瘤生长失控，对肿瘤进展至关重要。本研究使用了 RasV12 过表达的转基因果蝇模型，并使用 repo-GAL4 驱动系（特别是在神经胶质细胞中）来研究 GBM。基于高分辨率质谱 (HRMS) 的 GBM 幼虫中枢神经系统蛋白质组学分析鉴定出三种针对线粒体的新型 DAP。通过 HRMS 鉴定的这些 DAP，可能是马来酰乙酰乙酸异构酶 2 (Q9VHD2)、双功能亚甲基四氢叶酸脱氢酶 (Q04448) 和谷氨酰胺合成酶 1 (P20477)，并通过 qRT-PCR 进一步验证。蛋白质-蛋白质相互作用分析揭示了 RasV12 和 DAP 之间的相互作用，以及与 Drp1、Marf、Parkin 和 HtrA2 等线粒体动力学调节因子的功能联系。值得注意的是，在 GBM 进展过程中观察到 Q9VHD2、P20477 和 Q04448 表达的改变，这为线粒体动态调节因子参与 RasV12 诱导的 GBM 病理生理学提供了新的见解。

JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

AldoMoreno-Ulloa,Var...

Evaluation of a Proteomics-Guided Protein Signature for Breast Cancer Detection in Breast Tissue.

JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

在临床环境中，非癌性和癌性乳腺组织之间的区别具有挑战性，并且发现新的基于蛋白质组学的生物标志物仍未得到充分探索。通过一项试点蛋白质组学研究（发现队列），我们的目的是确定表明乳腺癌的蛋白质特征，以便使用六个已发表的蛋白质组学/转录组数据集（验证队列）进行后续验证。所有基于理论 (SWATH) 的质谱的连续窗口采集揭示了非癌组织和乳腺癌之间存在 370 种差异丰富的蛋白质。基于蛋白质-蛋白质相互作用的网络和富集分析揭示了乳腺癌中与细胞外基质组织、血小板脱颗粒、先天免疫系统和 RNA 代谢相关的通路的失调。通过多变量无监督分析，我们确定了能够区分乳腺癌的四种蛋白质特征（OGN、LUM、DCN 和 COL14A1）。这种失调模式在不同的蛋白质组学和转录组学数据集中得到了一致的验证。与 Luminal A 相比，Basal-Like 和 HER2 等预后不良的乳腺癌亚型的失调程度明显更高。区分乳腺癌和非癌组织的特征的诊断评估（受试者工作特征 (ROC) 曲线）揭示了曲线下面积（ AUC）范围为 0.87 至 0.9，预测准确度为 80% 至 82%。分层后，仅包括基础样/三阴性亚型，ROC AUC 增加至 0.922-0.959，预测准确度为 84.2%-89%。这些发现表明，所识别的特征在区分癌性乳腺组织和非癌性乳腺组织方面具有潜在作用，为提高诊断准确性提供了见解。

JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

WujieChen,QihuaYe,Bi...

Identification of FGG as a Biomarker in Early Gastric Cancer via Tissue Proteomics and Clinical Verification.

JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

胃癌 (GC) 的早期准确诊断对于降低死亡率和改善患者健康至关重要。然而，GC的早期诊断方法仍然缺乏。在这项研究中，通过相对和绝对定量的同量异位标记 (iTRAQ)，我们鉴定了 336 个蛋白质，这些蛋白质在早期胃癌 (EGC) 与进展性胃癌 (PGC) 中上调的差异表达蛋白 (DEP) 之间重叠，在 EGC 中上调的差异表达蛋白 (DEP)与非胃癌 (NGC) 的比较，以及 EGC 与 NGC 中无显着性的蛋白质。这些 DEP 主要参与中性粒细胞相关的免疫反应。蛋白质和通路的网络分析表明，纤维蛋白原 α (FGA)、β (FGB) 和 γ (FGG) 是区分 EGC 的候选者。此外，对临床样本的平行反应监测（PRM）、免疫组织化学（IHC）和蛋白质印迹（WB）检测证实，与PGC和NGC相比，EGC胃粘膜中只有FGG独特且显着上调。我们的结果表明，胃粘膜中的 FGG 可以成为通过内窥镜检查诊断 EGC 患者的新型生物标志物。

JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

NatháliadeVasconcell...

Mannose-6-Phosphate Isomerase Functional Status Shapes a Rearrangement in the Proteome and Degradome of Mannose-Treated Melanoma Cells.

JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

代谢重编程是转化细胞的普遍特征，是癌症的标志之一，并使肿瘤细胞能够适应新环境。积累的证据表明，一些肿瘤细胞无法将 6-磷酸甘露糖转化为 6-磷酸果糖，从而损害了 6-磷酸甘露糖异构酶 (MPI) 水平低的细胞中的肿瘤生长。因此，我们进行了功能分析，并描绘了接受甘露糖处理的具有不同突变背景的黑色素瘤细胞系的蛋白质组景观和蛋白酶底物（降解组）的库。我们的结果表明，甘露糖处理后黑色素瘤细胞系的蛋白质组和降解组发生显着重排，包括分解代谢途径的激活（例如蛋白质周转）和蛋白质 N 末端乙酰化的差异。尽管 MPI 蛋白丰度和基因表达状态不是预后标志物，但外源单糖来源（即甘露糖）引起的网络扰动显着影响下游互连的生物回路。因此，正如本研究所报道的，由于 MPI 酶的功能状态引起的代谢重连而对甘露糖下游效应进行蛋白质组/降解组图谱分析，可能有助于识别黑色素瘤中受影响的信号通路中的特定分子参与者。

JOURNAL OF PHYSIOLOGY AND BIOCHEMISTRY

InmaculadaAguilera-B...

Dietary-Based Diabetes Risk Score and breast cancer: a prospective evaluation in the SUN project.

JOURNAL OF PHYSIOLOGY AND BIOCHEMISTRY

据报道，2 型糖尿病 (T2D) 与乳腺癌风险之间存在关联。这种关联可以通过胰岛素/IGF 系统的改变来解释。因此，我们的目的是前瞻性地调查先前报道的与 T2D 呈负相关的饮食糖尿病风险评分 (DDS) 是否也与 SUN（“Seguimiento Universidad de Navarra”）队列中的乳腺癌风险相关。我们对 10,810 名女性（平均年龄 = 35 岁，SD = 11 岁）进行了平均 12.5 年的随访，期间诊断出 147 例新的浸润性乳腺癌病例。在基线和 10 年随访后进行了经过验证的 136 项 FFQ。 DDS（范围：11 至 55 分）正权重蔬菜、水果、全麦食品、坚果、咖啡、低脂乳制品、纤维、PUFA；而红肉、加工肉类和含糖饮料则为负权重。 DDS 被分为三分位数。自我报告的医学诊断乳腺癌病例通过医疗记录得到证实。我们发现 DDS 评分的中间三分位数与总体乳腺癌风险（风险比，HRT2 与 T1= 0.55；95% CI：0.36-0.82）和绝经前乳腺癌风险（HRT2= 0.26；95%）之间存在显着的负相关。 CI：0.13-0.53），但不适用于最高三分位。这种关联在 BMI< 25 kg/m2 的女性中更为明显（pinteraction：0.029）。总之，适度遵守 DDS 评分与降低乳腺癌风险相关，尤其是绝经前女性和体重指数较低的女性。这些发现强调了抗糖尿病饮食在降低乳腺癌风险方面的重要性。© 2024。作者。

JOURNAL OF PHYSIOLOGY AND BIOCHEMISTRY

SaveraAggarwal,Archa...

Palmitic acid causes hepatocyte inflammation by suppressing the BMAL1-NAD+-SIRT2 axis.

JOURNAL OF PHYSIOLOGY AND BIOCHEMISTRY

棕榈酸是循环中最丰富的饱和脂肪酸，会引起肝细胞毒性和炎症。由于饱和脂肪酸也会扰乱昼夜节律，因此目前的工作评估了时钟基因和 NAD 依赖性 Sirtuins 在保护肝细胞免受脂质诱导损伤方面的联系。用较高剂量的棕榈酸（400-600μM）处理的肝细胞（永生细胞PH5CH8、肝癌细胞HepG2）表现出典型的脂肪变性特征，伴有生长抑制和炎症标志物（IL-6、IL-8、IL-1α和IL）水平升高。 -1β) 以及 NAD 水平下降。棕榈酸处理的肝细胞不仅显示 SIRT2 的蛋白质水平显着下降，而且其下游靶标（微管蛋白和 NF-ƙB）的乙酰化状态也显示其活性显着下降。此外，只有非癌性肝细胞 PH5CH8 细胞中存在棕榈酸时，SIRT2 和 BMAL1 的昼夜节律表达均受到抑制。从患有 NASH 相关纤维化（从无纤维化（F0）到肝硬化（F4））受试者中获得的临床标本显示 SIRT2 和 BMAL1 水平显着下降，尤其是在肝硬化肝脏中。与 HepG2 细胞相比，在 PH5CH8 细胞中，BMAL1 的异位表达或通过补充烟酰胺核苷（NAD 前体）激活 SIRT2 更有效地抑制棕榈酸诱导的脂肪炎症和脂毒性。从机制上讲，棕榈酸通过破坏 BMAL1 在其启动子位点的染色质占据来引起 SIRT2 的转录抑制。总体而言，这项工作表明 SIRT2 是一个受 BMAL1 转录调控的时钟控制基因。总之，BMAL1-NAD -SIRT2 轴的激活通过预防脂毒性和抑制炎症显示出保肝作用。© 2024。作者获得纳瓦拉大学的独家许可。

JOURNAL OF PHYSIOLOGY AND BIOCHEMISTRY

GabrielaNeira,Javier...

Increased expression of IL-1β in adipose tissue in obesity influences the development of colon cancer by promoting inflammation.

JOURNAL OF PHYSIOLOGY AND BIOCHEMISTRY

过度肥胖会导致结肠癌（CC）的发生。白细胞介素 (IL)-1β 是一种促炎细胞因子，与肥胖相关的慢性炎症和致瘤过程相关。我们在此旨在研究肥胖和CC如何影响IL1B的表达，并确定IL-1β在肥胖和CC的背景下对代谢炎症和肠道屏障功能的调节的影响。来自 71 名志愿者的样本被用于病例对照研究和饮食诱导肥胖 (DIO) 大鼠模型。此外，还使用减肥手术来确定减肥对 Il1b 肠道基因表达水平的影响。为了评估 IL-1β 和肥胖对 CC 的影响，我们用 IL-1β 和来自肥胖患者的脂肪细胞条件培养基 (ACM) 处理腺癌细胞系 HT-29。我们发现，肥胖 (P<0.05) 和 CC (P<0.01) 上调了 CC 患者内脏脂肪组织和结肠中 IL1B 的转录水平 (P<0.01)。通过袖状胃切除术或热量限制实现体重减轻后，DIO 大鼠回肠和结肠中 Il1b 的表达增加减少（P<0.05）。对 HT-29 细胞进行 ACM 处理后，IL1B 和 CCL2 的转录上调（P<0.05），同时降低抗炎 ADIPOQ 和 MUC2 基因的表达（P<0.05）。此外，IL-1β上调（P<0.01）CCL2和TNF的表达，同时下调（P<0.01）HT-29细胞中IL4、ADIPOQ和TJP1的转录水平。我们提供了 IL-1β 通过直接促进炎症在肥胖相关 CC 中发挥重要作用的证据。© 2024。作者。

JOURNAL OF PHYSIOLOGY AND BIOCHEMISTRY

IdoiaBilbao,MiriamRe...

Comprehensive in silico CpG methylation analysis in hepatocellular carcinoma identifies tissue- and tumor-type specific marks disconnected from gene expression.

JOURNAL OF PHYSIOLOGY AND BIOCHEMISTRY

DNA 甲基化对于染色质结构、转录调控和基因组稳定性至关重要，从而定义细胞身份。 CpG 丰富区域的异常高甲基化在癌症中很常见，会影响基因表达。然而，个体表观遗传修饰对肿瘤发生的具体贡献仍在研究中。在肝细胞癌 (HCC) 中，与其他肿瘤类型一样，DNA 甲基化改变也被记录下来。我们的目的是鉴定 HCC 中高甲基化的 CpG，评估它们在其他肿瘤类型中的特异性，并研究它们对基因表达的影响。为此，我们分析了 HCC、其他肝脏疾病和 27 种肿瘤类型的公共甲基化组以及 TCGA-LIHC 和 GTEx 的表达数据。这项研究鉴定出与对照肝组织相比，HCC 中的 39 个 CpG 位点高度甲基化，并且位于启动子、基因体和基因间 CpG 岛内。值得注意的是，这些 CpG 在健康肝组织和其他正常组织中主要未甲基化。与其他 27 种肿瘤的比较分析揭示了常见和 HCC 特异性的高甲基化 CpG。有趣的是，HCC 高甲基化基因在不同的健康组织中表现出最小的表达，而在相应肿瘤中的表达水平略有变化。这些发现证实了先前的证据，即 DNA 高甲基化对癌症基因表达调控的影响有限。它还强调了在癌发生过程中允许在正常不表达的基因中选择组织特异性甲基化标记的机制的存在。总的来说，我们的研究有助于证明癌症表观遗传学的复杂性，强调需要更好地理解 DNA 甲基化、基因表达动态和肿瘤发生之间的相互作用。© 2024。作者。