微生物次生代谢产物在控制物种相互作用和促进其防御策略方面发挥着至关重要的生态作用。它们独特的结构和强大的生物活性是发现抗生素和抗癌药物的关键。基因组测序无疑揭示了粘细菌与众所周知的放线菌一样，构成了一个巨大的次生代谢产物库。然而，由于大多数次生代谢物不是在实验室环境中产生的，因此迄今为止表征的粘细菌天然产物仅代表冰山一角。通过将专用的 Myxococcus xanthus DZ2 底盘菌株的工程与两步生长培养基方案相结合，我们提供了一种称为资源整合和最大化-生物分子过量生产和最佳筛选治疗的两步方案 (2PRIM-BOOST) 的新方法，用于从粘细菌中产生非核糖体肽合成酶（NRPS）/聚酮化合物合成酶（PKS）次级代谢产物。我们进一步表明，2PRIM-BOOST 策略将有助于筛选次级代谢物的医学意义的生物活性。作为概念证明，使用组成型强启动子，可以有效地生产来自 M. xanthus DZ2 的 myxoprincomide，并且使用 2PRIM-BOOST 方法增强了其生物合成，从而可以鉴定 myxoprincomide 的新特征。这种策略应该允许有机会产生和发现新的 NRPS、PKS 和混合 NRPS/PKS 混合天然代谢物，这些代谢物目前被认为是神秘的，并且在粘细菌中最具代表性。重要性微生物次生代谢物在物种相互作用中很重要，也是一种多产的代谢物。药物来源。粘细菌是普遍存在的土壤细菌，构成了巨大的次生代谢产物库。然而，由于大多数这些分子不是在实验室环境中产生的，因此可以估计迄今为止只有十分之一的分子被表征。在这里，我们开发了一种称为资源整合和最大化-生物分子过量生产和最佳筛选治疗的两步协议（2PRIM-BOOST）的新策略，该策略将专用的黄色粘球菌底盘菌株的工程与生长培养基优化结合起来。通过将这些策略与在生物合成基因簇 (BGC) 上游插入组成型启动子相结合，成功并显着增加了 myxoprincomide（一种特征性低产量次级代谢物）的产量。 2PRIM-BOOST 丰富了用于生产以前神秘的代谢物的工具箱，揭示了它们的生态作用，并提供了具有医学意义的新分子。

卡波西肉瘤相关疱疹病毒 (KSHV) DNA 聚合酶持续合成因子 ORF59 是病毒 DNA 合成所必需的裂解蛋白，是核心复制复合体的一部分。 ORF59 的多功能性质促使人们对其各种功能域进行研究。先前对 ORF59 的研究已经确定了二聚化、DNA 相互作用和聚合酶相互作用域。 ORF59 负责与病毒 mRNA 转运积累蛋白 (MTA/ORF57) 和病毒长非编码聚腺苷酸化核 (PAN) RNA 相互作用的区域尚未被探索。使用一系列先前表征的 ORF59 缺失 KSHV BACmid 突变体，我们鉴定了与 ORF57 和 PAN RNA 相互作用的 ORF59 结构域。有趣的是，氨基酸 51-100 对于与 ORF57 和 PAN RNA 相互作用至关重要。利用这些信息，我们生成了表达 DsRed 标记多肽的质粒，该多肽跨越 ORF59 的氨基酸 30-100。当在裂解再激活之前将30-100个aa DsRed标记的多肽表达质粒转染至KSHV野生型iSLK细胞中时，观察到病毒复制的显性失活抑制，导致感染性病毒产生减少。我们的数据表明，ORF59 与 ORF57 和 PAN RNA 之间的相互作用对于成功裂解复制非常重要。重要性为了更好地了解卡波西肉瘤相关疱疹病毒 (KSHV) DNA 聚合酶持续合成因子 ORF59，我们研究了 ORF59 与 ORF57 和聚腺苷酸化核 (PAN) 的相互作用。 )RNA。我们使用先前表征的包含 ORF59 内部缺失的 KSHV BACmid 来鉴定与 ORF57 和 PAN RNA 相互作用的 ORF59 结构域。我们的研究揭示了 ORF59 的多个结构域，这些结构域对于其与 PAN RNA 的关联至关重要。这些结构域跨越氨基酸 51-100、251-300 和 351-396。其他实验证实氨基酸 51-100 对于 ORF59 和 ORF57 之间的相互作用至关重要。利用这些信息，我们生成了包含 ORF57 和 ORF59 的 PAN RNA 相互作用结构域的表达质粒。氨基酸30-100的ORF59多肽表达质粒在病毒再激活过程中充当显性失活抑制剂并导致病毒产量减少。这些发现为 ORF59 的关键领域提供了宝贵的见解，这对于其功能以及最终感染性病毒的产生至关重要。

肿瘤抑制乳腺癌基因 BRCA1、BRCA2、PALB2 和 RAD51C 中大多数错义变异的功能丧失 (LOF) 分类仍未分类，并且混淆了临床可操作性。由于它们的稀有性，对这些变异进行分类具有挑战性，导致临床医生依赖于计算机预测方法。蛋白质稳定性变化与功能相关，因此稳定性预测很有价值。对错义变异扰动的稳定性预测需要高分辨率的蛋白质结构。然而，这些高分辨率结构的可用性仍然缺乏。本研究探索使用生成式 AI 来预测高分辨率蛋白质结构，然后使用计算机蛋白质稳定性预测方法对其进行分析，以评估蛋白质有序区域中的 LOF 活性。这项研究还确定了 dbNSFP v4.7 数据库中适当的计算机蛋白质稳定性和专用计算机错义预测方法，以预测这四个基因的有序区域中的 LOF 活性。来自同源重组 DNA 修复 (HDR) 测定的功能分类和来自 ClinVar 数据库的变异分类为评估这些计算机预测方法的性能提供了可靠的数据集。BRCA1-C 末端 (BRCT) 结构域和 DNA- 的复杂 AlphaFold2 结构使用蛋白质稳定性工具 FoldX 分析 BRCA2 的结合 (DB) 结构域，预测错义变体的 LOF 活性明显优于有序区域中实验衍生的结构。 BRCT 域的曲线下面积 (AUC)= 0.861 (95% CI:0.858-0.863) 和 AUC= 0.842 (95% CI:0.840-0.845)，而 DB 域的 AUC= 0.836 (95% CI) ：0.8322-0.841），相比之下，BRCT 域的 AUC= 0.847（95% CI：0.844-0.850）和 AUC= 0.835（95% CI：0.832-0.837），以及 AUC= 0.830（95% CI：0.821-0.8320） ）来自实验衍生结构的 DB 域。蛋白质稳定性并不能比专用的计算机错义预测器更好地预测错义变体的 LOF 活性。总体而言，我们发现与 dbNSFP 数据库中存在的所有其他计算机错义预测因子相比，AlphaMissense 排名靠前，这四个癌症基因的有序区域的平均 AUC= 0.890 (95% CI 0.886-0.895)。在根据基因 BRCA1、BRCA2、PALB2 和 RAD51C 的有序区域中预测的蛋白质稳定性评估 LOF 活性时，生成式 AI 蛋白质预测结构可以优于实验衍生的结构。该研究还强调了 AlphaMissense 作为首屈一指的计算机错义预测方法的预测性能，可预测这四种肿瘤抑制乳腺癌基因中错义变异的 LOF 活性。本研究的代码可以在 GitHub (https://github.com/rohandavidg/CarePred) 上免费下载。© 2024 作者。

ProteinPaint Hi-C 工具 (ppHiC) 促进基于网络的可视化和 Hi-C 数据的协作探索，Hi-C 数据是理解三维基因组结构的重要资源。 ppHiC 允许研究人员在网络浏览器上轻松分析大型 Hi-C 数据集，而无需计算专业知识，而迄今为止，对这种复杂基因组数据的访问受到限制。该平台兼容多个 Hi-C 数据版本，并拥有高度可定制的界面，包括用于精确调整关键可视化参数的配置面板。该工具的交互功能提供了广泛的视图，从全基因组景观到基因座对之间的详细相互作用，这些视图都可以在单个集成环境中访问。在这里，我们演示了如何使用 ppHiC 可视化神经母细胞瘤中改变的染色质构象景观，有助于了解这种癌症中的基因组重排。© 2024 作者。

免疫肿瘤学癌症治疗正在转向新辅助治疗。对于胃肠道癌症，特别是局部晚期直肠癌患者，新辅助化学免疫治疗通常会引起完全缓解，从而避免手术干预。最近的临床试验表明，基于奥沙利铂的化疗和 PD-1/PD-L1 靶向免疫疗法的组合可以在手术前安全地进行，并具有治疗目的。© 2024 作者。经泰勒许可出版

肺癌是全球癌症相关死亡率最高的癌症。虽然针对抗肿瘤免疫反应的免疫疗法已在临床实践中证明有效，但对新型治疗方式的需求仍然迫切。溶瘤病毒（OV）可以选择性地杀死肿瘤细胞，同时刺激抗肿瘤免疫反应，代表了肺癌治疗的潜在突破。 OV 诱导的抗肿瘤免疫对其整体治疗效果至关重要。癌细胞表面的许多天然受体失调，为 OV 提供了潜在的切入点。此外，肺癌细胞中一些关键信号通路的固有失调会促进增殖、进展和转移，这可能促进选择性病毒复制。在这篇综述中，我们通过分析几种主要的OVs及其相应的进入受体来探讨OVs在肺癌中的应用。然后，我们还研究了可能与 OV 协同调节免疫肿瘤微环境的关键信号通路和分子。最后，我们讨论了需要进一步临床试验进行验证的组合和给药策略。尽管有一定的局限性，OV 的耐受性使病毒疗法成为未来肺癌治疗的一个有前途的途径。版权所有 © 2024 Dong、Luo、He、Zhang、Zeng 和 Chen。

近年来，随着嵌合抗原受体（CAR）T细胞治疗血液肿瘤的突破性成就以及细胞工程技术的进步，其他免疫细胞的探索受到了广泛关注。 CAR 疗法不仅限于 T 细胞，还包括 CAR 自然杀伤 (NK) 细胞和 CAR 巨噬细胞，这些细胞在临床试验领域已得到牢固确立。不太传统的免疫细胞也正在进入场景，例如 CAR 粘膜相关不变 T (MAIT) 细胞。这一进展正在推动精准医学的发展，并促进即用型生物疗法的开发。然而，鉴于自然杀伤细胞的独特特征，过继性NK细胞免疫疗法已成为一种通用的、同种异体的、“现成的”治疗策略。 CAR-NK细胞毒性细胞具有靶向肿瘤特异性，但似乎没有与CAR-T细胞相关的副作用。 CAR-NK 细胞似乎是癌症免疫治疗的潜在候选者。然而，它们的应用受到重大挑战的阻碍，特别是 CAR-NK 细胞在体内的持久性有限，这对其治疗癌症的持续有效性构成了障碍。基于此，本文讨论了CAR-T细胞和CAR-NK细胞在血液肿瘤中的现状和应用，并对这两类基因改造免疫细胞的结构、遗传学和临床结果进行了比较分析。 cells.版权所有 © 2024 Andrea、Chiron、Sarrabayrouse、Bessoles 和 Hacein-Bey-Abina。

免疫治疗在结直肠癌（CRC）治疗中的应用是目前的研究热点，新辅助免疫治疗在结直肠癌的治疗中已初见成效。观察并等待（W

长期以来，中性粒细胞一直被认为在急性炎症中占据主导地位，这一度导致人们低估了中性粒细胞在慢性恶性肿瘤中的作用。现在人们认识到，中性粒细胞也大量渗透到肿瘤微环境中，并在肿瘤内形成高度丰富的免疫群体，称为肿瘤相关中性粒细胞（TAN）。近年来，人们对研究 TAN 的显着异质性和可塑性产生了浓厚的兴趣，学者们越来越多地关注 TAN 的多方面功能，因此人们致力于阐明其作为治疗靶点的潜力。然而，将 TAN 靶向免疫疗法转化为临床实践还有很长的路要走。因此，利用文献计量分析的方法全面评价TAN的研究现状、焦点和演变趋势具有重要意义。2000年至2024年TAN研究相关出版物摘自Web of Science核心合集。通过Microsoft Excel、VOSviewer、CiteSpace、R-bibliometrix等工具进行文献计量分析和可视化。文献计量分析共收录了58个国家/地区1000个机构的5291名学者发表的788篇出版物及相关文章在324种期刊上发表。尽管中国的出版物数量和机构排名前十，但美国是出版物质量最多的领先国家，也是全球合作中心。 FRONTIERS IN IMMUNOLOGY 发表的论文最多，而 CANCER RESEARCH 是同被引用最高的期刊。以色列教授Fridlender, Zvi G.是TAN领域引用次数和H指数最高的创始人、先驱和培育者。我们的分析预示了未来的发展轨迹：TAN 异质性、中性粒细胞胞外陷阱、TAN 与免疫细胞之间的串扰以及免疫治疗可能会成为未来研究的重点。首先进行全面的文献计量和视觉分析，以绘制当前的景观和知识结构TAN，为进一步研究提供了新的视角。准确识别不同的 TAN 亚群以及精确靶向关键的促肿瘤/抗肿瘤亚群，具有发展为 TAN 靶向免疫疗法的巨大潜力。版权所有 © 2024 肖、冯、艾尼、赵、丁和高。

食管癌（EC）是一个主要的健康问题，在全球发病率中排名第七，在死亡率中排名第六。尽管多学科治疗方法取得了进步，但 EC 的 5 年生存率仍然很低，仅为 21%。 EC治疗的挑战来自于晚期诊断、高恶性度和不良预后。了解肿瘤微环境至关重要，因为它包括影响肿瘤行为和治疗反应的各种细胞和细胞外成分。肥大细胞（MC）作为组织驻留免疫细胞，在肿瘤动力学中发挥双重作用。高通量单细胞RNA测序为分析肿瘤异质性和免疫相互作用提供了有力的工具，尽管其在EC中的应用有限。在本研究中，我们利用单细胞RNA测序研究了EC的免疫微环境，并建立了全面的免疫微环境。轮廓。我们还对上游转录因子和下游通路富集进行了分析，以进一步全面解读 EC 中的 MC。此外，我们还进行了敲除实验来探索表皮生长因子受体（EGFR）信号通路在MCs-肿瘤细胞相互作用中的作用，强调其作为预后标志物的潜力。最后，我们构建了 EC 的预后模型，为 EC 的诊断和预后提供了有价值的建议。我们的分析确定了 11 种主要细胞类型，其中 MCs 尤其存在于癌周组织中。对 5,001 个 MC 进行进一步分组，确定了 8 种不同的亚型，包括 SRSF7 高表达的 MC，其表现出强烈的肿瘤偏好和潜在的促肿瘤特性。此外，我们还鉴定了关键信号受体EGFR，并通过体外敲低实验对其进行了验证，证明了其促癌作用。此外，我们建立了一个独立的预后指标，SRSF7 MCs风险评分（SMRS），它显示了高SMRS组与不良预后之间的相关性。这些发现阐明了EC肿瘤微环境内复杂的相互作用，并表明针对特定MCs亚型，特别是通过 EGFR 信号通路，可能会提出新的治疗策略。这项研究建立了一个全面的 EC 免疫图谱，为改进治疗方法提供了见解。版权所有 © 2024 张、张、夏侯、左、薛和张。