三阴性乳腺癌（TNBC）是乳腺癌的一种独特亚型，具有高侵袭性、高转移性、易复发、预后差等特点。非BRCA1/2突变TNBC仍缺乏有效的治疗方案。因此，临床迫切需要针对非BRCA1/2突变的TNBC开发新的治疗方法。本研究的scRNA数据来自GEO数据库，转录组数据来自TCGA和METABRIC数据库。对单细胞测序数据进行质量控制程序。然后应用注释和Copycat算法进行分析。采用高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）方法，我们分析了非 BRCA1/2 突变 TNBC 的肿瘤上皮细胞，以确定功能模块基因。进一步利用PPI分析和生存分析来鉴定关键基因。将 siRNA-NC 和 siRNA-ATP5MF 转染至两种 MDA-MB-231 和 BT-549 TNBC 细胞系中。通过CCK8测定、集落形成和迁移测定来测定细胞生长。电子显微镜用于检查细胞中线粒体的结构。 JC-1染色用于测量线粒体膜的电位。通过将TNBC细胞注射到裸鼠体内建立肿瘤异种移植动物模型。该动物模型用于评估ATP5MF沉默后的体内肿瘤反应。使用hdWGCNA，我们在模块3中鉴定了136个基因。经过PPI和生存分析，我们鉴定了ATP5MF作为潜在的治疗基因。 ATP5MF 高表达与非 BRCA1/2 突变 TNBC 的不良预后相关。使用TCGA数据库和临床TNBC标本的IHC染色评估TNBC组织中ATP5MF的高表达。在两种TNBC细胞系中沉默ATP5MF可减少体外TNBC细胞的生长和集落形成，并阻碍体内TNBC异种移植物的生长。此外，ATP5MF敲低会损害TNBC细胞中的线粒体功能。 总之，代谢蛋白ATP5MF在非BRCA1/2突变TNBC细胞中发挥着至关重要的作用，使其成为非BRCA1/2突变TNBC潜在的新型诊断和治疗肿瘤靶点.© 2024。作者。

胰腺导管腺癌（PDAC）是最恶性肿瘤之一，缺乏有效的治疗方案。癌症相关成纤维细胞（CAF）是肿瘤微环境的重要组成部分，与肿瘤进展、预后和治疗反应相关。本工作旨在探索新的CAFs相关靶点，以改善PDAC的治疗策略。下载PDAC单细胞测序数据（CRA001160，n = 35）并基于GSA数据库进行整合，将成纤维细胞分类为精细亚型。使用功能富集分析和共表达调控网络分析来鉴定不同成纤维细胞亚型的功能表型和生物学特性。使用伪时间分析构建成纤维细胞分化轨迹，以识别成纤维细胞的初始和终末分化亚型。比较有反应和无反应患者PDAC免疫治疗前后不同成纤维细胞亚型比例的变化，并基于GSA和GEO数据库确定成纤维细胞亚型与PDAC免疫治疗反应性之间的关系。利用分子生物学方法证实BNIP3对CAF缺氧和炎症的影响。将CAF与胰腺癌细胞共培养，检测其对胰腺癌迁移和侵袭的影响。单细胞数据分析将成纤维细胞分为6种亚型。分化轨迹表明BNIP3 Fibro亚型呈现终末分化，且随着分化时间的延长，与缺氧和炎症反应相关的基因表达量逐渐增加。 BNIP3 Fibro 亚型中特定的过表达基因与 PDAC 患者的总生存期和无疾病进展生存期显着相关。有趣的是，BNIP3 Fibro亚型的比例越大，PDAC患者对免疫治疗的反应越差，而CRTL治疗方案有效降低了BNIP3 Fibro亚型的比例。敲除BNIP3后，CAF的缺氧标志物和炎症因子受到抑制。 CAFs与胰腺癌细胞共培养可以增加胰腺癌的迁移和侵袭，但这可以通过敲除BNIP3来逆转。这项研究揭示了BNIP3 Fibro亚型与缺氧和炎症反应相关，这与胰腺癌的不良反应密切相关。 PDAC 患者的预后，并确定了预测 PDAC 免疫治疗反应的特征基因。© 2024。作者。

最近的证据表明，环状 RNA (circRNA) 在结直肠癌 (CRC) 的进展中发挥着重要作用；然而，它们在CRC中的作用和机制需要进一步探讨。本研究旨在揭示 circXPO1 在 CRC 进展中的生物学功能。CircXPO1 通过 Sanger 测序、RNase R 和放线菌素 D 治疗测定法进行鉴定。采用集落形成、划痕、transwell实验和小鼠异种移植模型来评估CRC细胞的体外和体内生长和转移。通过 FISH 和核质分离实验检测 circXPO1 的亚细胞表达。通过 MeRIP、RIP 和 RNA Pull-down 分析研究分子机制。通过RT-qPCR、Western blotting和免疫组化染色检测靶分子表达。circXPO1在CRC组织和细胞中表达上调，提示CRC患者预后不良。 circXPO1 缺陷会延迟 CRC 细胞的生长、EMT 和转移。机制实验表明，下调 ALKBH5 会增强 IGF2BP2 介导的 m6A 对 circXPO1 的修饰，从而增加 circXPO1 的表达。此外，circXPO1 与 FMRP 相互作用，降低了 WWC2 mRNA 的稳定性，从而导致 Hippo-YAP 通路激活。拯救实验表明，WWC2 过度表达消除了 circXPO1 介导的 CRC 细胞的恶性能力。 CRC细胞的体内生长和肝转移受到circXPO1耗竭或WWC2过表达的抑制。ALKBH5/IGF2BP2轴的m6A修饰的circXPO1通过与FMRP相互作用来不稳定WWC2，激活Hippo-YAP通路，从而促进CRC生长和转移。靶向 circXPO1 可能是 CRC 的潜在治疗策略。© 2024。作者。

BI 836880 是一种人源化双特异性纳米抗体®，可结合并阻断血管内皮生长因子 (VEGF) 和血管生成素-2 (Ang-2)。这里提出了一种全面的生物标志物和建模方法，支持 BI 836880 的剂量发现。两项 I 期剂量递增研究（1336.1 [NCT02674152]、1336.6 [NCT02689505]）在确诊为局部晚期或转移性实体瘤、难治性的成人中评估了 BI 836880接受标准治疗或标准治疗不能可靠有效。研究了两种给药方案，即 3 周 (q3w) 或每周一次 (qw)，起始剂量为 40 mg。在综合生物标志物方法中，分析可溶性药效标志物（游离和总血浆 VEGF-A 和 Ang-2）以及循环血管生成因子（可溶性 VEGF3、可溶性 Tie2 和胎盘生长因子等），以评估靶点参与情况每 3 周一次剂量的外周血。使用有限的 I 期数据集构建了基于群体的药代动力学/药效学 (PopPK/PD) 模型，以支持通过模拟发现剂量。为了证明药物在肿瘤中的活性，应用了动态对比增强磁共振成像（DCE-MRI）。DCE-MRI 扫描支持肿瘤中的靶标参与。游离 VEGF-A 在所有剂量下均被耗尽，而游离 Ang-2 呈剂量依赖性下降，大多数患者从 360 mg q3w 开始就达到了耗尽。虽然总 VEGF-A 水平以剂量依赖性方式增加，在 360 mg q3w 时达到饱和，但总 Ang-2 水平有所增加，但并未达到稳定水平。血管生成生物标志物显示出剂量≥≥360 mg q3w 的变化。 PopPK/PD 模型显示，剂量 ≥ 360 mg q3w 会导致大多数患者在稳态时对游离 Ang-2 产生 >90% 的抑制。通过将剂量增加至 ≥ 500 mg q3w， > 90%的患者有望达到这一水平。多个靶标参与标记物的综合分析支持BI 836880 720 mg q3w作为生物学相关的单药治疗剂量方案。NCT02674152和NCT02689505。© 2024 . 作者。

肿瘤微环境代表了肿瘤学研究的新前沿。在过去的十年中，越来越多的证据强调了肿瘤微环境（TME）的重要性，包括肿瘤细胞、基质细胞、免疫细胞和各种分泌因子，它们共同影响肿瘤的生长、侵袭和对治疗药物的反应。 TME 内的免疫细胞现在被广泛认为在肿瘤发展和治疗中发挥着关键作用。虽然一些观点认为 TME 内的免疫细胞促进肿瘤进展并赋予对治疗干预的抵抗力，但也存在相反的结论。肯定和否定的结论似乎取决于具体情况，尚未达成统一共识。近年来，关于肠道微生物群与肿瘤之间关系的研究不断涌现，人们对肠道微生物群与肿瘤之间关系的认识也日益加深。大多数研究表明，肠道微生物群的特定成分，例如独特的细菌群落或特定的分泌因子，在调节 TME 内的免疫细胞方面发挥着不同的作用，从而影响癌症治疗的预后和结果。对这些因素的详细了解可以为 TME 和癌症治疗提供新的见解。在这项研究中，我们旨在综合 TME 内肠道微生物群与免疫细胞之间相互作用的信息，深入探索对未来癌症治疗的潜在指导意义。© 2024。作者。

最近的研究强调了游离 DNA (cfDNA) 甲基化谱在检测乳腺癌 (BC) 及其不同亚型中的重要性。我们使用无细胞甲基化 DNA 免疫沉淀和高通量测序 (cfMeDIP-seq) 来研究血浆 cfDNA 甲基化是否可以为 BRCA1/2 种系突变患者的乳腺癌特征分析提供信息，从而实现早期癌症检测和治疗反应。纳入了 23 名具有 BRCA1 和 BRCA2 基因种系突变的 BC 患者、19 名没有 BRCA1/2 突变的健康对照者以及两名携带 BRCA1/2 突变的健康个体。在诊断时收集所有研究对象的血样，并通过离心分离血浆。从 1 mL 血浆中提取游离 DNA，并对每个样本进行 cfMeDIP-seq。对免疫沉淀样品进行浅层全基因组测序。然后，鉴定了 25 名 BRCA 种系突变携带者和 19 名非携带者之间的差异甲基化 300 bp 区域 (DMR)。将 DMR 与公共数据集中的肿瘤特异性区域进行比较，以进行公正的分析。最后，基于 GLMnet 和随机森林模型训练了两个统计分类器，以评估所识别的 DMR 是否能够区分 BRCA 阳性和健康样本。与 19 个对照相比，我们在 25 名 BRCA 种系突变携带者中确定了 7,095 个高甲基化区域和 212 个低甲基化区域。这些区域能够以高精度和灵敏度区分肿瘤和健康样本。我们发现 BRCA1/2 突变乳腺癌的循环肿瘤 DNA 的特征是参与 DNA 修复和细胞周期的基因低甲基化。我们发现了与这些 DRM 相关的 TF，并确定了成红细胞转化特异性 (ETS) 家族的蛋白质在高甲基化区域特别活跃。最后，我们评估这些区域可以区分健康样本中的 BRCA 阳性，AUC 为 0.95，敏感性为 88%，特异性为 94.74%。我们的研究强调了肿瘤细胞衍生的 DNA 甲基化在 BC 中的重要性，报告携带 BRCA1、BRCA2 突变的患者和野生型对照患者之间的甲基化谱不同。我们的微创方法可以实现早期癌症诊断、微小残留病评估以及治疗反应监测。© 2024。作者。

手术切除是治疗神经母细胞瘤（儿童最常见的颅外实体恶性肿瘤）不可或缺的一部分。安全定位和切除原发肿瘤和远处的疾病沉积物仍然是一个重大挑战，导致高并发症率和不完整的手术，使结果恶化。术中分子成像 (IMI) 使用靶向放射性或荧光示踪剂在术中识别和可视化肿瘤。选择 GD2 作为 IMI 靶标，因为它在神经母细胞瘤中高度过表达，而在正常组织中表达极少。通过流式细胞术测量神经母细胞瘤细胞系中的 GD2 表达。 DTPA 和 IRDye® 800CW 与抗 GD2 抗体缀合，生成 DTPA-αGD2-IR800。然后通过 ELISA 测定测量抗体和非放射性标记示踪剂的结合亲和力 (Kd)。将人神经母细胞瘤SK-N-BE(2)细胞通过手术注射到3.5-5周龄裸鼠的左肾上腺中，原位异种移植肿瘤生长5周。通过尾静脉注射施用 111In-αGD2-IR800 或同种型对照示踪剂。 4天和6天后，对小鼠实施安乐死，使用伽马计数器测量伽马和荧光生物分布，并对切除器官（包括肿瘤、对侧肾上腺、肾脏、肝脏、肌肉、血液等）获得的 SPY-PHI 荧光图像进行 ImageJ 分析。 ）。通过单向方差分析（对每个示踪剂/天组合进行单独分析）比较器官的摄取，如果显着，则使用 Sidak 的多重比较检验来比较每个器官与肿瘤的摄取。手持式工具还用于原位检测和可视化肿瘤，并评估非引导切除后的残留疾病。每个抗体使用 0.75-2.0 DTPA 和 2-3 IRDye® 800CW 成功合成 111In-αGD2-IR800，并保留足够的量抗原结合（aGD2 的 Kd = 2.39 nM，DTPA-aGD2-IR800 的 Kd = 21.31 nM）。抗 GD2 示踪剂在具有人神经母细胞瘤异种移植物的小鼠中表现出抗原特异性摄取（抗 GD2 示踪剂在第 4 天和第 6 天的 γ 生物分布肿瘤与血液的比率分别为 3.87 和 3.88），而同种型对照示踪剂没有累积（0.414第 4 天和第 6 天为 0.514）。使用广泛使用的手术工具（Neoprobe® 和 SPY-PHI 相机）检测和可视化异种移植物中的探针积累，并有助于检测无引导切除后切除腔内的假定残留疾病。我们开发了一种基于双标记抗 GD2 抗体的示踪剂它结合了 In-111 和 IRDye® 800CW，分别用于无线电和荧光引导手术。该示踪剂与 GD2 充分结合，特异性地在表达 GD2 的异种移植肿瘤中积聚，并通过手持式近红外相机实现肿瘤可视化。这些结果鼓励开发 111In-αGD2-IR800，以供未来用于儿童神经母细胞瘤，目标是提高患者安全性、切除的完整性和患者的总体预后。© 2024。作者。

丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶 1 (STYK1) 是一种受体蛋白酪氨酸激酶 (RPTK) 样分子，可在多个人体器官中检测到。 STYK1在促进多种癌症的发生和转移中发挥重要作用。通过分析2013年免疫基因组计划数据库中免疫细胞中RTK的表达情况，我们发现STYK1主要在NK细胞中表达。为了研究STYK1的功能，我们利用CRISPR/Cas9技术制备了STYK1缺失小鼠，我们发现STYK1缺失小鼠在无瘤静息状态下，脾脏和骨髓中的NK细胞数量、发育和功能均正常。为了检查STYK1在体内的肿瘤监测，我们利用了多种肿瘤模型，包括体内NK细胞特异性靶细胞（ß2M和RMA-S）清除实验、皮下和静脉注射B16F10黑色素瘤模型以及自发性乳腺癌症模型 MMTV-PyMT。令人惊讶的是，我们发现致癌STYK1的缺失促进了四种模型肿瘤的进展，并且与WT小鼠相比，我们观察到STYK1缺失小鼠的肿瘤组织中NK细胞积累减少。为了研究STYK1在NK中的作用机制，STYK1-/-和WT NK的RNA序列揭示了STYK1-/- NK细胞中与迁移和粘附相关的信号通路的差异。对与 NK 细胞迁移相关的趋化因子受体的进一步分析表明，STYK1 缺陷的 NK 细胞表现出 CCR2 表达显着降低。 STYK1 表达与神经胶质瘤患者的肿瘤进展呈负相关。总体而言，我们的研究发现 NK 细胞中 STYK1 的表达通过调节 CCR2 并渗透到肿瘤组织来介导 NK 细胞抗肿瘤反应。© 2024。作者。

越来越多的证据表明肠道微生物群在结直肠癌 (CRC) 的发生和进展中发挥着重要作用。特别是，口腔病原体的过多存在与结直肠癌有关。本研究的目的是进一步调查 CRC 患者的粪便微生物状况，重点关注口腔病原体 Parvimonas micra 和 Fusobacter nucleatum。 在本研究中，使用 CRC 患者的粪便样本进行 16S rRNA 测序（n = 275）和无病理结果的对照 (n = 95)。我们发现，根据肿瘤位置和微卫星不稳定性 (MSI) 状态，微生物组成存在显着差异，P. micra、F. nucleatum 和消化链球菌在患者中含量更高MSI 肿瘤。此外，P. micra 和 F. nucleatum 与一系列 CRC 相关细菌（包括脆弱拟杆菌）以及其他口腔病原体（例如口腔假单胞菌和各种卟啉单胞菌）有关。该簇在对照组中明显不同，表明其与 CRC 存在潜在联系。我们的结果表明，CRC 患者体内几种 CRC 相关细菌的分布相似，这强调了在调查 CRC 机制的研究中考虑细菌种类同时存在的重要性。 CRC 的发展和进展。© 2024。作者。

人类结肠共生产肠毒素脆弱拟杆菌 (ETBF) 与慢性结肠炎和结肠癌有关。 ETBF 定植通过脆弱拟杆菌毒素 (BFT) 诱发结肠炎。 ETBF 分泌的 BFT 通过 E-钙粘蛋白裂解/NF-κB 信号传导引起结肠炎症。 ETBF 通过白细胞介素 17A (IL-17A)/CXCL 依赖性炎症促进结肠肿瘤发生，但其在 ETBF 促进肿瘤发生中的生物活性疗法仍未被探索。在当前的研究中，我们研究了 ETBF 结肠炎和肿瘤发生小鼠模型中的咖啡酸苯乙酯 (CAPE)。在这项研究中，我们观察到 CAPE 治疗减轻了 ETBF 引起的小鼠炎症。此外，我们的研究结果表明，在由氧化偶氮甲烷 (AOM) 和葡聚糖硫酸钠诱导的结肠炎相关结肠癌小鼠模型中，CAPE 治疗对 ETBF 增强的结肠肿瘤发生具有保护作用。值得注意的是，CAPE 给药后结肠肿瘤发生的减少与胃肠道中 IL-17A 和 CXCL1 表达的减少相关。 CAPE 诱导的针对 ETBF 介导的肿瘤发生的保护作用的分子机制是由 IL-17A/CXCL1 以及肠上皮细胞中的 NF-κB 活性介导的。我们的研究结果表明，CAPE 可以作为预防剂，预防 ETBF 诱导的结肠炎和结直肠癌 (CRC) 的发展。