肿瘤类器官

研究动态

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肾上腺皮质癌

膀胱尿路上皮癌

乳腺浸润癌

宫颈鳞癌和腺癌

弥漫性大B细胞淋巴瘤

胶质母细胞瘤

胶质细胞瘤

肾嫌色细胞癌

肾透明细胞癌

肾乳头状细胞癌

急性髓系白血病

脑低级别胶质瘤

肺鳞状细胞癌

嗜铬细胞瘤和副神经节瘤

皮肤黑色素瘤

子宫内膜样癌

子宫癌肉瘤

眼部黑色素瘤

肿瘤类器官

肾上腺皮质癌

膀胱尿路上皮癌

乳腺浸润癌

宫颈鳞癌和腺癌

弥漫性大B细胞淋巴瘤

胶质母细胞瘤

胶质细胞瘤

肾嫌色细胞癌

肾透明细胞癌

肾乳头状细胞癌

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嗜铬细胞瘤和副神经节瘤

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子宫内膜样癌

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npj Precision Oncology

HamzaBakhtiar,Marina...

A phenocopy signature of TP53 loss predicts response to chemotherapy.

npj Precision Oncology

在临床前研究中，p53 功能丧失会影响化疗反应，但这尚未得到一致的临床验证。我们在 TCGA 中训练了来自泛癌临床样本的 TP53 丢失表型基因表达特征。在体外，TP53 缺失表型特征可预测跨癌症类型的化疗反应。在接受新辅助化疗治疗的 3003 例乳腺癌样本的临床数据集中，TP53 缺失表型样本获得病理完全缓解 (pCR) 的可能性高出 56%，在 ER 阳性的患者中，TP53 缺失表型与 pCR 之间存在显着相关性。和 ER 阴性肿瘤。在 I-SPY2 试验的独立临床验证中 (N = 987)，我们证实了与新辅助化疗 pCR 的相关性，并发现与非 TP53 丢失表型肿瘤相比，TP53 丢失表型肿瘤的化学免疫治疗反应率更高 (64% vs. 28%）。 TP53 丢失表型特征可以预测体外各种癌症类型的化疗反应，并且在概念验证临床验证中与多个临床乳腺癌队列的新辅助化疗反应相关。© 2024。这是美国政府的工作，不属于美国政府的工作。美国的版权保护；可能适用外国版权保护。

npj Precision Oncology

QuynhTTran,AlexBreue...

Comparison of DNA methylation based classification models for precision diagnostics of central nervous system tumors.

npj Precision Oncology

作为圣裘德儿童研究医院 (SJCRH) 脑肿瘤患者治疗决策进步的一部分，我们开发了三个强大的分类器：深度学习神经网络 (NN)、k 最近邻网络 (kNN) 和随机分类器Forest (RF)，根据参考系列 DNA 甲基化图谱进行训练，以对中枢神经系统 (CNS) 肿瘤类型进行分类。该模型的性能经过了来自两个独立队列的 2054 个样本的严格验证。除了模型性能的经典指标之外，我们还比较了三种模型的鲁棒性与降低的肿瘤纯度，这是此类分类器临床实用性的关键考虑因素。我们的研究结果表明，神经网络模型表现出最高的准确率，并保持了准确率和召回率之间的平衡。 NN 模型对与肿瘤纯度降低相关的性能下降的抵抗力最强，在纯度降至 50% 以下之前表现出良好的性能。通过严格的验证，我们的研究强调了基于 DNA 甲基化的深度学习方法在临床环境中改善脑肿瘤分类精准医学的潜力。© 2024。作者。

npj Precision Oncology

DivyaSahu,JeffreyShi...

Development of a polygenic score predicting drug resistance and patient outcome in breast cancer.

npj Precision Oncology

分析了数百种癌细胞系的基因表达谱以及细胞系对药物治疗的反应，以确定其表达与耐药性相关的基因。在 809 个癌细胞系的 GDSC 数据集中，36 个基因的表达与许多抗癌药物的耐药性（IC50 增加）相关。这在 860 个细胞系的 CTRP 数据集中得到了验证。从癌细胞系 UAB36 中 36 个基因的相关系数得出的多基因评分预测了细胞系对他莫昔芬的耐药性。尽管 36 个基因是从细胞系行为中选择的，但 UAB36 成功预测了三个不同的接受他莫昔芬治疗的患者队列中乳腺癌患者的生存情况。 UAB36 优于两个现有的预测基因特征，并且是乳腺癌患者结果的预测因子，独立于影响结果的已知临床协变量。这种方法应该为许多癌症类型对特定药物的耐药性提供有前途的多基因生物标志物。© 2024。作者。

npj Precision Oncology

ChristopherGodina,Mi...

Targeting IGF-IR improves neoadjuvant chemotherapy efficacy in breast cancers with low IGFBP7 expression.

npj Precision Oncology

由于乳腺癌中的 1 型胰岛素样生长因子受体 (IGF-1R) 信号系统在肿瘤增殖和生存中发挥着关键作用，因此长期以来人们一直对它感兴趣。然而，没有 IGF-1R 靶向剂在对照 3 期试验中显示出实质性的临床益处，也没有生物标志物被证明在预测 IGF-1R 靶向剂的益处方面具有临床实用性。 IGFBP7 是一种非典型的胰岛素样生长因子结合蛋白，因为它对 IGF-1R 的亲和力比 IGF 配体更高。我们报告说，低 IGFBP7 基因表达确定了乳腺癌的一个子集，与单独的新辅助化疗相比，在新辅助化疗中添加抗 IGF-1R 单克隆抗体加尼单抗可显着提高病理完全缓解率。在 IGFBP7 表达最低四分位数的患者中，化疗加加尼单抗组的 pCR 率为 46.9%，而最高四分位数的患者的 pCR 率为 5.6%。此外，IGFBP7 高表达预示着远处转移风险增加。如果我们的研究结果得到证实，则应审查停止 IGF-1R 靶向药物开发的决定，该决定是基于先前未使用预测生物标志物的试验的令人失望的结果。© 2024。作者。

npj Precision Oncology

KazutakaOtsuji,YokoT...

Serial single-cell RNA sequencing unveils drug resistance and metastatic traits in stage IV breast cancer.

npj Precision Oncology

转移是一个复杂的过程，在分子水平上仍然知之甚少。我们分析了 IV 期乳腺癌患者与癌细胞进展、化疗耐药和转移相关的单细胞转录组、基因组和表观基因组变化。收集来自原发肿瘤和远处转移瘤的治疗前和治疗后样本，用于单细胞 RNA 测序和随后的细胞聚类、拷贝数变异 (CNV) 估计、转录组因子估计和伪时间分析。 CNV 分析显示，一小部分治疗前的癌细胞对化疗有抵抗力，并且发生了增殖。包括转移性前体细胞（MPC）在内的新克隆出现在治疗后原发性肿瘤的 CNV 中，与转移性细胞类似。 MPC 表现出表明上皮-间质转化的表达谱。 MPC 与转移性癌细胞的比较还揭示了转录因子和降钙素途径基因表达的动态变化。这些发现证明了单患者临床样本分析对于了解肿瘤耐药性、再生和转移的实用性。© 2024。作者。

npj Precision Oncology

AtsushiTanaka,Makiko...

Proteomic basis for pancreatic acinar cell carcinoma and pancreatoblastoma as similar yet distinct entities.

npj Precision Oncology

腺泡细胞癌（ACC）和胰母细胞瘤（PBL）是罕见的伴有腺泡分化的胰腺恶性肿瘤。 ACC 和 PBL 的蛋白质基因组分析揭示了与胰腺导管腺癌 (PDAC) 和良性胰腺相比不同的蛋白质表达模式。 ACC 和 PBL 表现出相似性，富集与 RNA 加工、染色体组织和线粒体相关的蛋白质，而 PDAC 过表达与基于肌动蛋白的过程、细胞外基质和免疫活性基质相关的蛋白质。这些疾病之间在代谢适应、上皮间质转化和 DNA 修复方面的通路活性差异进行了表征。 PBL 显示 Wnt-CTNNB1 和 IGF2 通路上调。 17 个 ACC 特异性蛋白表明与线粒体功能障碍的代谢疾病有关，而 34 个 PBL 特异性蛋白则用胚胎干细胞表型以及染色体蛋白和细胞周期的改变来标记这种儿科癌症。这项研究为 ACC 和 PBL 的蛋白质组学景观提供了新颖的见解，为诊断和治疗开发提供了潜在的目标。© 2024。作者。

npj Precision Oncology

ChristopherELOwens,O...

The economic costs of precision medicine for clinical translational research among children with high-risk cancer.

npj Precision Oncology

将精准医学纳入儿科肿瘤学有望对未来癌症儿童的治疗方式产生积极影响。尽管有许多针对儿童癌症的精准医学研究，但关于实施相关测试的成本的证据有限。这是澳大利亚第一项通过“零儿童癌症精准医疗计划”系统地衡量使用精准医疗治疗高危儿童癌症的成本的研究。以 2021 年澳元计算，包括基因组和临床前测试在内的估计成本为： (A) 每位患者的访问费用为 12,743 美元； (B) 每次分子原因鉴定 14,262 美元； (C) 每个 MTB 建议 21,769 美元。获得的信息有助于理解报告与肿瘤生物学、诊断、预后相关的临床重要结果以及可能改善儿童临床管理的成本。© 2024。作者。

npj Precision Oncology

ChenyangLi,ThinhTNgu...

Multiregional transcriptomic profiling provides improved prognostic insight in localized non-small cell lung cancer.

npj Precision Oncology

肺癌仍然是美国和全世界癌症死亡的主要原因。非小细胞肺癌 (NSCLC) 具有高转录组瘤内异质性 (RNA-ITH)，限制了基于表达的预后模型的可重复性。在这项研究中，我们使用来自公共 (TRACERx) 和内部 (MDAMPLC) 队列的多区域 RNA-seq 数据（来自 350 个人的 880 个肿瘤样本）来研究 RNA-ITH 对局部 NSCLC 预后的影响，包括基因、特征、和肿瘤微环境水平。在基因水平上，肿瘤内不同区域危险基因的最大表达（与生存呈负相关的表达）和保护性基因的最小表达（与生存呈正相关的表达）比平均表达更具预后性。接下来，我们检查了多区域表达谱是否可以提高预后特征的性能。我们调查了从之前出版物中收集的 11 个基因特征以及本研究中开发的一个特征。对于所有这些，通过使用简单的函数将特征基因的区域表达转换为样本特异性表达——取危险基因的最大表达量和保护性基因的最小表达量，可以显着提高预后预测的准确性。在肿瘤微环境中，我们发现类似的规则似乎也适用于免疫ITH。我们根据表达反卷积计算了样本每个区域中主要免疫细胞类型的浸润水平。预后分析表明，保护性免疫细胞浸润水平最低或有害免疫细胞浸润水平最高的区域决定了NSCLC患者的预后。我们的研究强调了 RNA-ITH 对 NSCLC 预后的影响，应考虑到这一影响，以优化基于表达的预后生物标志物和模型的设计和应用。多区域检测具有显着改善其预后分层应用的巨大潜力。© 2024。作者。

npj Precision Oncology

ArnaudBayle,LailaBel...

Tumor fraction-based prognostic tool for cancer patients referred to early phase clinical trials.

npj Precision Oncology

选择患者进行 I 期癌症试验对于确保足够的预期寿命至关重要。体弱的患者更适合姑息治疗，不应该接触效果最小的新药。招募早期死亡高风险的患者可能会危及研究。我们对两项大型精准医学研究的分析使用 ctDNA 中的肿瘤部分来开发预测模型，证明了显着的预测准确性并有助于患者选择。© 2024。作者。

npj Precision Oncology

HaochenLi,ZhichengHu...

Super multiple primary lung cancers harbor high-frequency BRAF and low-frequency EGFR mutations in the MAPK pathway.

npj Precision Oncology

多原发性肺癌（MPLC）的发病率正在增加，我们的一些手术患者表现出大量病变。我们将具有五个或更多原发灶的肺癌定义为超级 MPLC。阐明这种特殊 MPLC 亚型的基因组特征有助于减轻疾病负担并了解肿瘤进化。在我们的同步超早期 MPLC 队列 (PUMCH-ssesMPLC) 中，对来自 18 名患者的 130 个切除的恶性标本进行全外显子组测序，提供了全面的超 MPLC 基因组图谱。 PI3k-Akt 和 MAPK 通路中突变丰富。其BRAF突变频率（31.5%）显着高于病灶较少和早期单病灶癌症的MPLC，而EGFR突变显着较少（13.8%）。随着病变数量的增加，BRAF 突变逐渐占主导地位。此外，侵袭性病变更倾向于具有经典的超级 MPLC 突变模式。高频 BRAF 突变（尤其是 II 类）和低频 EGFR 突变可能是超级 MPLC 患者靶向治疗效果有限的原因。© 2024。作者。