研究动态
Articles below are published ahead of final publication in an issue. Please cite articles in the following format: authors, (year), title, journal, DOI.
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PLoS Computational Biology
2024 May 29
KanyaratJitmana,Jaso...
Mathematical modeling of the evolution of resistance and aggressiveness of high-grade serous ovarian cancer from patient CA-125 time series.
PLoS Computational Biology
对澳大利亚卵巢癌研究中的 791 名高级别浆液性卵巢癌 (HGSOC) 患者进行了血清癌抗原 125 (CA-125) 水平的时间序列分析,以评估化疗耐药性的发展和对治疗的反应。为了研究化疗耐药性并更好地预测治疗效果,我们检查了两个特征:耐药性(定义为患者接受治疗时 CA-125 变化率)和侵袭性(定义为患者未接受治疗时 CA-125 变化率) )。我们发现,随着治疗线数量的增加,基于数据的阻力增加(CA-125 衰减率降低)。我们使用两种不同的癌细胞类型(治疗敏感细胞和治疗抵抗细胞)的数学模型来估计个体患者这两种特征的价值和演变。通过拟合个体患者 HGSOC 数据,我们的模型成功捕获了 CA-125 水平的动态。从数学模型估计的参数显示,推断治疗敏感细胞和治疗抵抗细胞生长率低(模型估计侵袭性低)和治疗抵抗细胞死亡率高(模型估计抵抗力低)的患者具有较高的死亡率。完成二线治疗后生存时间更长。这些发现表明,数学模型可以表征个体患者的耐药性和侵袭性程度,这提高了我们对化疗耐药发展的理解,并可以预测 HGSOC 患者的治疗效果。版权所有:© 2024 Jitmana 等人。这是一篇根据知识共享署名许可条款分发的开放获取文章,允许在任何媒体上不受限制地使用、分发和复制,前提是注明原始作者和来源。
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PLoS Computational Biology
2024 May 29
AndrianaManousidaki,...
Clustering and visualization of single-cell RNA-seq data using path metrics.
PLoS Computational Biology
单细胞技术的最新进展使得组织和癌症成分的高分辨率表征成为可能。尽管有许多降维和聚类工具可用于单细胞数据分析,但这些方法通常无法同时保留局部聚类结构和全局数据几何结构。为了应对这些挑战,我们开发了一种新颖的分析框架,即单细胞路径度量分析(scPMP),该框架使用功率加权路径度量,以数据驱动的方式测量细胞之间的距离。与欧几里德距离和其他常用距离度量不同,路径度量对密度敏感并尊重底层数据几何形状。通过将路径度量与多维缩放相结合,获得数据的低维嵌入,从而保留全局数据几何形状和簇结构。我们评估了该方法的聚类质量和几何保真度,并且它在广泛的基准数据集上优于当前的 scRNAseq 聚类算法。版权所有:© 2024 Manousidaki 等人。这是一篇根据知识共享署名许可条款分发的开放获取文章,允许在任何媒体上不受限制地使用、分发和复制,前提是注明原始作者和来源。
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NEURO-ONCOLOGY
2024 May 29
NicholasSCho,ViênLam...
Digital "flipbooks" for enhanced visual assessment of simple and complex brain tumors.
NEURO-ONCOLOGY
脑肿瘤的典型纵向放射学评估依赖于串行磁共振图像 (MRI) 的并排定性可视化,并辅以肿瘤大小的定量测量。然而,当评估缓慢生长的肿瘤和/或复杂的肿瘤时,并排可视化和量化可能很困难或不可靠。全脑、患者特定的纵向扫描“数字翻页书”是一种潜在的方法,可以通过增强对肿瘤大小、质量效应和跨多个切片的浸润变化的视觉感知来增强临床环境中放射线照相并排读取。时间。在这种方法中,共同注册的连续 MRI 扫描显示在幻灯片中,其中一张幻灯片显示阵列中单个时间点的多个脑切片(例如切片的 3x5“马赛克”视图)。翻页书的观看方式类似于卡通/照片的动画翻页书,因此在滚动幻灯片时通过感知运动可以看到微妙的射线照相变化。重要的是,可以使用免费的开源软件轻松创建活页簿。本文介绍了创建活动书的分步方法,并讨论了活动书特别有用的临床场景。在线补充材料中提供了活页书示例。© 作者 2024。由牛津大学出版社代表神经肿瘤学会出版。版权所有。如需商业重复使用,请联系 reprints@oup.com 获取转载和转载的翻译权。所有其他权限都可以通过我们网站文章页面上的权限链接通过我们的 RightsLink 服务获得 - 如需更多信息,请联系journals.permissions@oup.com。
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MEDICINE & SCIENCE IN SPORTS & EXERCISE
2024 Apr 16
YoussefKouiss,Anouar...
Bladder papilloma: A rare benign tumor - Case report and literature review.
MEDICINE & SCIENCE IN SPORTS & EXERCISE
膀胱乳头状瘤是一种罕见的泌尿道良性肿瘤,占膀胱肿瘤的 1-4%。通过光学显微镜诊断其独特的特征,包括结构和细胞学特征。尽管膀胱乳头状瘤很罕见,但由于其独特的特征、低复发风险和潜在进展为其他尿路上皮肿瘤,因此具有临床意义。了解这种情况对于早期诊断和最佳患者护理至关重要。 一名患有良性前列腺增生的 66 岁男性出现一个月的间歇性血尿。体格检查和实验室检查均无异常。影像学显示右侧膀胱壁有 11 × 10 × 7 毫米回声结节性病变并伴有钙化。膀胱镜检查发现息肉样病变,导致经尿道切除术。组织病理学检查证实膀胱乳头状瘤没有恶性特征。膀胱乳头状瘤通常表现为血尿,主要发生在年轻患者中,复发率低,很少进展为侵袭性癌症。诊断包括内窥镜检查和切除,然后进行膀胱镜监测。了解其分类、特征和危险因素有助于准确的治疗。膀胱乳头状瘤的诊断依赖于光学显微镜,以血尿为主要症状,通常发生在年轻患者中。复发风险很低,并且进展为侵袭性癌症的情况很少见。诊断包括内窥镜检查、切除和膀胱镜随访。该病例增强了我们对膀胱乳头状瘤的了解,有助于改善护理。版权所有 © 2024。由 Elsevier Ltd 出版。
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Ieee Acm T Comput Bi
2024 May 29
WenweiXu,HaoZhang,Ye...
Hybrid Causal Feature Selection for Cancer Biomarker Identification from RNA-seq Data.
Ieee Acm T Comput Bi
癌症生物标志物的发现有助于推进医学诊断,并在生物医学应用中发挥重要作用。大多数现有的数据驱动方法通过基于排序的策略来识别生物标志物,通常返回实际生物标志物的子集或超集,而其他一些因果特征选择方法基于马尔可夫毯子(MB)学习,面临着挑战高维的
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GENES & DEVELOPMENT
2024
CatherineMurphy,Laur...
In vivo cisplatin-resistant neuroblastoma metastatic model reveals tumour necrosis factor receptor superfamily member 4 (TNFRSF4) as an independent prognostic factor of survival in neuroblastoma.
GENES & DEVELOPMENT
神经母细胞瘤是儿童中最常见的颅外实体瘤。尽管现有疗法取得了重大进展,但患有耐药性和/或复发性神经母细胞瘤的儿童前景黯淡,5 年生存率低于 20%。因此,通过开发和表征临床相关模型来解决复发性肿瘤生物学问题是寻找神经母细胞瘤可靶向脆弱性的首要任务。使用匹配的顺铂敏感性 KellyLuc 和耐药性 KellyCis83Luc 细胞系,我们开发了顺铂耐药性转移性 MYCN 扩增神经母细胞瘤模型。 KellyCis83Luc 组每只小鼠的平均转移瘤数量显着高于 KellyLuc 组。绝大多数部位被证实有淋巴结转移。它们的淋巴结转移值的硬度特征在患者样本报告的范围内。免疫肿瘤基因的靶向转录组分析发现肿瘤坏死因子受体超家族成员 4 (TNFRSF4) 是一个显着失调的不依赖于 MYCN 的基因。重要的是,在肿瘤细胞而不是淋巴细胞中发现了差异的 TNFRSF4 表达。 TNFRSF4低表达与神经母细胞瘤的不良预后指标相关,例如诊断时的年龄、分期和风险分层,并且与神经母细胞瘤的无事件生存率和总生存率降低显着相关。因此,TNFRSF4低表达是神经母细胞瘤生存的独立预后因素。版权所有:©2024 Murphy et al.这是一篇根据知识共享署名许可条款分发的开放获取文章,允许在任何媒体上不受限制地使用、分发和复制,前提是注明原始作者和来源。
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Gastric Cancer
2024 May 29
QingZhong,Zhi-YuLiu,...
Impact of chemotherapy delay on long-term prognosis of laparoscopic radical surgery for locally advanced gastric cancer: a pooled analysis of four randomized controlled trials.
Gastric Cancer
局部晚期胃癌(AGC)根治性手术后的辅助化疗可显着改善患者的长期预后。然而,由于各种原因,延迟化疗(DC)导致患者无法及时接受治疗是临床实践中的普遍现象。本研究旨在探讨DC对II-III期局部AGC患者预后的影响并探讨相关危险因素。汇总分析中纳入了四项前瞻性研究的数据。计划化疗(PC)组定义为手术与首次化疗的时间间隔 ≤ 49 d,DC组定义为手术与化疗的时间间隔 > 49 d。比较预后、复发和危险因素,并建立预测 DC 的列线图。 总共纳入 596 例患者,其中 531 例(89.1%)患有 PC,65 例(10.9%)患有 DC。生存分析显示,DC组的5年总生存率(OS)和无病生存率(DFS)显着低于PC组(对数秩P < 0.001)。 Cox单变量和多变量分析显示DC是II-III期患者OS和DFS的独立危险因素(P < 0.05)。基于DC的显着因素,建立了预测模型,该模型在训练集和验证集上拟合度好、准确度高(AUC = 0.780)且具有临床适用性。胃切除术后延迟化疗与长期预后不良相关局部晚期 II-III 期 GC 疾病患者。但术后标准化的全周期辅助化疗可能会起到一定的补救作用,并且可以在一定程度上弥补延迟化疗带来的不良效果。© 2024。作者获得国际胃癌协会和The International Gastric Cancer Association and The日本胃癌协会。
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EUROPEAN RADIOLOGY
2024 May 29
SunyoungLee,Yeun-Yoo...
Performance of LI-RADS category 5 vs combined categories 4 and 5: a systemic review and meta-analysis.
EUROPEAN RADIOLOGY
计算机断层扫描 (CT)/磁共振成像 (MRI) 肝脏成像报告和数据系统 (LI-RADS,LR) 5 类对于诊断肝细胞癌 (HCC) 具有高特异性和适度的敏感性。本研究的目的是比较 LR-5 与 LR-4 和 LR-5 组合 (LR-4/5) 诊断 HCC 的诊断性能。检索了截至 2023 年 1 月 3 日的 MEDLINE 和 EMBASE 数据库,以查找报告使用 CT/MRI LI-RADS 2014、2017 或 2018 版,评估 LR-5 和组合 LR-4/5 在 HCC 诊断中的性能。使用双变量随机效应模型来计算汇总的每次观察诊断性能。根据成像方式和 MRI 对比材料类型进行亚组分析。纳入了 69 项研究(15,108 个观察结果,9928 个(65.7%)HCC)。与 LR-5 相比,组合 LR-4/5 显示出显着更高的汇总敏感性(83.0% (95% CI [80.3-85.8%]) vs 65.7% (95% CI [62.4-69.1%]);p < 0.001) ,较低的汇总特异性 (75.0% (95% CI [70.5-79.6%]) vs 91.7% (95% CI [90.2-93.1%]);p < 0.001),较低的汇总阳性似然比 (3.60 (95% CI [95% CI [90.2-93.1%]) 3.06-4.23]) vs 6.18 (95% CI [5.35-7.14]);p < 0.001),合并阴性似然比较低 (0.22 (95% CI [0.19-0.25]) vs 0.38 (95% CI [0.35- 0.41])与;p < 0.001)。所有亚组中都出现了类似的结果。我们的荟萃分析表明,结合 LR-4 和 LR-5 会提高敏感性,但会降低特异性、阳性似然比和阴性似然比。这些发现可能会为管理指南和个体化管理提供信息。这项荟萃分析估计了当 LI-RADS 类别 4 和类别 5 合并时影像学标准的敏感性和特异性的变化幅度;这些发现可以为管理指南和个体化管理提供信息。全球范围内没有单一的肝脏成像报告系统,部分原因是区域需求。结合 LI-RADS 类别 4 和 5 可提高敏感性并降低特异性以及阳性和阴性似然比。成像标准的敏感性和特异性的变化可以为管理指南和个体化管理提供信息。© 2024。作者,获得欧洲放射学会的独家许可。
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Disease Models & Mechanisms
2024 May 29
YujiaLiu,LixiangWang...
HVEM in acute lymphocytic leukemia facilitates tumour immune escape by inhibiting CD8+ T cell function.
Disease Models & Mechanisms
白血病仍然是全球死亡率的一个主要原因,对大量癌症患者构成重大健康风险。尽管该领域取得了显着的进步,但现有的治疗方法常常表现出有限的疗效或复发。在这里,我们探索了消除肿瘤中 HVEM(疱疹病毒进入介质,TNFRSF14)表达作为治疗急性淋巴细胞白血病(ALL)并预防其复发的有效方法的潜力。通过公共数据分析揭示了 HVEM 与白血病之间的临床相关性。利用CRISPR-Cas9技术产生HVEM敲除(KO)小鼠T细胞淋巴细胞白血病细胞系EL4,并建立同基因皮下肿瘤模型以研究HVEM的体内功能。使用免疫组织化学(IHC)、RNA-seq和流式细胞术分析肿瘤免疫微环境(TIME)和肿瘤引流淋巴结(dLN)。通过体内免疫亚群的耗竭和体外 T 细胞功能测定来研究免疫功能。构建HVEM突变型EL4细胞系是为了研究负责免疫逃逸的功能域。根据公共数据库,HVEM在ALL和急性髓系白血病(AML)患者中高表达,并且与患者预后呈负相关。 EL4细胞中HVEM的基因缺失显着抑制了肿瘤进展并延长了荷瘤小鼠的生存期。我们的实验证明HVEM在体内和体外通过CRD1结构域抑制CD8 T细胞的抗肿瘤功能而发挥其免疫抑制作用。此外,我们还发现了一种能够完全根除 ALL 肿瘤的联合疗法,该疗法可诱导针对肿瘤保护的免疫记忆。我们的研究揭示了 HVEM 促进 ALL 进展的潜在机制,并强调 HVEM 作为复发性 ALL 治疗临床应用的一个有前景的靶点。 © 2024。施普林格自然瑞士股份公司。
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Disease Models & Mechanisms
2024 May 01
PaulERonksley,Tayler...
Emergency Department Use Among Adults Receiving Dialysis.
Disease Models & Mechanisms
接受维持性透析的肾衰竭患者平均每年去急诊室 (ED) 3 次,是普通人群的 3 至 8 倍。对于导致该人群中潜在可预防的 ED 使用的因素知之甚少。为了确定与接受维持性透析的患者中潜在可预防的 ED 使用相关的临床和社会人口学因素。这项队列研究使用了艾伯塔省肾脏疾病网络内的关联管理健康数据旨在识别2010年4月1日至2019年3月31日期间接受维持性透析(即血液透析或腹膜透析)的18岁或以上的成年人。对接受透析超过90天的患者从队列入组(定义透析开始日期加上 90 天)直至死亡、移出该省、接受肾移植或研究随访结束。安徒生卫生服务行为模型被用作概念框架,以确定与卫生保健需求、诱发因素和促成因素相关的变量。数据于 2024 年 3 月进行分析。计算了与 4 种肾脏疾病特异性门诊护理敏感病症(高钾血症、心力衰竭、容量超负荷和恶性高血压)相关的全因 ED 发病率和可能可预防的 ED 使用率。使用多变量负二项回归模型来检查临床和社会人口因素与潜在可预防的 ED 使用率之间的关联。该队列包括 4925 名成年人(平均 [SD] 年龄,60.8 [15.5] 岁;3071 名男性 [62.4%])接受维持性血液透析(3183 名患者)或腹膜透析(1742 名患者)的肾衰竭患者的平均随访时间 (SD) 为 2.5 (2.0) 年。总共,3877 名患者有 34029 次全因急诊就诊(每 1000 人年有 3100 次 [95% CI,2996-3206] 次就诊)。其中,755 名患者 (19.5%) 发生了 1351 次可能可预防的 ED 遭遇(每 1000 人年 114 次 [95% CI,105-124] 次)。与发生不可预防的 ED 的患者相比,发生可预防的 ED 的患者更有可能处于收入最低的五分位(38.8% vs 30.9%;P < .001);经历心力衰竭(46.8% vs 39.9%;P = .001)、抑郁(36.6% vs 32.5%;P = .03)和慢性疼痛(60.1% vs 54.9%;P = .01);并有更长的透析时间(3.6 年 vs 2.6 年;P < .001)。在多变量回归分析中,年轻人(18 至 44 岁人群的发病率比 [IRR],1.69 [95% CI,1.33-2.15])和慢性疼痛患者(IRR,1.35 [ 95% CI, 1.14-1.61])、更大的物质匮乏(IRR, 1.57 [95% CI, 1.16-2.12])、高钾血症病史(IRR, 1.31 [95% CI, 1.09-1.58])和历史高值使用 ED(即,前一年遇到 ≥ 3 次 ED;IRR,1.46 [95% CI,1.23-1.73)。在这项针对加拿大艾伯塔省接受维持性透析的成年人的研究中,在使用 ED 的患者中,五分之一的人曾一次可能可以预防的 ED 遭遇;此类遭遇的原因与社会心理和医疗因素有关。研究结果强调需要制定解决健康社会决定因素的策略,以避免该人群使用潜在的可预防的 ED。
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