shRNA 和 Cas 蛋白技术的最新进展使得使用单个或混合 shRNA 和 sgRNA 来靶向基因或非编码区域的功能筛选方法成为可能。基于 CRISPR 的系统也被开发用于调节 DNA 可及性，从而导致 CRISPR 介导的干扰 (CRISPRi) 或目标基因或基因组 DNA 元件的激活 (CRISPRa)。然而，仍然缺乏用于集成各种功能基因组学筛选输出的软件工具，这些工具可以为全面的数据集成提供一个有凝聚力的框架。在这里，我们开发了 PitViper，这是一款灵活的交互式开源软件，旨在填补这一空白，为所筛选的元素类型提供可靠的结果。它是一个端到端自动化且可重复的生物信息学管道，集成了功能筛选分析的金标准方法。我们的敏感性分析表明，PitViper 是一种有用的工具，可通过基于 CRISPRi 的全基因组筛选来识别白血病细胞系中潜在的超级增强子倾向。它提供了一个强大、灵活和交互式的解决方案，用于集成功能筛选方法的数据分析和再分析，使其成为该领域研究人员的宝贵资源。© 作者 2024。由牛津大学出版社代表 NAR Genomics 出版和生物信息学。

大多数临床诊断和基因组研究机构几乎只关注编码区和重要剪接位点，从而忽略了其他非编码变体。因此，可能促进包括癌症在内的一系列疾病的错误剪接事件的内含子变异尚未得到系统研究。此类研究需要基因组和转录组数据，但目前满足这些要求的数据集很少。我们通过开发一种单核全长 RNA 测序方法来解决这个问题，该方法可以检测潜在致病性内含子变异。我们通过应用胰腺癌肿瘤和肿瘤来源的标本并将内含子变异与剪接失调联系起来，证明了我们方法的效力。我们特别发现肿瘤共有显着的内含子保留和假外显子激活事件，并影响编码关键转录调节因子的基因。我们的工作为评估和利用内含子突变作为癌症中强大的预后标志物和潜在治疗靶点铺平了道路。© 作者 2024。由牛津大学出版社代表 NAR 基因组学和生物信息学出版。

大多数垂体腺瘤，也称为垂体神经内分泌肿瘤（PitNET），本质上是良性的，可以通过手术切除、药物治疗以及特殊情况下的放射治疗来有效治疗。然而，侵袭性生长可能是更具攻击性行为和不良预后的一个重要特征。垂体腺瘤延伸至海绵窦可根据核磁共振成像 (MRI) 的诺斯普标准进行分类。不同临床因素对 MRI 特征和术中侵袭性生长结果的比较分析仍然很少。我们对 2004 年 10 月至 2018 年 4 月期间接受手术治疗的 764 例垂体腺瘤进行回顾性单中心分析。报告和术前 MR 成像（Knosp 标准）。收集患者诊断时年龄和性别、组织病理学腺瘤类型以及切除范围等临床数据。24.4%（Knosp 3A - 4 级，186/764）的病例在 MRI 上可见侵袭性特征。术中出现浸润的比例为 42.4% (324/764)。 80.0% 的腺瘤实现完全切除，20.1% 的腺瘤次全切除。通过多变量分析，术中发现的侵袭与稀疏颗粒促肾上腺皮质激素细胞（SGCA，p = 0.0026）和稀疏颗粒生长激素细胞（SGSA，p = 0.0103）腺瘤类型以及年龄相关（p = 0.0287）。根据 Knosp 3A-4 级的放射学浸润与年龄 (p=0.0098)、SGCA (p=0.0005)、SGSA (p=0.0351) 和促性腺激素腺瘤 (p=0.0478) 相关。这两种浸润标准均与次全切除相关 (p = 0.0001，分别）。术中和影像学中的浸润性生长迹象都是切除不完全的高危病变，并且在老年患者中更常见。在稀疏颗粒状促肾上腺皮质激素细胞和生长激素细胞腺瘤类型中，侵袭发生率特别高。海绵窦侵犯在促性腺激素腺瘤中也更常见。 Knosp 分类的使用是一种有价值的术前评估工具。© 作者 2024。由牛津大学出版社代表欧洲内分泌学会出版。版权所有。如需商业重复使用，请联系 reprints@oup.com 获取转载和转载的翻译权。所有其他权限均可通过我们网站文章页面上的“权限”链接通过我们的 RightsLink 服务获得 - 欲了解更多信息，请联系journals.permissions@oup.com。

耐药性是卵巢癌（OC）高死亡率的主要原因。 BRCA1/2 功能的丧失与 OC 细胞的药物敏感性有关。本研究的目的是通过启动子表观遗传编辑诱导 BRCA1 功能障碍，从而增强 OC 细胞的药物敏感性。 BRCA1 启动子内影响基因表达的表观遗传调控区域最初是通过临床样本分析发现的。随后，我们设计并严格验证了表观遗传编辑工具。最终，我们评估了编辑后 OC 细胞对顺铂和奥拉帕尼的敏感性。 BRCA1 启动子包含两个富含 CpG 的区域，该区域的甲基化覆盖转录起始位点 (TSS)，与转录密切相关，并影响 OC 的发展、预后和同源重组 (HR) 缺陷。使用我们设计的表观遗传编辑工具靶向 OC 细胞中的该区域，导致显着且持久的 DNA 甲基化变化，同时 H3K27ac 组蛋白修饰显着减少。这导致 BRCA1 表达显着抑制和 HR 修复能力下降。因此，编辑后的 ​​OC 细胞对顺铂和奥拉帕尼表现出更高的敏感性，导致细胞凋亡率增加。 BRCA1启动子的表观遗传失活可以通过降低HR修复能力来增强OC细胞对顺铂和奥拉帕尼的敏感性，表明表观遗传编辑技术在OC致敏治疗中的潜在用途。

T 细胞激活的 V 结构域 Ig 抑制蛋白 (VISTA) 是最近鉴定的免疫调节蛋白 B7 家族的成员。它对于维持 T 细胞静止至关重要，并对肿瘤的免疫反应发挥重要的调节影响。越来越多的临床证据表明，VISTA 对肿瘤免疫的影响比最初假设的更加微妙。尽管这些发现增加了我们对 VISTA 功能的理解的复杂性，但它们也为科学探究和潜在治疗靶点提供了新的途径。在这篇综述中，我们仔细研究了有关 VISTA 在各种恶性肿瘤中表达的最新文献，旨在阐明其在肿瘤微环境和癌症免疫治疗中的复杂作用。版权所有 © 2024。由 Elsevier Ltd 出版。

了解疾病相关组织的细胞组成对于疾病诊断、预后和下游治疗非常重要。单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 技术的最新进展使得能够测量单个细胞的基因表达谱。然而，scRNA-seq 仍然太昂贵，无法用于大规模群体研究，而批量 RNA-seq 仍然广泛用于此类情况。一个重要的挑战是基于 scRNA-seq 数据对批量 RNA-seq 数据的细胞组成进行反卷积。在这里，我们提出了 DeepDecon，一种深度神经网络模型，它利用单细胞基因表达信息来准确预测大块组织中癌细胞的比例。它提供了一种精炼策略，其中通过一组经过训练的模型迭代估计癌细胞分数。当应用于模拟和真实癌症数据时，与现有分解方法相比，DeepDecon 在准确性方面表现出卓越的性能。© 2024 作者。

眼外皮脂腺癌（SC），特别是头颈部以外的皮脂腺癌，非常罕见，且描述较少。本研究旨在探讨非头颈部 SC 的流行病学并确定其预后因素，描述非头颈部 SC 的可能相关因素。监测、流行病学和最终结果数据库中的 17 个登记处回顾性收集了 2000 年至 2020 年头颈部以外 SC 患者的数据。总生存期 (OS) 和疾病- 特异性生存（DSS）是主要终点。通过Kaplan-Meier曲线进行生存分析，并使用Cox比例风险模型进行多变量分析。共识别出1,237例头颈部以外的SC患者。整个患者队列诊断时的平均年龄为 67.7 岁（30 至 90 岁），平均肿瘤大小为 2.2 厘米（0.1-16 厘米）。患有远处疾病的患者比患有局部疾病和区域疾病的患者经历了最低的 OS（平均 29.5 个月）（p < 0.0001）。多变量分析显示，年龄、肿瘤大小和分期是 OS 的独立决定因素；年龄、分期和原发部位是 DSS 的独立决定因素。肿瘤分级和淋巴结状态对生存的预后价值较小。未分化肿瘤有远处转移的趋势，尤其是躯干原发部位的肿瘤。非头颈部SC的预后极好，而远处病变的生存率很差。对于未分化肿瘤，尤其是位于躯干区域且肿瘤体积较大的肿瘤，可考虑进行远处转移筛查。版权所有 © 2024 Chen，Hao，Chou，Yang。

全球每年有超过 1.3 亿婴儿出生，其中 1,350 万儿童中有近亲父母。本研究旨在调查印度父母的血缘关系与其子女和孙子女的慢性疾病之间的关系。本研究使用了全国代表性数据“印度纵向老龄化研究，2017-2018 年，第 1 波”。这项研究采用了双变量分析、概率模型和倾向评分估计。研究发现，在印度南部各邦中，近亲结婚率最高的是安得拉邦（28%），最低的是喀拉拉邦（5%）。生活在农村地区的人们属于较富裕的五分之一，而印度教是印度近亲结婚的重要预测因素。对于近亲结婚的人来说，他们的孩子和孙子患精神病、心脏病、高血压中风、癌症和糖尿病的几率分别为0.85%、0.84%、1.57%、0.43%、0.34%和0.14%。此外，大约4.55%的人有出生缺陷或先天性疾病史。为了解决因婚姻而导致复杂疾病的风险，需要医疗、遗传和社会咨询服务。

许多观察性研究调查了妊娠期高血压疾病（HDP）与随后的妇科肿瘤风险之间的潜在联系，但研究结果并不一致。在本研究中，我们利用孟德尔随机化 (MR) 方法来评估 HDP 对卵巢癌、宫颈癌、子宫内膜癌、乳腺癌和子宫肌瘤未来风险的影响，并控制混杂因素。全基因组关联研究 (GWAS)与 HDP 相关的摘要数据来自 FinnGen 数据库（10,736 例病例和 136,325 例对照）。妇科肿瘤结果提取自 IEU Open GWAS 项目和 UK Biobank（47,690 例病例和 1, 092,073 例对照）。选择逆方差加权（IVW）方法作为MR分析的主要方法，辅以MR-Egger、加权中位数、加权模型、简单模型方法、MR多效性残差和和离群值（MR-PRESSO）检验以及留-一出法。在调整收缩压 (SBP)、体重指数 (BMI) 和 2 型糖尿病 (T2DM) 后进行多变量 MR (MVMR) 分析。我们的单变量 MR 分析 (UVMR) 结果显示 HDP 与糖尿病风险之间没有显着关系。卵巢癌（比值比[OR] = 0.924，p = 0.360）、宫颈癌（OR = 1.230，p = 0.738）、子宫内膜癌（OR = 1.006，p = 0.949）、子宫肌瘤（OR = 1.15） 5、p = 0.158 ）和乳腺癌（OR = 0.792，p = 0.241）通过 IVW 测试。在妊娠高血压和先兆子痫/子痫中观察到类似的结果。此外，我们的研究既没有检测到异质性，也没有检测到多效性。在调整 SBP、BMI 和 T2DM 后，MVMR 分析也没有提供 HDP 与常见妇科肿瘤之间存在因果关系的证据。我们发现欧洲人群中 HDP 与卵巢癌、宫颈癌、子宫内膜癌、乳腺癌和子宫肌瘤之间没有因果关系。然而，目前的分析并未探讨 HDP 对不同种族人群妇科肿瘤亚型的影响，这可能需要额外的研究。© 2024 作者。约翰·威利出版的癌症医学

迄今为止，癌症治疗仍缺乏有效的策略。免疫疗法在治疗多种癌症方面具有巨大潜力，但作为单一疗法其疗效有限。化学免疫疗法（CIT）有望广泛应用于癌症治疗。因此，确定他们在 CIT 方法中的参与和潜在协同作用至关重要。纳米药物递送系统（NDDS）是理想的递送系统，因为它们可以同时靶向免疫细胞和癌细胞，促进药物积累，降低药物毒性。在这篇综述中，我们首先介绍五种当前的免疫疗法，包括免疫检查点阻断（ICB）、过继细胞转移疗法（ACT）、癌症疫苗、溶瘤病毒疗法（OVT）和细胞因子疗法。随后，化疗通过诱导免疫原性细胞死亡（ICD）、促进肿瘤杀伤细胞浸润、下调免疫抑制细胞和抑制免疫检查点来发挥免疫调节作用。最后，详细介绍了NDDSs介导的协同给药系统，并对NDDSs介导的CIT纳米颗粒的发展进行了展望。© 2024 Lang et al.