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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2024 May 24

YanZhang,ShiboLiu,Fu...
Bioorthogonal Quinone Methide Decaging Enables Live-Cell Quantification of Tumor-Specific Immune Interactions.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
有效的抗肿瘤免疫取决于肿瘤和细胞毒性免疫细胞(尤其是细胞毒性T细胞)之间的特异性结合。尽管研究这些细胞间相互作用对于表征免疫反应和指导免疫治疗应用至关重要,但在活细胞环境中直接定量检测肿瘤-T 细胞相互作用仍然具有挑战性。我们在此报告了一种光催化活细胞相互作用标记策略(CAT-Cell),该策略依赖于醌甲基化物部分的生物正交解衰,以灵敏、选择性地研究和量化肿瘤-T细胞相互作用。通过开发针对捕获细胞间相互作用 (CCIs) 进行优化的醌甲基化物衍生探针,我们证明了 CAT-Cell 检测由各种类型的受体-配体对(例如 CD40-CD40L、TCR-pMHC)引导的 CCI 的能力,以及进一步量化了肿瘤-T 细胞相互作用的强度,这对于评估抗肿瘤免疫反应至关重要。我们进一步应用 CAT-Cell 对小鼠模型的脾细胞和实体瘤样本上的肿瘤特异性 T 细胞相互作用进行离体定量。最后,通过将 CAT-Cell 与抗原特异性靶向系统集成以及用于肿瘤-自然杀伤细胞相互作用检测,证明了 CAT-Cell 的广泛兼容性和实用性。通过利用醌甲基化物的生物正交光催化解腐化学,CAT-Cell 提供了一个灵敏、可调、通用和非侵入性的工具箱,用于揭示和量化活细胞环境下关键但微妙的肿瘤免疫相互作用。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2024 May 24

XudongWu,HuiChen,Kai...
The biological function of the N6-Methyladenosine reader YTHDC2 and its role in diseases.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
N6-甲基腺苷 (m6A) 是真核生物中最常见的 RNA 修饰形式,在调节 RNA 稳定性、翻译和转录等各种生物过程中至关重要。 YT521-B 同源 (YTH) 基因家族中的所有成员都被归类为 m6A 阅读蛋白,能够识别和结合 RNA 上的 m6A 修饰,从而调节 RNA 代谢和跨不同生理过程的功能。 YTH 结构域包含 2 (YTHDC2) 被确定为 YTH 家族的最新成员,最近才开始因其生物学功能而出现。大量研究强调了 YTHDC2 在人类生理学中的重要性,强调了它在肿瘤进展和非肿瘤疾病中的参与。因此,本综述旨在通过总结 YTHDC2 在肿瘤和其他疾病中的功能和作用,特别关注其下游分子靶点和信号通路,进一步阐明 YTHDC2 的病理机制。© 2024。作者。
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Epigenetics & Chromatin
2024 May 23

KaeliMMathias,YimanL...
Dysregulation of transcriptional condensates in human disease: mechanisms, biological functions, and open questions.
Epigenetics & Chromatin
精确的基因表达对于正常发育和健康至关重要,取决于拥挤的细胞核内各种因素的协调组装和功能。最近的证据表明,这一过程部分受到介观尺度划分和凝结物中转录成分浓度的调节,这为基因调控提供了新的视角。转录凝聚体的失调与疾病的关系越来越密切,表明其在发病机制中的潜在作用。在这篇小综述中,我们简要概述了目前对转录凝聚体的形成和功能的理解,特别关注其失调及其对疾病(尤其是癌症)的影响的最新进展。我们还解决了该领域的局限性,并强调了未来研究的开放性问题。版权所有 © 2024 Elsevier Ltd。保留所有权利。
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Epigenetics & Chromatin
2024 May 23

ChiaraFranco,Alessan...
Circulating extracellular vesicles and small non-coding RNAs cargo in idiopathic inflammatory myopathies reveal differences across myositis subsets.
Epigenetics & Chromatin
通过循环细胞外囊泡 (EV) 的表征和 EV 衍生的小非编码 RNA (sncRNA) 的表达来研究特发性炎症性肌病 (IIM) 的表观遗传足迹。在这项横断面研究中,EV 通过大小分离IIM 患者以及年龄和性别匹配的健康供体 (HD) 血浆的排阻色谱。使用下一代测序 (NGS) 对 EV 衍生的 sncRNA 进行测序和定量。质量控制和标准化后,过滤计数读数用于差异 microRNA (miRNA) 和 piwi 相互作用 RNA (piRNA) 表达分析。对 IIM 涉及的途径富集的假定基因靶点进行了分析。记录采样时患者的临床和实验室特征。纳入了 47 名 IIM 患者和 45 名 HD 患者。 miR-486-5p (p < 0.01)、miR-122-5p、miR-192-5p 和 miR-32-5p 显着上调(全部 p < 0.05),而 miR-142-3p (p < 0.001) )、miR-141-3p (p < 0.01)、let-7a-5p (p < 0.05) 和 miR-3613-5p (p < 0.05) 与 HD 患者相比,IIM 患者的 EV 中表达下调。 MiR-486-5p 与肌酶水平升高相关。 IIM 中上调/下调 miRNA 的多个靶基因参与炎症、坏死性凋亡、干扰素和免疫信号传导。与 HD 相比,IIM EV 中的 6 个 piRNA 显着失调(p < 0.05)。在 IIM 中,皮肌炎中 miR-335-5p 选择性上调,miR-27a-5p 下调(n = 21,p < 0.01)。最后,与非 CAM IIM(n = 35,p = 0.02)和 HD(p < 0.01)相比,癌症相关肌炎(CAM,n = 12)的血浆 EV 水平显着升高。 CAM 中的 EV 货物显着富集了 let-7f-5p,并耗尽了 miR-143-3p。通过对 EV 衍生的 sncRNA 进行公正的筛选,我们将 EV 货物中的 miRNA 和 piRNA 表征为潜在的生物标志物和不同 IIM 表型的修饰剂.版权所有 © 2024。由 Elsevier Ltd 出版。
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Epigenetics & Chromatin
2024 May 22

LinbinZhou,YanTong,B...
Etiology including epigenetic defects of retinoblastoma.
Epigenetics & Chromatin
视网膜母细胞瘤(RB)起源于正在发育的视网膜,是一种侵袭性的儿童期眼内恶性肿瘤。在大多数 RB 病例中,RB1 的双等位基因丢失通常被认为是启动 RB 发育的先决条件。 RB1 突变后基因组不稳定引起的额外基因突变被认为是促进 RB 发育所必需的。高通量测序技术的最新进展使人们能够更深入、更全面地了解 RB 的病因学,即 RB1 双等位基因丢失后的额外遗传改变很少见,但 RB1 丢失驱动的表观遗传变化成为促进 RB 肿瘤发生的关键因素。已发现多种表观遗传调节因子失调并有助于 RB 发育,包括非编码 RNA、DNA 甲基化、RNA 修饰、染色质构象和组蛋白修饰。充分了解遗传和表观遗传改变在 RB 形成中的作用对于促进将这些发现转化为 RB 的有效治疗策略至关重要。在这篇综述中,我们总结了有关 RB 遗传缺陷和表观遗传失调的当前知识,旨在帮助了解它们在 RB 肿瘤发生中的联系和作用。版权所有 © 2024 作者。由爱思唯尔公司出版。保留所有权利。
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Epigenetics & Chromatin
2024 May 25

AlejandroViña-Feás,J...
Unravelling epigenetic mechanisms in Cerastoderma edule genome: a comparison of healthy and neoplastic cockles.
Epigenetics & Chromatin
癌症是一种多方面的遗传疾病,其特征是获得几个基本特征。值得注意的是,某些癌症表现出水平传播性,在哺乳动物物种和多种双壳类动物中观察到,后者称为血液肿瘤。在这个复杂的环境中,组蛋白修饰和胞嘧啶甲基化等表观遗传机制成为这些传染性癌症发病机制的基本因素。我们的研究深入研究了 Cerastoderma edule 的表观遗传景观,通过纳米孔长读长测序重点关注健康标本和传染性肿瘤中的全基因组甲基化和羟甲基化谱。我们的结果揭示了与健康样本相比,肿瘤样本中的整体低甲基化,强调了 DNA 甲基化在这些致瘤过程中的作用。此外,我们验证了基因内 CpG 甲基化与基因表达呈正相关,强调了其在健康和肿瘤鸟蛤中调节转录的作用,一些上甲基化的致癌基因也强调了这一点。肿瘤样本中的羟甲基化水平显着升高,特别是在卫星和复杂重复序列中,可能与结构功能有关。此外,我们的分析还揭示了逆转录转座子中独特的甲基化和活性模式,为双壳类肿瘤过程提供了更多见解。总而言之,这些发现有助于了解双壳类肿瘤的表观遗传动力学,并揭示 DNA 甲基化和羟甲基化在肿瘤发生中的作用。了解这些表观遗传学改变有望促进我们对癌症表观遗传学的更广泛理解。© 2024。作者。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2024

KamatchiSundaraSarav...
Innovative target mining stratagems to navigate drug repurposing endeavours.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
将单个基因与特定疾病和特定药物联系起来的传统理论导致传统药物发现的成功率不断下降。这需要对当代药物设计或药物再利用进行重大转变,这需要将多个基因与不同的生理或病理途径和药物联系起来。最近,药物再利用,即在临床试验中为现有药物或候选药物发现新的/未标记的适应症的艺术,由于其成功率而受到关注。该策略的限速阶段在于目标识别,这通常是通过以疾病为中心和/或以药物为中心的方法驱动的。以疾病为中心的方法基于对关键生物分子的探索,例如目标疾病病理级联背后的基因或蛋白质。研究这些病理相互作用有助于识别可用于新型治疗干预的潜在药物靶点。以药物为中心的方法涉及各种策略,例如探索药物不良反应的机制,可以挖掘潜在的靶点,因为这些不良反应可能被认为是其他疾病条件下理想的治疗措施。目前,人工智能是一种新兴的强大工具,可用于转换上述复杂的生物网络,以提供可解释的数据,以提取精确的分子目标。多种方法的整合、大数据分析和临床验证对于成功的目标挖掘至关重要。本章重点介绍了指导靶点识别的当代策略和药物再利用的多样化框架。这些策略通过近期针对神经退行性疾病、癌症、感染、免疫学和心血管疾病的药物再利用研究策划的案例研究进行了说明。版权所有 © 2024。由 Elsevier Inc. 出版。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2024 May 24

WolfgangBeckabir,MiZ...
Immune features are associated with response to neoadjuvant chemo-immunotherapy for muscle-invasive bladder cancer.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
基于顺铂的新辅助化疗是肌层浸润性膀胱癌 (MIBC) 的标准治疗方法。单独使用免疫检查点抑制 (ICI) 以及 ICI 与化疗相结合,在新辅助治疗中已证明有希望的病理缓解 (
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2024 May 24

MichaelJHanley,Steve...
A phase 1 study to assess the absolute bioavailability, mass balance, pharmacokinetics, metabolism, and excretion of [14C]-mobocertinib, an oral inhibitor of EGFR exon 20 insertion mutations, in healthy participants.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
Mobocertinib (TAK-788) 是一种一流的口服表皮生长因子受体 (EGFR) 酪氨酸激酶抑制剂,已获得加速批准,用于治疗先前接受过铂类治疗的 EGFR 外显子 20 插入突变的非小细胞肺癌患者为基础的化疗。这项 1 期、2 期研究旨在评估 mobocertinib(第 1 期)的绝对生物利用度,以及 [14C]-mobocertinib(第 2 期)在健康成年男性中的质量平衡、药代动力学、代谢和排泄。在第 1 阶段,参与者接受单剂量口服胶囊 160 mg mobocertinib,然后在胶囊给药后 3.75 至 4 小时内静脉输注 50 µg (~ 2 µCi) [14C]-mobocertinib,持续 15 分钟。在第 2 阶段,以口服溶液形式给予单次口服剂量 160 mg (~ 100 µCi) [14C]-mobocertinib。 mobocertinib 的几何平均绝对生物利用度测定为 36.7%。口服[14C]-mobocertinib后,mobocertinib及其活性代谢物AP32960和AP32914是血浆中的次要成分,仅占血浆总放射性的0.275%,因为大多数mobocertinib相关物质与血浆蛋白共价结合。尿液和粪便中回收的放射性剂量的几何平均百分比分别为3.57%和76.0%。只有 [14C]-mobocertinib 口服剂量的 0.39% 在尿液中以 mobocertinib 的形式被回收;因此,表明原形药物的肾排泄是非常次要的消除途径。在两个治疗期间,mobocertinib 一般都是安全且耐受性良好的,因为所有不良事件的严重程度均为 1 级。 (试验注册号 ClinicalTrials.gov NCT03811834。注册日期 2019 年 1 月 22 日)。© 2024。作者。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2024 May 24

PriyangaRanasinghe,N...
Frequency of pharmacogenomic variants affecting efficacy and safety of anti-cancer drugs in a south Asian population from Sri Lanka.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
抗癌药物治疗仍然是治疗癌症的基石。由于遗传因素影响药物反应和代谢,抗癌药物的有效性和安全性在个体之间存在显着差异。关于斯里兰卡人与抗癌治疗相关的药物基因组变异的数据很少。由于斯里兰卡目前的治疗指南通常不考虑当地的药物基因组变异,本研究旨在探索斯里兰卡人群药物基因组变异的多样性,为个性化治疗方法和改善患者结果铺平道路。有关变异药物对的药物基因组数据从药物基因组学知识库数据库中获得了基因 CYP2D6、DPYD、NUDT15、EPAS1 和 XRCC1 的基因组,以及标记为证据级别 1A-2B 的临床注释。它们在斯里兰卡人中的频率是从匿名数据库中获得的,该数据库来自 541 名在科伦坡大学医学院人类遗传学部门接受外显子组测序的斯里兰卡人。 DPYD、NUDT15 和 EPAS1 基因的变异分别与氟嘧啶、巯基嘌呤和索拉非尼的毒性增加有关。 CYP2D6 和 XRCC1 基因的变异分别与他莫昔芬和铂化合物的功效变化有关。计算这些变异的次要等位基因频率并与其他群体进行比较。rs1065852 c.100 C > T (CYP2D6)、rs3918290 c.1905 1G > A (DPYD)、rs56038477 c.1236G > A (DPYD)的MAF, rs7557402 c .1035-7 C > G (EPAS1)、rs116855232 c.415 C > T (NUDT15*3) 和 rs25487 c.1196 A > G (XRCC1) 为:12.9% [95%CI:10.9-14.9], 1.5 % [95%CI:0.8-2.2]、1.2% [95%CI:0.5-1.8]、37.7% [95%CI:34.8-40.6]、8.3% [95%CI:6.7-10.0] 和 64.0% [95%CI:61.1-66.8],分别。斯里兰卡人中 rs1065852 c.100 C > T (CYP2D6)、rs7557402 c.1035-7 C > G (EPAS1) 和 rs25487 (XRCC1) 的频率显着较低,而 rs116855232 c.415 C > T (NUDT) 的频率显着较低15 *3) 和 rs56038477 c.1236G > A (DPYD) 在斯里兰卡人中显着高于一些西方和亚洲人群。斯里兰卡人可能会表现出较低的索拉非尼毒性风险 (rs7557402 c.84,131 C > G),并且,氟嘧啶 (rs56038477 c.1236G > A) 和巯嘌呤 (rs116855232 c.415 C > T) 的毒性风险较高,而他莫昔芬 (rs1065852 c.100 C > T) 和铂化合物 (rs25487) 的有效性较低。这些发现强调了这些遗传变异对斯里兰卡人抗癌剂量需求个体差异的潜在贡献。© 2024。作者。
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