研究动态
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Parasites & Vectors
2024 Sep
ArashPoursheikhani,M...
Long Non-Coding RNA CRNDE, LINC00957, and AC072061.1 as a Promising Diagnostic and Prognostic Biomarker in Glioblastoma Multiforme.
Parasites & Vectors
多形性胶质母细胞瘤(GBM)是最具侵袭性的脑癌类型之一。 LncRNA 可以被认为是 GBM 中新的预后和诊断生物标志物。本研究全面探讨了TCGA数据库中lncRNA与mRNA的相互作用,提出了一种具有良好诊断和预后价值的新型有前景的生物标志物。RNA-seq的公开数据和相关临床数据均从TCGA数据库下载。在R中进行差异表达分析。利用GO和KEGG信号通路进行富集。 STRING 数据库用于 PPI 分析。 CE-网络是利用STAR数据库构建的。 Kaplan-Meier生存分析和ROC曲线分析表明生物标志物的诊断和预后价值。差异表达数据表明4428个mRNA在GBM中差异表达。 GO和KEGG通路分析表明差异表达的mRNA在关键生物过程中富集。 PPI 显示 WEE1、BARD1 和 CDK6 是重要的 PPI 中心。 ceRNA 网络数据证明了关键的 lncRNA。数据显示,lncRNA CRNDE、LINC00957、AC072061.1、AC068888.1 和 DBH-AS1 是 GBM 患者的潜在诊断预后生物标志物。总之,我们证明了 lncRNA 和 mRNA 相互作用,并提到了调节网络,被认为是一种治疗选择在GBM中。此外,我们还为患者提出了潜在的诊断和预后生物标志物。版权所有© 2024 Poursheikhani 等人。由德黑兰医科大学出版。
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Parasites & Vectors
2024 Oct 21
DavidKikaawa,EVadive...
Molecular docking, network pharmacology, and QSAR modelling studies of benzo[c]phenanthridines - novel antileishmaniasis agents.
Parasites & Vectors
由于缺乏疫苗,利什曼病的治疗主要依靠化疗。然而,现有药物的低功效、寄生虫抗性和毒性使得有必要开发有效且更安全的疗法。 Fuchino 等人。报道了一系列苯并[c]菲啶对大利什曼原鞭毛体具有潜在的杀利什曼活性。为了推动这些化合物的药物开发,了解它们的分子靶点、作用机制、结合相互作用和结构要求至关重要。在这项研究中,对 30 种苯并[c]菲啶进行了分子对接、网络药理学、2D-QSAR 和 3D-QSAR CoMFA 研究。对接分析表明,与其他靶标相比,所有分子对 L. Major 核苷二磷酸激酶 (NDPK) 都具有很强的结合亲和力。 10-异丙氧基血根碱具有最高的结合亲和力(-10.6kcal/mol)并形成离子和疏水相互作用。对最活跃化合物的网络药理学分析确定丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 Mtor 是苯并[c]菲啶类药物在人类中的潜在抗利什曼病靶标。所有对接化合物的高亲和力分数> -7.0kcal/mol 都证实了这一点。 GO 和 KEGG 通路富集鉴定 Reg.脂肪酸氧化 (BP)、TORC1 复合物 (CC)、RNA 聚合酶 III 1 型启动子序列特异性 DNA 结合 (MF) 和急性髓系白血病(KEGG 途径)的中心基因高度富集。 2D和3D-QSAR CoMFA模型均满足以下内部和外部验证测试:2D-QSAR:R2Train = 0.9040,Q2cv = 0.8648,R2adj = 0.8838,R2Test = 0.8740; 3D-QSAR:r2 = 0.998,q2 = 0.526,SDEP = 0.856。这些分子实际上可以被评价为优良的抗利什曼病药物。
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NEURO-ONCOLOGY
2024 Oct 19
RuochenDu,JianzhongZ...
Is modulation of immune checkpoints on glioblastoma-infiltrating myeloid cells a viable therapeutic strategy?
NEURO-ONCOLOGY
免疫学领域传统上专注于适应性免疫细胞的免疫检查点调节。然而,许多恶性肿瘤(例如胶质母细胞瘤)大多缺乏 T 细胞,而是富含先天免疫系统的免疫抑制性骨髓细胞。虽然一些免疫检查点目标在适应性免疫和先天免疫之间共享,但骨髓特异性检查点也可以作为潜在的治疗方法。为了更好地了解免疫检查点阻断对骨髓细胞的影响,我们系统总结了目前关注PD-L1/PD-1、CD24/Siglec-10、胶原蛋白/LAIR-1、CX3CL1/CX3CR1、和 CXCL10/CXCR3。通过综合分子机制和转化意义,我们的目标是优先考虑此类胶质母细胞瘤治疗药物。© 作者 2024。由牛津大学出版社代表神经肿瘤学会出版。版权所有。如需商业重复使用,请联系 reprints@oup.com 获取转载和转载的翻译权。所有其他权限都可以通过我们网站文章页面上的权限链接通过我们的 RightsLink 服务获得 - 如需了解更多信息,请联系journals.permissions@oup.com。
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MICROSCOPY RESEARCH AND TECHNIQUE
2024 Oct 21
LiyeMei,ChentaoLian,...
High-Accuracy and Lightweight Image Classification Network for Optimizing Lymphoblastic Leukemia Diagnosisy.
MICROSCOPY RESEARCH AND TECHNIQUE
白血病是一种严重影响人类免疫系统的血液恶性肿瘤。早期发现有助于有效管理和治疗癌症。尽管深度学习技术有望实现血液疾病的早期检测,但其有效性往往受到可用数据集和部署设备的物理限制的限制。在这项研究中,我们收集了来自 85 名淋巴增殖性肿瘤患者的 17,826 个形态学骨髓细胞图像的高质量数据集。我们采用渐进式收缩方法,集成了跨多个维度(包括宽度、深度、分辨率和内核大小)的综合修剪技术来训练我们的轻量级模型。该模型实现了急性淋巴细胞白血病、慢性淋巴细胞白血病和其他骨髓细胞类型的快速识别,准确率高达 92.51%,吞吐量为每秒 111 张玻片,而仅包含 640 万个参数。该模型对白血病的诊断,特别是在淋巴系统疾病的快速、准确识别方面做出了重大贡献,并为提高医学专家诊断和治疗淋巴细胞白血病的效率和准确性提供了潜在的机会。© 2024 Wiley periodicals LLC。
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MEDICINE & SCIENCE IN SPORTS & EXERCISE
2024 Oct 01
MandiLi,MeijingHu,Li...
Trends in Cancer Incidence and Potential Associated Factors in China.
MEDICINE & SCIENCE IN SPORTS & EXERCISE
及时分析癌症发病趋势对于癌症预防和控制至关重要,癌症预防和控制是中国的一项公共卫生重点。 估算 1983 年至 2017 年中国 32 种癌症的发病趋势并预测到 2032 年的变化,评估由于危险因素和影响而导致的明显变化这项基于人群的队列研究使用了五大洲癌症发病率数据库(1983-2017)的数据。收集了 32 种癌症的新病例。数据分析时间为 2023 年 10 月 15 日至 2024 年 5 月 23 日。根据世界卫生组织世界标准人口标准化的年龄标准化发病率 (AIR)、使用连接点回归的平均年度百分比变化 (AAPC) 以及因衰老而导致的百分比变化分析中总共纳入了 3677027 例新癌症病例(54.9% 男性,45.1% 女性)。从 1983 年到 2017 年,观察到 11 种男性癌症和 14 种女性癌症 AIRS 增加,预计这一趋势将持续到 2032 年。甲状腺癌的增幅最高(AAPC:男性为 7.82%;95% CI,6.92%-10.38%;女性为 8.59%;95% CI,7.84%-10.42%),其次是前列腺癌(4.71%;95% CI,3.12%-9.95%)和肾癌(3.61%;95% CI,3.11%-5.82%)在男性中,宫颈癌(4.43%;95% CI,3.36%-9.44%)和肾癌(3.66%;95% CI,2.98%-6.86%)在女性中。 1983-2017年,男性肺癌AIRs呈下降趋势,女性呈上升趋势。相比之下,从 1983 年到 2032 年,胃癌、肝癌、喉癌、鼻癌和鼻窦癌的 AIR 有所下降。从 2018 年到 2032 年,癌症病例预计将增加,主要是由于男性 18 种癌症和女性 11 种癌症的危险因素,而老龄化可能与其他癌症的增加有关。在这项针对普通人群癌症发病率的队列研究中,中国的癌症格局正在演变,发病率不断增加主要是由于 20 种癌症的危险因素和其他癌症的老龄化。减少风险暴露的一级预防工作至关重要,还需要进一步的基础研究。此外,二级预防工作对于提高癌症生存率至关重要,尤其是老年人。
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LIFE SCIENCES
2024 Oct 18
PearlJohn,CSudandira...
Structure, function and stability analysis on potential deleterious mutation ensemble in glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) for early detection of LUAD.
LIFE SCIENCES
肺腺癌(LUAD)是肺癌中最突出的组织学亚型,是癌症死亡率的主要原因。高突变率和糖酵解率是肺癌中报道的主要改变。在我们的研究中,我们阐明了关键糖酵解酶 3-磷酸甘油醛脱氢酶 (GAPDH) 和相关 SNP 在 LUAD 进展中的结构和功能作用。我们的基因表达分析揭示了 LUAD 中 GAPDH 的高表达。计算机工具和分析用于有害 SNP 的识别和表征。分子对接和动力学模拟 (MDS) 研究表征了优先有害突变的结构后果。基于序列的分析识别 GAPDH 中的 SNP,结果发现 28 个有害 SNP,其中 6 个 SNP 显示出有害和破坏作用。基于结构的分析产生了保守域中 rs ids rs11549328 (D39Y) 和 rs200102749 (S51Y) 的 2 个稳定 SNP。 GAPDH 序列的 IDR 和 PTM 分析得出了 191 至 194 个位置的 IDR 区域,经过 PTM 修饰后,IDR 得分为 0.511、0.520、0.517 和 0.503。已鉴定的有害 SNP(D39Y 和 S51Y)属于功能性和保守性。 GAPDH 的结构域。此外,GAPDH 的 IDR 区域内 PTM 的存在可能有助于增强 LUAD 中的糖酵解活性。我们的研究结果为 LUAD 进展中 GAPDH 的病理学方面提供了潜在的背景有害突变体。版权所有 © 2024。由 Elsevier Inc. 出版。
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Journal of Zhejiang University-SCIENCE B
2024 Oct 18
YilinZhu,FanrongLiu,...
Chronic exposure to hexavalent chromium induces esophageal tumorigenesis via activating the Notch signaling pathway.
Journal of Zhejiang University-SCIENCE B
六价铬 Cr(VI) 是一种公认​​的致癌物质,有助于许多人类癌症的发生,特别是呼吸道和消化道肿瘤。然而,Cr(VI)在食管癌发生中的潜在功能和相关机制尚不清楚。在此,永生化人食管上皮细胞(HEEC)通过长期暴露于 Cr(VI) 被诱导成为恶性转化细胞,称为 HEEC-Cr(VI) 细胞,这模拟了食管肿瘤发生的过程。体外和体内实验表明,与 BALB/c 裸鼠相比,HEEC-Cr(VI) 细胞具有贴壁独立生长能力、更强的增殖能力、癌症干细胞特性以及形成皮下异种移植物的能力。亲代细胞,HEEC。此外,HEEC-Cr(VI)细胞表现出细胞运动减弱和细胞粘附增强。有趣的是,急性暴露于 Cr(VI) 的 HEEC 未能表现出 HEEC-Cr(VI) 细胞的恶性表型,这表明 Cr(VI)‍ 诱导的恶性转化,而不是 Cr(VI) 本身,是导致恶性转化的原因。 HEEC-Cr(VI)细胞的肿瘤特征。从机制上讲,长期接触 Cr(VI) 会诱导 Notch 信号传导异常激活,这对于维持 HEEC-Cr(VI) 细胞的恶性增殖和干细胞能力至关重要。正如预期的那样,Notch 通路抑制剂 N-‍[N-‍(3,5-二氟苯乙酰基)‍-L-丙氨酰]‍-S-苯基甘氨酸叔丁酯 (DAPT) 可显着减弱 HEEC- 的癌表型。 Cr(VI) 细胞。总之,我们的研究阐明了Cr(VI)‍诱发食管肿瘤发生的分子机制,为Cr(VI)‍相关食管癌的进一步基础研究和临床治疗策略提供了新的见解。
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JOURNAL OF NATURAL PRODUCTS
2024 Oct 20
LauraLSallandt,Cleme...
Derivatization of Microcystins Can Increase Target Inhibition while Reducing Cellular Uptake.
JOURNAL OF NATURAL PRODUCTS
微囊藻毒素是一大类非核糖体环状七肽,以其肝毒性而闻名,是研究最深入的蓝藻毒素之一。最近,人们将它们作为抗癌药物开发的先导进行讨论。它们的主要作用方式是抑制真核丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶 1 和 2A。与许多可以通过被动扩散穿过细胞膜的细胞毒素不同,微囊藻毒素依赖于通过有机阴离子转运多肽 1B1 或 1B3 的主动摄取。磷酸酶抑制和可转运性都强烈依赖于单个微囊藻毒素的结构。在这里,我们介绍了微囊藻毒素核心结构的位置 2 和位置 4 的化学修饰如何改变这两个特性。为了降低可运输性并增加磷酸酶抑制作用,我们使用药效团模型来研究用含有多种官能团的小分子衍生的微囊藻毒素的磷酸酶抑制潜力。使用点击化学合成各自的衍生物。我们发现一些衍生化的微囊藻毒素可以处理蛋白磷酸酶 1 的一个尚未描述的亚袋。测试了衍生化的微囊藻毒素对表达转运蛋白的细胞系的磷酸酶 1 抑制和细胞毒性,揭示了微囊藻毒素的目标抑制和可转运性可以独立地受到理化性质,特别是位于微囊藻毒素2位的残基的理化性质。用小酸或氨基酸衍生化产生的微囊藻毒素具有良好的抑制与转运比,使得这些衍生物可能适合药物开发。
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JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY
2024 Oct 18
QianshanQin,HuanhuaY...
Engineered mRNAs with stable structures minimize double-stranded RNA formation and increase protein expression.
JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY
合成信息 RNA (mRNA) 的治疗用途已在 COVID-19 疫苗中得到验证,并在开发传染性和肿瘤疫苗方面显示出巨大潜力。然而,体外转录 (IVT) 过程中产生的双链 RNA (dsRNA) 副产物会降低基于 mRNA 的疗法的功效并引发先天免疫反应。现有消除 dsRNA 副产物的方法通常很麻烦且劳动密集型。在这项研究中,我们发现松散的 mRNA 二级结构和序列中更多不配对的 U 碱基通常会导致 IVT 过程中形成更多的 dsRNA 副产物。我们进一步开发了基于序列特征的 dsRNA 副产物形成的预测模型,以指导 mRNA 序列的优化,有助于最大限度地减少不需要的免疫反应并提高 mRNA 产物的蛋白质表达。总的来说,我们的研究为开发有效的 mRNA 疗法提供了新的线索和方法,最大限度地减少 dsRNA 副产物并增加蛋白质表达。版权所有 © 2024。由 Elsevier Ltd 出版。
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JOURNAL OF ETHNOPHARMACOLOGY
2024 Oct 18
LakshmiNavyathaKaram...
Exploring the therapeutic potential of Pongamia pinnata plant extract against skin cancer: in-silico and in-vitro study.
JOURNAL OF ETHNOPHARMACOLOGY
水黄皮属于豆科植物,在草药中具有重要的治疗作用。本研究旨在确定植物提取物的抗癌和抗氧化特性。方法包括通过索氏提取法提取叶子样品,然后进行植物化学分析叶提取物的分析。通过计算机模拟方法,使用分子对接和分子模拟方法对 10 种配体分析了 3 种抗癌受体。对石油醚植物提取物进行计算机测试的预测结果为后续体外研究奠定了基础。使用 GC-MS 分析对植物提取物进行植物化学分析,并使用 MTT 分析对 A431 皮肤细胞系进行细胞毒性测试。水黄作为抗癌剂与靶标 EGF、EGFR、ERBB2 的结合亲和力是明显的。在计算机模拟研究中,对于对接复合物的最高结合亲和力为:EGF 与帕唑帕尼的结合亲和力为 -8.2 kcal/mol,EGFR 与蓬加色烯的结合亲和力为 -8.3 kcal/mol,ERBB2 与牡荆素的结合亲和力为 -9.5 kcal/mol。此外,通过分子模拟评估了这些复合物,并证实了这些复合物的稳定性。在体外研究中,HPLC 结果表明存在 0.176 ± 0.001 mg/mL 的酚类和 0.159 ± 0.001 mg/mL 的类黄酮。 IC50值为1.051,表明其具有抗氧化潜力。针对 A431 皮肤癌细胞的细胞毒性研究得出的 IC50 浓度为 89.59μg/ml。这些研究表明 P. pinnata 具有作为治疗皮肤肿瘤的治疗剂的特性。分子模拟研究方法是药物发现的预测因子,可作为测试皮肤肿瘤抗癌活性的基础。因此,它可以成为治疗黑色素瘤的有用原料药来源。版权所有 © 2024。由 Elsevier B.V. 出版。
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