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Journal of Translational Medicine
2024 Sep 02
GongzhengWang,FeierD...
CT-based radiomics nomogram to predict proliferative hepatocellular carcinoma and explore the tumor microenvironment.
Journal of Translational Medicine
增殖性肝细胞癌(HCC)是一类预后不良的侵袭性肿瘤。我们的目的是构建基于计算机断层扫描 (CT) 的放射组学列线图来预测增殖性 HCC、对临床结果进行分层并探索肿瘤微环境。从两个医疗中心回顾性收集肝切除术后病理诊断为 HCC 的患者。使用训练队列 (n = 184) 构建基于 CT 的放射组学列线图,结合放射组学模型和临床放射学特征来预测增殖性 HCC,并使用内部测试队列 (n = 80) 和外部测试队列 (n = 89) 进行验证。对接受手术 (n = 201) 或接受经动脉化疗栓塞 (TACE, n = 104) 的 HCC 患者评估列线图对临床结果的预测性能。使用癌症成像档案数据库中的 RNA 测序数据和组织学组织切片进行转录组学和病理组学分析。在训练、内部预测中,预测增殖性 HCC 的放射组学列线图的受试者工作特征曲线下面积分别为 0.84、0.87 和 0.85。分别是测试和外部测试队列。放射组学列线图可以对手术结果队列中的早期无复发生存率(风险比[HR] = 2.25;P < 0.001)和TACE结果队列中的无进展生存率(HR = 2.21;P = 0.03)进行分层。转录组学和病理组学分析表明,放射组学列线图与碳代谢、免疫细胞浸润、TP53 突变和肿瘤细胞异质性相关。基于 CT 的放射组学列线图可以预测增殖性 HCC、对临床结果进行分层并测量促肿瘤微环境.© 2024。作者。
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Molecular Cancer
2024 Sep 02
KenAsada,SyuzoKaneko...
Multi-omics and clustering analyses reveal the mechanisms underlying unmet needs for patients with lung adenocarcinoma and identify potential therapeutic targets.
Molecular Cancer
癌症基因组包含几个驱动突变。然而,在某些情况下,尚未识别出已知的驱动程序;这些剩余领域的需求未得到满足,导致癌症治疗进展有限。全基因组测序(WGS)可以识别与疾病相关的非编码改变。因此,利用 WGS 和其他组学数据(例如 ChIP 测序 (ChIP-seq))来探索非编码区域来辨别与肿瘤发生相关的新改变和机制,近年来一直很有吸引力。综合多组学分析,包括 WGS、ChIP-对来自肺腺癌 (LUAD) 中具有非临床可操作基因改变 (non-CAGA) 的患者样本进行了 seq、DNA 甲基化和 RNA 测序 (RNA-seq)。进行二级聚类分析是为了加强 RNA-seq 确定的与患者生存相关的相关性。 随后进行差异基因表达分析,以确定潜在的药物靶标。通过分析 RNA-seq 数据,发现并证实了非 CAGAs LUAD 中 H3K27ac 标记的差异,其中 mastermind 样转录共激活因子 2 (MAML2) 受到抑制。表达与 MAML2 表达相关的下调基因与患者预后相关。 WGS 分析揭示了与 MAML2 区域 H3K27ac 标记相关的体细胞突变,并且在肿瘤样本中观察到 MAML2 中高水平的 DNA 甲基化。二级聚类分析实现了患者分层,随后的分析确定了潜在的治疗靶基因和治疗方案。我们通过将多组学数据与临床信息相结合的新方法,克服了识别与肿瘤发生相关的编码区的改变或驱动突变的持续挑战揭示非 CAGA LUAD 的分子机制,对患者进行分层以改善患者预后,并确定潜在的治疗靶点。这种方法可能适用于需求未得到满足的其他癌症的研究。© 2024。作者。
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GENES & DEVELOPMENT
2024 Sep 02
FenqiDu,XiangxinWu,Y...
Identification of an Amino Acid Metabolism Reprogramming Signature for Predicting Prognosis, Immunotherapy Efficacy, and Drug Candidates in Colon Cancer.
GENES & DEVELOPMENT
结肠癌在全球最常诊断的癌症中排名第三。氨基酸代谢重编程与结肠癌的发生、发展有关。我们从分子特征数据库中寻找与氨基酸代谢相关的氨基酸代谢基因(AMG)作为预后标志物,并构建了氨基酸代谢评分模型(AMS)。根据AMS将患者分为高AMS组和低AMS组,系统分析两组患者的预后特征、分子表型、体细胞突变特征、免疫细胞浸润特征以及免疫治疗效果。最后,还筛选了针对 AMG 的化合物。我们筛选出 6 个预后 AMG(P<0.05),并基于它们构建了 AMS 模型。 K-M曲线显示低AMS组的OS显着高于高AMS组(P < 0.05),这在多个数据集中得到了验证。不同AMS组具有不同的分子表型、体细胞突变特征和免疫细胞浸润特征。低AMS组免疫治疗效果较好。此外,我们预测了可以与 AMG 靶蛋白结合的潜在治疗化合物。 AMS模型可作为评价结肠癌预后、免疫浸润特征和免疫治疗反应能力的分层工具。基于 AMG 筛选出的化合物可能成为新型抗肿瘤药物。© 2024。作者获得 Springer Science Business Media, LLC(Springer Nature 旗下公司)的独家许可。
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GASTROENTEROLOGY
2024 Aug 28
BeatrizCarvalho,Will...
Stool-based testing for post-polypectomy colorectal cancer surveillance safely reduces colonoscopies: The MOCCAS study.
GASTROENTEROLOGY
基于结肠镜检查的预防结直肠癌 (CRC) 的监测给患者和医疗保健带来了沉重负担。通过将结肠镜检查限制在 AN 风险增加的个体中,粪便测试可能有助于减少结肠镜检查的监测。这项横断面观察性研究包括具有监测指征的 50-75 岁的个体。在肠道准备之前,参与者收集样本进行多目标粪便 DNA (mt-sDNA) 测试和两项粪便免疫化学测试 (FIT)。计算所有监测指标的测试准确度。仅针对息肉切除术后适应症(最常见且与 CRC 风险相对较低相关),使用 ASCCA 模型评估了粪便监测的长期影响。模拟基于粪便的策略来调整每个测试的阳性阈值,以获得至少与结肠镜检查监测一样有效的策略。3453 个人获得了所有粪便测试和结肠镜检查的结果。 2226 人曾接受过息肉切除术,1003 人曾接受过 CRC 治疗,224 人有家族风险。 mt-sDNA 测试的 AN 受试者工作特征曲线下面积为 0.72 (95% CI; 0.69-0.75),FIT OC-Sensor 为 0.61 (95% CI; 0.58-0.64),FIT OC-Sensor 为 0.59 (95% CI; 0.58-0.64)。 0.56-0.61) 适用于 FIT FOB-Gold。基于粪便的息肉切除术后监测策略至少与结肠镜检查监测一样有效,将结肠镜检查的次数减少了 15-41%,并且在一个人的一生中需要进行 5.6-9.5 次粪便检查。基于 Mt-sDNA 的监测比结肠镜检查监测成本更高,而基于 FIT 的监测则节省了成本。这项研究表明,基于粪便的息肉切除术后监测策略可能是安全且具有成本效益的,有可能减少结肠镜检查的次数高达 41%。版权所有 © 2024 AGA Institute。由爱思唯尔公司出版。保留所有权利。
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EXPERT OPINION ON THERAPEUTIC PATENTS
2024 Sep 01
JanFelixScholtes,Cri...
Trends in covalent drug discovery: a 2020-23 patent landscape analysis focused on select covalent reacting groups (CRGs) found in fda-approved drugs.
EXPERT OPINION ON THERAPEUTIC PATENTS
共价药物含有亲电子基团,可以与蛋白质(特别是酶)活性位点的亲核氨基酸发生反应。最近,人们对使用共价药物靶向蛋白质中的非催化氨基酸来调节困难靶点(即靶向共价抑制剂)产生了很大的兴趣。共价化合物包含多种共价反应基团 (CRG),但 FDA 批准的共价药物中只存在其中的少数 CRG。这篇综述总结了 2020-23 专利格局分析,该分析检查了共价药物发现领域的趋势围绕目标和组织。该分析重点关注提交给世界国际专利组织的专利申请,并根据 FDA 批准的药物中存在的 CRG,使用关键词和结构搜索相结合进行选择。共识别出来自 > 300 个组织的 707 份专利申请,公开了化合物作用于 71 个目标。 5个靶点的专利申请数量占总数量的63%(即BTK、EGFR、FGFR、KRAS和SARS-CoV-2 Mpro)。专利数量最多的组织是学术机构(丹娜法伯癌症研究所)。对于一个靶标 KRAS G12C,新药的发现竞争非常激烈(超过 100 个组织,186 项专利申请)。
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Eur J Nucl Med Mol I
2024 Sep 02
TimoWMDeGroof,Yoline...
Specific imaging of CD8 + T-Cell dynamics with a nanobody radiotracer against human CD8β.
Eur J Nucl Med Mol I
虽然免疫疗法彻底改变了肿瘤学领域,但治疗反应性的变化限制了这些疗法的广泛适用性。免疫细胞(特别是 CD8 T 细胞)动态的诊断成像可以实现早期患者分层,从而提高治疗效果和安全性。在这项研究中,我们报告了一种基于纳米抗体的免疫示踪剂的开发,用于人类 CD8 T 细胞动力学的非侵入性 SPECT 和 PET 成像。针对人类 CD8β 的纳米抗体是通过美洲驼免疫和随后的生物淘选产生的。对先导抗人 CD8β 纳米抗体的结合、特异性、稳定性和毒性进行了表征。铅纳米抗体标记有锝-99m、镓-68和铜-64,用于通过 SPECT/CT 或 PET/CT 对人 T 细胞淋巴瘤和人 CD8 转基因小鼠和非人灵长类动物中的 CD8 T 细胞进行无创成像。对 MC38 荷瘤小鼠中的 CD8 T 细胞进行重复成像,可实现 CD8 T 细胞动态的可视化。基于纳米抗体的免疫示踪剂显示出与人类 CD8 的高亲和力和特异性结合,而不会激活不必要的免疫。通过 SPECT 和 PET 成像,在幼稚小鼠和荷瘤小鼠以及幼稚非人灵长类动物中以高灵敏度非侵入性地观察到 CD8 T 细胞。与之前的人类 CD8 靶向免疫示踪剂相比,基于纳米抗体的免疫示踪剂显示出对 CD8 T 细胞的更高特异性和/或更快的体内药代动力学,使我们能够在早期时间点跟踪人类 CD8 T 细胞动态。更具体的人类 CD8 T 细胞靶向免疫示踪剂,允许通过人类 CD8 T 细胞动态的非侵入性成像来跟踪免疫治疗反应。© 2024。作者。
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Environ Toxicol Phar
2024 Aug 30
KarlaJagić,MarijaDvo...
Polybrominated diphenyl ethers in paired dust-breast milk samples: levels, predictors of contamination, and health risk assessment for infants and mothers.
Environ Toxicol Phar
对居住在这些家庭的妇女 (N = 30) 的室内灰尘和母乳样本中的 7 种多溴二苯醚 (PBDE) 水平进行了综合研究。室内灰尘和母乳样品中的 ΣPBDE 范围为
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ECOTOXICOLOGY AND ENVIRONMENTAL SAFETY
2024 Aug 31
LiWang,JinChen,Qianh...
Cigarette smoke extract induces malignant transformation and DNA damage via c-MET phosphorylation in human bronchial epithelial cells.
ECOTOXICOLOGY AND ENVIRONMENTAL SAFETY
香烟烟雾是烟草燃烧产生的复杂混合物,含有多种致癌物质,并能引发 DNA 损伤。 c-MET(一种受体酪氨酸激酶)的过度激活可能会导致癌症和细胞 DNA 损伤,但其潜在机制尚不清楚。在这项工作中,我们研究了香烟烟雾提取物(CSE)诱导人支气管上皮细胞(BEAS-2B)恶性转化和DNA损伤的机制。结果表明,CSE 治疗导致与 c-MET 信号通路相关基因的 mRNA 表达上调、DNA 损伤传感器蛋白 γ-H2AX 的表达增加以及 BEAS-2B 细胞中不受控制的增殖。参与DNA损伤修复的ATR、ATR和CHK2,以及c-MET的磷酸化和一组参与DNA损伤反应的激酶(ATM、ATR、CHK1、CHK2)均被CSE激活。此外,CSE 激活促进与 DNA 损伤修复相关的 ATR、CHK1 蛋白的磷酸化修饰。添加 PHA665752(c-MET 的特异性抑制剂)或用 c-MET 进行敲低均可减轻 DNA 损伤,而 c-MET 的过度表达则加剧 DNA 损伤。因此,c-MET 磷酸化可能参与 CSE 诱导的 DNA 损伤,为预防和治疗吸烟引起的肺部疾病提供潜在的干预靶点。版权所有 © 2024。由 Elsevier Inc. 出版。
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Disease Models & Mechanisms
2024
MarilisaCortesi,Kris...
Beyond 2D cell cultures: how 3D models are changing the in vitro study of ovarian cancer and how to make the most of them.
Disease Models & Mechanisms
3D 细胞培养是卵巢癌研究的基本工具,可以更有效地研究这种致命疾病的主要特征,包括高复发率和化疗耐药性。对这些现象的生物学基础进行更清晰、更全面的了解可以帮助开发更有效的治疗方法,从而改善患者的治疗结果。选择最合适的模型来研究与癌症相关的细胞生物学的不同方面具有挑战性,特别是因为可用于 3D 培养研究的检测方法尚未完全建立。为了最大限度地发挥卵巢癌 3D 细胞培养的实用性,我们对当前可用的模型进行了深入审查,同时考虑了每种方法以及用于评估结果的测定技术的优点和局限性。这种综合分析可以深入了解哪种模型检测对最适合研究卵巢癌生物学的不同参数,例如细胞增殖、基因表达或治疗反应。我们还描述了多个模型的组合使用如何可能成为复杂行为体外表征的最有效策略。©2024 Cortesi 等人。
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Disease Models & Mechanisms
2024 Sep
YasukoSagara,HitomiN...
Plasma vitamin D levels are correlated with the pathogenesis of human T-cell leukemia virus type 1-associated diseases.
Disease Models & Mechanisms
维生素 D (VD) 的活性形式通过调节 T 细胞活性、细胞分化和增殖相关基因的表达来发挥激素作用。人类 T 细胞白血病病毒 1 型 (HTLV-1) 是危及生命的疾病、成人 T 细胞白血病 (ATL) 和 HTLV-1 相关脊髓病 (HAM) 的病原体。在ATL患者中,高钙血症是骨吸收引起的最严重的并发症之一。在这项研究中,与未经治疗的小鼠相比,接受紫外线照射的 HTLV-1 感染细胞的野生型小鼠的血浆 VD 水平降低了 47%。为了阐明 HTLV-1 对血浆 VD 水平的影响,对全国 ATL 发病队列研究中注册的 315 个样本进行了测量。 HAM中的VD水平(14.98±8.5ng/mL)显着低于无症状携带者和ATL(p<0.05)。比较按疾病亚型分层的 ATL 中的 VD 水平时,急性 ATL 的水平 (15.81±12.0ng/mL) 低于慢性和闷烧型 (p<0.05)。在纵向观察中,未经治疗的自发缓解病例中的 VD 水平显着高于 ATL 进展病例,其中 VD 水平在发病后下降了约 40%。在移植后复发的病例中,血浆VD水平下降至复发前水平的38.7%,而在完全缓解的病例中,VD水平随着体能状态的改善而升高。总而言之,这些结果表明血浆 VD 水平是 HTLV-1 相关疾病发病和复发的潜在指标。© 2024 Wiley periodicals LLC。
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