研究动态
Articles below are published ahead of final publication in an issue. Please cite articles in the following format: authors, (year), title, journal, DOI.
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BIOINFORMATICS
2024 Aug 30
JinboZhang,ShunlingY...
Signature Search Polestar: A comprehensive drug repurposing method evaluation assistant for customized oncogenic signature.
BIOINFORMATICS
新兴的高通量技术导致药物转录组数据集规模显着激增,特别是在肿瘤学方面。特征搜索方法(SSM)利用差异表达基因通过测序形成的致癌特征,在不依赖先验知识的情况下进行抗癌药物筛选和识别作用机制方面发挥了重要作用。然而,各种研究发现不同的 SSM 在药物转录组数据集中表现出不同的性能。此外,致癌特征的大小也会显着影响药物再利用的结果。因此,为特定疾病找到最佳的 SSM 和定制的致癌特征仍然是一个挑战。为了解决这个问题,我们推出了 Signature Search Polestar (SSP),这是一个网络服务器,集成了 LINCS L1000 中最大的抗癌药物药物转录组数据集和五个最先进的 SSM(XSum、CMap、GSEA、ZhangScore、XCos)。 SSP 提供三个主要模块:Benchmark、Robustness 和 Application。 Benchmark 使用两个指数(曲线下面积和富集分数)基于药物注释来评估不同致癌特征大小的 SSM。稳健性,适用于药物注释不充分的情况,使用基于药物自我检索的性能评分进行评估。应用程序提供三种筛选策略,单一方法、SS_all 和 SS_cross,允许用户自由利用具有定制致癌特征的最佳 SSM 进行药物再利用。SSP 在 https://web.biotcm.net/SSP/ 上免费。当前版本的 SSP 存档于 https://doi.org/10.6084/m9.figshare.26524741.v1,允许用户直接使用或定制自己的 SSP Web 服务器。补充数据可在 Bioinformatics online 获取。© 作者( s) 2024 年。由牛津大学出版社出版。
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BIOCHEMICAL PHARMACOLOGY
2024 Aug 28
CaimingXu,SilviaPasc...
The LAMB3-EGFR signaling pathway mediates synergistic Anti-Cancer effects of berberine and emodin in Pancreatic cancer.
BIOCHEMICAL PHARMACOLOGY
胰腺导管腺癌(PDAC)是一种致命的恶性肿瘤,主要是由于化学耐药性的内在发展。与化疗耐药相关的最明显的组织病理学特征是细胞外基质(ECM)蛋白的改变。小檗碱 (BBR) 和大黄素 (EMO) 等天然膳食植物已被证明通过调节各种癌症的 ECM 具有化学预防潜力。在此,我们进一步研究了 BBR 和 EMO 通过靶向胰腺癌中的 ECM 蛋白来增强抗癌功​​效的潜在协同作用。全基因组转录组分析发现,LAMB3 在 PDAC 组织中显着上调,并且与较差的总生存率(OS,风险比 [HR],2.99,95% 置信区间 [CI],1.46-6.15;p=0.003)和无进展高度相关。 PDAC 中的生存率(PFS、HR,2.59;95% CI,1.30-5.18;p=0.007)。在 BxPC-3 和 MIA-PaCa-2 细胞中进行的一系列系统功能实验表明,BBR 和 EMO 的组合表现出协同抗肿瘤潜力,如细胞增殖、克隆形成、迁移和侵袭测定所证明的那样 (p<0.05- 0.001)。该组合还改变了参与细胞凋亡、EMT 和 EGFR/ERK1,2/AKT 信号传导的关键蛋白的表达。这些发现得到了患者源性类器官 (PDO) 的进一步支持,与单独使用每种化合物相比,联合治疗产生的类器官更少且更小 (p<0.05-0.001)。我们的结果表明,BBR 与 EMO 联合通过干扰 PDAC 中的 LAMB3 来调节 EGFR 信号通路,从而发挥协同抗癌作用。版权所有 © 2024。由 Elsevier Inc. 出版。
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BIOCONJUGATE CHEMISTRY
2024 Aug 29
NavneetKaur,Priyadar...
Lipid Nanoparticles for Brain Tumor Theranostics: Challenges and Status.
BIOCONJUGATE CHEMISTRY
脂质纳米颗粒已被认为是向局部实体瘤(尤其是单独或组合的脑肿瘤)递送各种成像和治疗剂的强大武器。令人鼓舞的是,基于脂质的纳米系统已被认为是安全的递送系统,甚至得到了美国食品和药物管理局 (FDA) 和欧洲药品管理局 (EMA) 的批准。最近,脂质纳米颗粒作为 COVID-19 mRNA 疫苗成为人们关注的焦点,其中脂质纳米颗粒在有效保护 mRNA 并将其递送至所需细胞方面发挥着重要作用。目前,具有更好的生化和生物物理稳定性的脂质纳米载体,即纳米脂质体、固体脂质纳米粒子、可电离脂质纳米结构等不断取得进展,已被人们所关注和报道。此外,脂质纳米结构由于其生物相容性、保护和将治疗药物输送到局部部位的能力以及更好的重现性和可靠性,被认为是多种疾病的多功能治疗平台。然而,脂质纳米颗粒在体内给药时仍然面临形态和生化变化。这些变化改变了脂质纳米颗粒在个性化脑肿瘤治疗诊断过程中的特定生物学和病理学反应。其次,脂质纳米药物仍面临负载物零过早泄漏、长期胶体稳定性和脱靶等重大挑战。在此,考虑到临床前和临床研究的主要方面,对用于脑肿瘤成像和治疗“治疗诊断”的各种基于脂质的纳米药物进行了回顾和总结。另一方面,还讨论了脂质治疗诊断系统的工程和生物学挑战以及不同脑肿瘤临床实践的相关优势和指南。这篇综述提供了用于脑肿瘤成像和治疗的基于脂质纳米颗粒的治疗诊断剂的深入知识。
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BIOCONJUGATE CHEMISTRY
2024 Aug 30
JiahaoZhang,AnnaZhan...
Nanosized Porphyrin-Containing Covalent Organic Polymer to Enhance Ferroptosis in Photodynamic Treatment of Tumor Cells via Glutathione Depletion.
BIOCONJUGATE CHEMISTRY
由5,10,15,20-四(4-羧基苯基)卟啉(TCPP)和胱胺通过酰化反应制备了含卟啉的纳米级共价有机聚合物(COP)。一方面,TCPP可以通过激光照射诱导肿瘤细胞死亡。由于胱胺中存在二硫键,可与谷胱甘肽发生反应,导致肿瘤细胞中谷胱甘肽的消耗和过氧化物的积累。最终通过透明质酸封装COP得到S-COP@HA,尺寸为168.6 nm的纳米粒子也表现出良好的肿瘤蓄积性和生物安全性。在相对较低的激光密度下连续两次施用 S-COP@HA 后,观察到肿瘤细胞生长的显着抑制。这种联合疗法被证明可以降低肿瘤细胞中还原型谷胱甘肽的水平,光动力治疗后肿瘤细胞中会发生铁死亡。总的来说,这项研究为通过谷胱甘肽消耗有效增强光动力疗法提供了一种有效、良好的治疗选择。
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Best Pract Res Cl Ob
2024 Aug 28
MartinaArcieri,Claud...
Molecular biology as a driver in therapeutic choices for ovarian cancer.
Best Pract Res Cl Ob
大多数卵巢癌患者在一线化疗后 3 年内复发。因此,在复发情况下选择最合适的治疗对于确定患者的预后具有重要作用。治疗选择包括全身和腹腔内化疗、二次细胞减灭术和立体定向全身放射治疗。最佳治疗选择取决于多种因素,而不仅仅是无治疗间隔。对于全身治疗,应考虑既往治疗、残留毒性、合并症、体能状态和患者偏好。对于可以预测肿瘤完全切除的患者和患有寡转移性疾病的患者,可以建议进行二次细胞减灭术。立体定向全身放射治疗是寡转移性疾病手术的有效替代方案,具有较高的局部控制性和最小的毒性。目前的证据表明,BRCA 突变状态和分子分析在影响全身和局部治疗的反应中发挥着新的作用。因此,这些可以为治疗决策过程提供指导,并帮助确定对聚(ADP-核糖)聚合酶(PARP)抑制剂或免疫疗法或手术联合疗法(而不是铂类化疗)反应更好的患者。目前该领域的知识可以帮助扩大治疗选择,特别是对于铂类耐药的患者。在这篇综述中,我们概述了化疗、放疗和手术在这种情况下的作用及其对临床实践和治疗决策过程的影响,以便为患者提供最佳的定制治疗患有复发性卵巢癌。© IGCS 和 ESGO 2024。禁止商业重复使用。请参阅权利和权限。英国医学杂志出版。
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Best Pract Res Cl Ob
2024 Sep
MichaelWillis,Andrea...
Budget impact models for lung cancer interventions: A systematic literature review.
Best Pract Res Cl Ob
预算影响模型 (BIM) 可以预测采用新技术的财务影响以及预算重新分配的潜在需求,从而在报销决策中发挥至关重要的作用。尽管准确预测很重要,但研究表明估计与现实之间存在巨大差异。我们正在开发一种基于人工智能的临床决策工具,以识别最有可能从免疫治疗中受益的非小细胞肺癌患者。为了评估预算影响并描述已发表的肺癌 BIM 的系统文献综述。我们搜索了 PubMed EMBASE 用于 2010 年至 2023 年间发表的研究,其中包括描述肺癌干预措施的 BIM。对所有合格研究进行前向和后向参考检索。我们提取了作者和出版年份、国家、干预措施、疾病阶段、时间范围、分析视角、使用的建模方法、包括的成本类型、进行的敏感性分析以及使用的数据源。然后,我们评估了对健康经济学和药物经济学研究专业协会最佳实践指南的遵守情况。共确定了 25 个 BIM,涵盖 14 个不同的国家。近一半的模型无法明确确定模型结构。成本计算器方法是其中最常见的方法。根据建议,时间范围为 1 至 5 年。大多数模型比较药物,4 个比较非药物干预,7 个比较诊断技术。关于市场接受度的假设缺乏记录且缺乏动机。很少将癌症相关费用纳入其中。对最佳实践的遵守情况各不相同,并且似乎没有随着时间的推移而改善。已发布的肺癌 BIM 数量超出了预期。随着时间的推移,发表频率和模型质量呈现出适度的趋势。我们的分析揭示了模型之间的可变性以及它们对最佳实践的遵守,表明还有很大的改进空间。尽管没有一个模型单独适合评估基于人工智能的治疗选择工具,但一些模型提供了有价值的见解。
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Best Pract Res Cl Ob
2024 Sep
CarienLCreutzberg,Ja...
Clinical research in endometrial cancer: consensus recommendations from the Gynecologic Cancer InterGroup.
Best Pract Res Cl Ob
妇科癌症跨组 (GCIG) 子宫内膜癌临床研究共识会议 (ECCC) 于 2023 年 11 月 2-3 日在韩国仁川举行。会议旨在为子宫内膜癌的未来试验制定共识声明,以实现设计上的统一元素,选择重要问题,并确定未满足的需求。所有 33 个 GCIG 成员小组都参与了四个主题组内 18 项声明的制定、完善和最终确定,涉及高危疾病的辅助治疗;治疗转移性和复发性疾病;针对罕见子宫内膜癌亚组和特殊情况的试验设计;以及资源匮乏环境下试验的具体方法和适应性。此外,还确定了八个未满足需求的领域。这是第一次 GCIG 共识会议,患者倡导者和包容性、多样性、公平性和可及性方面的专家参与了流程和产出的各个方面。还选择了四名早期职业调查员参与,确保他们代表不同的 GCIG 成员群体和地区。 18 项声明中的 16 项获得了一致同意,其余两项的一致性达到 97%。使用之前卵巢癌共识会议所描述的方法,本次会议甚至不需要一份少数派声明。所有代表积极参与声明的准备、讨论和完善,所获得的高接受率证实了全球学术环境中的共识进展,并期望 ECCC 将导致更大程度的协调、实现、包容和解决全球子宫内膜癌及其他子宫内膜癌患者的临床研究需求未得到满足。版权所有 © 2024 Elsevier Ltd。保留所有权利,包括文本和数据挖掘、人工智能培训和类似技术的权利。
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INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES
2024 Aug 22
AngelYordanov,Polina...
Integrated Analysis of Phagocytic and Immunomodulatory Markers in Cervical Cancer Reveals Constellations of Potential Prognostic Relevance.
INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES
尽管疫苗接种、筛查和治疗有所改善,但宫颈癌 (CC) 仍然是全球范围内的一个主要医疗保健问题。肿瘤微环境(TME)在癌症发展中发挥着重要且有争议的作用,肿瘤逃避免疫监视的机制仍不清楚。我们的目的是研究具有不同组织学变异的 CC、肿瘤特征和负荷的患者中 CD68 和 CD47 的表达。这是一项回顾性队列研究,对 2014 年至 2021 年间在保加利亚普列文医科大学诊断为 CC 的 191 名患者的石蜡包埋肿瘤组织进行。获得用于免疫组织化学(IHC)评估的载玻片,并使用三点评分量表对瘤内(IT)和基质(ST)巨噬细胞(CD68细胞)中CD68的表达进行评分。 CD47 表达报告为 H 分数。所有统计分析均使用 Windows 版 R v. 4.3.1 进行。肿瘤中 CD68-IT 细胞的浸润取决于组织学类型和 CD47 的表达。早期患者中 CD47 H 评分水平较高的频率明显更高。 CD68-ST 细胞浸润水平较高与预后较差相关,CD68-IT 细胞浸润与肿瘤疾病死亡风险降低相关。 TME是一个复杂的生态系统,在肿瘤的生长和发展中发挥着重要作用。巨噬细胞是先天免疫的主要组成部分,当与肿瘤过程相关时,被定义为 TAM。肿瘤细胞试图通过三种方式逃避免疫监视,其中之一是通过肿瘤细胞表面的 T 淋巴细胞及其配体过度表达阴性辅助受体来降低免疫原性。其中一种机制是肿瘤细胞中 CD47 的表达,它向巨噬细胞发出“不要吃我”的信号,从而阻止吞噬作用。据我们所知,这是第一项尝试建立 CD47 和 CD68 表达水平与 CC 的一些临床病理特征之间关系的研究。我们发现,与 CD68 浸润水平相关的唯一临床病理学特征是肿瘤的组织学变异,并且仅在鳞状细胞癌中观察到 CD68-IT 高水平。高水平的CD47表达在FIGO I阶段中在pT1B中比pT2A中更常见,在FIGO I阶段中pT2B比在FIGO II和III阶段中更常见。在肿瘤细胞高表达 CD47 的患者中,大量 CD68-IT 细胞浸润更为常见。高水平的CD68-ST细胞浸润与较差的预后相关,高水平的CD68-ST细胞浸润与较低的癌症死亡风险相关。
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INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES
2024 Aug 22
NjoudAltuwaijri,Eman...
Transferrin-Conjugated Nanostructured Lipid Carriers for Targeting Artemisone to Melanoma Cells.
INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES
我们报告了在转铁蛋白 (Tf) 缀合的纳米结构脂质载体 (NLC) 中成功配制青蒿素 (ATM),使细胞毒性增加了近五倍。新药研发成本不断上升,导致已批准的药物重新用于新的适应症。这项研究将抗疟药青蒿素融入纳米结构脂质载体 (NLC) 中,并测试了可能的抗癌作用。目的是开发 NLC 和封装青蒿素的转铁蛋白缀合 NLC (NLC-Tf),以增强其递送和抗癌活性。 NLC 制剂采用高压均质和超声处理制备,并通过粒径、zeta 电位和 PDI 进行表征。使用IR确认(Tf)与(NLC)的缀合,并使用MTS测定测试抗癌活性。所有配方均处于纳米尺寸范围(140-167 nm),具有不同的 zeta 电位值。红外光谱证实转铁蛋白与 NLC 成功缀合。使用 MTS 测定在黑色素瘤细胞系上测试制剂后,与阳性对照 ATM 相比,活力显着降低,封装的 ATM-Tf 毒性增加。 NLC 为将 ATM 递送至黑色素瘤细胞提供了一种有前途的潜在载体,并且与 Tf 的进一步结合显着提高了 ATM 的细胞毒性。
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INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES
2024 Aug 22
RaquelCano,ValmoreBe...
Dietary Polyphenols and Gut Microbiota Cross-Talk: Molecular and Therapeutic Perspectives for Cardiometabolic Disease: A Narrative Review.
INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES
肠道微生物群和多酚之间错综复杂的相互作用已成为理解和潜在利用这些生物活性化合物的治疗潜力的一个迷人前沿。酚类化合物以其抗氧化、抗炎、抗糖尿病和抗癌特性而闻名,在肠道环境中会发生复杂的转变,其中多样化的微生物生态系统对其代谢和生物利用度产生深远影响。相反,多酚表现出调节肠道微生物群的组成和活性的显着能力,促进超越单纯营养加工的双向关系。这种共生相互作用对人类健康具有重大影响,特别是在糖尿病、代谢功能障碍相关的脂肪性肝病和心血管疾病等心脏代谢疾病中。通过对分子相互作用的全面探索,这篇叙述性综述阐明了肠道微生物群和多酚之间的相互动态,揭示了心脏代谢疾病治疗干预的新途径。通过揭示这两个实体之间错综复杂的相互影响,这篇综述强调了多酚在整体健康中的多方面作用,以及肠道微生物群调节作为减轻心脏代谢疾病负担的有前途的治疗策略的关键作用。
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