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肿瘤
Frontiers in Cell and Developmental Biology
2024
RoshanKumar,MarissaI...
Deciphering the divergent transcriptomic landscapes of cervical cancer cells grown in 3D and 2D cell culture systems.
Frontiers in Cell and Developmental Biology
宫颈癌仍然是全世界女性面临的重大健康挑战，对撒哈拉以南非洲等发展中地区的影响尤为严重。利用开发合适的临床前模型来研究细胞增殖、分化和基因表达的最新进展，我们使用 RNA 测序来比较在 3D 和 2D 培养系统中生长的 SiHa 宫颈癌细胞的转录组谱。 3D 培养物的通路分析揭示了免疫激活、血管生成和组织重塑通路的上调。细胞因子、趋化因子、基质金属蛋白酶和立即早期基因的高表达表明 3D 培养物比 2D 单层培养物更好地复制肿瘤微环境。 HPV 基因表达分析进一步证明，与 2D 培养物相比，3D 培养物中 HPV16 E1、E2、E6 和 E7 基因的表达水平更高。此外，通过使用一组线性模型，我们鉴定出 3D 培养中与 2D 培养条件相比有 79 个显着差异表达的基因，且与 HPV16 病毒基因效应无关。随后，我们在 SiHa 细胞系和新开发的患者来源的宫颈癌细胞系中在蛋白质水平上验证了其中 5 个基因。此外，相关性分析发现 26 个人类基因在 2D 和 3D 培养条件下与病毒基因呈正相关。通过 qRT-PCR 在我们的患者衍生细胞系中验证了前 5 个 3D 与 2D 差异表达和 HPV 相关基因。总而言之，这些发现表明 3D 培养提供了卓越的模型系统来探索免疫逃避、癌症进展和抗病毒治疗的机制。版权所有 © 2024 Kumar、Iden、Tsaih、Schmidt、Ojesina 和 Rader。
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Gut Microbes
2024
MingjunSun,ZhenyanPe...
Synergism of Fusobacterium periodonticum and N-nitrosamines promote the formation of EMT subtypes in ESCC by modulating Wnt3a palmitoylation.
Gut Microbes
N-亚硝胺消毒副产物（NAs-DBP）已被充分证明其在食管癌发生中的作用。然而，在暴露于 NAs-DBP 的背景下，肿瘤内微生物在食管鳞状细胞癌 (ESCC) 中的作用尚未得到很好的探索。在这里，多组学整合揭示了牙周杆菌（Fp）作为“促进剂”在癌组织中高度富集，并促进食管鳞癌上皮间质转化（EMT）样亚型的形成。我们证明 Fp 通过其独特的 FadAL 粘附素有效驱动脂肪酸的从头合成、迁移、侵袭和 EMT 表型。然而，N-亚硝基甲基苄胺上调 FadAL 的转录水平。从机制上讲，免疫共沉淀与质谱联用表明 FadAL 与 FLOT1 相互作用。此外，FLOT1 激活 PI3K-AKT/FASN 信号通路，导致甘油三酯和棕榈酸 (PA) 积累。创新地，酰基-生物素交换的结果表明，FadAL 介导的 PA 积累增强了 Wnt3A 在保守半胱氨酸残基 Cys-77 上的棕榈酰化，并促进 Wnt3A 膜定位和 β-连环蛋白易位到细胞核中，进一步激活 Wnt3A/ β-连环蛋白轴和诱导 EMT 表型。因此，我们提出了高度异质性肿瘤微环境中的“微生物群-癌细胞亚群”相互作用模型。这项研究揭示了 Fp 驱动 ESCC 的机制，并将 FadAL 确定为 ESCC 的潜在诊断和治疗靶点。
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EBioMedicine
2024 Aug 26
WenjuanLiu,YawenSun,...
Circular RNAs in lung cancer: implications for preventing therapeutic resistance.
EBioMedicine
LC是最常见的恶性肿瘤之一，早期往往没有明显症状，当患者处于晚期且不再适合手术治疗时，就会导致晚期诊断。尽管可以进行辅助治疗，但随着时间的推移，患者常常会对这些治疗产生耐受，导致晚期 LC 患者的预后较差。近年来，环状RNA（circRNA）作为一种非编码RNA，在LC研究中受到了极大的关注。由于其独特的环状结构，circRNA在细胞内高度稳定。该综述系统总结了参与治疗抵抗的circRNA的表达、特征、生物学功能和分子调控机制，以及在LC早期诊断和基因靶向治疗中的潜在应用。版权所有©2024 The Authors。由 Elsevier B.V. 出版。保留所有权利。
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EBioMedicine
2024 Aug 26
ZiyinLi,JingGao,Heng...
Multiregional dynamic contrast-enhanced MRI-based integrated system for predicting pathological complete response of axillary lymph node to neoadjuvant chemotherapy in breast cancer: multicentre study.
EBioMedicine
准确评估乳腺癌腋窝淋巴结（ALN）对新辅助化疗（NAC）的反应具有重要价值。本研究旨在开发一种人工智能系统，利用多区域动态对比增强 MRI (DCE-MRI) 和临床病理学特征来预测乳腺癌 NAC 后腋窝病理完全缓解 (pCR)。本研究包括来自六个医疗中心的回顾性和前瞻性数据集2018年5月至2023年12月在中国建立了基于深度学习的全自动集成系统（FAIS-DL），以顺序执行肿瘤和ALN分割以及腋窝pCR预测。使用受试者工作特征曲线下面积 (AUC)、准确性、敏感性和特异性来评估 FAIS-DL 的预测性能。对 45 名患者进行了 RNA 测序分析，以探索 FAIS-DL 的生物学基础。对 1145 名患者（平均年龄，50 岁±10 [SD]）进行了评估。在这些患者中，506 名患者在训练和验证集中（腋窝 pCR 率为 40.3%），127 名患者在内部测试集中（腋窝 pCR 率为 37.8%），414 名在汇总外部测试集中（腋窝 pCR 率为 48.8%） ），前瞻性测试集中有 98 例（腋窝 pCR 率为 43.9%）。在预测腋窝 pCR 方面，FAIS-DL 在内部测试集、汇总外部测试集和前瞻性测试集中分别实现了 0.95、0.93 和 0.94 的 AUC，也显着高于临床模型和深度学习模型基于单区域 DCE-MRI（所有 P < 0.05，德隆检验）。在汇总的外部和前瞻性测试集中，FAIS-DL 将不必要的腋窝淋巴结清扫率从 47.9% 降低到 6.8%，并将受益率从 52.2% 提高到 86.5%。 RNA测序分析显示，高FAIS-DL评分与免疫介导的基因和通路的上调相关。FAIS-DL在预测腋窝pCR方面表现出令人满意的性能，这可能指导乳腺癌患者个性化治疗方案的制定。本研究得到国家自然科学基金（82371933）、山东省自然科学基金（ZR2021MH120）、泰山学者青年专家计划（tsqn202211378）、中华医学教育协会重点项目的资助（2022KTM030）、中国博士后科学基金（314730）和北京市博士后研究基金（2023-zz-012）。版权所有© 2024 作者。由 Elsevier B.V. 出版。保留所有权利。
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EBioMedicine
2024 Aug 26
HebaAlwan,Jian'anLua...
Testing for a causal role of thyroid hormone measurements within the normal range on human metabolism and diseases: a systematic Mendelian randomization.
EBioMedicine
甲状腺功能参数在正常范围内的变化已被观察到与不良健康结果相关。这些关联是否反映了因果效应在很大程度上尚不清楚。我们系统地测试了正常范围内的促甲状腺素 (TSH) 和游离甲状腺素 (FT4) 的遗传差异与 3 种疾病中 1100 多种疾病和 6000 多种分子特征（代谢物和蛋白质）之间的关联。大量基于人口的群体。这是通过结合个体和汇总水平的遗传数据并使用多基因评分和孟德尔随机化 (MR) 方法来完成的。我们在 OpenGWAS 数据库中进行了一项全表型 MR 研究，涵盖了数千种复杂的表型和疾病。基因预测的正常范围内的 TSH 或 FT4 水平主要与甲状腺相关的结果相关，例如甲状腺肿。少数甲状腺外结果被发现与高但正常 TSH 水平的遗传倾向相关，包括心房颤动（优势比 = 0.92，p 值 = 2.13 × 10-3）、甲状腺癌（优势比 = 0.57，p） -值 = 2.97 × 10-4)，以及特定生物标志物，例如性激素结合球蛋白 (β = -0.046，p 值 = 1.33 × 10-6) 和总胆固醇 (β = 0.027，p 值 = 5.80 × 10-3).与之前描述甲状腺激素水平和疾病结果之间关系的研究相比，我们的遗传方法几乎没有发现正常范围内的甲状腺功能遗传差异与非甲状腺表型之间存在关联的证据。先前研究中描述的关联可以通过反向因果关系和混杂因素来解释。这项研究由瑞士国家科学基金会 (P1BEP3_200041) 资助。 Fenland 研究 (DOI 10.22025/2017.10.101.00001) 由医学研究委员会 (MC_UU_12015/1、MC_PC_13046 和 MC_UU_00006/1) 资助。 EPIC-诺福克研究 (DOI 10.22025/2019.10.105.00004) 已获得医学研究委员会 (MR/N003284/1、MC-UU_12015/1、MC_PC_13048 和 MC_UU_00006/1) 的资助。版权所有 © 2024 作者。由 Elsevier B.V. 出版。保留所有权利。
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GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS
2024
NikolaosTsoulos,Kons...
The Clinical and Genetic Landscape of Hereditary Cancer: Experience from a Single Clinical Diagnostic Laboratory.
GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS
新一代测序（NGS）技术在遗传性癌症基因研究中的应用对于临床监测、治疗方法和降低发生新恶性肿瘤的风险具有重要意义。该研究的目的是探索被转诊为遗传性癌症的个体的遗传易感性。2020-2023 年期间，共有 8,261 名个体被转诊在实验室进行多基因基因检测，并使用 NGS 进行了多基因基因检测。在接受检查的个体中，56.17%被诊断为乳腺癌，6.77%被诊断为卵巢癌，2.88%被诊断为结直肠癌，1.91%被诊断为前列腺癌，6.43%是健康的，有明显的癌症家族史，而3.06%是其他类型的癌症癌症的 0.21% 没有提供任何信息。此外，我们对 85 名患有乳腺癌的女性进行了全外显子组测序分析。20% 的受检个体携带致病性变异。具体而言，54.8% 的患者在临床上显着的基因（BRCA1、BRCA2、PALB2、RAD51C、PMS2、CDKN2A、MLH1、MSH2、TP53、MSH6、APC、RAD51D、PTEN、RET、CDH1、MEN1 和VHL）。在检测到的不同类型的致病变异中，很大一部分（6.52%）代表拷贝数变异（CNV）。通过WES分析，检测到以下结果： CTC1：c.880C>T，p.(Gln294*)； MLH3: c.405del, p.(Asp136Metfs*2)、PPM1D: c.1426_1430del, p.(Glu476Leufs*3) 和 SDHB: c.395A>G, p.(His132Arg)。对致病变异携带者进行适当的临床管理。此外，获得的信息对于确定受检查个体的家庭成员患恶性肿瘤的风险非常重要。版权所有 © 2024，国际抗癌研究所（George J. Delinasios 博士），保留所有权利。
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GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS
2024
KaseyLRigby,MichaelJ...
Worse Wilms' Tumor Outcomes Associated With Chemical Complementarity for Multiple T-Cell Receptor CDR3-CMV Epitope Pairs.
GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS
肾母细胞瘤是小儿肾肿瘤，通常具有良好的预后和结果。病毒性疾病与肿瘤的发展有关，应被视为调节总体生存的一个因素。我们考虑了最近开发的适应性免疫受体、基因组学和生物信息学方法来评估巨细胞病毒 (CMV) 感染对维尔姆斯肿瘤的潜在影响。将来自 Wilms 肿瘤样本的 T 细胞受体 (TCR) 互补决定区 3 (CDR3) 氨基酸序列与已知的抗 CMV TCR CDR3 进行比较，该序列代表了抗 CMV TCR CDR3。 -CMV TCR CDR3 的结果更差。然后，针对肾母细胞瘤、TCR CDR3 和一系列 CMV 抗原的化学互补性评分方法进一步表明，与 CMV 抗原具有较高化学互补性的病例结果较差。总体而言，我们提出了一种评估 CMV 感染的潜在新方法并确定可以从治疗此类感染的疗法中受益的患者。版权所有 © 2024，国际抗癌研究所（George J. Delinasios 博士），保留所有权利。
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GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS
2024
IoannisAVoutsadakis
PIK3CA Mutated Colorectal Cancers Without KRAS, NRAS and BRAF Mutations Possess Common and Potentially Targetable Mutations in Epigenetic Modifiers and DNA Damage Response Genes.
GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS
尽管治疗取得了进步，但转移性结直肠癌通常是致命的，需要基于分子发病机制的新方法来改善预后。一些结直肠癌的扩展 RAS 基因组（KRAS、NRAS、BRAF）基因中没有突变，代表一个特殊的子集，值得特殊的治疗考虑。使用 cBioportal 平台对来自公开基因组系列的结直肠癌的基因组图谱进行了询问。对没有 KRAS/NRAS 或 BRAF 突变的结直肠癌队列进行了评估，以检测由 PIK3CA 基因编码的激酶 PI3K 催化亚基 α 中是否存在突变。在不同的检查系列中，有 3.7% 至 7.6% 的结直肠癌出现这种情况。在所检查的不同系列中，所有四种基因均呈野生型配置（四重野生型）的患者占病例的 32.2% 至 39.9%。与四重野生型癌症相比，三重（KRAS/NRAS/BRAF）野生型/PIK3CA突变癌症的高TMB病例患病率较高，并且除TP53突变外，结直肠癌相关基因还存在其他突变。在三重野生型/PIK3CA 突变癌症中，编码表观遗传修饰剂和 DNA 损伤反应 (DDR) 的基因突变也更频繁。两组的预后相当。在没有KRAS/NRAS/BRAF突变的情况下，PIK3CA突变的结直肠癌经常出现表观遗传修饰因子和DDR反应基因的突变，这可能提供靶向机会。这些突变存在于四重野生型癌症的较小子集中。版权所有 © 2024，国际抗癌研究所（George J. Delinasios 博士），保留所有权利。
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GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS
2024
Yin-ChouHsu,Chi-WenL...
Targeting Bmi1 for Enhancing Anoikis Sensitivity and Inhibiting Metastasis in Colorectal Cancer.
GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS
被诊断患有晚期转移性结直肠癌（CRC）的患者面临着以低生存率为特征的暗淡预后。失巢凋亡（转移性癌细胞表现出的程序性凋亡抵抗）是这种情况下的一个关键因素。我们采用了批量流式细胞术和 RT-qPCR 检测，对小鼠和斑马鱼进行了体内实验，并分析了患者组织以检查失巢凋亡的影响。 B 细胞特异性莫洛尼鼠白血病病毒插入位点 1 (Bmi1)-中期因子 (MDK) 轴对失巢凋亡的细胞反应。 Bmi1 在肿瘤发生中至关重要。本研究阐明了 Bmi1 在赋予 CRC 失巢凋亡抵抗中的作用，并探讨了其与转移相关的下游靶标。Bmi1 表达水平升高与 CRC 的远处转移相关。 Bmi1 的抑制显着降低了 CRC 细胞的转移潜力。 Bmi1 的抑制导致从基质脱离的凋亡 SW620 细胞的比例增加。添加拓扑异构酶 I 抑制剂伊立替康进一步增强了这种效果。此外，Bmi1 被发现与 MDK 协同调节 CRC 活力，在体内模型和临床组织标本中观察到一致的表达模式。总之，Bmi1 通过赋予失巢凋亡抵抗力来调节 CRC 转移能力。此外，它与 MDK 合作促进侵袭和远处转移。在对晚期 CRC 患者进行传统化疗方案时，靶向 Bmi1 可能提供一种有前景的辅助治疗策略。版权所有 © 2024，国际抗癌研究所（George J. Delinasios 博士） ， 版权所有。
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GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS
2024
KinanMokbel,MichaelW...
Pharmacogenetics of Toxicities Related to Endocrine Treatment in Breast Cancer: A Systematic Review and Meta-analysis.
GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS
内分泌治疗是激素受体阳性 (HR) 乳腺癌 (BC) 的标准治疗方法。然而，它伴随着治疗相关的毒性，导致治疗依从性差、复发率高和生存率低。虽然药物基因组变异有可能指导个性化治疗，但其预测价值在已发表的研究中并不一致。为了系统地评估内分泌治疗相关药物不良反应的药物基因组学文献现状，在 MEDLINE、Embase、Cochrane CENTRAL、Google Scholar 中进行系统搜索和 PharmGKB 数据库进行了分析。我们确定了 87 篇文章。各个研究中药物基因组效应的显着异质性和变异性是显而易见的，许多研究使用来自同一队列的数据，并且主要关注白种人群体和绝经后妇女。荟萃分析显示，V 因子 Leiden 突变是接受他莫昔芬治疗的女性血栓栓塞事件的预测因子 (p<0.0001)。荟萃分析还发现，rs7984870 和 rs2234693 与接受芳香酶抑制剂的绝经后妇女的肌肉骨骼毒性相关（分别为 p<0.0001 和 p<0.0001）。 总体而言，目前关于药物基因组学在内分泌治疗相关中潜在作用的证据体系不列颠哥伦比亚省的毒性在很大程度上仍然没有定论。主要问题包括毒性定义的异质性、缺乏对基因型与治疗相互作用的考虑以及未能考虑多重测试。该审查强调了进行更大规模、精心设计的研究的必要性，特别是纳入了绝经前妇女和非白人人群。版权所有 © 2024，国际抗癌研究所（George J. Delinasios 博士），保留所有权利。
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