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肿瘤
NATURE METHODS
2024 Aug 26
AxelAAlmet,Yuan-Chen...
Inferring pattern-driving intercellular flows from single-cell and spatial transcriptomics.
NATURE METHODS
从单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学 (ST) 中，人们可以提取高维基因表达模式，这些模式可以通过细胞间通讯网络或解耦基因模块进行描述。信息流的这两种描述通常被认为是独立发生的。然而，细胞间通讯驱动由细胞内基因模块介导的定向信息流，进而触发其他信号的流出。缺乏描述这种细胞间流动的方法。我们提出了 FlowSig，一种使用图形因果模型和条件独立性从 scRNA-seq 或 ST 数据推断通信驱动的细胞间流动的方法。我们使用新生成的实验皮质类器官数据和数学建模生成的合成数据对 FlowSig 进行基准测试。我们通过将 FlowSig 应用于各种研究来展示 FlowSig 的实用性，表明 FlowSig 可以捕获刺激诱导的胰岛旁分泌信号传导变化，证明由于 COVID-19 严重程度增加而导致的细胞间流动变化，并重建小鼠中形态发生素驱动的激活剂-抑制剂模式胚胎发生。© 2024。作者。
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NATURE CELL BIOLOGY
2024 Aug 26
KaiwenWChen,PetrBroz
Gasdermins as evolutionarily conserved executors of inflammation and cell death.
NATURE CELL BIOLOGY
Gasdermin 是一个成孔蛋白家族，最近作为焦亡的执行者出现，焦亡是一种细胞死亡的裂解形式，由先天免疫系统诱导以根除感染或恶性细胞。哺乳动物gasdermin 包含细胞毒性N 端结构域、柔性接头和C 端阻遏结构域。连接子中的蛋白水解裂解释放细胞毒性结构域，从而使其形成 β-桶膜孔。质膜中gasdermin孔的形成最终导致电化学梯度丧失、细胞死亡和膜破裂。在这里，我们回顾了最近的工作，通过揭示 Gasdermin 的激活机制、调节及其在自身免疫、宿主防御和癌症中的作用，扩大了我们对 Gasdermin 生物学和功能的理解。我们进一步强调了真菌和细菌 Gasdermin 孔的形成，指出细胞死亡诱导的保守机制。© 2024。Springer Nature Limited。
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LEUKEMIA
2024 Aug 26
JoostBKoedijk,Ingeva...
A multidimensional analysis reveals distinct immune phenotypes and the composition of immune aggregates in pediatric acute myeloid leukemia.
LEUKEMIA
由于突变负荷低，因此潜在的新抗原也较少，急性髓系白血病 (AML) 儿童被认为具有 T 细胞耗尽或“冷”肿瘤微环境，并且可能对 T 细胞定向免疫疗法产生反应的可能性较低。了解儿科 AML 骨髓 (BM) 中 T 细胞和其他微环境群体的组成、表型和空间组织对于为未来的免疫治疗试验提供有关儿科 AML 特有的靶向免疫逃避机制的信息至关重要。在这里，我们对儿科 AML 和非白血病对照的肿瘤免疫微环境进行了多维分析。我们证明，近三分之一的儿科 AML 病例具有免疫浸润的 BM，其特点是 M2 与 M1 样巨噬细胞的比例降低。此外，我们在 BM 中检测到大型 T 细胞网络的存在，无论有或没有共定位 B 细胞，并使用空间转录组学剖析了富含 T 和 B 细胞聚集体的细胞组成。这些分析表明，这些聚集体是 CD8 T 细胞、记忆 B 细胞、浆细胞和/或浆母细胞以及 M1 样巨噬细胞的热点。总的来说，我们的研究提供了儿科 AML 中 BM 免疫微环境的多维特征，并为进一步研究这种破坏性疾病的免疫调节机制指明了起点。© 2024。作者。
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JOURNAL OF THORACIC IMAGING
2024 Aug 27
MaurizioBalbi,Giulia...
Longitudinal Changes of CT-radiomic and Systemic Inflammatory Features Predict Survival in Advanced Non-Small Cell Lung Cancer Patients Treated With Immune Checkpoint Inhibitors.
JOURNAL OF THORACIC IMAGING
本研究旨在确定 CT 放射组学特征 (RF) 和全身炎症指数的纵向变化在预测接受免疫检查点抑制剂 (ICIs) 治疗的晚期非小细胞肺癌 (NSCLC) 的生存方面是否优于单时间点评估。从单中心 IV 期 NSCLC 患者队列中回顾性获取治疗前 (T0) 和首次疾病评估 (T1) RF 和全身炎症指数，并将其 delta (Δ) 变化计算为 [(T1-T0)/T0]。选择来自原发肿瘤的 RF，使用 LASSO Cox 回归模型检测到的标准化预测因子的线性组合来构建基线放射组学 (RAD) 和 Δ-RAD 评分。 Cox 模型是单独使用临床特征或结合基线和 Δ 血液参数生成的，并与基线-RAD 和 Δ-RAD 集成。所有模型均经过 3 倍交叉验证。通过 Kaplan-Meier 分析测试每个模型的预后指数 (PI)，以对总生存期 (OS) 进行分层。我们纳入了 90 名接受 ICI 治疗的 NSCLC 患者（中位年龄 70 岁 [IQR=42 至 85]，63 名男性）。 Δ-RAD 在预测 OS 方面优于基线 RAD [c 指数：0.632（95%CI：0.628 至 0.636）与 0.605（95%CI：0.601 至 0.608）在测试分组中]。将全身炎症指数和 Δ-RAD 的纵向变化与临床数据相结合，获得了最佳模型性能 [Integrated-Δ 模型，c 指数：训练时为 0.750（95% CI：0.749 至 0.751），训练时为 0.718（95% CI：0.715）到 0.721）在测试分裂]。 PI在所有模型中实现了显着的OS分层（P值<0.01），在Δ模型中达到了最大的判别能力（高危组HR高达7.37，95％CI：3.9至13.94，P<0.01）。Δ-与单时间点放射组学相比，RAD 在晚期 ICI 治疗的 NSCLC 中改善了 OS 预测。将 Δ-RAD 与临床和实验室数据的纵向评估相结合，进一步改善了预后表现。版权所有 © 2024 Wolters Kluwer Health, Inc. 保留所有权利。
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Journal of the American Medical Directors Association
2024 Aug 23
DanialQureshi,Nichol...
Association of Disease Trajectory and Place of Care With End-of-Life Burdensome Transitions: A Retrospective Cohort Study.
Journal of the American Medical Directors Association
临终 (EOL) 转入医院对于老年人来说可能是一个负担，并可能导致不良结果。我们调查了疾病轨迹和护理地点与 EOL 繁重过渡之间的关联。使用管理数据进行回顾性队列研究。2015 年至 2018 年期间死亡且在死亡前 6 个月接受长期护理 (LTC) 或家庭护理的年龄 ≥ 65 岁的安大略人.疾病轨迹是根据EOL功能衰退来定义的：绝症、器官衰竭、虚弱、猝死等。护理场所包括 LTC、EOL 家庭护理和非 EOL 家庭护理。负担转变被定义为早期（在生命的最后 90 天内因任何原因≥3 次住院或≥2 次因肺炎、尿路感染、败血症或脱水而住院）或晚期（在过去 3 天内因任何原因≥1 次住院）生活的日子）。多项逻辑回归测试了疾病轨迹和护理地点之间对繁重转变的影响。在 110,776 名死者中，40.7% 患有器官衰竭，37.5% 虚弱，12.8% 患有绝症，其余则猝死或其他类别。大多数人接受长期护理 (LTC) (62.5%)，37.5% 接受家庭护理，其中 6.8% 接受指定的 EOL 家庭护理，30.7% 接受非 EOL 家庭护理。疾病轨迹和护理环境之间存在显着的交互作用 (P < .001)。与绝症相比，器官衰竭与所有护理环境中早期转变的几率增加相关[比值比 (OR) 范围为 1.14-1.21]。仅对于非 EOL 家庭护理接受者来说，虚弱与早期过渡的几率增加有关（OR 1.17，95% CI 1.06-1.28）。在所有情况下，器官衰竭和虚弱均与晚期转变的几率增加相关，其中器官衰竭在 LTC 中的几率更大（器官衰竭 OR 2.29，95% CI 2.02-2.60，相对于虚弱 OR 1.79，95% CI 1.58-2.04）。影响：在繁重的过渡中存在差异，特别是对于长期护理中器官衰竭的非癌症死者。加强姑息治疗可能有助于减少繁琐的过渡并改善患者的治疗效果。版权所有 © 2024。由 Elsevier Inc. 出版。
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JOURNAL OF GENERAL INTERNAL MEDICINE
2024 Aug 26
SarahIRamírez,Michae...
A Scoping Review of Obstetrics and Gynecology Curricula in Primary Care Residency Programs.
JOURNAL OF GENERAL INTERNAL MEDICINE
虽然妇女健康 (WH) 是初级保健的优先事项（家庭医学 (FM)、内科 (IM)、儿科 (Peds) 和综合医学/儿科 (Med/Peds)），但住院医师课程仍然多种多样，在以下方面存在缺陷：毕业生的 WH 专业知识和技能。本研究的总体目标是评估美国 (US) 初级保健住院医师计划的 WH 课程质量，重点关注妇产科 (OBGYN) 主题。PubMed®、ERIC、Cochrane 图书馆、MedEdPORTAL 、专业组织网站于 2019 年进行了系统搜索，并于 2021 年进行了更新。纳入的研究描述了美国初级保健住院医师计划中的妇产科教育课程。经过摘要筛选和全文审查后，使用医学教育研究质量工具 (MERSQI) 提取合格研究的数据并进行质量评估。共有 109 项研究符合纳入标准。超过四分之一的研究是跨部门或跨学科的。最常见的单科研究是 IM (38%) 和 FM (26%)。二十 (25%) 项研究涉及综合妇产科课程；最常见的个人主题是宫颈癌和乳腺癌筛查（31%）和避孕（16%）。大多数研究采用多种教学方式，最常见的是教学法 (54%)、临床经验 (41%) 和/或模拟 (21%)。大多数研究包括居民自我报告的结果（70%），很少有（11%）报告更高级别的评估（即患者或临床结果）。大多数研究是单组前测和后测（42%），少数随机对照试验（4%）。具有足够数据 (90%) 的研究的平均 MERSQI 得分为 9.8（范围 3 至 15.5）。美国初级保健学员的妇产科教育课程各不相同，在代表的居民、内容、评估和学习质量方面存在差异。© 2024 . 作者获得普通内科医学会的独家许可。
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JOURNAL OF ETHNOPHARMACOLOGY
2024 Aug 24
RuolinZhao,CaiyunZha...
Triterpenes from Ganoderma lucidum inhibit hepatocellular carcinoma by regulating enhancer-associated lncRNA in vivo.
JOURNAL OF ETHNOPHARMACOLOGY
灵芝（G. lucidum）已广泛用作多种肿瘤抗肿瘤治疗的辅助药物。灵芝的生物活性成分主要为三萜类化合物，如灵芝酸A、灵芝酸B、灵芝酸A、灵芝酸B、灵芝酸D、灵芝酸X等。但灵芝的功效及作用机制尚不清楚。在肝细胞癌（HCC）治疗中经常面临挑战。通过体内和体外实验探讨增强子相关lncRNA（en-lncRNA）在灵芝治疗HCC中的潜在作用和机制。Hepa1-6-bearing C57 BL/建立6只小鼠模型来评价灵芝治疗HCC的疗效。 Ki67和TUNEL染色检测体内肿瘤细胞增殖和凋亡。使用小鼠lncRNA 4*180K阵列来鉴定灵芝治疗的肿瘤小鼠的差异表达（DE）lncRNA和mRNA。利用构建的lncRNA-mRNA共表达网络和生物信息学分析来选择核心en-lncRNA及其邻近基因。采用UPLC-MS方法对灵芝三萜进行鉴定，并通过体外实验验证哪些三萜单体在肿瘤细胞中调控en-lncRNA。最后，使用稳定的敲低/过表达细胞系来证实en-lncRNA与邻近基因之间的关系。Ki67和TUNEL染色表明灵芝在体内显着抑制肿瘤生长，抑制细胞增殖并诱导细胞凋亡。转录组分析显示，在灵芝治疗的肿瘤小鼠中，存在 126 个 DE lncRNA 与 454 个共表达 mRNA 高度相关。基于lncRNA-mRNA网络和qRT-PCR验证，选择了6个核心lncRNA，并认为与灵芝处理高度相关。生物信息学分析显示 FR036820 和 FR121302 可能充当增强子，qRT-PCR 结果表明 FR121302 可能增强 HCC 中 Popdc2 mRNA 水平。此外，通过UPLC-MS方法鉴定了灵芝的6个主要三萜单体，体外实验表明灵芝酸A和灵芝酸B分别显着抑制FR121302和Popdc2。敲除/过表达结果表明，FR121302激活并增强Popdc2表达水平，灵芝酸A和灵芝酸B显着抑制FR121302并降低Hepa1-6细胞中Popdc2水平。增强子相关lncRNA在肝癌发生过程中作为增强子发挥着至关重要的作用。灵芝中的三萜类化合物通过调节en-lncRNA显着抑制肿瘤细胞增殖并诱导细胞凋亡。我们的研究表明，灵芝酸A和灵芝酸B抑制en-lncRNA FR121302可能是灵芝抑制肝细胞癌生长的关键策略之一。版权所有©2024。由Elsevier B.V.出版。
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JOURNAL OF CLINICAL PERIODONTOLOGY
2024 Aug 26
JieShen,HuiChen,Xiao...
Oral microbiome diversity and diet quality in relation to mortality.
JOURNAL OF CLINICAL PERIODONTOLOGY
为了检查口腔微生物组多样性和饮食质量与全因和特定原因死亡风险之间的独立关联和联合关联。我们纳入了来自美国国家健康和营养检查调查 (NHANES) 的 7,055 名符合条件的成年人。口腔微生物组多样性通过 α 多样性进行测量，包括辛普森指数、观察到的扩增子序列变异 (ASV)、Faith 系统发育多样性和香农-韦纳指数。使用健康饮食指数 2015 (HEI-2015) 评估膳食质量。 Cox 比例风险模型用于评估相应的关联。在平均 9.0 年的随访期间，我们记录了 382 例全因死亡。我们观察到口腔微生物组多样性指数和膳食质量与全因死亡率之间的独立关联（观察到的 ASV 的风险比 [HR] = 0.63；95% 置信区间 [CI]：0.49-0.82；HR = 0.68，95% CI：0.52 HEI-2015 为 -0.89）。总而言之，口腔微生物组多样性（辛普森指数）和 HEI-2015 均具有最高三分位的参与者的死亡风险最低（HR = 0.37，95% CI：0.23-0.60）。此外，较高的口腔微生物组多样性与较低的心脏代谢疾病和癌症死亡风险相关。较高的口腔微生物组 α 多样性和饮食质量与较低的死亡风险独立相关。© 2024 John Wiley
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JOURNAL OF CELLULAR PHYSIOLOGY
2024 Aug 26
SanthiLPandrangi,Pra...
Impact of oxytosis on the cross-talk of mTORC with mitochondrial proteins in drug-resistant cancer stem cells.
JOURNAL OF CELLULAR PHYSIOLOGY
通过提供环境输入来运输营养物质和生长因子，雷帕霉素机械靶标 (mTOR) 通过线粒体翻译调节许多基本细胞过程，如自噬、蛋白质合成，在真核细胞的生长和代谢中发挥着重要作用。蛋白质转录因子 A 线粒体、线粒体核糖体蛋白和线粒体呼吸复合物 I
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Int J Radiat Oncol
2024 Aug 24
PierPaoloAvolio,Rona...
Effect of complete transurethral resection on oncologic outcomes after radiation therapy for muscle-invasive bladder cancer.: Transurethral resection in radiation therapy.
Int J Radiat Oncol
旨在比较放射治疗前接受完全性经尿道肿瘤切除术 (TURBT) 与不完全性经尿道肿瘤切除术 (TURBT) 的非转移性肌层浸润性膀胱癌 (MIBC) 患者的肿瘤学结果。 2002 年至2018年对十家加拿大机构进行了回顾性评估。使用基线特征进行治疗加权的逆概率。分析了完全和不完全 TURBT 的生存结果差异。在纳入的 757 名患者中，66% (498) 有完整 TURBT 记录，34% (259) 有不完整 TURBT 记录。调整前，分别有 121 名 (47%) 和 45 名 (9%) 接受不完全 TURBT 和完全 TURBT 的患者被诊断为 cT3-4 肿瘤 (p < 0.001)。体重调整后，所有基线队列特征均得到平衡（绝对标准化差异 < 0.1）。调整后的中位随访时间为 27 个月。调整后的生存分析显示，5 年总生存率（48% vs 52%，1.03 [0.82-1.29]；p=0.8）、癌症特异性生存率（64% vs 61%，0.93 [0.70-1.25]；p=0.8）没有显着差异。 p=0.7）、无转移生存率（43% vs 46%，0.97 [0.79-1.19]；p=0.8）和无病生存率（32% vs 35%，0.95 [0.79-1.15]；p=0.7 ）两组之间的差异。完全 TURBT 可能与临床器官局限性疾病相关。 TURBT 的程度与接受放射治疗的 MIBC 患者的肿瘤结局并不独立相关。版权所有 © 2024。由 Elsevier Inc. 出版。
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