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INTERNATIONAL IMMUNOPHARMACOLOGY
2024 Aug 23
JingyuanLu,HaoweiMa,...
Chemotherapy-mediated lncRNA-induced immune cell plasticity in cancer immunopathogenesis.
INTERNATIONAL IMMUNOPHARMACOLOGY
肿瘤细胞利用逃避和适应机制以复杂的方式与免疫系统互动。癌症的发展和对治疗的抵抗力依赖于免疫细胞根据肿瘤微环境的提示调整其表型和功能的能力,称为免疫细胞可塑性。这项研究深入探讨了长链非编码 RNA (lncRNA) 在增强癌症免疫细胞灵活性方面的作用,重点关注它们在肿瘤微环境中的调节作用和潜在的治疗意义。该研究通过对现有文献的全面回顾,分析了lncRNA对巨噬细胞、T细胞和MDSC的影响,以及TNF、IL-6、HGF和TGFβ等细胞因子和生长因子对免疫细胞可塑性的影响和肿瘤免疫编辑。 LncRNA 通过转录调控、转录后修饰和染色质重塑等机制对免疫细胞可塑性产生强烈影响。这些 RNA 分子复杂地调节基因表达网络,充当支架、诱饵、向导和海绵。此外,肿瘤微环境中的直接细胞间相互作用和可溶性化学物质都有助于增强免疫细胞的激活和存活。了解 lncRNA 对免疫细胞灵活性的影响有助于了解免疫逃避和癌症进展的生物学途径。靶向长链非编码 RNA 有望增强抗肿瘤免疫力并克服癌症治疗中的耐药性。然而,还需要进一步研究来确定在肿瘤微环境中操纵 lncRNA 的治疗潜力。版权所有 © 2024 Elsevier B.V. 保留所有权利。
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INTERNATIONAL IMMUNOPHARMACOLOGY
2024 Aug 24
NingTang,XinLuo,Zhiy...
Single-Cell Multi-Dimensional data analysis reveals the role of ARL4C in driving rheumatoid arthritis progression and Macrophage polarization dynamics.
INTERNATIONAL IMMUNOPHARMACOLOGY
类风湿性关节炎 (RA) 是一种持久的自身免疫炎症性疾病,其特征是持续的关节炎症、滑膜增生、骨质侵蚀和软骨退化。表现出“肿瘤样”特征的成纤维细胞样滑膜细胞 (FLS) 是该机制的核心ADP-核糖基化因子样 4c (ARL4C) 作为 Ras 样小 GTP 结合蛋白发挥作用,显着影响肿瘤迁移、侵袭和增殖。然而,ARL4C 是否参与刺激表现出“肿瘤”的 RA FLS 仍不确定-like”特征,从而促进 RA 的进步。在我们的研究中,我们首次通过对单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 和批量 RNA 测序 (Bulk-seq) 数据集的综合审查,发现激活的成纤维细胞样滑膜细胞 (FLS) 表现出高表达ARL4C 的存在,并且来自 RA 患者的 FLS 中的 ARL4C 蛋白表达显着超过骨关节炎 (OA) 和创伤性损伤 (trauma) 个体中观察到的表达。 ARL4C 基因的沉默通过阻碍细胞的转变而显着阻碍 RA FLS 的增殖细胞从G0/G1期进入S期,细胞凋亡加剧,迁移和侵袭能力减弱。 ARL4C基因沉默的RA FLS与单核细胞/巨噬细胞的共培养显着抑制了单核细胞/巨噬细胞向M1的极化以及M2向M1的复极化。此外,关节内注射shARL4C显着减轻了胶原蛋白中的滑膜炎症和软骨侵蚀。诱导性关节炎(CIA)大鼠。总之,我们的发现表明,ARL4C 通过触发 RA FLS 内的 PI3K/AKT 和 MAPK 信号通路,在与 RA 相关的滑膜炎症、软骨退化和骨侵蚀中发挥核心作用。ARL4C 有望成为开发的前瞻性靶点针对 FLS 的药剂,旨在解决 RA。版权所有 © 2024 Elsevier B.V. 保留所有权利。
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Frontiers in Molecular Biosciences
2024
IsaacSilverman,Micha...
Structural modifications and kinetic effects of KRAS interactions with HRAS and NRAS: an in silico comparative analysis of KRAS mutants.
Frontiers in Molecular Biosciences
编码 KRAS、HRAS 和 NRAS 的 RAS 基因是导致癌症死亡的三种最常见突变癌基因。肿瘤发生是 RAS GTPases 失调的最重要结果之一。尽管这些结构已被广泛研究,但关于这三种亚型的实际结合构象,尤其是突变时,仍有更多待发现,以设计抑制药物。最近的研究已经确定了三种亚型之间的重要相互作用,当其他亚型发生突变时,这些相互作用会影响其他亚型的致癌强度。在本研究中,我们利用分子动力学模拟来检查 KRAS 单独相互作用以及与 HRAS 和 NRAS 相互作用时结构特性、机制和动能的变化。值得注意的是,我们发现,与 WT-NRAS 相比,WT-KRAS 与 WT-HRAS 结合时的方向旋转了 180°,突变体表现出类似的结合模式。亚型与 KRAS 的结合位点与涉及 GDP/GTP 活性位点和 KRAS 二聚化位点的结合位点具有相似性。因此,异构体相互作用可以作为 KRAS 作用的抑制方法。这项研究通过最近发现的一种新的亚型相互作用方法,增进了对抑制 RAS 驱动的癌症的理解,该方法已被证明是一种有效的替代治疗方法。我们开发了相互作用的蓝图,这将有利于开发模拟同工型相互作用的 KRAS 突变体特异性和泛 KRAS 突变体抑制药物。我们的结果支持突变体 KRAS 在与 WT-HRAS 和 WT-NRAS 结合时通过亚型的高变区与 KRAS G 结构域结合的直接相互作用抑制机制。此外,我们的结果支持通过改变异构体的浓度或基于整体结构和动力学稳定性以及突变体异构体复合物的结合强度的药物替代品来减少致癌 KRAS 的影响的方法。版权所有 © 2024西尔弗曼、格伯、谢克维奇、斯坦因、西格曼、戈埃尔和迈特拉。
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Frontiers in Molecular Biosciences
2024
XianqiaoWu,HangChen,...
A novel mitochondria-related algorithm for predicting the survival outcomes and drug sensitivity of patients with lung adenocarcinoma.
Frontiers in Molecular Biosciences
线粒体历来被认为与恶性肿瘤的发生、发展密切相关。然而,肺腺癌(LUAD)线粒体的生物信息学分析尚未见报道。在本研究中,我们构建了一种新颖且可靠的算法,包括共识聚类分析和风险评估模型,以预测生存结果和肿瘤免疫患有 LUAD 的患者被分为三组,第一组的患者表现出最佳的生存结果。第 3 组患者的 PDL1(编码程序性细胞死亡 1 配体 11)和 HAVCR2(编码甲型肝炎病毒细胞受体 2)表达最高,肿瘤突变负荷 (TMB) 最高。在风险评估模型中,低风险组的患者往往有明显更好的生存结果。此外,风险评分与分期相结合可以作为 LUAD 患者可靠的独立预后指标。预后特征是选择抗肿瘤药物的新颖且有效的生物标志物。低风险患者往往具有较高的 CTLA4(编码细胞毒性 T 淋巴细胞相关蛋白 4)和 HAVCR2 表达。此外,高风险组的患者对顺铂、多西他赛、厄洛替尼、吉西他滨和紫杉醇更敏感,而低风险患者可能会从吉非替尼中受益更多。我们构建了一种新颖且可靠的算法,包括共识聚类分析和风险预测生存结果的评估模型,为晚期 LUAD 患者抗肿瘤药物治疗提供可靠的指南。版权所有 © 2024 吴、陈、葛、罗、潘、沉、谢和周。
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HEART & LUNG
2024
XiaohuaSun,JizhengZh...
Effect of Intraspinal Anesthesia on Postoperative Recovery in Elderly Patients with Acute Appendicitis: A Retrospective Study.
HEART & LUNG
急性阑尾炎是老年人的常见病。探索合适的麻醉方法对于促进老年患者术后康复至关重要。因此,本研究旨在探讨椎管内麻醉对老年阑尾炎患者的临床效果。本研究纳入2022年1月至1月在天津大学天津医院接受腹腔镜阑尾切除术(LA)的217例老年急性阑尾炎患者的临床资料。 2023年,排除8例不符合纳入标准的患者后,对209例患者的数据进行回顾性分析。根据麻醉方法的不同,研究参与者被分为参考组(n = 106)和研究组(n = 103)。比较心率(HR)、呼吸频率(RR)、收缩压(SBP)、舒张压(DBP)、血氧饱和度(SaO2)、手术时间、住院费用、出院时间、术后不良反应、炎症反应等。比较两个实验组的因子水平、视觉模拟量表(VAS)评分、肠道蠕动恢复时间、肛门排气时间、下床时间以及术后并发症发生率。我们观察到研究组的HR水平较高、RR、SBP、DBP 和 SaO2 与参考组相比 (p < 0.001)。然而,两组之间的手术时间没有差异(p > 0.05)。与参考组相比,研究组的住院费用较低,出院时间较短(p < 0.001)。同样,研究组术后不良反应发生率低于参考组(p < 0.05)。两组患者术前、术后C反应蛋白、白细胞介素6、肿瘤坏死因子-α水平比较,差异无统计学意义(p>0.05)。此外,与参考组相比,研究组在术后 3 小时、6 小时和 12 小时的 VAS 评分较低(p < 0.001)。研究组的肠道蠕动恢复时间、肛门排气时间和下床时间均显着短于参考组(p < 0.001)。另外,术后1年内两组术后并发症发生率无差异(p < 0.001)。椎管内麻醉作为一种安全的麻醉方法,可以减少接受LA的老年急性阑尾炎患者的出院时间,减少不良反应的发生,有利于术后恢复。
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GYNECOLOGIC ONCOLOGY
2024 Aug 23
JamesWWebber,LauraWo...
Serum miRNA improves the accuracy of a multivariate index assay for triage of an adnexal mass.
GYNECOLOGIC ONCOLOGY
为了确定将血清 microRNA 与蛋白质生物标志物和元数据相结合的多模式测定是否可以改善附件肿块的分类评估。对 468 名训练受试者(191 名癌症病例和 277 名良性附件肿块对照或健康对照)的血清样本进行了 7 种蛋白质生物标志物和 180 种蛋白质生物标志物分析。 miRNA。将循环分析物数据与年龄和绝经状态(元数据)结合到神经网络模型中,以将样本分类为病例或对照。具有十倍交叉验证的正向回归最小化了模型的维数,同时最大化了病例和对照之间的线性分离。使用内部(44 个病例和 56 个对照)和外部验证集(51 个病例和 59 个对照)进行模型验证。总研究人群包括 678 名受试者,其中 286 名病例和 392 名对照。总体而言,290 名(43%)受试者处于绝经前状态。一组 10 个 miRNA 与蛋白质和元数据特征相结合可提供最佳性能。与 miRNA 相比,组合模型改善了内部(AUC = 0.9;95% CI 0.81-0.95)和外部验证集(AUC = 0.95;95% CI 0.90-0.98)的接收者操作员特征曲线下面积 (ROC AUC)单独或蛋白质加元数据(不含 miRNA)。在外部验证中,组合模型的总体敏感性为 92%,特异性为 80%,对早期和晚期癌症的敏感性分别为 80% 和 100%,其中对早期浆液性卵巢癌的敏感性为 78%,对早期浆液性卵巢癌的敏感性为 82%用于早期非浆液性癌症。将 miRNA 与蛋白质生物标志物、年龄和绝经状态相结合的多模式测定可改善附件肿块的手术分类。版权所有 © 2024 作者。由爱思唯尔公司出版。保留所有权利。
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GYNECOLOGIC ONCOLOGY
2024 Aug 24
CHeus,SStelten,GGKen...
Body composition and peri- and postoperative complications in patients with gynaecological malignancies: A systematic review.
GYNECOLOGIC ONCOLOGY
在一般腹部手术中,脂肪与肌肉质量的比率或身体成分测量值比体重指数与并发症的相关性更强。这些研究包括男性和女性患者。女性的身体成分与男性不同。因此,普通腹部手术的结果不能推断到患有癌症的女性。本系统综述的目的是总结妇科癌症患者身体成分与围手术期和术后并发症之间关联的证据。于 2023 年 6 月检索了 Pubmed、Embase 和 Cochrane Central 数据库。如果研究纳入患者,则研究合格。接受妇科癌症手术,并报告了身体成分(肌肉或脂肪量)与手术并发症之间的关联。使用纽卡斯尔-渥太华质量评估量表评估研究的质量。使用最佳证据综合来总结证据水平。纳入了十五项评估肌肉质量 (n = 9) 或脂肪质量 (n = 6) 的研究。我们发现强有力的证据表明内脏脂肪与住院时间之间没有关联。我们发现了适度的证据表明,较高质量的肌肉数量与较低的术后并发症风险相关。我们发现中等证据表明肌肉或脂肪量(即肌肉或皮下脂肪)与术后并发症或脂肪量与术中并发症之间没有关联。没有足够的证据证明内脏脂肪与术中或术后并发症之间的关联,以及肌肉质量或质量与住院时间之间的关联。用于测量身体成分的方法存在高度异质性,阻碍了荟萃分析。身体成分(特别是脂肪组织和肌肉质量)与并发症之间的关联表明,这些措施可能有助于确定接受手术的女性的术后风险。妇科癌症。版权所有 © 2024 作者。由爱思唯尔公司出版。保留所有权利。
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GENES & DEVELOPMENT
2024 Aug 23
WeimeiChen,QingheQue...
Assessing TGF-β Prognostic Model Predictions for Chemotherapy Response and Oncogenic Role of FKBP1A in Liver Cancer.
GENES & DEVELOPMENT
转化生长因子-β (TGF-β) 信号通路在疾病的发病机制中发挥着至关重要的作用。本研究旨在鉴定肝癌患者中差异表达的 TGF-β 相关基因,并将这些发现与临床特征和免疫特征相关联。利用 TCGA-STAD 和 LIRI-JP 队列对 TGF-β 相关基因进行综合分析基因。采用差异基因表达、功能富集、生存分析和机器学习技术来开发基于 TGF-β 相关基因特征 (TGFBRS) 的预后模型。我们基于 9 种基因的表达水平开发了肝癌的预后模型TGF-β相关基因。该模型表明,较高的 TGFBRS 值与较差的预后、较高的肿瘤分级、较晚期的病理阶段和对化疗的耐药性相关。此外,TGFBRS-High 亚型的特点是免疫抑制细胞水平升高和免疫检查点分子表达增加。使用梯度提升决策树 (GBDT) 机器学习方法,FKBP1A 基因被确定在肝癌中发挥着重要作用。值得注意的是,敲除 FKBP1A 可以在体外和体内显着抑制肝癌细胞的增殖和转移能力。我们的研究强调了 TGFBRS 在预测化疗反应和塑造肝癌肿瘤免疫微环境方面的潜力。结果确定 FKBP1A 是开发肝癌预防和治疗策略的有前途的分子靶点。我们的研究结果可能指导个性化治疗策略,以改善肝癌患者的预后。版权所有© Bentham Science Publishers;如有任何疑问,请发送电子邮件至 epub@benthamscience.net。
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GENES & DEVELOPMENT
2024 Aug 26
NatashaRekhtman,SamE...
Chromothripsis-mediated small cell lung carcinoma.
GENES & DEVELOPMENT
小细胞肺癌 (SCLC) 是一种高度侵袭性的恶性肿瘤,通常与烟草接触以及 RB1 和 TP53 基因失活有关。在这里,我们对 SCLC 的非典型子集进行了详细的临床病理学、基因组和转录组学分析,该子集缺乏 RB1 和 TP53 共失活,并且出现在从不吸烟/轻度吸烟者中。我们发现大多数病例与染色体碎裂(大规模、局部染色体破碎)相关,反复涉及 11 号或 12 号染色体,并分别导致 CCND1 的染色体外 (ecDNA) 扩增或 CCND2/CDK4/MDM2 的共扩增。独特的是,这些临床侵袭性肿瘤表现出与肺类癌的基因组和病理学联系,表明 SCLC 发病机制是一种以前未知的模式,是通过低级别神经内分泌肿瘤或其祖细胞的转化而实现的。相反,携带失活 RB1 和 TP53 的从不吸烟者中的 SCLC 表现出腺癌到 SCLC 衍生的标志,支持从不吸烟者中可塑性介导的 SCLC 发病机制的两种不同途径。
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GASTROENTEROLOGY
2024 Aug 22
AslihanAmbeskovic,Ma...
Exon Skipping-based Subtyping of Colorectal Cancers.
GASTROENTEROLOGY
结直肠癌 (CRC) 分子亚型的鉴定对患者具有预后和潜在的诊断价值,但临床上仍然无法获得可靠的亚型。目前结直肠癌的共识分子亚型 (CMS) 分类是基于在基因水平量化的复杂 RNA 表达模式。然而,由于单个样本分类和相关成本的高度不确定性,这些方法的临床应用具有挑战性。选择性剪接(AS)对转录组多样性有很大贡献,但很少用于组织类型分类。在这里,我们提出了一个基于 AS 的 CRC 亚型框架,对差异外显子使用敏感,可适用于临床应用。无监督聚类用于测量不同类别的 AS 和 CMS 之间的关联强度。为了构建分类器,CMS 标签的基本事实源自基因水平量化的表达数据。特征选择是通过引导和 L1 惩罚估计来实现的。所得的特征空间用于构建适用于单个和多个样本的子类型预测框架。对来自两个独立来源(Indivumed,n=129;TCGA,n=99)的看不见的 CRC 评估模型的性能。我们基于 29 个外显子跳跃 (ES) 事件开发了结直肠癌亚型标识符 (CRCi),该标识符准确地与基于基因表达的分类器相比,它对看不见的肿瘤进行分类,并能够更精确地区分具有不同生物学和预后特征的亚型。在这里,我们证明少量的 ES 事件可以以合适的方式使用个体患者样本可靠地对结直肠癌亚型进行分类临床应用。版权所有 © 2024 AGA Institute。由爱思唯尔公司出版。保留所有权利。
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