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Epigenetics & Chromatin
2024 Aug 25

TomBoeken,OlivierPel...
Clinical value of sequential circulating tumor DNA analysis using next-generation sequencing and epigenetic modifications for guiding thermal ablation for colorectal cancer metastases: a prospective study.
Epigenetics & Chromatin
虽然热消融现在是寡转移结直肠癌患者的标准治疗选择,但选择那些将从局部治疗中受益最大的患者仍然具有挑战性。这项概念验证研究首次评估了具有治疗目的的热消融前后 ctDNA 常规测试的可行性,并通过下一代测序 (NGS) 和甲基化特异性数字液滴 PCR (ddPCR) 进行分析。我们的前瞻性研究的主要目的是评估热消融前 ctDNA 的预后价值。这项于 2021 年 11 月至 2022 年 6 月进行的单中心前瞻性研究纳入了转诊接受治疗性热消融的结直肠癌患者。通过新一代测序在不同时间点测试游离 DNA,并使用 ddPCR 检测 WIF1 和 NPY 基因高甲基化。如果检测到肿瘤突变或高甲基化,则 ctDNA 被视为阳性;无复发生存期作为主要终点。该研究招募了 15 名患者,总共分析了 60 个样本。消融后的中位随访时间为 316 天,中位无复发生存期为 250 天。前 24 小时内收集的样本中有 33% 的 CtDNA 呈阳性。根据基线循环肿瘤 DNA 的存在情况,进展的风险比估计为 0.14(CI 95%:0.03-0.65,p = 0.019)。提供了动态,并且没有复发的患者在 H24 时 ctDNA 均为阴性。这项研究表明了热消融前后 ctDNA 常规检测的可行性,以达到治疗目的。我们报告使用两种技术可在低肿瘤负荷患者中检测到循环肿瘤 DNA。这项研究强调了 ctDNA 对于有洞察力的患者的潜力,这些患者可能会从热消融中受益,而那些可能不会受益的患者,这可能会影响未来的转诊。消融前后 ctDNA 的动态揭示了进一步研究和更大规模研究的必要性。© 2024。意大利医学放射学会。
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Epigenetics & Chromatin
2024 Aug 25

SreyashiBhattacharya...
Understanding the function of Pax5 in development of docetaxel-resistant neuroendocrine-like prostate cancers.
Epigenetics & Chromatin
对当前雄激素受体信号抑制剂(ARSI)疗法的耐药性导致治疗诱发的神经内分泌样前列腺癌(t-NEPC)的发病率更高。这种高度侵袭性的亚型具有主要的小细胞样特征,对紫杉烷化疗有抵抗力,并且总体生存率很低。 t-NEPCs大多采用铂类药物联合依托泊苷或紫杉烷进行治疗,选择性较低且全身毒性较高,这往往限制了其临床潜力。在 t-NEPC 转化过程中,腺癌失去其管腔特征并采用神经基底特征。 t-NEPC 的适应性神经元特征是否导致这种紫杉烷耐药性仍不清楚。患者基因表达数据库的通路分析表明,t-NEPC 上调与增强的细胞网络相关的各种神经元通路。为了鉴定对促进 t-NEPC 神经元特征基因表达可能重要的转录因子 (TF),我们在 NE 样细胞中进行了 ATAC-Seq、乙酰化组蛋白 ChIP-seq 和 RNA-seq线模型并分析了转录活性和显着富集的神经内分泌样(NE样)癌症特异性基因的启动子。我们的结果表明 Pax5 可能是神经元基因表达的重要转录因子,并且对 t-NEPC 具有特异性。通路分析显示 Pax5 表达参与轴突引导、神经递质调节和神经元粘附,这对于强大的细胞通讯至关重要。进一步的结果表明,Pax5 的耗竭会破坏 NE 样细胞中神经突介导的细胞通讯,并减少表面生长因子受体的激活,从而使它们对多西紫杉醇疗法敏感。此外,Pax5启动子CpG岛的t-NEPC特异性羟甲基化有利于Pbx1结合以诱导Pax5表达。根据我们的研究,我们得出结论,持续暴露于 ARSI 疗法会导致 t-NEPC 中的表观遗传修饰和 Pax5 激活,从而促进采用紫杉烷抗性 NE 样癌症所需的基因表达。因此,针对 Pax5 轴可能有利于恢复其紫杉烷敏感性。© 2024。作者。
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Epigenetics & Chromatin
2024

BurcuBayyurt,ŞeydaAk...
Association between NKILA and some apoptotic gene expression in atherosclerosis.
Epigenetics & Chromatin
氧化轻密度脂蛋白(ox-LDL)引起内皮功能障碍,这是动脉粥样硬化形成的重要决定因素,并随后导致细胞凋亡。动脉粥样硬化是威胁人类健康并导致全球死亡的最重要的心血管疾病(CVD)之一。最近,长非编码 RNA (lncRNA) 被认为参与血管生物学。 Ox-LDL 激活核因子 kappa-B (NF-κB),NF-κB 相互作用 lncRNA (NKILA) 抑制 NF-κB 信号传导。在这项研究中,假设 NKILA 可能调节内皮细胞 (EC) 凋亡,因此在动脉粥样硬化的发病机制中发挥作用。这一假设基于 EC 细胞凋亡有助于动脉粥样硬化的发展以及 NKILA 已成为 CVD 中重要的 lncRNA 的知识。 Bcl-2 相关 X 蛋白 (BAX)、半胱天冬酶 9 (CASP9)、细胞色素 c (Cyt c、CYCS)、凋亡蛋白酶激活因子 1 (APAF1) 和 B 细胞淋巴瘤 2 (BCL-2) 基因的表达使用定量逆转录聚合酶链反应 (RT-qPCR) 对经 ox-LDL 处理并转染 NKILA siRNA 的人脐静脉内皮细胞 (HUVEC) 进行分析。 BAX、CASP9、CYCS、APAF1 和 BCL-2 基因表达在 ox-LDL 和 NKILA siRNA 处理的 HUVEC 中下调。此外,当NKILA基因表达的阈值/定量循环(Cq)值增加时,BAX、CASP9、APAF1和BCL-2基因表达的Cq值显着增加。 NKILA 基因沉默导致的所有这些基因的表达检测可能为动脉粥样硬化中 EC 凋亡的表观遗传学研究提供指导。©2024 Bayyurt 等人。
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Epigenetics & Chromatin
2024 Jul

Minh-AnhLe,FerasAl-M...
Response to Azacytidine in a Patient With Refractory Peripheral T-cell Lymphoma With TET2 Mutation.
Epigenetics & Chromatin
外周 T 细胞淋巴瘤 (PTCL) 是非霍奇金淋巴瘤的一种侵袭性形式。 PTCL 有多种亚型,其中最常见的是未另行指定的 PTCL (PTCL-NOS)。这种亚型通常复发率很高。做出准确的诊断需要分子遗传学分析、组织病理学检查和免疫表型分析。 PTCL 的治疗传统上从 CHOP 方案(环磷酰胺、阿霉素、长春新碱和泼尼松)开始。我们介绍了一名 PTCL-NOS 患者的病例,尽管采用了多种治疗方案(包括传统的治疗药物和新型治疗药物),但病情仍出现进展,最终使用基于 TET2 突变选择的氮胞苷取得了良好的效果。该病例提出了未来研究阿扎胞苷对该患者群体的疗效,并进一步探索表观遗传疗法在 PTCL 中的更广泛用途。版权所有 © 2024,Le 等人。
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Epigenetics & Chromatin
2024 Sep

YingjieWang,HongyuLi...
Epigenetic reprogramming in gastrointestinal cancer: biology and translational perspectives.
Epigenetics & Chromatin
胃肠道肿瘤是人类死亡的第二大原因,其特点是与炎症相关。目前,胃肠道肿瘤的早期诊断和有效治疗进展有限。最近的全基因组分析强调了它们深刻的异质性以及广泛的遗传和表观遗传重编程。表观遗传重编程涉及表观遗传模式的动态和可遗传的改变,缺乏潜在 DNA 序列的同时修改。常见的表观遗传修饰包括 DNA 甲基化、组蛋白修饰、非编码 RNA、RNA 修饰和染色质重塑。这些修饰具有激活或抑制多种与癌症相关的基因的潜力,从而控制以不同水平的可及性为特征的染色质构型的建立。这种复杂的相互作用在控制胃肠癌的发生和进展中发挥着关键且不可或缺的作用。本文重点讨论表观遗传重编程对胃癌、食道癌、结直肠癌以及其他罕见胃肠道肿瘤发生和进展的影响。我们阐明了胃肠道肿瘤的表观遗传景观,包括 DNA 甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑及其相互关系。此外,这篇综述总结了表观遗传重编程的潜在诊断、治疗和预后目标,旨在协助临床治疗策略。© 2024 作者。四川国际医学交流中心出版的MedComm
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Epigenetics & Chromatin
2024 Aug 16

SamanthaCarrothers,R...
An epigenetic memory at the CYP1A gene in cancer-resistant, pollution-adapted killifish.
Epigenetics & Chromatin
人类接触多环芳烃 (PAH) 是一个严重且日益严重的公共卫生问题。由于气候变暖和大规模野火发生频率的增加,频繁的高剂量暴露可能会增加。在这里,我们描述了已经适应慢性、极端多环芳烃污染的野生异斜眼底种群中细胞色素 P450 1A ( CYP1A ) 基因的表观遗传记忆。在野生型鱼类中,PAH 高度诱导 CYP1A。在耐受 PAH 的鱼类中,CYP1A 的诱导作用减弱。由于 CYP1A 通过代谢激活 PAH,这种记忆可以保护这些鱼免受 PAH 介导的癌症。然而,在清洁水中饲养的耐受 PAH 的鱼恢复了 CYP1A 诱导能力,这表明诱导迟缓是先前接触的非遗传记忆。为了探索这种可能性,我们从对多环芳烃敏感和耐受的种群中培育纯化的野生鱼,对未接触过暴露的胚胎进行人工受精,并用多环芳烃挑战它们。我们观察到 F 1 PAH 耐受胚胎中世代 PAH 应激可逆记忆的表观遗传控制。具体来说,我们观察到 CYP1A 启动子增强子中的二价结构域包含激活和抑制组蛋白翻译后修饰。相对于抑制性修饰,激活性修饰在敏感胚胎中显示出对 PAH 的反应更大的增加,相对于耐受性,这与更大的基因激活一致。此外,耐受 PAH 的成年鱼在停止接触后很长一段时间内表现出 CYP1A 的持续诱导,这与有缺陷的 CYP1A 关闭和恢复到基线一致。由于 CYP1A 表达与癌症风险呈负相关,这些结果表明,耐 PAH 的鱼类在生命早期具有针对 PAH 诱发的癌症的表观遗传保护,这种保护会随着持续的基因激活而降解。表观遗传记忆,或生物体内跨细胞分裂的遗传或跨越几代人,环境暴露反应是一个引人注目的现象,但对机制的了解有限。在这里,我们表征了污染适应的异斜眼底 CYP1A 基因的表观遗传记忆。我们发现 CYP1A 启动子增强子包含一个二价结构域,包含活性和抑制性组蛋白修饰,该结构域显示出与污染物激活剂基因诱导减少相关的功能减少。在生命早期,这种记忆可以保护鱼类免受污染诱发的癌症。然而,这种减少的功能是有代价的;成年鱼的 CYP1A 转录恢复有缺陷,这会增加以后的癌症风险。这些结果为表观遗传记忆模型提供了初始机制,并强调了潜在的成本。
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Epigenetics & Chromatin
2024

MiaomiaoHuo,MinZhang...
Prognostic analysis of patients with gastric cancer based on N6-methyladenosine modification patterns and tumor microenvironment characterization.
Epigenetics & Chromatin
癌症源于影响癌基因和抑癌基因的遗传和表观遗传异常,再加上基因突变。 N6-甲基腺苷 (m6A) RNA 修饰受甲基化调节因子的调节,与肿瘤增殖、分化、肿瘤发生、侵袭和转移有关。然而,m6A 修饰模式在胃癌 (GC) 肿瘤微环境中的作用仍知之甚少。在本研究中,我们利用 31 个 m6A 调节因子分析了 267 个 GC 样本中的 m6A 修饰模式。使用共识聚类,我们确定了 GC 的两个独特子组。 GC 患者被分为高浸润和低浸润队列,以评估五种具有预后意义的免疫细胞类型的浸润比例。利用GC中的差异基因,我们通过加权基因共表达网络分析确定了一个“绿色”模块。采用LASSO回归方法建立风险预测模型。“绿色”模块同时连接m6A RNA甲基化簇和免疫浸润模式。基于“模块成员资格”和“基因重要性”,识别出37个枢纽基因,并建立了包含9个枢纽基因的风险预测模型。此外,甲基化RNA免疫沉淀和RNA免疫沉淀分析表明,YTHDF1提高了DNMT3B的表达,从而协同促进GC的发生和发展。我们阐明了 YTHDF1 调节 DNMT3B 的分子机制,并探讨了 m6A 和 5mC 修饰之间的串扰。m6A RNA 甲基化调节因子在胃癌的恶性进展和肿瘤微环境浸润的动态中发挥着重要作用。评估 GC 患者的 m6A 修饰模式和肿瘤微环境浸润特征有望成为有价值的预后生物标志物。版权所有 © 2024 Huo、Zhang、Zhang、Wang、Hu、Ma、Wang、Yuan、Qin、Teng、Yu、Huang 和 Wang。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2024

Qing-YueMa,Yi-ChongL...
Integrating network pharmacology, molecular docking and experimental verification to reveal the mechanism of artesunate in inhibiting choroidal melanoma.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
青蒿琥酯(ART)是一种从青蒿中提取的天然化合物,在治疗多种肿瘤方面显示出良好的临床潜力,但其确切机制尚不清楚。脉络膜黑色素瘤(CM)是成人主要的恶性眼肿瘤,以其恶性程度高、预后差而闻名,目前的治疗效果有限。本研究采用网络药理学、分子对接和实验验证相结合的方式探讨ART的抗CM作用和机制。在PubChem、Swiss Target Prediction和传统中药系统药理学(TCMSP)数据库分析平台数据库中筛选ART的潜在靶点,而与 CM 预后相关的靶基因选自在线人类孟德尔遗传 (OMIM)、GeneCards 和 DisGeNET 数据库。这两组数据集的交集产生了参与 CM 的 ART 靶基因。对交叉靶标进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,以及基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析,以确定核心靶标和关键途径。进行分子对接方法来预测 ART 与核心靶标之间的结合相互作用。通过 CCK8、集落形成、Transwell 以及流式细胞术检测细胞凋亡、细胞周期、活性氧 (ROS) 来评估 ART 对 CM 的影响。进行蛋白质印迹 (WB) 测定以研究 ART 对与 CM 相关的关键蛋白质和途径的影响。最后,进行体内实验,进一步验证ART对裸鼠皮下肿瘤的作用。研究表明,通过网络药理学方法确定了ART治疗CM的关键途径和核心靶点。分子对接结果验证了ART与这些核心靶点之间的强结合亲和力。分析和预测结果表明,ART主要通过细胞凋亡等多种肿瘤相关途径对CM发挥作用。体外实验证实ART显着抑制CM细胞的增殖和迁移。这是通过激活p53信号通路促进细胞凋亡、通过抑制PI3K/AKT/mTOR信号通路引起细胞周期停滞在G0/G1期以及通过激活NRF2/HO-1信号通路增加细胞内ROS水平来实现的。途径。此外,体内实验进一步验证了ART对CM显着的增殖抑制作用。本研究通过网络药理学结合分子对接和体内外实验进行了初步探索,证实了ART具有潜在的抗CM作用。癌症通过促进细胞凋亡、诱导细胞周期停滞和增加细胞内 ROS 水平对 CM 产生影响。这些研究结果表明,ART 对 CM 具有显着的治疗潜力。版权所有 © 2024 Ma、Liu、Zhang、Yi、Sun、Gao、Zhao、Wang、Lei 和 Luo。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2024

RadaHussein,IrinaBal...
Getting ready for the European Health Data Space (EHDS): IDERHA's plan to align with the latest EHDS requirements for the secondary use of health data.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
欧洲健康数据空间 (EHDS) 塑造了欧洲医疗保健的数字化转型。 EHDS 法规还将加速健康数据用于研究、创新、政策制定和数据二次使用的监管活动(称为 EHDS2)。监管和 HTA 接受的异构数据和证据整合 (IDERHA) 项目构建了第一个符合 EHDS2 要求的泛欧洲健康数据空间,以肺癌为试点。在这项研究中,我们进行了全面审查EHDS 法规、EHDS2 技术要求以及相关项目。我们还探讨了欧洲健康数据空间联合行动 (TEHDAS) 的结果,以确定 IDERHA 与 EHDS2 一致的框架。我们还与 EHDS 专家举办了内部网络研讨会和外部研讨会,分享有关 EHDS 要求和挑战的专业知识。我们确定了从现有项目中吸取的经验教训以及使 IDERHA 基础设施与 EHDS2 保持一致的最低要求,包括用户旅程、概念、术语和标准。 IDERHA 框架(即平台架构、标准化方法、文档等)正在相应开发中。IDERHA 与 EHDS2 的协调计划需要实施三类标准化:数据可发现性:数据目录词汇 (DCAT-AP)、实现语义互操作性:观察医疗结果合作伙伴关系 (OMOP) 和健康数据交换(DICOM 和 FHIR)。主要挑战是一些标准仍在完善中,例如 DCAT-AP (HealthDCAT-AP) 的扩展。此外,仍然需要对观察健康数据科学和信息学 (OHDSI) OMOP 通用数据模型 (CDM) 进行扩展,以表示患者生成的健康数据。最后,标准之间的正确映射 (FHIR/OMOP) 是正确数据交换的先决条件。IDERHA 的计划以及我们与其他 EHDS 计划/项目的合作对于推进 EHDS2 的实施至关重要。版权所有:© 2024 Hussein R 等人。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2024

JingKong,JiabinLai,M...
A Glutathione-Consuming Bimetallic Nano-Bomb with the Combination of Photothermal and Chemodynamic Therapy for Tumors: An in vivo and in vitro Study.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
化学动力学疗法(CDT)面临着催化离子效率低和ROS产生低的挑战。为了解决这些问题,我们开发了一种ROS纳米炸弹Cu/ZIF-8@GA-Fe。该纳米炸弹是通过将铜掺杂到ZIF-8中并组装Fe3和没食子酸(GA)来合成的。测试了酸性条件下活性氧(ROS)的产生及其光热性能。在酸性微环境中,Cu/ZIF-8@GA-Fe有效释放Fe3和Cu2,消耗GSH并产生ROS。 GA-Fe 涂层提供光热,并用于通过双离子增强 Fenton 反应,以增加 ROS 产量。在体内和体外实验中,Cu/ZIF-8@GA-Fe 抑制肿瘤生长,且副作用极小。Cu/ZIF-8@GA-Fe 显示了安全有效的 CDT 的前景,为肿瘤治疗提供了一种协同方法。© 2024 孔等人。
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