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Microbial Biotechnology
2024 Oct
CharlesDahlssonLeita...
Surface-engineered bacteria in drug development.
Microbial Biotechnology
细菌表面展示与荧光激活细胞分选相结合是一种多功能且强大的系统,也是用于产生治疗性亲和蛋白的噬菌体展示的有趣替代方法。该系统能够实时监测和分选细胞群,这为药物开发提供了独特的可能性。它已被用于开发几种亲和体分子,目前正在临床前评估其用于癌症和神经退行性疾病等治疗和诊断的效果。此外,它还可以应用于药物设计的其他领域,例如绘制表位和进化酶特异性。© 2024 作者。约翰·威利 (John Wiley) 出版的《微生物生物技术》
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Microbial Biotechnology
2024 Oct
WenXia,JinhuiWu
Flagellate bacteria-mediated tumour antigen delivery: A novel approach to enhance dendritic cell activation for in situ cancer vaccination.
Microbial Biotechnology
原位疫苗接种是一种治疗方法,旨在利用肿瘤部位的肿瘤抗原来诱导肿瘤特异性的适应性免疫反应。据推测,垂死的肿瘤细胞释放的抗原会被活化的树突状细胞吸收,并呈递给寻找并摧毁肿瘤细胞的 T 细胞。这一过程在肿瘤的免疫抑制微环境中受到显着阻碍。利用细菌作为天然佐剂或细胞因子工厂的原位疫苗策略日益增长,旨在增强抗原呈递细胞对原位抗原的呈递。最近,提出了一种利用鞭毛细菌介导的抗原递送来激活树突状细胞的新方法。这种方法积极促进肿瘤内抗原的传递,改善其在原位癌症疫苗接种中的表现。在这里,我们重点介绍鞭毛细菌介导的抗原递送如何增强原位疫苗的免疫激活能力。同时,我们对这些有前途的抗原递送技术提供了观点和展望。© 2024 作者。约翰·威利 (John Wiley) 出版的《微生物生物技术》
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Microbial Biotechnology
2024 Oct
ZheYin,YilinWang,Xia...
Lactobacillus rhamnosus GG and Bifidobacterium animalis subsp. lactis BB-12 promote infected wound healing via regulation of the wound microenvironment.
Microbial Biotechnology
感染的伤口可导致复杂的临床并发症和延迟愈合,构成重大的全球公共卫生挑战。本研究探讨了两种益生菌(鼠李糖乳杆菌 GG (LGG) 和动物双歧杆菌亚种)局部应用的效果。 lactis BB-12,对感染伤口微环境及其对伤口愈合的影响。每天将 LGG 和 BB-12 分别局部涂抹于大鼠模型金黄色葡萄球菌 (S. aureus) 感染的皮肤伤口上。两种益生菌均显着加速伤口愈合,通过增强肉芽组织形成和增加胶原蛋白沉积来证明,其中 BB-12 显示出卓越的功效。 LGG和BB-12均能有效抑制中性粒细胞浸润,并降低促炎细胞因子肿瘤坏死因子-α(TNF-α)和白细胞介素6(IL-6)的表达。值得注意的是,BB-12 显着降低了 IL-6 水平,而 LGG 显着降低了 TNF-α、转化生长因子-β (TGF-β) 和血管内皮生长因子 (VEGF)。此外,两种益生菌均促进巨噬细胞向抗炎 M2 表型极化。微生物群分析显示,LGG 和 BB-12 显着降低了致病菌(例如葡萄球菌和变形杆菌)的丰度,并增加了有益菌(例如棒状杆菌)的比例。特别是,BB-12 在降低葡萄球菌丰度方面更有效,而 LGG 在促进棒状杆菌生长方面表现出色。这些发现表明 LGG 和 BB-12 能够调节伤口微环境、增强伤口愈合并为感染伤口的管理提供宝贵的见解。© 2024 作者。约翰·威利 (John Wiley) 出版的《微生物生物技术》
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Computational and Structural Biotechnology Journal
2024 Dec
YongjunQuan,HongZhan...
UQCRB and LBH are correlated with Gleason score progression in prostate cancer: Spatial transcriptomics and experimental validation.
Computational and Structural Biotechnology Journal
前列腺癌(PCa)是一种多灶性疾病,其特征是单个腺体内的基因组和表型异质性。在本研究中,Visium 空间转录组学 (ST) 分析应用于具有不同组织学结构的前列腺癌组织,以推断参与格里森评分 (GS) 进展的分子事件。根据转录组数据,使用主成分分析 (PCA) 和 Louvain 聚类分析将组织切片中的斑点分为不同的组。根据 GS 对斑点的注释揭示了转录组图谱和组织学可识别结构之间的显着相似性。通过恶性肿瘤相关特征分析,特别是推断的拷贝数变异(inferCNV)以及发育轨迹分析,例如扩散伪时间(DPT)和基于分区的图抽象(PAGA),从生物信息学角度验证了宏观GS测定的准确性。通过沿着 GS 梯度对组进行两两比较,从差异表达基因 (DEG) 中鉴定出与 GS 进展相关的基因。代表性癌基因 UQCRB 和 LBH 编码的蛋白质被发现在晚期 PCa 组织中高表达。其 mRNA 的敲低显着抑制了 PCa 细胞的增殖和侵袭。这些发现使用癌症基因组图谱前列腺腺癌 (TCGA-PRAD) 数据集以及组织学和细胞学实验进行了验证。这里提出的结果为基于 ST 的 GS 进展评估奠定了基础,并为 GS 进展相关基因 UQCRB 和 LBH 提供了宝贵的见解。© 2024 作者。
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Computational and Structural Biotechnology Journal
2024 Dec
FenLi,Yu-TingSi,Jia-...
Rapid profiling of carcinogenic types of Helicobacter pylori infection via deep learning analysis of label-free SERS spectra of human serum.
Computational and Structural Biotechnology Journal
世界卫生组织早在 1994 年就将幽门螺杆菌列为 I 类胃癌致癌物。然而,尽管幽门螺杆菌感染患病率很高,但只有约 3% 的感染者最终发展为胃癌,其中高毒力的幽门螺杆菌菌株表达细胞毒素相关蛋白(CagA)和空泡细胞毒素(VacA)是胃癌发生的关键因素。众所周知,H. pylori感染根据血清中是否存在CagA和VacA毒素分为两种类型,即致癌I型感染(CagA /VacA 、CagA /VacA-、CagA-/VacA )和非致癌性 II 型感染(CagA-/VacA-)。目前,这两种致癌毒素的主动模式检测主要是通过对其血清学抗体进行诊断来完成。然而,该方法受到昂贵试剂和复杂程序的限制。因此,建立一种快速、准确且经济高效的致癌性幽门螺杆菌感染血清学分析方法对于有效指导幽门螺杆菌根除和胃癌预防具有重要意义。在这项研究中,我们开发了一种新颖的方法,将表面增强拉曼光谱与深度学习算法卷积神经网络相结合,创建一个模型来区分 I 型和 II 型幽门螺杆菌感染的血清样本。该方法有可能促进在人群水平上快速筛查具有高致癌风险的幽门螺杆菌感染,当用于指导根除幽门螺杆菌感染时,可以对降低胃癌发病率产生长期益处。© 2024作者们。
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Computational and Structural Biotechnology Journal
2024 Dec
XuZhou,HaizhouLiu,Fe...
REMR: Identification of RNA Editing-mediated MiRNA Regulation in Cancers.
Computational and Structural Biotechnology Journal
腺苷到肌苷 (A-to-I) RNA 编辑的失调与癌症进展有关。然而,由于缺乏有效的识别方法,对 A-to-I RNA 编辑如何纳入 miRNA 调控以调节癌症基因表达的全面理解仍不清楚。为此,我们引入了一种名为 REMR 的基于信息论的算法,基于多组学系统地识别 10 种主要癌症类型中的 12,006 个 A-to-I RNA 编辑介导的 miRNA 调控三联体(RNA 编辑位点、miRNA 和基因)来自癌症基因组图谱 (TCGA) 的分析数据。通过对功能富集、转录调控网络和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的分析,我们发现RNA编辑介导的miRNA调控可能影响关键的癌症相关功能,例如细胞凋亡、细胞周期、耐药性和免疫。此外,三联体可以作为生物标志物,用于对具有不同预后或药物反应的癌症亚型进行分类,突出了这种调节的临床相关性。此外,还构建了一个在线资源(http://www.jianlab.cn/REMR/)以支持方便地检索我们的研究结果。总之,我们的研究系统地剖析了 RNA 编辑介导的 miRNA 调控,从而为理解 RNA 编辑作为癌症表观转录组调控因子的机制提供了宝贵的资源。© 2024 作者。
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Computational and Structural Biotechnology Journal
2024 Dec
NataliyaKudryashova,...
Assessment of NSCLC disease burden: A survival model-based meta-analysis study.
Computational and Structural Biotechnology Journal
我们提出了一种荟萃分析方法,通过综合生存模型来量化 NSCLC 疾病负担。来自公共来源的汇总生存数据被用来参数化早期和晚期 NSCLC 阶段的模型,包括化疗、靶向治疗和免疫治疗。根据不同的分层和初始条件,在异质患者队列中预测总生存期 (OS)。对药物经济学指标(获得的生命年 (LYG) 和获得的质量调整生命年 (QALY))进行评估,以量化专门治疗的益处和改善 NSCLC 的早期检测。模拟显示,针对晚期 NSCLC 亚组引入新疗法将中位生存期延长了 8.1 个月(95% CI:5.9,10.0),LYG 和 1.65 的中位生存期相应增加了 2.9 个月(95% CI:2.2,3.6)。 QALY 个月(95% CI:1.2,2.0)。整个患者队列中早期癌症检测得到改善的场景显示,中位生存期分别增加了 17.6 个月(95% CI:16.5、19.0)和 15.7 个月(95% CI:14.8、16.6),分别增加了 6.2 个月( LYG 的 95% CI:5.9,6.4)和 5.2 个月(95% CI:4.9,5.4);常规 QALY 的 6.6 个月(95% CI:6.4,6.7)和 6.0 个月(95% CI:5.9,6.2)和最佳治疗。这个综合建模平台旨在描述癌症负担的特征,可以精确量化在治疗方案中引入专门疗法的累积效益以及早期发现疾病时延长生存期。© 2024 作者。
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Asian Journal of Pharmaceutical Sciences
2024 Aug
XiangWang,XinxinRen,...
Recent progress of ferroptosis in cancers and drug discovery.
Asian Journal of Pharmaceutical Sciences
铁死亡是一种非凋亡形式的细胞死亡,其特征是铁依赖性和脂质过氧化。铁死亡涉及一系列病理过程,例如癌症。许多研究已证实铁死亡在抑制癌细胞增殖中发挥着重要作用。此外,还开发了一系列小分子化合物,包括erastin、RSL3和FIN56,可用作铁死亡诱导剂。铁死亡诱导剂与抗癌药物的联合治疗可以在癌症治疗中产生显着的协同效应,并且接受这些联合治疗的患者比接受传统治疗的患者表现出更好的预后。因此,深入了解铁死亡在癌症中的作用对于癌症的治疗具有重要意义。该综述主要阐述了铁死亡的分子生物学特征和机制,总结了铁死亡在癌症发生和治疗中的作用,阐述了铁死亡在患者预后预测和药物发现中的应用,并讨论了靶向铁死亡的前景。© 2024 Published by Elsevier B.V. 代表沉阳药科大学。
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Asian Journal of Pharmaceutical Sciences
2024 Aug
ZiqiLin,YuequanWang,...
A natural compound-empowered podophyllotoxin prodrug nanoassembly magnifies efficacy-toxicity benefits in cancer chemotherapy.
Asian Journal of Pharmaceutical Sciences
小分子前药纳米组装技术在降低脱靶毒性方面具有独特优势,已广泛应用于抗肿瘤药物递送。然而,前药激活仍然是发挥治疗作用的限速步骤,这需要快速达到游离药物的最低有效浓度。幸运的是,我们发现一种天然化合物(BL-193)在无效剂量浓度下选择性提高乳腺癌细胞对鬼臼毒素(PPT)的化疗敏感性。基于此,我们建议将前药纳米组装与化疗增敏相结合,以充分释放PPT的化疗潜力。具体而言,通过将9-芴基甲醇(Fmoc-OH)与通过二硫键连接的PPT偶联来合成PPT的氧化还原敏感前药(PSSF)。有趣的是,具有 π 共轭结构的 PSSF 很容易与 BL-193 共组装成稳定的纳米组装体。值得注意的是,BL-193 作为一种出色的化疗增敏剂,可为 PPT 创建超低剂量化疗窗口。此外,前药设计和精确的混合纳米组装可以很好地控制脱靶毒性。正如预期的那样,这种 BL-193 赋能的前药纳米组装体能够引发有效的抗肿瘤反应。这项研究为放大化疗疗效-毒性益处提供了一种新的范例。© 2024 由 Elsevier B.V. 代表沉阳药科大学出版。
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Acta Neuropathologica Communications
2024 Sep 10
OlgaKim,ZachSergi,Gu...
A patient-derived cell model for malignant transformation in IDH-mutant glioma.
Acta Neuropathologica Communications
恶性转化 (MT) 常见于 IDH 突变神经胶质瘤。人们越来越有兴趣揭示其潜在机制并在 MT 之前在转化过程的早期阶段进行干预。在这里,我们利用来自同一患者的 IDH 突变星形细胞瘤样本建立了一对独特的匹配 3D 细胞模型:403L(源自低级别神经胶质瘤 (LGG))和 403H(源自高级别神经胶质瘤 (HGG))当肿瘤被诊断为WHO 2级(肿瘤突变负荷(TMB)为3.96/Mb)和后来的4级(TMB为70.07/Mb)时,分别。两种细胞模型都经过患者样本的验证,保留了 IDH1 R132H 的内源表达。亲本肿瘤的 DNA 甲基化谱称为 LGG 和 HGG IDH 突变神经胶质瘤簇。 SOX2、NESTIN、GFAP、OLIG2 和 β 3-Tubulin 的免疫阳性表明这两种模型都具有多谱系潜力。 403H更促进细胞侵袭并在体内形成浸润性HGG。 RNA测序分析的差异表达基因(DEG)揭示了403H模型中肿瘤侵袭和侵袭性相关基因专门上调。通路分析显示,403H 和 403L 中分别富集了与上皮间质转化 (EMT) 和 Notch 信号通路相关的基因。基于质谱的靶向代谢组学和超极化 (HP) 1-13C 丙酮酸细胞内 NMR 分析表明 TCA 循环和脂肪酸代谢发生了显着变化。 403H 中柠檬酸盐、谷氨酰胺和 2-HG 水平显着升高。据我们所知,这是第一份描述 IDH 突变神经胶质瘤中代表 MT 和替莫唑胺 (TMZ) 诱导的超突变表型 (HMP) 的配对 3D 患者来源细胞模型的开发的报告,提供了对遗传和代谢的见解MT/HMP 期间发生变化。这种新颖的体外模型可以在细胞水平上进一步研究 MT 的机制。© 2024。这是美国政府的作品,在美国不受版权保护;可能适用外国版权保护。
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