已经确认，肿瘤免疫微环境（TIME）在决定乳腺癌（BrCa）的治疗反应和临床结果方面起关键作用。因此，鉴定TIME的特征对于指导治疗和预后评估至关重要。通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究发现，BrCa中TIME的细胞组成具有异质性。从肿瘤区富集亚型和免疫浸润亚型中分别提取了上调基因CRABP2和CD69，建立了基于CRABP2和CD69表达的CRABP2/CD69特征，并在多个队列中验证了其对临床结果和新辅助化疗（NAT）反应的预测价值。此外，还探讨了CRABP2在BrCa细胞中的致癌作用。 基于BrCa中TIME的异质性细胞组成，将BrCa样本分为肿瘤区富集亚型和免疫浸润亚型，两者均具有明显不同的预后和化疗反应。接下来，我们提取了CRABP2作为肿瘤区富集亚型的生物标志物，提取了CD69作为免疫浸润亚型的生物标志物。基于CRABP2/CD69特征，将BrCa样本重新分为三个亚型，其中CRABP2高CD69低亚型预后最差，化疗反应最低，而CRABP2低CD69高亚型则呈相反结果。此外，CARBP2在BrCa中具有新的致癌基因功能，促进肿瘤细胞的增殖、迁移和侵袭，并且CRABP2的抑制会激活细胞毒性T淋巴细胞（CTL）。 CRABP2/CD69特征与TIME的特征显著相关，并且能有效预测临床结果。此外，确定CRABP2是一种新的致癌基因，可以成为乳腺癌的治疗靶点。 © 2023. 作者，授权给斯普林格自然出版集团有限公司独家使用。

虽然认为基因组复制，或多倍化，被认为是推动癌症进化和影响肿瘤特征的因素，但它在肝细胞癌（HCC）中的意义尚不清楚。我们旨在通过评估染色体复制来确定多倍体HCC的特征，并探索代表多倍体HCC的替代标记。通过多染色体的荧光原位杂交，评估了人类HCC中的倍性。比较了多倍体和近二倍体HCC之间的临床病理学和表达特征。通过对培养的HCC细胞的转录组分析，探索了表示多倍体HCC的标志物。发现36%（20/56）的HCC中存在多倍体，并且与近二倍体HCC相比，多倍体HCC有高血清甲胎蛋白，差异化程度较差和预后较差的特点，显示出一种侵袭性亚组。分子分类显示多倍体HCC高度表达甲胎蛋白，但不一定具有祖细胞特征。组织学检查显示多倍体HCC中含有大量的多倍体巨噬细胞（PGCCs），具有独特的外观和频繁的大髓束-大量结构。值得注意的是，多倍体HCC中PGCCs的丰度和泛素连接酶2C的过表达表明多倍化在HCC中，并能有效预测预后不良。通过使用替代标志物进行组织学诊断，将侵袭性HCC亚组与已知HCC亚组区分开来，并预测HCC的预后不良。©2023年。作者。

正常组织并发症概率（NTCP）模型对于估计乳腺保留手术（BCS）和放疗（RT）后纤维化风险具有一定的实用性。然而，这些模型存在不确定性。我们研究了轮廓变化对于纤维化预测的影响。我们纳入了280例接受BCS-RT治疗的乳腺癌患者。针对每位患者创建了九个临床靶体积（CTV）轮廓：i）CTV_crop（参考），从皮肤上裁剪5mm；ii）CTV_skin，未裁剪且包括皮肤；iii）分割95%等剂量（Iso95%）；iv）三个不同的自动分割辅助图集生成未裁剪和裁剪的轮廓（Atlas_skin/Atlas_crop）。为了说明轮廓变化对NTCP估计的影响，我们分别将两个方程（基于Lyman-Kutcher-Burman（LKB）和相对序列（RS）模型）应用于每个轮廓，以预测5年内纤维化分级≥2。使用重复测量ANOVA进行了差异评估。为了完整起见，还使用logistic回归评估了观察到的纤维化事件与NTCP估计之间的关联。在相同的轮廓方法（裁剪和未裁剪）下，轮廓之间的差异很小。与CTV_crop相比，CTV_skin和Atlas_skin轮廓的NTCP估计较低（-3.92%，IQR 4.00，p <0.05）。与CTV_crop相比，Atlas_crop和Iso95%轮廓没有显著差异。对于整个队列，根据所选轮廓的不同，LKB模型的NTCP估计值在5.3%至49.5%之间变化，RS模型的NTCP估计值在2.2%至49.6%之间变化。个体患者的NTCP估计值最多相差四倍。来自“皮肤”轮廓的估计值与观察到的事件之间显示出更高的一致性。轮廓变异可能导致乳腺纤维化的NTCP估计值存在显著差异，凸显了在开发和/或应用NTCP模型之前标准化乳腺轮廓的重要性。版权所有 © 2023 Elsevier Ltd. 发布。

受现场自组装原理的启发，酶活化的分子纳米探针的开发对于靶向肿瘤检测具有深远影响。然而，尽管其固有优势，但在原始环境中获得高特异性的酶活性光学读出仍然具有挑战性。在这里，报告了一种全新的基于拉曼活性的自组装生物正交酶识别（nanoSABER）探针类别，用于靶向肿瘤成像。这类拉曼探针呈现狭窄的光谱带，反映其振动指纹，并为在不同的生物组织级别进行光学成像提供了一种有吸引力的解决方案。光学信标利用酶响应肽序列、独特的穿透肿瘤性质以及具有在细胞静默拉曼窗口的伸缩频率的振动标签。nanoSABER的设计经过了定制和工程化，可在目标酶存在的情况下转变为一种超分子结构，并展示出明显的振动特征，从而在酶活性和拉曼信号之间创建了直接的因果关系。通过与肿瘤相关酶胰蛋白酶专一底物结合，展示了nanoSABER在分子、细胞和组织水平上成像酶活性的独特能力，结合机器学习模型。这些结果表明，nanoSABER探针可能成为一种用于基于拉曼的识别肿瘤侵袭性、药物积累和治疗反应的多功能平台。©2023年作者。由Wiley-VCH GmbH出版的《Advanced Science》发表。

曲安奈是一种手性药物，用于治疗肾上腺皮质癌，会被代谢为o,p'-二氯二苯乙酸（o,p'-DDA），同样是一种手性化合物。尽管具有重要的治疗意义，但其整体比例和对映异构体一直不为人所知。在本研究中，我们采用新开发的二维色谱技术中的手性相方法，分析了患者血浆中曲安奈和o,p'-DDA的对映异构体。在（S）/（R）-曲安奈比例方面观察到了重要差异，从1:1.2到1:10不等，而（S）/（R）-o,p'-DDA比例相对保持在约为2:1。这些发现为对映选择性代谢提供了证据，并提供了进一步分析曲安奈和代谢产物的方法，可以解释治疗反应的变异。版权所有© 2023 Elsevier Inc. 保留所有权利。

纳米颗粒在生物技术、药学、光学和医学领域得到广泛研究，并具有广阔的应用前景。大量研究表明，利用纳米颗粒对药物进行化学涂覆或耦合具有显着的兴趣，旨在解决药物传递中的挑战，包括降解性和不确定性。此外，使用负载新冠病毒抗原mRNA的脂质纳米颗粒来控制COVID-19疫情已引发了纳米颗粒疫苗研究的显著增长。因此，纳米颗粒已成为疾病预防和治疗的重要递送系统，具有重要意义。当前研究强调纳米颗粒相对于常规药物治疗和预防方法具有优越的疗效和潜力。值得注意的是，在药物传递应用中，使用可降解的纳米颗粒至关重要。本文综述了各种可降解纳米颗粒的结构和特性及其在生物医学中的应用，以激发更多研究人员进一步探索纳米颗粒的功能。RNA在调节疾病的发生和进展中起关键作用，但其固有易降解性带来了挑战。鉴此，我们对涉及RNA的可降解纳米颗粒在疾病预防和治疗领域的研究进展进行了全面综述，重点关注癌症、炎症性疾病和病毒感染。版权所有©2023 Elsevier B.V.保留所有权利。

携带顺式噬菌体基因组的M13噬菌体能够选择性地展示分子结构并传递治疗药物，且安全性良好。噬菌体展示技术在模拟抗原片段方面取得了突破，可以应用于抗体基础治疗，并有助于抗癌疫苗的设计。迄今为止，从使用M13噬菌体研发的创新生物传感器方面，进展显著，可以检测到生物特性、生物分子和人体细胞，并且有可接受的检测限值。针对耐药细菌的出现，M13噬菌体能够有效包装编程的基因编辑工具，如CRISPR/Cas，以靶向多个抗菌基因。此外，结合纳米颗粒的展示潜力激发了针对体内多个细胞生物标志物的靶向治疗平台的新方法。在本综述中，我们介绍了优化噬菌体应用的可用数据，重点关注至今为止关于M13噬菌体的经验，无论是作为单一药物或作为组合方案的一部分，应用于生物传感器、疫苗、细菌杀灭、特定抗原表位的模拟以及噬菌体引导纳米颗粒的药物传递系统。尽管研究兴趣日益增长，但我们需要对M13噬菌体的潜在生物学和遗传行为进行深入了解，以充分发挥这些生物因子在生物医学领域的潜力，正如本文所讨论的。我们还讨论了迄今为止限制M13噬菌体开发和实际推广的一些挑战。版权所有 © 2023. Elsevier Inc. 发表。

乳腺癌患者中最大的一个群体是雌激素受体阳性（ER+）类型。雌激素受体作为转录因子，能够触发细胞增殖和分化。因此，调查ER-DNA相互作用的基因组区域可以帮助识别直接受ER调控的基因，并理解ER在癌症进展中的作用机制。本研究采用一个工作流程对ER+细胞系受到10 nM和100 nM E2刺激的ChIP-seq数据进行了荟萃分析。所有公开可用的数据集都使用相同的平台重新分析。然后，消除已知和未知的批次效应。最后，进行荟萃分析，以获得与车辆（对照组）相比，雌激素处理的MCF7细胞系中的荟萃差异结合位点。还将荟萃分析结果与T47D细胞系的结果进行比较，以获得更精确的结果。还进行了富集分析，以找到两个细胞系之间共有的荟萃差异结合位点和相关基因的功能重要性。 值得注意的是，在荟萃分析中，发现了POU5F1B、ZNF662、ZNF442、KIN、ZNF410和SGSM2转录因子，但在个体研究中没有发现。荟萃差异结合位点的富集结果提供了之前在乳腺癌中未报告的途径的候选。通过富集分析还预测出了PCGF2、HNF1B和ZBED6转录因子。此外，比较ChIP-seq和RNA-seq数据的荟萃分析结果表明，ER影响的许多转录因子都被上调。 对雌激素处理的MCF7细胞系的ChIP-seq数据进行荟萃分析，发现了以前未报道的ER新结合位点。此外，荟萃差异结合位点及其相关基因的富集分析还揭示了乳腺癌发展中涉及的新术语和途径，这些应该在未来的体外和体内研究中进行检验。 © 2023. BioMed Central Ltd., part of Springer Nature.

具有胶质母细胞瘤的患者预后不良，并且没有循环预测或预后生物标志物。循环前胃泌素hPG80是一种在患有各种癌症的患者血液中存在的促肿瘤肽，已被证明具有预后价值。我们评估了手术后患有异柠檬酸脱氢酶野生型胶质母细胞瘤的患者血浆hPG80的预后价值。进行了一项多中心回顾性研究，对接受标准放化疗治疗的胶质母细胞瘤患者进行了研究。使用ELISA DxPG80.lab试剂盒（Biodena Care, Montpellier, France）对术后采集的EDTA血浆样本中的hPG80水平进行测量，试剂盒的检测阈值为1.2 pM。评估了术后hPG80血浆水平与其他已知预后因素结合对患者无进展生存期（PFS）和总生存期（OS）的关系。共有69名患者可评估。分别对于囊肿活检（B）、部分切除（PR）和完全切除（CR），22名、25名和22名患者的血浆样本进行了采集。在中位浓度为5.37 pM（四分位范围0.00-13.90 pM）的情况下，检测到48名（70%）患者的hPG80（hPG80+）。CR与较低的hPG80水平显著相关：其中位数值为0.7 pM，而PR为9.1 pM（P = 0.02），B为8.3 pM（P = 0.004）。hPG80检测率也显著较低：CR为50%与PR为72%，B为86%（P = 0.005）。中位随访时间为39个月[22.4个月-未达到]。术后检测到hPG80与PFS（6.4个月对9.4个月，P = 0.13）和OS（14.5个月对20.9个月，P = 0.11）显著较短相关。多变量分析中，hPG80是OS的预后因子（P = 0.034）。循环hPG80可作为接受放化疗治疗的胶质母细胞瘤患者手术后的新的预后生物标志物。版权所有 © 2023 作者。由Elsevier Ltd.发表。保留所有权利。

在转移性非鳞状非小细胞肺癌指南中，检测表皮生长因子受体(EGFR)突变是一个基本的建议，在欧洲国家被视为强制性要求。然而，在实践中，常常面临着进行常规生物标志物测试的挑战，包括获取测试的机会、样本不足和长时间的周转周期(TATs)。为了评估欧洲病理学实验室在现实世界中的EGFR测试实践，由欧洲病理学学会肺部病理学工作组设置了一个在线调查，并向64个专业测试实验室分发，并进行了验证。这项回顾性调查关注了2018年至2021年间病理学家和分子生物学家在实验室组织和日常EGFR测试实践方面的情况。TAT在和在国家内部都存在很大的差异。这些差异可能部分归因于反射性测试实践，因为20.8%的实验室仅在临床医生要求时进行EGFR测试。整个欧洲的许多实验室仍然倾向于将单一测试测序作为EGFR突变鉴定的首选方法；32.7%的实验室表示他们仅使用定向技术，45.1%的实验室使用单基因测试后跟下一代测序(NGS)，具体取决于情况。报道的测试率随时间变化保持一致，在2020年并没有明显减少EGFR测试的数量，尽管在COVID-19大流行期间测试机构面临了增加的压力。 ISO 15189认可机构有42.0%的分子生物学实验室进行单一测试测序，42.3%进行NGS认证。92.5%的实验室表示他们定期参与外部质量评估方案。这些结果突显了欧洲胸部病理学和分子生物学实验室在EGFR测试中仍然存在着很强的异质性。即使在专业测试机构中，测试能力、TAT、反射测试实践和实验室认证也存在差异，强调了在欧洲需要协调报销技术和决策算法的必要性。2023年版权所有。由Elsevier Ltd.发表。版权所有。