研究动态
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Epigenetics & Chromatin
2023 Sep 14
TingZhang,LuPei,Wen-...
Uncovering the ceRNA network and DNA methylation associated with gene expression in nasopharyngeal carcinoma.
Epigenetics & Chromatin
本研究旨在揭示通过竞争性内源性RNA(ceRNA)和DNA甲基化调节的异常表达基因在鼻咽癌中的表达情况,并验证ceRNA网络中长链非编码RNA(lncRNA)在鼻咽癌进展中的作用。我们基于GSE64634(mRNA)、GSE32960(miRNA)、GSE95166(lncRNA)和GSE126683(lncRNA)数据集,筛选了鼻咽癌中差异表达的mRNA、miRNA和lncRNA。随后构建了ceRNA网络。利用GSE62336数据集筛选了甲基化差异基因。鉴定了同时受到ceRNA网络和DNA甲基化调节的异常表达基因。在ceRNA网络中,通过RT-qPCR验证了RP11-545G3.1 lncRNA在鼻咽癌组织和细胞中的表达。在RP11-545G3.1敲低后,通过CCK-8、划痕愈合和转移试验评估了CNE-2和NP69细胞的存活性、迁移和侵袭性。 本研究鉴定了鼻咽癌组织中异常表达的mRNA、miRNA和lncRNA。构建了一个包含3个lncRNA、15个miRNA和129个mRNA的ceRNA网络。基于ceRNA网络中的mRNA构建了蛋白相互作用网络(PPI网络)的节点,进一步评估了HMGA1与鼻咽癌的总体生存和无病生存的相关性。我们筛选出2个由ceRNA网络和低甲基化调节的上调基因以及26个由ceRNA网络和高甲基化调节的下调基因。RP11-545G3.1在鼻咽癌组织和细胞中高表达。此外,RP11-545G3.1的敲低降低了CNE-2和NP69细胞的存活性、迁移和侵袭性。 我们的研究揭示了鼻咽癌的表观遗传调控,并确定了RP11-545G3.1对鼻咽癌进展的影响。© 2023. BioMed Central Ltd., part of Springer Nature.
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Epigenetics & Chromatin
2023 Sep 14
StineHKresse,SaraBra...
Evaluation of commercial kits for isolation and bisulfite conversion of circulating cell-free tumor DNA from blood.
Epigenetics & Chromatin
循环细胞外DNA(cfDNA)中的DNA甲基化生物标志物在癌症管理中具有巨大的临床潜力。大多数DNA甲基化分析方法需要亚硫酸盐转化,导致DNA降解和丢失。对于自然断裂且通常数量较低的cfDNA来说,这尤其具有挑战性。本研究旨在确定一个最佳的cfDNA分离和亚硫酸盐转化试剂盒的组合,以用于后续分析血浆中DNA甲基化生物标志物的实验。在经过测试的五个亚硫酸盐转化试剂盒(EpiJET亚硫酸盐转化试剂盒,EpiTect Plus DNA亚硫酸盐试剂盒(EpiTect),EZ DNA甲基化直接试剂盒,Imprint DNA修饰试剂盒(Imprint)和Premium亚硫酸盐试剂盒)中,EpiTect试剂盒和Imprint试剂盒分别产生了最高和最低的DNA产量和回收率,EpiTect试剂盒的DNA量超过Imprint试剂盒的两倍。在经过测试的三个cfDNA分离试剂盒(Maxwell RSC ccfDNA血浆试剂盒,QIAamp循环核酸试剂盒(CNA)和QIAamp MinElute ccfDNA迷你试剂盒)中,CNA试剂盒产生的cfDNA约是另外两个试剂盒的两倍,但也伴有更多的高分子量DNA。比较各种cfDNA分离试剂盒和亚硫酸盐转化试剂盒的组合时,CNA试剂盒和EpiTect试剂盒被确定为表现最佳的组合,通过液滴数字PCR(ddPCR)测量,其从正常血浆中产生了最高的亚硫酸盐转化cfDNA收率。作为原则性证明,该试剂盒组合用于处理13个结直肠癌患者的血浆样本,以进行后续的BCAT1和IKZF1的ddPCR甲基化分析。在10例(60%)第四期患者和3例(33%)第三期患者中,检测到BCAT1和/或IKZF1的甲基化。根据对五个亚硫酸盐转化试剂盒和三个cfDNA分离试剂盒以及它们的组合进行全面评估,CNA试剂盒和EpiTect试剂盒被确定为最佳组合,具有在一系列DNA输入量下最高的DNA产量和回收率。该组合已成功用于从癌症患者的血浆中检测临床相关的DNA甲基化生物标志物。©2023年BioMed Central Ltd., Springer Nature旗下的一部分。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Sep 09
JinxiaoRu,YuxiWang,Z...
Technologies of targeting histone deacetylase in drug discovery: Current progress and emerging prospects.
Epigenetics & Chromatin
组蛋白去乙酰化酶(HDACs)催化组蛋白和非组蛋白中乙酰化赖氨酸侧链的水解作用,这在人体中是表观遗传调控的关键。针对HDACs的靶向治疗已成为治疗多种癌症(包括骨髓瘤和血液恶性肿瘤)的有希望策略。目前,许多正在临床试验中积极研究HDACs的小分子抑制剂。尽管HDAC抑制剂在癌症治疗中具有潜在疗效,但它们存在多方向选择性和临床前抗药性的问题。因此,基于尖端药物化学技术开发新的抑制剂对于克服这些局限性并改善临床效果至关重要。本文详细概述了HDACs在癌症中的性质和生物学功能,对临床HDAC抑制剂的当前开发状况和局限性进行了概述,并分析了一系列创新的药物化学技术的应用。这些技术包括选择性抑制剂、双靶点抑制剂、蛋白质降解靶向嵌合物和蛋白质-蛋白质相互作用抑制剂。版权所有 © 2023 Elsevier Masson SAS. 保留所有权利。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Sep 12
CristinaMoreta-Moral...
Chromatin factors: ready to roll as biomarkers in metastatic colorectal cancer?
Epigenetics & Chromatin
结直肠癌(Colorectal cancer,CRC)在全球范围内位居第三位,且在2020年成为癌症相关死亡的第四大原因。近几十年来,转移性疾病的生存率略有改善,临床试验显示中位总生存期为24-30个月左右。这一进展可归因于化疗治疗与靶向治疗和免疫治疗的综合应用。尽管有着这些适度的改进,成功治疗晚期结直肠癌的主要障碍在于耐药性的发展,无论是固有的还是后天获得的,它仍然是治疗失败的主要原因。表观遗传学已经成为癌症的标志,为主要转录调控和基因组稳定性维持做出了贡献。因此,表观遗传学因素开始出现作为结直肠癌的诊断、预后和治疗反应预测的潜在临床生物标志物。近年来,许多研究已经调查了DNA甲基化、组蛋白修饰和染色质重塑对化疗治疗反应的影响。虽然有越来越多的证据表明它们在各种类型的癌症中具有重要作用,但染色质结构与结直肠癌治疗调控之间的确切关系仍然不明确。本综述的目的是综合总结2015年至2022年间最相关和广泛研究的表观遗传学相关机制,并探讨它们作为转移性疾病预测性生物标志物的潜在价值。版权所有 © 2023。由Elsevier Ltd.出版。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Sep 14
ShirongZhang,ShutaoH...
DNA methylation profiling to determine the primary sites of metastatic cancers using formalin-fixed paraffin-embedded tissues.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
鉴定转移性癌症的原发部位对指导后续治疗至关重要。尽管经过全面的诊断检查,大约3-9%的转移患者仍被诊断为原发部位未知癌症(CUP)。然而,目前仍没有被广泛接受的分子检测方法。在这里,我们报告了一种利用甲醛固定、石蜡包埋组织构建的减少表达位点二硫化物测序文库(FFPE-RRBS)的方法。然后,我们利用来自原发癌症患者的498例新鲜冰冻肿瘤组织的RRBS文库数据集,生成并系统地评估了28个分子分类器,这些分类器基于四个DNA甲基化评分方法和七种机器学习方法。在这些分类器中,基于β值的线性支持向量(BELIVE)表现最佳,使用前K个预测(K=1,2,3)可以实现对215个转移性患者原发部位的总体准确率为81-93%的识别。巧合的是,BELIVE还成功预测了81-93%的CUP患者(n=68)的组织起源。© 2023. Springer Nature Limited.
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Sep 14
RoohiMohi-Ud-Din,App...
Repurposing approved non-oncology drugs for cancer therapy: a comprehensive review of mechanisms, efficacy, and clinical prospects.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
癌症是全球卫生领域面临的重大挑战,预测未来几年癌症的流行率将增加,主要原因是预防有限、诊断迟缓以及现有治疗方法的不足。此外,新型抗癌药物的高昂价格使得满足癌症患者的医疗需求变得困难,尤其是在发展中国家。长期且昂贵的新药研发过程也对药物发现和临床实施造成了阻碍。因此,越来越多的人开始对已批准用于其他疾病的药物进行重新应用,以应对癌症治疗的紧迫需求。本综述的目的是概述已批准的非肿瘤药物作为癌症治疗选择的潜力。这些药物来自于抗疟药、抗生素、抗病毒药、抗炎药和抗真菌药等不同的化疗类别,并且已经展示出明显的抑制细胞增殖、促进细胞凋亡、免疫调节以及抑制转移的特性。我们进行了文献系统评述以确定关于将已批准的非肿瘤药物重新应用于癌症治疗的相关研究。通过使用合适的关键词,我们搜索了PubMed、Scopus和Google Scholar等各种电子数据库。分析中包括了关于重新应用药物在癌症治疗中的潜力、作用机制、疗效和临床前景的研究。综述凸显了将已批准的非肿瘤药物重新应用于癌症治疗的有希望的结果。不同治疗类别的药物都展示了显著的抗肿瘤效果,包括抑制细胞增殖、促进细胞凋亡、调节免疫应答以及抑制转移等。这些发现表明这些重新应用的药物具有作为癌症治疗有效方法的潜力。重新应用已批准的非肿瘤药物为解决癌症治疗的紧迫需求提供了有希望的策略。不同类别的重新应用药物具有抗增殖、促凋亡、免疫调节以及抗转移等特性,为癌症治疗提供了新的途径。进一步的研究和临床试验将有必要探索这些重新应用药物的全部潜力,以及在治疗各种癌症类型中优化其使用。重新应用已批准的药物可以显著加快确认有效治疗方法并以具有成本效益的方式改善患者预后的进程。© 2023. BioMed Central Ltd., part of Springer Nature.
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Sep 01
WengeZhang,Jiangyong...
Palladium-based multifunctional nanoparticles for combined chemodynamic/photothermal and calcium overload therapy of tumors.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
由于肿瘤的高死亡率和发病率以及肿瘤微环境(TME)的特异性,使用单一治疗方法很难实现对肿瘤的完全治愈。本研究制备了碳酸钙修饰的钯氢化物纳米颗粒(PdH@CaCO3),并利用其进行肿瘤的化学动力治疗(CDT)、光热治疗(PTT)和钙超负荷治疗的联合治疗。PdH@CaCO3进入肿瘤细胞后,由于碳酸钙包覆层的pH活性,它会释放出钙离子(Ca2+)和PdH。钙离子(Ca2+)会降低线粒体膜电位,导致细胞不可逆性损伤。与此同时,PdH通过Fenton反应与TME中过量的双氧水(H2O2)发生反应,产生羟基自由基(·OH)。此外,PdH是一种优秀的光热剂,在激光照射下可以杀死肿瘤细胞,产生显著的抗肿瘤效果。体外和体内研究表明,PdH@CaCO3能够结合CDT/PTT和钙超负荷治疗,具有很大的临床治疗潜力。版权所有 © 2023 Elsevier B.V. 保留所有权利。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023
ChandraboseSelvaraj,...
Circadian rhythms and cancer.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
[标题] 生物钟对癌症发病和进展的核心成分及功能 [正文] 昼夜节律是由分子生物钟自主振荡器所发展起来的,它在24小时的日常周期中,协调内部时间与外部环境的关键作用。在哺乳动物中,这个生物钟系统在所有的生理过程中都起着重要的作用,对人类健康产生了深远影响。生物钟的调节不仅限于时钟基因,还涉及到多个由时钟调控的基因。因此,这些时钟基因的表达异常会导致控制细胞周期和凋亡能力的重要靶标的下调,可能导致基因组的不稳定性并促进癌症发生。时钟基因的改变和调控已被认为是开发有效治疗多种疾病的新方法,包括癌症。至今对于生物钟和癌症的关系还存在着理解的不足。因此,本章旨在阐明生物钟的核心成分及其在癌症发病和进展中的功能。此外,还讨论了临床影响、现有的时钟药物以及潜在的治疗靶点。 [版权声明] 版权归© 2023 Elsevier Inc.所有。
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Cellular & Molecular Immunology
2023 Sep 14
YunhuiXu,JianXu,Wanf...
Bioassay-Guided Fractionation and Biological Activity of Cardenolides from Streptocaulon juventas.
Cellular & Molecular Immunology
钠/钾-ATP酶被发现可作为信号转导器后,我们开始研究强心甾类结构多样性并研究其配体效应。通过钠/钾-ATP酶活性测定引导的分离法,我们从青春草中共分离出20种强心甾类化合物,包括未描述的juventasoside B (10: ) 和19种已知的强心甾类。它们的结构已被阐明。利用我们纯化的钠/钾-ATP酶平台和LLC-PK1细胞模型,我们发现,处于引起不到10%的钠/钾-ATP酶抑制作用浓度的10: ,能够刺激钠/钾-ATP酶/Src受体复合物并选择性激活下游通路,最终改变前列腺癌细胞的生长。通过评估分离的强心甾类化合物的配体效应,我们发现对细胞存活力的调节与其抑制钠/钾-ATP酶活性的效力无关,而是与它们与钠/钾-ATP酶受体的配体结合能力相关。基于这一发现,我们确定了一种独特的活性强心甾类化合物,地高辛(1: ),并验证了它能够保护LLC-PK1细胞免受缺氧损伤,表明其在缺血/再灌注损伤和促进人体真皮成纤维细胞胶原合成方面的潜在用途,进一步证实化合物2: 是青春草伤口愈合活性的分子基础。专利所有,转载请注明出处。
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Cellular & Molecular Immunology
2023 Sep 14
DeyssyPatrucco,JuanC...
In Situ Insonation of Alkaline Buffer Containing Liposomes Leads to A Net Improvement of The Therapeutic Outcome in A Triple Negative Breast Cancer Murine Model.
Cellular & Molecular Immunology
乳腺癌的特点是酸性微环境。酸性细胞外pH使癌细胞具有进化优势,因此,中和细胞外pH已被认为是一种潜在的治疗策略。为了解决全身pH改变的问题,已经研究了一种基于定向输送缓冲溶液到肿瘤区域的方法。该方法依赖于低频超声和装载碱性pH缓冲溶液的声敏脂质体(LipHUS)。在静脉注射LipHUS后,施加超声(US)在病变部位引起局部pH增加,结果高度有效地i)抑制原发性肿瘤生长,ii)降低手术后肿瘤复发率,和iii)抑制转移形成。实验是在三阴性乳腺癌小鼠模型中进行的。所得结果表明,声敏脂质体中碳酸氢盐或PBS缓冲液的局部和触发释放代表了治疗三阴性乳腺癌的有效工具。这种方法在潜在的临床转化方面具有潜力。本文受版权保护。保留所有权利。
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