FHIP1A-DT是通过分歧转录获得的一种长非编码RNA（lncRNA），其在泛癌和结直肠癌（CRC）中的作用机制尚不清楚。我们通过生物信息学分析和体外实验阐明了FHIP1A-DT的分子机制。我们从加州大学圣克鲁兹（UCSC）基因组浏览器和癌症基因组图谱（TCGA）下载了泛癌和CRC数据。我们分析了FHIP1A-DT的表达及其与泛癌临床分期、诊断、预后和免疫特性的关系。我们还分析了CRC中FHIP1A-DT的表达，并探讨了FHIP1A-DT与CRC诊断和预后之间的关系。然后，我们分析了FHIP1A-DT与药物敏感性、免疫细胞浸润以及涉及FHIP1A-DT的生物过程之间的相关性。我们还探索了与FHIP1A-DT相关的竞争性内源RNA（ceRNA）调控网络。我们使用外部数据集GSE17538和GSE39582以及体外实验进行了外部验证。FHIP1A-DT在泛癌中的表达不同，并具有出色的泛癌诊断和预后能力。FHIP1A-DT还与泛癌肿瘤突变负荷（TMB），微卫星不稳定性（MSI）和免疫细胞含量相关。FHIP1A-DT在CRC中呈下调状态，CRC患者低FHIP1A-DT表达与更糟预后相关。结合FHIP1A-DT表达的名词图展示了优秀的预后预测能力。基因本体论（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）分析表明，FHIP1A-DT与表观遗传修饰有关并调控了许多与癌症相关的途径。ceRNA网络展示了FHIP1A-DT的潜在基因调控。FHIP1A-DT与多种化疗药物敏感性和免疫细胞浸润相关，如CD4记忆静止T细胞、单核细胞、浆细胞、中性粒细胞和M2巨噬细胞。GSE17538和GSE39582的FHIP1A-DT表达和预后分析以及qPCR得出了类似的外部验证结果。FHIP1A-DT是一种新型与CRC诊断、预后和治疗敏感性相关的CRC相关lncRNA。在未来，它可以作为重要的CRC生物标志物。 ©2023年 作者。由Elsevier公司出版。保留所有权利。

肝癌，尤其是肝细胞癌（HCC），对全球人类生命构成了重要的威胁。为了推动创新诊断和治疗方法的发展，有必要研究HCC的隐藏特征，特别是其三维基因组结构，该结构目前尚不明确。本研究使用现场Hi-C和转座酶可接入染色质测序技术，研究了四株HCC细胞系（Hep3B，Huh1，Huh7和SNU449）的三维基因组组织。我们的发现显示，HCC细胞系与人类乳腺上皮细胞（HMECs）相比，具有更多的长程内/间染色体相互作用。令人意外的是，HCC细胞系在兆碱（Mb）尺度上显示了与细胞系特异性的区室修饰，这可能有助于确定HCC亚型。在子兆碱（sub-Mb）尺度上，我们观察到HCC细胞系内TAD（拓扑相关域）相互作用和染色质环的减少，与HMECs相比。最后，我们发现了SLC8A1的基因表达与其3D染色质架构之间的相关性；该基因编码一种钠钙抗转运蛋白，其调节已知能引起细胞凋亡。通过比较HCC细胞系和HMECs，我们的研究结果表明HCC细胞系具有独特的3D基因组组织，与正常细胞和其他癌细胞不同，基于区室、TAD和染色质环的分析。总体而言，我们将此作为证据支持基因组组织在癌症表型决定中起着关键作用。进一步探索HCC的表观遗传学将有助于更好地理解特定的基因调控机制，并发现癌症治疗的新靶点。

长链非编码RNA（lncRNA）是一类多样的RNA分子，调节各种生理过程，并被报道参与从神经退行性疾病到癌症的多种人类病理过程。治疗耐药性是癌症治疗的一个主要障碍。过去十年来，有关lncRNA在癌症药物耐药性中的作用的研究不断涌现，许多试验已经进行。LncRNA还通过调节不同的细胞死亡途径来维持细胞存活和死亡的微妙平衡。自噬是一种复杂的细胞杀伤机制，既有细胞保护作用，又有细胞毒性作用。同样，治疗干预可以引起自噬在癌细胞中诱导化疗增敏和耐药性。最近，lncRNA在调节自噬中的作用也浮出水面。因此，lncRNA可以在癌症治疗中使用，通过靶向自噬轴来缓解化疗耐药性的挑战。在本章中，我们讨论lncRNA在自噬介导的癌症药物耐药性中的作用以及其在靶向癌症治疗中的意义。版权所有 © 2023. Elsevier Inc.出版。

目前，采用标准治疗化疗、放疗和/或免疫疗法治疗实体肿瘤通常受到严重的不良毒副作用的限制，导致治疗指数较窄。癌症基因治疗代表着一种有针对性的方法，原则上可以显著减少正常组织中的不良副作用，同时显著抑制肿瘤的生长和进展。为了达到有效的效果，这种策略需要对肿瘤发展和进化的分子生物学有清晰的理解，并且需要开发可以作为靶向癌细胞载体的生物向量。组学技术的出现和优化，允许在定义的复杂生物样品中对基因（基因组学）、mRNA（转录组学）、蛋白质（蛋白质组学）、代谢物（代谢组学）、表观基因组学（表观遗传学、表观转录组学和表观蛋白质组学）及其相互作用进行集体和空间的识别，为确定癌症范式相关的关键靶点提供了一条路线。将这些策略与控制靶基因表达的已确定的遗传元素相结合，揭示了为癌症开发有指导性的基因治疗提供重要机会。本综述的目的是概述开发基因启动子导向的靶向表达关键基因的当前状态和潜在限制，并强调它们在癌症基因治疗中的潜在应用。版权所有 © 2023。由Elsevier Inc.发表。

视网膜母细胞瘤抑癌蛋白（RB）与多种表观遗传修饰酶发生物理和功能性相互作用，以控制转录调节、应对复制压力、促进DNA损伤应答和修复，并调节基因组稳定性。为了更好地了解RB功能障碍如何影响基因组稳定性的表观遗传调控，并确定这些变化是否代表了RB缺失癌细胞可利用的弱点，我们进行了基于成像的筛选，以识别促进DNA损伤并削弱RB缺失细胞存活能力的表观遗传抑制剂。我们发现，单纯RB缺失导致复制依赖性多聚腺苷二磷酸核糖化（PARylation）水平升高，并且通过捕获PARP酶在染色质上从而阻止PARylation使RB缺失细胞在有未解决复制压力的情况下进入有丝分裂。这些缺陷导致DNA损伤水平升高和细胞存活能力下降。我们证明了这种敏感性在针对PARP1和PARP2的一系列药物中是保守的，并且可以通过RB蛋白的再表达来抑制。综上所述，这些数据表明，针对PARP1和PARP2的药物可能在治疗RB缺失癌症中具有临床相关性。（2023年Zamalloa等人）

慢性感染和癌症通过诱导T细胞衰竭的机制逃避宿主免疫系统，表现出异质性。衰竭的CD8+ T细胞群体中Tpex和Tex细胞的存在揭示了干细胞样祖细胞和终末衰竭性维持发育的重要性，然而其发育机制目前尚不完全了解。在本研究中，我们报道了高流动群组盒2 (HMGB2) 蛋白对衰竭的CD8+ T细胞表达上调并持续，以及HMGB2表达对其分化的关键性。通过表观遗传和转录编程，我们确定了HMGB2作为Tpex细胞分化和维持的细胞内调节因子，在慢性病毒感染和肿瘤中发挥作用。尽管Hmgb2-/- CD8+ T细胞表达TCF-1和TOX，这些主要调控因子却无法维持Tpex细胞在持续抗原刺激下的分化和长期存活。此外，在急性病毒感染后，HMGB2也在记忆CD8+ T细胞的分化和功能中起到细胞内调节作用。我们的研究结果表明，HMGB2是CD8+ T细胞的关键调节因子，可能是未来T细胞免疫疗法的重要分子靶点。© 2023. Springer Nature Limited.

蛋白质二硫酸异构酶（PDI）及其超家族主要是内质网（ER）定位的蛋白质，通过巯基氧化/还原循环、分子伴侣作用和客体蛋白质异构化等方式维持细胞内稳态，具有维持细胞内稳态的重要作用。由于PDI在ER稳态中的重要性，其上调有助于细胞存活，且在多种癌症类型中都有发现。尽管尚不完全了解PDI对肿瘤发生的重要性，但它正逐渐成为癌症治疗的新靶点。在过去的十年中，已经研发和商业化了一些PDI抑制剂，但尚未获得临床使用的批准。在本综述中，我们讨论了ER中PDI的特性和氧化还原调节，并概述了过去5年来有关PDI抑制剂的研究进展。版权所有© 2023 Elsevier Inc. 发表。

这是一项第二期临床试验，研究姜黄素、胡椒素和牛磺酸（CPT）联合对肝细胞癌（HCC）的免疫疗效。招募了26例年龄在50-80岁之间的HCC患者，每日给予5克姜黄素、50毫克胡椒素和500毫克牛磺酸，分为三次服用，连续三个月。这三种成分（CPT）一起制成一粒胶囊。每个月（周期）对患者进行评估，检测血浆中CD4、CD8、CD25、白细胞介素-2（IL-2）、白细胞介素-6（IL-6）、白细胞介素-12（IL-12）、干扰素-γ（IFN-γ）、乳酸脱氢酶（LDH）、血管内皮生长因子（VEGF）、FOXP3 mRNA和miRNA 21的水平。与基线水平相比，第二和第三周期后血浆中CD4和CD8的水平显著增加，CD25的水平显著降低（P < 0.001）。CPT给药后，IL-2、IL-12和IFN-γ的血浆水平显著增加（P = 0.001，P = 0.006，P = 0.029），而IL-6、VEGF-α、LDH和α-胎蛋白（AFP）的水平显著降低（P < 0.001，P < 0.001，P = 0.020，P = 0.004）。miRNA-21的表达水平在CPT给药后显著降低（分别为5.5±0.88，4.1±0.78，3±0.75和2.5±0.76，P < 0.001）。尽管每个周期后FOXP3的表达有明显下降，但并未达到显著水平（分别为5.3±0.8，4.2±0.76，3.2±0.67和2.5±0.79，P=0.184）。CPT可能在HCC患者中展示出潜在的免疫激活作用。该试验已于2021年1月5日在国家肝病与热带医学研究所（NHTMRI）注册，注册号为NHTMRI-IRB 2-21。© 2023. Springer Science+Business Media, LLC.

虽然高剂量的多药化疗已经提高了白血病的存活率，但高危亚型的治疗结果仍然不佳，包括婴儿急性髓系白血病（AML）和急性淋巴细胞白血病（ALL）。因此，为这些患者开发新的更有效的治疗方案是迫切而未满足的临床需求。我们对AML和MLL重排前体B细胞ALL（婴儿ALL）细胞系进行了MRX-2843和BCL-2家族蛋白抑制剂的高通量筛选。建立了一个神经网络模型来correlation ratiometric药物协同作用和靶基因表达。将药物装载到脂质体纳米载体中，评估原发AML细胞的响应。 MRX-2843与venetoclax协同作用，可以在体外减少AML细胞密度。基于药物暴露和靶基因表达的神经网络分类器能够准确预测AML中药物的协同作用和生长抑制。组合单价脂质体药物制剂可以在细胞内提供定义的药物比例，并重新表现出药物的协同作用。在一组基因型多样的原发AML骨髓标本中，协同反应的幅度和频率得以保持和提高。 我们开发了一种纳米尺度的组合药物制剂，利用MERTK酪氨酸激酶的异位表达和对BCL-2家族蛋白的依赖来实现对儿童AML和婴儿ALL细胞的存活的杀伤。我们通过组合药物筛选和纳米尺度制剂的系统性且可推广的方法，证明了在AML中的比例药物传递和协同的细胞杀伤，该结果未来可以扩展到其他药物对或疾病。© 2023。作者许可下，由Springer Science+Business Media，LLC，陆续一部分Springer Nature发表。

宫颈癌日益成为新型冠状病毒病-2019（COVID-19）易感性增强的潜在靶点，导致生存率受损。尽管存在这一关键联系，但治疗宫颈癌/COVID-19有效的干预措施仍然有限。槲皮素因对癌症和病毒感染的有效性而闻名，被视为一种有希望的治疗药物。本研究旨在阐明槲皮素的抗宫颈癌/COVID-19机制和潜在靶点。我们首先使用来自癌症基因组图谱（TCGA）和基因型-组织表达（GTEx）的宫颈癌转录组数据进行差异基因表达分析，重点关注与COVID-19相关基因的交集。我们采用网络药理学方法鉴定了宫颈癌/COVID-19差异基因和槲皮素共有的靶点。随后，我们采用Cox比例风险模型根据这些基因建立了一个风险评分。我们还应用分子对接技术预测了槲皮素在缓解宫颈癌和COVID-19方面的治疗靶点和机制。 我们的研究发现了45个具有抗宫颈癌/COVID-19作用的潜在靶点。基因本体论（GO）和基因组学巴黎百科全书（KEGG）分析强调了免疫途径和COVID-19相关途径的重要富集。由PLA2G7、TNF、TYK2、F2和NRP1构成的改进后的风险评分模型有效地将宫颈癌患者分为不同的风险组别。重要的是，分子对接分析揭示了槲皮素与冠状病毒主要蛋白酶之间的显著结合亲和力。 总而言之，我们的研究表明槲皮素有望成为缓解新型冠状病毒功能的潜在治疗药物，尤其是通过其与主要蛋白酶的相互作用。本研究为探索COVID-19易感性和提高宫颈癌患者生存率提供了新的见解。© 2023年。Springer Science+Business Media, LLC.