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EBioMedicine
2024 Oct 16
FamingZhao,TingtingZ...
Integrated single-cell transcriptomic analyses identify a novel lineage plasticity-related cancer cell type involved in prostate cancer progression.
EBioMedicine
癌细胞可塑性是肿瘤细胞在微环境压力下改变其身份并获得新生物学特性的能力。在前列腺癌(PCa)中,谱系可塑性常常导致治疗抵抗和向神经内分泌(NE)谱系的转分化。然而,识别具有谱系可塑性相关状态的癌细胞仍然具有挑战性。基于 13 个多中心人类 PCa 批量转录组队列(样本 = 3314)和来自 PCa 实验模型的 9 个批量转录组数据集,我们建立了一个集成的谱系可塑性相关状态的癌细胞。基因签名,称为 LPSig。利用该基因特征,应用 AUCell 富集分析从我们组装的综合单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 元图谱中识别出具有高谱系可塑性的细胞群,该图谱由 10 个公共人类 PCa scRNA-seq 组成数据集(样本 = 93,单元格 = 222,529)。此外,还采用了人类 PCa 的额外 scRNA-seq 数据集、人类 PCa 组织的多重免疫组织化学染色、体外和体内功能实验以及 qPCR 和蛋白质印迹分析来验证我们的发现。我们发现 LPSig 可以精细地捕获整个 PCa 进展过程中肿瘤谱系可塑性的动态变化,准确估计谱系可塑性的状态。基于 LPSig,我们从本研究组装的人类 PCa scRNA-seq 元图谱中鉴定出了先前未定义的少数谱系可塑性相关 PCa 细胞 (LPC) 群体。此外,深入剖析揭示了 LPC 在转分化、肿瘤复发和 PCa 进展期间患者生存率低下的关键作用。此外,我们确定 HMMR 作为 LPC 的代表性细胞表面标记物,并使用额外的 scRNA-seq 数据集和多重免疫组织化学对其进行了验证。此外,HMMR 在转录上受到雄激素受体 (AR) 的抑制,并且是侵袭性腺癌特征和 NE 表型所必需的。我们的研究发现了一个新的谱系可塑性相关细胞群,具有低 AR 活性、干性样特征和升高的 HMMR表达,可能会导致 PCa 预后不良。这项工作得到了国家重点研发项目的支持
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GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS
2024 Oct 05
UnathiAlbertinahTsho...
The Role of Trace Metals in the Development and Progression of Prostate Cancer.
GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS
多年来,前列腺癌(PCa)研究引起了人们的极大兴趣,而微量金属由于与前列腺癌的发生和进展相关而引起了广泛关注。 PCa 的病因很复杂,与遗传、环境和生活方式因素有关。近年来,锌(Zn)、汞(Hg)、硒(Se)、铅(Pb)、镉(Cd)、锰(Mn)、砷(As)和镍(Ni)等微量金属引起了广泛关注。多年来,人们怀疑它们通过对前列腺癌组学(基因组学、表观遗传学、蛋白质组学和转录组学)的影响与癌症风险和进展的调节有直接联系。这导致它们成为这方面广泛研究的主题。在这篇综述中,我们探讨了微量金属的影响,并通过整合最新文献的发现,对微量金属如何在分子水平上影响前列腺癌生物学的现有知识进行了全面分析,以帮助为未来研究提出可能的方向。
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GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS
2024 Sep 26
AymanReffai,Michelle...
A Proteomic Analysis of Nasopharyngeal Carcinoma in a Moroccan Subpopulation.
GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS
鼻咽癌(NPC)是一种独特的头颈部癌症,在东南亚和北非非常流行。尽管已经对环境和遗传因素进行了广泛的分析,但人们对这种疾病的蛋白质组知之甚少。对福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 组织进行蛋白质组学分析可以提供有关蛋白质表达和分子模式的宝贵信息,从而增进我们对疾病的了解和生物标志物的发现。迄今为止,进行的鼻咽癌蛋白质组学研究很少,且没有针对摩洛哥和北非患者的研究。使用无标记液相色谱-串联质谱 (LC-MS/MS) 对 FFPE 组织样本进行蛋白质组分析来自摩洛哥和北非起源的 41 个 NPC 肿瘤样本队列。使用 MaxQuant 2.4.2.0 与 21 名健康对照者一起分析了该队列的 LC-MS/MS 数据。使用 R 中的 MSstats 软件包进行差异表达分析。使用 DAVID 生物信息学工具进行基因本体论 (GO) 和京都基因和基因组百科全书 (KEGG) 功能注释。在我们的鼻咽癌病例中鉴定出 3341 个蛋白质,揭示了三个主要集群和五个具有预后意义的 DEP。从蛋白质组学的角度研究了NPC的性别差异,其中男性和女性之间发现了59个DEP,其中与免疫反应和基因表达相关的术语显着丰富。此外,在早期和晚期 NPC 患者之间观察到 26 个 DEP,其中有一个与免疫反应相关的显着簇,表明 IGHA、IGKC 和 VAT1 等 DEP 上调。在这两个数据集中,对 NPC 患者和健康对照之间的 6532 种蛋白质进行了定量。其中,观察到1507个差异表达蛋白(DEP)。 GO 和 KEGG 通路分析显示与细胞活性增加、细胞增殖和存活相关的 DEP 术语丰富。研究发现,PI3K 和 MAPK 蛋白以及 RAC1、BCL2 和 PPIA 在癌症组织和健康对照之间过度表达。 EBV 感染也是富集途径之一,涉及其 LMP1 和 LMP2 等潜在基因,这些基因激活多种蛋白质和信号通路,包括 NF-Kappa B、MAPK 和 JAK-STAT 通路。我们的研究结果首次揭示了 NPC 的蛋白质组学景观在摩洛哥人口中。这些研究还可以为识别潜在的生物标志物提供基础。仍需要进一步的研究来帮助开发摩洛哥和北非人群鼻咽癌早期诊断和治疗的工具。
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JAMA Oncology
2024 Sep 12
PaoloTarantino,Gabri...
Heterogeneity of Residual Disease After Neoadjuvant Systemic Therapy in Breast Cancer: A Review.
JAMA Oncology
在过去的20年里,早期乳腺癌的全身治疗已逐渐从辅助治疗转向新辅助治疗。手术前进行全身治疗可能会改善手术结果,并可以评估对治疗的病理反应。对于残留病灶 (RD) 的患者,3 种辅助策略已被证明可以改善预后:(1) 曲妥珠单抗 emtansine 辅助治疗 ERBB2 阳性疾病,(2) 卡培他滨辅助治疗三阴性疾病,(3) 奥拉帕尼辅助治疗具有种系 BRCA 变异。此外,研究正在新辅助治疗后测试新药。鉴于根据对术前全身治疗的反应定制辅助治疗的潜力,认识到新辅助治疗反应的复杂性并超越 RD 与经历病理完全反应的二元范式变得越来越有必要。 -ERBB2酪氨酸激酶抑制剂和免疫检查点抑制剂正在3期试验中作为新辅助治疗后RD患者的额外救援选择进行评估。与此同时,通过引入残余癌症负担,RD 的预后作用得到了改善。此外,RD 的基因组景观被发现与长期预后相关,通过肿瘤浸润淋巴细胞的存在评估该疾病的免疫背景也是如此。最后,循环肿瘤 DNA 的动态变化可能有助于通过了解哪些患者具有可检测到的最小 RD 来进一步改善预后。在新辅助治疗后,逐步升级的辅助治疗已导致乳腺癌和 RD 患者的生存率得到有意义的改善。揭示 RD 的解剖学和生物学复杂性将有助于提高新辅助治疗后的精确度,超越 RD 与病理完全反应的二元范式,在辅助环境中采取更有针对性的救援策略。
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JAMA Oncology
2024 Sep 19
NaifeiChen,ChengfeiP...
Chimeric Antigen Receptor T Cells Targeting CD19 and GCC in Metastatic Colorectal Cancer: A Nonrandomized Clinical Trial.
JAMA Oncology
嵌合抗原受体 (CAR) T 细胞疗法 (CART) 改变了血液癌症的治疗格局,但对成人实体癌的影响可以忽略不计。在这项试验中,自体 CAR T 细胞产品在经过大量预处理的转移性结直肠癌 (mCRC) 患者中表现出抗肿瘤活性。 评估鸟苷酸环化酶-C (GCC19) CART 在转移性结直肠癌 (mCRC) 参与者中的安全性和有效性.这项单臂、非随机、1期试验于2020年12月3日至2022年4月13日在吉林大学第一医院进行。数据分析于2022年5月至2024年4月进行。表达复发和难治性mCRC的成人GCC 使用 GCC19CART 进行治疗,GCC19CART 是一种用慢病毒载体转导的自体 CAR T 细胞混合物,表达编码 CD-19 CAR 或 GCC CAR 的基因。针对没有治疗选择的转移性结直肠癌患者,针对 GCC 的 CAR T 细胞疗法的安全性和耐受性是能够的赋予临床获益的合理可能性。其他结果包括客观缓解率、无进展生存期、总生存期和免疫激活。15 名患者中,9 名(60%)为女性,中位(范围)年龄为 44(33-61)岁。在大多数患者中,GCC19CART 治疗与细胞因子释放综合征和腹泻的发生有关,所有这些都是自限性且可控制的。客观缓解率为 40%,接受 1 × 106 细胞/kg 或 2 × 106 细胞/kg 治疗的患者中,8 例中有 2 例出现部分缓解,7 例中有 4 例出现部分缓解。数据截止时,中位总生存期为 22.8 个月(95% CI,13.4-26.1);高剂量组的中位无进展生存期为 6.0 个月(95% CI,3.0 至不可用)。 这项非随机临床试验的结果表明,GCC19CART 在接受过多次治疗的 mCRC 患者中是安全且可耐受的,并且是第一个CAR T 细胞疗法已知可在难治性癌症中产生客观的临床活性。鉴于近几十年来针对结直肠癌开发的有效疗法匮乏,观察到 CD-19 CART 靶点参与可以强有力地诱导 GCC19CART 靶点参与,足以产生客观活性,这可以作为开发 mCRC 和其他实体癌有效细胞疗法的基础.中国临床试验注册中心:ChiCTR2000040645。
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JAMA Oncology
2024 Sep 19
AnandSwaminath,Samee...
Stereotactic vs Hypofractionated Radiotherapy for Inoperable Stage I Non-Small Cell Lung Cancer: The LUSTRE Phase 3 Randomized Clinical Trial.
JAMA Oncology
立体定向全身放射治疗 (SBRT) 广泛用于治疗 I 期无法手术的非小细胞肺癌 (NSCLC),但随机临床试验 (RCT) 的结果各不相同,并且对治疗中心位置肿瘤的担忧仍然存在。 检验 SBRT 是否会改善局部肿瘤对照 (LC) 与大分割传统放疗 (CRT) 进行比较。这项 3 期随机对照试验在加拿大 16 个中心进行。医学上无法手术的 I 期 (≤5 cm) NSCLC 患者以 2:1 的比例随机分配至 48 Gy 的 SBRT(4 次周围型 NSCLC)或 60 Gy 的 8 次(中心性 NSCLC)与 60 Gy 的 CRT(15 次)。收集2014年5月至2020年1月的数据,分析2022年7月至2023年7月的数据。SBRT或CRT。主要目的是确定SBRT与基于LC的3年CRT相比的有效性。次要结局包括无事件生存期、总生存期和毒性反应。所有辐射计划均需接受实时/最终审查。地方性的失败由中央裁决。该研究旨在检测 SBRT 的 3 年 LC 改善率从 75% 提高到 87.5%。目标样本量为 324 名患者。在 233 名患者中,119 名(51.1%)为男性,平均(SD)年龄为 75.4(7.7)岁;中位随访时间 (IQR) 为 36.1 (26.4-52.8) 个月。共有 154 名患者接受了 SBRT,79 名患者接受了 CRT。 SBRT 的 3 年 LC 为 87.6%(95% CI,81.9%-93.4%),CRT 的 3 年 LC 为 81.2%(95% CI,71.9%-90.5%)(风险比 [HR],0.61;95% CI, 0.31-1.20;P = .15)。无事件生存的 HR 为 1.02(95% CI,0.72-1.45;P = .87),总生存的 HR 为 1.18(95% CI,0.80-1.76;P = .40)。观察到最小的急性毒性作用。在随机接受 SBRT 的患者中,45 例中心性 NSCLC 患者中有 5 例(11%)发生晚期 3 级或 4 级毒性反应,109 例周围型 NSCLC 患者中有 2 例(1.8%)发生晚期 3 级或 4 级毒性反应;在随机接受 CRT 的患者中,19 例中的 1 例 (5%) 患有中心性 NSCLC,60 例中的 1 例 (2%) 患有周围性 NSCLC。一名因超中心病变(目标与近端支气管重叠)接受 SBRT 的患者可能出现了与治疗相关的 5 级事件(咯血)。该 RCT 将肺部 SBRT 与包括中心/超中心肿瘤的大分割 CRT 进行了比较。各组之间的 LC 没有检测到差异。严重毒性作用有限,包括患有中央肿瘤的患者。该试验提供了评估 SBRT 的重要前瞻性数据;然而,对于外周和中枢性 NSCLC,SBRT 是否比 CRT 更有效,还需要进一步研究。ClinicalTrials.gov 标识符:NCT03924869。
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JAMA Oncology
2024 Sep 19
RandyFSweis,PabloGaj...
Rogaratinib Plus Atezolizumab in Cisplatin-Ineligible Patients With FGFR RNA-Overexpressing Urothelial Cancer: The FORT-2 Phase 1b Nonrandomized Clinical Trial.
JAMA Oncology
口服泛成纤维细胞生长因子受体抑制剂罗加替尼此前在一项针对过表达 FGFR 信使 RNA (mRNA) 的尿路上皮癌 (UC) 患者的 1 期研究中证明了令人鼓舞的安全性和有效性。与程序性细胞死亡 1 配体 1 (PD-L1) 抑制剂 atezolizumab 联合治疗不适合接受顺铂治疗的 FGFR mRNA 阳性、局部晚期/转移性 UC 患者。 FORT-2 非随机临床试验是一项开放标签、单组、该多中心研究于 2018 年 5 月 15 日至 2021 年 7 月 16 日期间在亚洲、欧洲和北美的 30 个中心进行。符合条件的患者患有局部晚期/转移性 UC,且 FGFR1/3 mRNA 过度表达,并且不适合接受基于顺铂的化疗。数据分析于2022年7月至2022年9月完成。患者接受罗加替尼600毫克或罗加替尼800毫克,每天两次,联合静脉注射阿替利珠单抗1200毫克,每21天一次。主要终点包括安全性、耐受性和推荐的2期剂量(RP2D) )罗加替尼联合atezolizumab。在筛选的153名患者中,73名(48%)患有FGFR1/3 mRNA过表达的肿瘤,37名患者入组并接受治疗(中位年龄[范围],75.0 [47.0-85.0]岁;32 [87%] 男性)。最常见的治疗中出现的不良事件 (TEAE) 包括 23 名患者 (62%) 的腹泻、19 名患者 (51%) 的高磷血症和 15 名患者 (41%) 的疲劳。 27 名患者 (73%) 报告了 3 级或以上 TEAE,报告了 4 名 5 级 TEAE,但与治疗无关。 RP2D 为 rogaratinib 600 mg 与 atezolizumab 1200 mg 组合。在 RP2D 时,罗加替尼 600 mg 组的总体缓解率为 53.8%,其中 4 名患者(15%)获得完全缓解; 12 名应答者 (86%) 没有 FGFR3 基因改变,11 名应答者 (79%) 的 PD-L1 表达较低。 在这项 1b 期非随机临床试验中,罗加替尼加阿特珠单抗表现出可控的安全性,没有出现意外的安全信号。在低 PD-L1 肿瘤中观察到这种组合在 RP2D 上的功效,并且不依赖于 FGFR3 基因改变,这表明对局部晚期/转移性 UC 和 FGFR mRNA 过表达的患者具有广泛的潜在益处。ClinicalTrials.gov 标识符:NCT03473756。
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JAMA Oncology
2024 Sep 26
SoyoungKwak,ChanWang...
Oral Microbiome and Subsequent Risk of Head and Neck Squamous Cell Cancer.
JAMA Oncology
口腔微生物群可能与头颈鳞状细胞癌 (HNSCC) 的发生有关,但目前的证据很大程度上仅限于细菌 16S 扩增子测序或小型回顾性病例对照研究。 旨在测试口腔细菌和真菌微生物群是否与后续发生相关在 3 个流行病学队列、美国癌症协会癌症预防研究 II 营养队列、前列腺癌、肺癌、结直肠癌和卵巢癌筛查试验以及南方社区队列中提供口腔样本的参与者中进行前瞻性巢式病例对照研究学习。在平均 (SD) 5.1 (3.6) 年的随访期间,确定了 236 名预期发展为 HNSCC 的患者。根据队列、年龄、性别、种族和民族以及自口腔样本采集以来的时间进行 2:1 频率匹配,选择保持无 HNSCC 的对照参与者。数据分析于 2023 年进行。使用全基因组鸟枪法测序表征口腔细菌微生物组,使用内转录间隔区测序表征口腔真菌微生物组。通过分析微生物组的组成并进行偏差校正,评估细菌和真菌类群与 HNSCC 的关联。通过逻辑回归测试与红色和橙色口腔病原体复合物的关联。 HNSCC 风险的微生物风险评分是根据风险相关微生物群计算得出的。主要结局是 HNSCC 发病率。该研究纳入了 236 名 HNSCC 病例参与者,平均年龄 (SD) 为 60.9 (9.5) 岁,平均年龄为 24.6% 为女性。 5.1(3.6)年的随访,以及 485 名匹配的对照参与者。基线时的总体微生物组多样性与随后的 HNSCC 风险无关;然而,13 种口腔细菌被发现与 HNSCC 的发展存在差异相关。这些物种包括新发现的唾液普雷沃氏菌、血链球菌和纤毛菌属物种,以及属于β和γ变形菌纲的几种物种。红色/橙色牙周病原体复合体与 HNSCC 风险中度相关(比值比,1.06/1 SD;95% CI,1.00-1.12)。微生物风险评分(根据 22 种细菌创建)增加 1-SD 与 HNSCC 风险增加 50% 相关(多变量比值比,1.50;95% CI,1.21-1.85)。没有发现与 HNSCC 风险相关的真菌类群。这项病例对照研究提供了令人信服的证据,表明口腔细菌是 HNSCC 发展的危险因素。已鉴定的细菌和细菌复合物以及其他危险因素有望识别高危个体,以个性化预防 HNSCC。
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JAMA Oncology
2024 Sep 26
ChiLeungChiang,Kenne...
Complete Response to Locoregional Therapy Plus Immunotherapy for Hepatocellular Carcinoma.
JAMA Oncology
既往研究表明,42%至50%的局部晚期肝细胞癌(HCC)患者在联合局部治疗(LRT)加免疫治疗(IO)后达到完全缓解(CR)。然而,缺乏关于 CR 预测因素以及无需手术和停止 IO 后长期临床结果的数据。为了评估 LRT-IO 后达到 CR 并进行观察的不可切除 HCC 患者的长期临床结果,该队列研究包括 2018 年 1 月至 2022 年 12 月期间在 2 项前瞻性研究中 LRT-IO 后达到 CR 的不可切除 HCC 患者。数据截止时间为 2023 年 6 月。放射学 CR 是根据修订后的疗效评估标准定义的实体瘤。所有患者在 CR 后均接受密切监测,无需手术干预,并停止 IO。所有患者均接受立体定向全身放疗,随后接受抗程序性细胞死亡蛋白 1 或抗程序性死亡配体 1 治疗。 49 名患者在立体定向放射治疗前接受了一剂经动脉化疗栓塞治疗。主要结局是 3 年总生存 (OS) 率。次要结局包括 3 年进展时间、3 年局部控制率和复发模式。使用多变量分析对与 CR 相关的因素进行分析。 共有 63 名患者入组(58 名男性 [92.1%];中位年龄,69 岁[范围,18-90 岁]); 38例(60.3%)患者有大血管侵犯,肿瘤中位直径为10 cm(范围3.8-31.1 cm)。中位随访时间为 34.7 个月(95% CI,6.5-64.6 个月)。 29 例患者 (46.0%) 达到 CR。达到 CR 的患者的 3 年 OS 率明显优于未达到 CR 的患者(75.5% [95% CI, 58.2%-98.3%] vs 28.1% [95% CI, 7.4%-29.4%];P < 。 001)。 29例CR患者中,3年疾病进展率为58.7%(95% CI,38.7%-79.1%),3年局部控制率为90.5%(95% CI,78.2%- 100%)。 10 名患者(34.5%)出现复发;其中,孤立性肝内疾病复发6例(60.0%)接受了根治性手术治疗。不存在肿瘤血管侵犯(比值比,0.30;95% CI,0.10-0.89)和最大病变直径总和为 8 cm 或更小(比值比,0.26;95% CI,0.07-0.98)与CR. 这项 LRT-IO 队列研究及长期随访数据发现,局部晚期不可切除 HCC 患者有持久缓解。放射学 CR 患者可以获得长期生存。有必要进行进一步的随机临床试验。
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JAMA Oncology
2024 Oct 03
JonathanMLoree,David...
Biomarkers to Inform Prognosis and Treatment for Unresectable or Metastatic GEP-NENs.
JAMA Oncology
晚期胃肠胰神经内分泌肿瘤 (GEP-NEN) 的循证治疗决策需要以患者为中心的个体化决策,考虑患者和癌症特征。创建一份易于理解的指导文件,向临床医生和患者提供有关生物标志物的教育,为不可切除的患者提供预后和治疗信息或转移性 GEP-NEN。召开了多学科小组现场研讨会来定义方法。我们回顾了 2016 年 1 月至 2023 年 1 月在 PubMed (MEDLINE) 上发表的英文文章和相关会议摘要,以研究不可切除或转移性 GEP-NEN 的预后和治疗信息特征。纳入研究的数据用于形成基于证据的建议。证据的质量和建议的强度是使用建议分级、评估、制定和评价框架来确定的。采用改进的德尔菲法通过电子调查达成共识。共鉴定出 131 篇出版物,其中包括 8 篇系统评价和荟萃分析、6 篇随机临床试验、29 篇前瞻性研究和 88 篇回顾性队列研究。经过两轮调查,制定了 24 条建议和 5 条良好临床实践声明,并得到了小组成员的充分共识。建议重点关注肿瘤和功能成像特征、血液生物标志物和类癌性心脏病。针对有症状的类癌综合征提出了一项强烈建议,为中肠神经内分泌肿瘤的治疗提供依据。有条件地建议使用分级、形态、原发部位和尿 5-羟基吲哚乙酸水平来指导治疗。该指导文件得到了英联邦神经内分泌肿瘤合作组织和北美神经内分泌肿瘤协会的认可。研究结果表明,选定的因素有足够的证据为 GEP-NEN 的护理提供信息,但大多数生物标志物的证据薄弱。本文可能有助于指导管理并确定未来研究的差距,以推进个性化医疗并改善 GEP-NEN 患者的治疗结果。
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