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肿瘤
Epigenetics & Chromatin
2023 Sep 15
Jong-HwanKim,SeonJuM...
Integrative analysis of single-cell RNA-seq and ATAC-seq reveals heterogeneity of induced pluripotent stem cell-derived hepatic organoids.
Epigenetics & Chromatin
为了对器官结节的转录组和表观遗传组获得更深入的见解，我们对两种状态的肝脏结节（可扩展和更加分化）进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）分析。在分化的肝细胞中，线粒体基因表达较非分化肝细胞更高，ATAC-seq峰值在线粒体控制区域周围增加。肝脏结节的分化导致转录因子表达的增强和抑制作为诱导剂。此外，调节胎儿结蛋白（AFP）和白蛋白（ALB）表达的表观遗传机制在肝脏结节和成人肝脏中有所不同。下调胰腺发育的必需转录因子PDX1通过调节AFP和ALB表达促进了肝脏结节的肝分化。这种对肝脏结节转录组和表观遗传组的细胞水平整合分析有助于更好地了解肝脏发育期间的调控网络，并进一步发展成熟的体外人体肝模型。© 2023 作者。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Dec
ÓscarRapado-González...
Liquid biopsies based on cell-free DNA as a potential biomarker in head and neck cancer.
Epigenetics & Chromatin
在“精准医学”的时代，基于细胞外游离DNA（cfDNA）的液体活检已经成为肿瘤学领域的一种有前景的工具。来自癌症患者的cfDNA是来自健康、癌症和肿瘤微环境细胞的肿瘤（ctDNA）和非肿瘤DNA的混合物。细胞凋亡、坏死和细胞外囊泡的主要机制是cfDNA释放到生理体液中。专注于头颈部癌症（HNC），可以确定两种主要类型的cfDNA：循环cfDNA（ccfDNA）和唾液cfDNA（scfDNA）。大量研究已经报道了cfDNA分析作为HNC潜在诊断、预后和监测生物标志物的潜力。因此，ctDNA已经成为一种吸引人的策略，用于检测特异性癌症遗传和表观遗传改变，包括DNA体细胞突变和DNA甲基化模式。本综述旨在概述最新的研究，评估总cfDNA分析、cfDNA片段长度和ctDNA分析在HNC患者中在DNA突变和甲基化水平上的价值。© 2023作者们
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Epigenetics & Chromatin
2023 Sep 08
NajmehBozorgmehr,Hus...
Transcriptomic profiling of peripheral blood cells in HPV-associated carcinoma patients receiving combined valproic acid and avelumab.
Epigenetics & Chromatin
人乳头瘤病毒（HPV）相关的癌症通过促进抑制性肿瘤微环境继续逃避免疫系统的攻击。因此，免疫治疗似乎是一种有前途的方法来针对HPV相关的肿瘤。我们假设作为一个表观遗传剂的丙戊酸（VA）与阿维鲁马布的联合可以增强HPV相关实体肿瘤的抗肿瘤免疫。我们在七个非响应者（NRs）和四个响应者（Rs）的全外周血单个核细胞（PBMCs）上进行了总体RNA测序（RNA-seq）。共分析了39个样本（如术前、VA后、阿维鲁马布后和末期）。此外，我们对血浆分析物进行了量化，并进行了流式细胞术。我们观察到，在NRs与Rs中，VA和/或avelumab治疗后，免疫反应的差异模式。与NRs中髓源性抑制细胞特征相关的主要中性粒细胞外陷阱（NETs）形成和中性粒细胞脱颗粒途径相关联的转录本的显著上调。我们注意到IL-8 / IL-18细胞因子的升高和NRs基线和末期的明显转录组特征。通过使用接受者操作特征，我们确定了血浆IL-8 / IL-18的临界值，用以区分NRs和Rs。我们发现VA和avelumab在NRs与Rs中的治疗效果有差异。因此，我们的结果暗示测量血浆IL-8 / IL-18和PBMCs的总体RNA测序可能作为有价值的生物标志物，以预测免疫治疗的结果。本文受版权保护。保留所有权利。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Sep 08
GuangyanSun,GuyJLecl...
AAMPK associates with chromatin and phosphorylates the TAF-1 subunit of the transcription initiation complex to regulate histone gene expression in ALL cells.
Epigenetics & Chromatin
复发/难治性急性淋巴细胞白血病（ALL）的生存率仍然很低。我们和其他人已经报道了ALL细胞对通过AMP激活蛋白激酶（AMPK）介导的能量/内质网应激条件的敏感性。为了确定由AMPKα2直接调控的靶基因，我们在正常和能量/代谢应激条件下，在表达HA-AMPKα2（CN2）的CCRF-CEM（T-ALL）细胞中进行了全基因组RNA-seq和ChIP-seq。CN2细胞在代谢应激条件下显示出明显改变的AMPKα2基因组结合和转录组表达谱，包括降低的组蛋白基因表达。蛋白质组学分析和体外激酶测定确定了TATA-盒结合蛋白相关因子1（TAF1）作为一个新的AMPKα2底物，该底物在能量/代谢应激条件下下调组蛋白基因转录。沉默和敲除研究表明，AMPKα2和TAF1都是组蛋白基因表达所需的。机制上，激活后，AMPKα2在Ser-1353位点磷酸化TAF1，从而阻碍TAF1与RNA聚合酶II（Pol II）的相互作用，导致p-AMPKα2/p-TAF1/Pol II染色质结合状态受损，从而抑制转录。这一机制也在原发性ALL细胞和NSG小鼠体内观察到。因此，我们发现了AMPK的非经典功能，即磷酸化TAF1，这两者都是一个被推测与染色质相关的转录复合物的成员，调控组蛋白基因表达等。意义：全面勾画AMPK调控适应性生存反应的蛋白质相互作用组，无论是通过表观遗传基因调控还是其他机制，将有助于理性开发克服ALL和其他癌症中的新生或获得性耐药性的策略。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Sep 08
WenqianXie,PeiliangL...
The prognostic value of lymphatic metastatic size in head and neck squamous cell carcinoma.
Epigenetics & Chromatin
淋巴转移大小已被证实可以预测不同类型的癌症的预后，但不包括位于下咽、口咽和声门上区域等地点的头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）。本研究的目的是评估淋巴转移大小在HNSCC中的预后价值，以指导临床决策。从2008年至2022年，我们中心共有171名被诊断为HNSCC的患者纳入研究。记录和分析了人口统计学数据、临床病理特征和淋巴转移大小，采用Kaplan-Meier方法和Cox回归分析进行分析。在171名患者中，107例为下咽癌，38例为声门癌，26例为口咽癌。淋巴转移大小的中位数为8毫米（范围：0-46毫米）。根据淋巴转移大小，将患者分为三个亚组：I组（0毫米）、II组（≤10毫米）和III组（>10毫米）。Kaplan-Meier分析和log-rank检验显示，I组和II组在局部区域控制率、远处转移自由概率、无病生存和总生存方面的表现相似（所有p值均大于0.05），而III组的预后显著较差。调整人口统计学和其他临床病理特征后，淋巴转移大小在HNSCC的无病生存和总生存中是一个独立的预测因子。淋巴转移大小是HNSCC中的一种独立预后因子，可辅助术后辅助治疗决策。© 2023.该作者单独授权予SpringerNature的Springer-Verlag GmbH Germany部分所有权。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Sep 08
BowanHuang,GengzhiWe...
Integrated network pharmacology, bioinformatics, and molecular docking to explore the mechanisms of berberine regulating autophagy in breast cancer.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
黄连素在包括乳腺癌（BRCA）在内的各种恶性肿瘤中展示出抗癌活性。然而，其潜在机制尚不明确。本研究旨在通过网络药理学、生物信息学和分子对接技术，探讨黄连素在BRCA中调节自噬的靶标和可能的机制。黄连素和自噬调节基因的靶标来源于在线数据库，使用癌症基因组图谱数据库识别BRCA的差异表达基因。然后，通过交集获取BRCA中由黄连素调节的自噬调节基因（AMGRBs）。接下来，我们使用检索相互作用基因数据库建立了蛋白质相互作用网络。随后，利用基因本体论和基因组百科全书富集分析探索靶标的生物学功能。此外，进行分子对接实验证实黄连素与靶标的结合能力。最后，为确定AMGRBs在BRCA中的预后价值，我们进行了整体生存分析。我们在BRCA中鉴定了29个AMGRBs，包括CASP3、MTOR、AKT1、GSK3B、PIK3CA等。基因本体论富集分析显示，BRCA中的AMGRBs与自噬调节、降解过程的负调节、巨噬细胞自噬等生物过程相关。基因组百科全书富集分析表明，BRCA中的AMGRBs参与表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂耐药、PI3K/Akt信号通路、JAK-STAT信号通路等。分子对接结果证明黄连素与BRCA中的AMGRBs具有较强的结合亲和力。生存分析显示，ATM、HTR2B、LRRK2、PIK3CA、CDK5和IFNG与BRCA的预后相关。本研究确定了黄连素在BRCA中调节自噬的靶标和途径，有助于更好地理解黄连素在BRCA中的功能，并为进一步研究和黄连素的治疗应用提供了基础和参考。版权所有 © 2023 作者。由 Wolters Kluwer Health, Inc. 出版。
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CLINICAL NUCLEAR MEDICINE
2023 Oct 01
JuliaKTietze,MartinH...
Topical 188Re Ionizing Radiation Therapy Exerts High Efficacy in Curing Nonmelanoma Skin Cancer.
CLINICAL NUCLEAR MEDICINE
非黑色素皮肤癌（NMSC）是最常见的恶性肿瘤。手术干预是常见的治疗方法，但可能导致令人失望的结果，因此需要寻找替代治疗选择。在这项单中心试点研究中，探讨了188Re树脂局部治疗侵袭性NMSC的效果，最大厚度为3毫米。纳入了22名患者，共有40个经组织学确认的NMSC病例，中位病变面积为1.25平方厘米（范围为0.04-16.8平方厘米），中位肿瘤厚度为0.35毫米（范围为0.1-2.1毫米）。患者接受了一次以50 Gray为目标剂量的188Re树脂治疗。中位施加活度为111.4兆贝可（范围为21.0-168.0兆贝可），中位治疗时间为89分钟（范围为38-175分钟）。在治疗后的14天、4个月和12个月评估了治疗反应率、不良事件和美容结果。12个月时的治疗反应率为97.5％，其中95％的病例达到了完全缓解（临床上或者在临床上存在疑问时经组织学确认）。大多数不良事件报告于治疗后的14天，其中20％出现瘙痒症状，12.5％主要为轻微疼痛。49％的病变仅在12个月时出现色素减退情况。41％的病变在美容上优于预期的手术结果，51.3％的病变与手术成功后的结果相当。头部和面部的美容结果优于躯干和下肢（P = 0.003）。188Re树脂是一种对3-mm厚度以内的NMSC极为有效的治疗方法，并且是手术的有效替代选择，特别适用于位于鼻子和耳朵等敏感区域的肿瘤。
版权所有 © 2023 Wolters Kluwer Health, Inc. 保留所有权利。
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CLINICAL NUCLEAR MEDICINE
2023 Oct 01
XiaJi,AishengDong,Ya...
FDG PET/CT in Follicular Dendritic Cell Sarcoma of the Jejunum With Hepatic Metastasis.
CLINICAL NUCLEAR MEDICINE
胃肠道滤泡树突状细胞肉瘤是一种罕见的恶性肿瘤。本文描述了一例具有肝转移的空肠滤泡树突状细胞肉瘤的增强CT和FDG PET/CT结果。原发性空肠肿瘤在增强CT上显示不均匀强化，FDG PET/CT显示强烈的FDG摄取，类似于腺癌或胃肠道间质瘤。肝转移性肿瘤在增强CT上显示低血供，FDG PET/CT显示轻度FDG摄取。该病例提示滤泡树突状细胞肉瘤应该包括在代谢亢进型肠道病变的鉴别诊断中。版权所有 © 2023 Wolters Kluwer Health，Inc. 保留所有权利。
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CLINICAL NUCLEAR MEDICINE
2023 Oct 01
PeiYang,LiuXiao,LinL...
Primary Angiosarcoma of Lumbar Pedicle and Transverse Process Revealed by FDG PET/CT.
CLINICAL NUCLEAR MEDICINE
骨原发性血管肉瘤为罕见疾病，通常发生在长管骨、骨盆和躯干。然而，它在腰椎椎弓根和横突上的发生较少见。因此，我们在一例罕见的腰椎椎弓根和横突原发性血管肉瘤中提供了FDG PET/CT的成像结果。该病例表现为右侧L4椎弓根和横突的孤立性骨溶解，并伴有强烈的FDG摄取。该病例增加了骨原发性血管肉瘤另一个罕见发生部位的认识，当我们在FDG PET/CT上遇到类似的影像外观时，应考虑此疾病作为鉴别诊断。版权所有©2023 Wolters Kluwer Health, Inc. 保留所有权利。
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CLINICAL NUCLEAR MEDICINE
2023 Oct 01
QianZhao,AishengDong...
FDG-Avid Malakoplakia of the Ureter Mimicking Malignancy.
CLINICAL NUCLEAR MEDICINE
马拉科普拉克（malacoplakia）是一种罕见的慢性肉芽肿性疾病，常与大肠杆菌感染相关。我们描述了一例伴有大肠杆菌尿路感染的膀胱和输尿管马拉科普拉克的增强CT和FDG PET/CT结果。增强CT显示在膀胱和左侧输尿管内出现多个强化的壁结节，大小从几毫米到3.1厘米不等。输尿管结节显示出明显增强的FDG摄取，SUVmax值为20.4，组织病理学显示组织细胞、淋巴细胞和浆细胞浸润。版权所有©2023 Wolters Kluwer Health，Inc. 保留所有权利。
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