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Disease Models & Mechanisms
2023 Sep 02

HuQin,AimitajiAbulai...
Integrated machine learning survival framework develops a prognostic model based on inter-crosstalk definition of mitochondrial function and cell death patterns in a large multicenter cohort for lower-grade glioma.
Disease Models & Mechanisms
低级别胶质瘤(LGG)是一种高度异质性的疾病,准确预测患者预后存在挑战。线粒体在真核细胞的能量代谢中起着核心作用,可影响细胞死亡机制,对肿瘤发生和进展至关重要。然而,在LGG中,线粒体功能和细胞死亡的相互作用在预后中的意义需要进一步研究。我们采用稳健的计算框架,在全球六个多中心队列的1467例LGG患者中,调查了线粒体功能与18种细胞死亡模式之间的关系。共收集了10种常用的机器学习算法,随后将其组合为101种独特的组合。最终,我们使用展现最佳性能的机器学习模型设计了线粒体相关的程序性细胞死亡指数(mtPCDI)。mtPCDI通过结合18个具有较大影响力的基因的方式,展现了在LGG患者预后预测中的强大预测性能。生物学上,mtPCDI与免疫和代谢标志物显著相关。高mtPCDI组呈现出富集的代谢通路和增强的免疫活性。特别重要的是,我们的mtPCDI即使在调整潜在混杂因素后,仍保持其作为最强预后指标的地位,超过了已建立的临床模型在预测强度上。我们对稳健机器学习框架的利用突显了mtPCDI在为LGG诊断个体提供个性化风险评估和定制代谢和免疫治疗建议方面的显著潜力。尤其值得注意的是,该签名特征具有具有较大影响力的基因,为未来研究线粒体功能中的细胞程序性死亡的角色提供了进一步前景。© 2023. BioMed Central Ltd., part of Springer Nature.
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Disease Models & Mechanisms
2023 Sep 02

ShiweiSun,YueWang,We...
Development and validation of nomograms to predict survival of primary adrenal lymphoma: a population-based retrospective study.
Disease Models & Mechanisms
尽管当前已知准确评估原发肾上腺淋巴瘤(primary adrenal lymphoma, PAL)患者的总体生存(overall survival, OS)和疾病特定生存(disease-specific survival, DSS)对其预后有影响,但目前尚无稳定且有效的预测模型存在。本研究旨在开发预测模型来评估生存情况。本研究纳入了来自SEER计划的5448名肾上腺肿块患者。采用最小绝对收缩和选择算子回归模型(least absolute shrinkage and selection operator regression model, LASSO)和Fine和Gray模型(Fine and Gray model, FGM)选择影响因素。此外,建立了预测图。使用接受者操作特征曲线和自主抽样方法验证了预测图的区分度和一致性。通过LASSO和FGM选择了PAL生存的独立影响因素,并构建了3个模型:OS模型、DSS模型和FGS模型(通过FGM进行DSS分析)。曲线下面积和决策曲线分析结果表明这些模型是有效的。本研究开发了预测PAL患者OS和DSS的生存预测模型。FGS模型在短期内比DSS模型更准确。总而言之,这些模型应该能够为PAL患者在治疗方式选择和生存评估方面提供益处。© 2023. Springer Nature Limited.
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DIABETES & METABOLISM
2023 Aug 31

Fu-GuiLi,Xin-YueShi,...
Quantitative proteomics based bioactive proteins discovery and quality control of medicinal leeches.
DIABETES & METABOLISM
中药蛲虫,作为传统的中药,具有促进血液循环和祛瘀血的功效,主要用于心血管和脑血管疾病的临床治疗。发现死亡和干燥的药用蛲虫中的活性蛋白或肽是一项具有重要挑战性的任务。本研究的目的是提供基本的蛋白质组学简介,并帮助进一步发现药用蛲虫中的活性蛋白质和质量控制措施,同时为动物药物研究提供洞察力。
从药材市场采集了17批次干燥的药用蛲虫,涵盖了三个物种,通过DNA条形码鉴定确保了其真实性。然后,通过无标记蛋白质组学技术对不同物种的蛲虫进行了蛋白质组学分析,以揭示显著不同的蛋白质。基于生物途径分析筛选出特征性肽段,并使用稳定同位素标记的平行反应监测方法进行绝对定量。
这17批次的蛲虫材料分别为Whitmania pigra Whitman (WP),Whitmania laevis Whitman (WL)和Poecilobdella manillensis Lesson (PM)。共鉴定了1,035种蛋白质(WP 452种,WL 425种,PM 158种)。其中,90种重叠蛋白主要集中在多样化的代谢途径中,并主要定位于细胞质和线粒体内膜,主要与ATP结合、催化活性和结构分子活性等相关。总共鉴定出51种特异性表达的蛋白质(WP 21种,WL 23种,PM 7种),与多个关键信号通路相关,包括Rap1、cGMP-PKG、PI3K-Akt、Wnt和HIF-1等,与心血管疾病、糖尿病、癌症甚至多种神经退行性疾病的治疗相关。选择具有潜在生物活性的三种蛋白质(神经血红蛋白、血蛤素和Eglin C)作为质量指标,并基于特征性肽段进行定量。
本研究描述了三种蛲虫的蛋白质组学简介,探究了药用蛲虫的潜在活性蛋白质,并有望为疾病治疗的潜在分子机制提供帮助。本研究中的基于蛋白质组学的方法不仅有助于发现具有潜在生物活性的蛋白质,还有助于动物药物的生物活性相关质量控制。
Copyright © 2023. Published by Elsevier B.V.
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CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
2023 Aug 31

XinyuZhao,ShuHuang,P...
A circadian clock protein cryptochrome inhibits the expression of inflammatory cytokines in Chinese mitten crab (Eriocheir sinensis).
CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
密码激酶(Cry)作为一种重要的黄素蛋白,在调节先天免疫反应中发挥关键作用,例如炎症细胞因子的释放。在本研究中,从中国杂色梭子蟹中鉴定出一个密码激酶同源物(EsCry),它含有典型的DNA光酶结构域和FAD结合结构域。EsCry的转录本在一天中的11点高度表达,并在凌晨3点达到最低水平,而白细胞介素增强子结合因子(EsILF)、脂多糖诱导的TNF-α因子(EsLITAF)、肿瘤坏死因子(EsTNF)和白细胞介素-16(EsIL-16)的转录本则呈相反的节律表达模式。通过dsEsCry注射使EsCry表达抑制后,时间蛋白(EsTim)、周期蛋白(EsCyc)、昼夜节律调节蛋白(EsClock)、周期蛋白(EsPer)以及EsLITAF、EsTNF、EsILF、EsIL-16的mRNA转录本明显上调,腹背星状神经元活动调节因子(Dorsal)的磷酸化水平也显著上调。在NF-κB抑制剂注射后,EsCry-RNAi梭子蟹中的EsLITAF、EsTNF、EsILF和EsIL-16的转录本显著下调。体外观察到EsCyc与EsCry、EsCyc与Dorsal之间的相互作用。这些结果表明,EsCry通过抑制它们的转录因子LITAF和ILF,通过NF-κB信号传导途径,负调控细胞因子TNF和IL-16的表达,从而提供了更好地理解蟹类细胞因子产生的昼夜节律调节机制的证据。版权所有 © 2023 Elsevier B.V. 发表。
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CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
2023 Aug 31

AlexandrePMeli,Gabri...
Bcl-6 expression by CD4+ T cells determines concomitant immunity and host resistance across distinct parasitic infections.
CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
本研究探讨了B细胞淋巴瘤(Bcl)-6在T细胞介导的肠道和全身寄生虫感染中的宿主防御作用。CD4+T细胞的Bcl-6表达在对副感染蛔虫Heligmosoides polygyrus bakeri(Hpb)的抗体介导保护性免疫中起关键作用,但却通过限制产生Gata3+Th2细胞中的IL-10来矛盾地影响了初次感染中的虫子排出。在Bcl-6表达T细胞缺失时增强了虫子排出,并伴有肠道粘液细胞的增强分化和替代活化巨噬细胞的增加,这些效应可被中和IL-10信号逆转。Bcl-6缺乏的CD4+T细胞在全身利什曼寄生虫感染背景下的增加IL-10生成也是明显的,然而与Hpb感染相反,这增加了Th1介导的肝脏巨噬细胞活化并增加了对这种不同寄生虫挑战的易感性。综上所述,我们的研究表明,保护免疫性双重感染和致命全身原虫感染的宿主防御途径可能以耐受良好的蛔虫感染的主要抵抗受损为代价。© 2023 The Author(s). Published by Elsevier Inc. All rights reserved.
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CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
2023 Nov 15

EllaPeled,SelayTorna...
First transcriptomic insight into the reprogramming of human macrophages by levan-type fructans.
CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
基于生物介质中的刺激,巨噬细胞可以通过经典激活转化为M1促炎(抗癌)表型或另类激活的M2抗炎表型。无药物生物材料已经成为调节巨噬细胞表型的新治疗策略。其中,多糖通过它们与表面受体的结合来极化巨噬细胞为M1或M2表型。芸查聚糖(Levan)是一种水果聚糖,虽然与巨噬细胞的相互作用被很少探索,但已被提出作为一种新型生物材料。在本研究中,我们在体外研究了非水解和水解花盘单胞杆菌(Halomonas)芸查聚糖及其硫酸化衍生物与人巨噬细胞的相互作用。细胞存活研究表明,这些芸查聚糖与细胞兼容。此外,RNA测序分析显示,炎症相关途径被上调。这些结果与实时荧光定量聚合酶链反应相一致,显示在芸查聚糖处理后C-X-C模体化学因子配体8和白细胞介素6基因的表达水平更高,并使这些细胞发生从M2到M1的重编程。最后,细胞因子释放研究证实,水解芸查聚糖增加了促炎因子的分泌,并将IL-4偏架的巨噬细胞重编程为M1状态。总体实验结果表明,芸查聚糖能够引发经典巨噬细胞的激活,为其在需要促炎表型的治疗干预中的应用铺平了道路。Copyright © 2023 Elsevier Ltd. All rights reserved.
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CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
2023 Aug 18

LucRochette,Geoffrey...
Interplay between efferocytosis and atherosclerosis.
CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
在成年人体内,每天会有数十亿个细胞死亡和更新。在这个过程中,会产生许多凋亡细胞,并随后被吞噬细胞清除——这个过程被称为巨噬细胞摄取,它在组织稳态中起着至关重要的作用。巨噬细胞摄取是控制炎症过程的重要机制。高效的巨噬细胞摄取抑制了凋亡细胞/残骸的积累,并在坏死(继发坏死)开始之前维持了稳态,从而促进了炎症或损伤的发生。在巨噬细胞摄取过程中,线粒体分裂和氧化应激过程通过产生活性氧种和控制氧化应激而相互关联。自噬在抑制炎症和凋亡以及促进激活炎症细胞(特别是中性粒细胞和巨噬细胞)的摄取过程中起着重要作用。中性粒细胞的自噬是由吞噬病原体或激活模式识别受体引起的。自噬对于中性粒细胞的主要功能至关重要,包括颗粒释放、活性氧种产生、氧化应激以及中性粒细胞外环境因子的释放。巨噬细胞的摄取功能丧失是慢性炎症性疾病(包括动脉粥样硬化、心脏代谢病理、神经退行性疾病和癌症)发展和进展的关键机制。凋亡性巨噬细胞的摄取能力不良是动脉粥样硬化的严重性和斑块易破裂的决定因素。最近的结果表明,抑制巨噬细胞对心肌的摄取会减少修复性巨噬细胞对组织的浸润,从而减少氧化应激。激活的巨噬细胞在炎症的发展和解决中起着中心作用。通过巨噬细胞摄取来解决炎症是一种内源性过程,可以保护宿主组织免受长时间或过度炎症的侵害。因此,预测那些改善巨噬细胞摄取控制的治疗策略将减轻炎症并改善炎症的解决。因此,针对巨噬细胞摄取的治疗方法将成为治疗心血管和代谢疾病等慢性炎症状态的新途径。版权所有 © 2023 年。Elsevier Masson SAS出版。
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CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
2023 Aug 31

SiruiLiu,ChenyangZha...
Role of Ultrasonic Microbubbles in Treating Rheumatoid Arthritis: Enhancing the Efficacy of Tocilizumab via Contrast-Enhanced Ultrasound-Monitored, Ultrasound-Targeted Microbubble Destruction.
CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
本研究旨在探讨使用超声波靶向微泡破裂(UTMD)递送托珠单抗并增强其治疗类风湿性关节炎(RA)的疗效的可行性。我们随机将大鼠类风湿性关节炎模型分为五个治疗组:第一组,托珠单抗+微泡(MBs)+ UTMD;第二组,托珠单抗+MBs;第三组,托珠单抗+生理盐水;第四组,MBs+UTMD;第五组,无治疗。我们使用一台商用超声波机,能够使用单个探头同时进行增强超声(CEUS)和UTMD。通过CEUS监测微泡的进入和崩溃。治疗结束后,我们取大鼠左后肢爪部组织进行白细胞介素-6(IL-6)和肿瘤坏死因子α(TNF-α)的免疫组织化学染色。注入药物和微泡的混合物后,患有炎症的后肢爪部区域明显增强,低频超声波照射后立即减弱,并在照射间隔期间再次出现。与第四组和第五组相比,第一、第二和第三组的IL-6表达明显较低(p < 0.01)。第一组的IL-6表达水平最低(p[G1 vs. G2] < 0.01,p[G1 vs. G3] < 0.01)。第一、第二和第三组的TNF-α表达水平显著低于第四和第五组,但在这些组之间的水平差异不明显。UTMD在增强抗IL-6药物治疗RA的疗效方面显示出潜力。版权所有© 2023作者。由Elsevier Inc.出版。保留所有权利。
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Stem Cell Research & Therapy
2023 Aug 31

Chiao-PingChen,Chun-...
Wee1 inhibition by MK1775 potentiates gemcitabine through accumulated replication stress leading to apoptosis in biliary tract cancer.
Stem Cell Research & Therapy
晚期胆道癌(BTC)患者预后差,急需新的治疗方法。吉西他滨(gemcitabine)是BTC的标准治疗药物,它能引起DNA损伤,然而,癌细胞修复DNA的能力削弱了其疗效。为了提高吉西他滨的疗效,我们将其与MK1775(Wee1抑制剂)联合使用,后者可以阻止G2/M检查点的激活。我们对BTC细胞系分别用吉西他滨独立应用和与MK1775联合应用进行治疗,以确定其在BTC中的治疗潜力。结果显示,当与MK1775联合应用时,吉西他滨对四种BTC细胞系的生长抑制和诱导凋亡作用较单独应用时更明显。该联合治疗的效果在p53野生型和p53突变型细胞中均观察到,并且野生型p53的敲低对其效果没有影响。联合治疗增加了凋亡细胞的百分比,降低了合成DNA的细胞百分比,表明其导致了在S期中受损DNA的细胞积累和可能死亡。当细胞在细胞分裂停滞剂苏州诺使用下处于有丝分裂状态时,该联合治疗并未诱导凋亡。在移植瘤小鼠模型中,吉西他滨与MK1775结合(但其中任何一个药物单独使用不行)抑制了接种BTC细胞产生的肿瘤的生长。我们的结果表明,MK1775无论p53基因的状态如何,都能极大增强吉西他滨对BTC细胞的细胞毒性。我们认为,该联合治疗引发DNA损伤反应,并导致细胞凋亡。我们的临床前研究为将吉西他滨与MK1775联合用于BTC患者的未来临床试验奠定了基础。版权© 2023 The Authors. Elsevier Masson SAS发表并保留所有权利。
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Stem Cell Research & Therapy
2023 Aug 31

IvonneOlmedo,Daniela...
Mitochondria in oral cancer stem cells: Unraveling the potential drug targets for new and old drugs.
Stem Cell Research & Therapy
头颈部癌症是全球重大的健康问题,大多数病例发生在口腔部位。口腔鳞状细胞癌(OSCC)是口腔癌中最常见的类型,占所有病例的90%以上。与其他类型的癌症相比,OSCC具有更糟糕的预后,5年生存率为50%。此外,OSCC具有对化疗治疗的高抗药性,这可能部分解释了癌症干细胞(CSC)亚群的存在。CSC能够适应有害环境条件,并且对化疗和放疗治疗都具有高度抵抗性,从而促进肿瘤复发。本综述的目的是强调线粒体在口腔CSC中的作用,作为口腔癌治疗的潜在靶点。为此,我们回顾了口腔CSC中最验证的干细胞标志物、自噬、线粒体功能和能量代谢的一些基本方面。此外,我们将就为何能量代谢,特别是CSC中的氧化磷酸化,可能为新药物提供如此多样化的原始药理靶点进行讨论。最后,我们将描述一些能够干扰线粒体功能的药物,重点介绍那些旨在干扰电子传递链功能的药物,作为抗多药耐药的口腔CSC的新治疗策略。再利用已经获得临床批准的旧药物作为新抗肿瘤药物在癌症治疗中的应用也是修订的重点。版权所有 © 2023 由Elsevier Inc. 发布。
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