研究动态
Articles below are published ahead of final publication in an issue. Please cite articles in the following format: authors, (year), title, journal, DOI.
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CRITICAL REVIEWS IN ONCOLOGY HEMATOLOGY
2023 Aug 24
JianLi,XinSu,XiaoXu,...
Preoperative Prediction and Risk Assessment of Microvascular Invasion in Hepatocellular Carcinoma.
CRITICAL REVIEWS IN ONCOLOGY HEMATOLOGY
肝细胞癌(HCC)是全球最常见且高度致命的肿瘤之一。微血管侵袭(MVI)是HCC患者手术切除后复发和预后不良的重要风险因素。准确预测术前MVI状况对于临床医生选择治疗方法和提高总体生存率至关重要。然而,MVI只能通过术后标本的病理分析诊断。目前,已确定存在多项血清学指标(包括液体活检)和影像学,可有效预测MVI发生,基于深度学习的多指标模型极大提高了预测准确性。此外,还已确定了几种与MVI发生密切相关的风险因素,如特定基因和蛋白质。因此,本文评估了各种预测指标和风险因素,并为进一步探索更准确的预测方法和将风险因素转化为可靠预测因素提供指导。版权© 2023 Elsevier B.V. 保留所有权利。
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COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
2023 Aug 19
KaranBuntval,HanaMDo...
Modeling of oncolytic viruses in a heterogeneous cell population to predict spread into non-cancerous cells.
COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
需要开发能够减轻患者不适的新型癌症治疗模式。一种可能的新疗法是使用溶瘤病毒(能杀死癌细胞的病毒)。只有最近我们能够操纵病毒基因组,才使得我们可以考虑故意感染癌症患者。一个关键的考虑因素是确保病毒只针对癌细胞,并不对邻近的非癌细胞造成伤害。在这里,我们使用一个病毒感染数学模型来确定一个病毒需要具备的特征,以便消灭肿瘤但不伤害非癌细胞。我们得出的结论是,该病毒在感染这两种不同细胞类型时必须有所不同,非癌细胞的感染率需要小于癌细胞的感染率的百分之一。仅仅依靠病毒产生速率或感染细胞死亡率的差异是不足以保护非癌细胞的。版权所有 © 2023 Elsevier Ltd. 保留所有权利。
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COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
2023 Aug 16
ChengXu,KeYi,NanJian...
MDFF-Net: A multi-dimensional feature fusion network for breast histopathology image classification.
COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
乳腺癌是一种常见的恶性肿瘤,对其进行早期检测和治疗至关重要。基于深度学习的计算机辅助诊断(CAD)在医学诊断方面取得了显著的进展,近年来提高了准确性和效率。然而,尽管这项技术具有便利性,但也存在一定的局限性。当病理切片的形态特征不明显或复杂时,某些小病灶或病灶内部的深层细胞可能无法被识别,容易出现误诊。因此,本研究提出了一种基于卷积神经网络的多维特征融合网络(MDFF-Net)。该模型由一维特征提取网络、二维特征提取网络和特征融合分类网络组成。二维特征提取网络的基本部分由集成了多尺度通道混洗网络和通道注意力模块的模块堆叠而成。此外,受自然语言处理的启发,本模型还集成了一维特征提取网络,以提取图像中的详细信息,避免因细胞形态特征和分化程度等信息提取不足而导致误诊。最后,提取的一维和二维特征在特征融合网络中进行融合,并用于最终的分类。在BreakHis和BACH数据集上评估了MDFF-Net和经典分类模型的有效性。根据实验结果,MDFF-Net在BreakHis数据集上达到了98.86%的准确率,在BACH数据集上达到了86.25%的准确率。此外,为了进一步评估该模型在其他分类任务中的有效性,还使用结肠癌和肺癌数据集进行了额外的实验,在这两种情况下都实现了100%的分类准确率。版权所有©2023 Elsevier Ltd. 保留所有权利。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Aug 17
ZhihengDeng,HuasongA...
Mechanistic insights into nucleosomal H2B monoubiquitylation mediated by yeast Bre1-Rad6 and its human homolog RNF20/RNF40-hRAD6A.
Epigenetics & Chromatin
核小体 H2B 单泛素化在基于染色质的转录过程中起着至关重要的作用。一个RING 类型的 E3 连接酶(酵母 Bre1 或人类 RNF20/RNF40)和一个 E2 泛素连接酶(酵母 Rad6 或人类 hRAD6A)共同精确地在酵母中的 H2B K123 或人类中的 K120 上沉积泛素。本研究中,我们开发了一种化学诱捕策略,成功捕获了Bre1 或 RNF20/RNF40 介导的泛素从 Rad6 或 hRAD6A 转移至核小体 H2B 的瞬态结构。我们的结构显示,Bre1 和 RNF40 直接结合核小体 DNA,呈现出从酵母到人类的 H2B 单泛素化的保守 E3/E2/核小体相互作用模式。我们还发现了 Bre1 RING-Rad6 接口中的非疏水性的非规范性接触,将 Rad6 直接定位在目标 H2B 赖氨酸残基上方。我们的研究提供了关于 H2B 特异位置单泛素化的机制性洞见,揭示了核小体 DNA 在介导 E3 连接酶识别中的关键作用,并为理解 RNF20/RNF40 引起癌症突变提供了一个框架。版权所有 © 2023 Elsevier Inc. 保留所有权利。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Aug 24
ShashaLi,MingYang,Sh...
Chromatin accessibility dynamics in colorectal cancer liver metastasis: uncovering the liver tropism at single cell resolution.
Epigenetics & Chromatin
肿瘤转移致癌死亡的90%以上,而目前尚无可用的治疗方法。然而,在此复杂过程中,基因的表观遗传调控仍存在有限的理解。本研究通过整合单细胞ATAC-seq(scATAC-seq)、单细胞RNA-seq(scRNA-seq)、微阵列、批量RNA-seq、免疫组化(IHC)染色以及来自配对原发性和肝转移性结直肠癌(CRC)患者来源的异种移植动物模型(PDX)和患者的蛋白组学数据集,发现肝转移性CRC细胞失去了其结肠特异的染色质可及位点,而获得了肝特异性的位点。重要的是,我们观察到肝转移性CRC细胞中肝脏特异性转录因子HNF4A的可及性增加。随后,我们对参与肝脏发育的细胞与肝转移性CRC细胞进行聚类分析,揭示了肝转移性CRC细胞的显著异质性。超过50%的肝转移性CRC细胞表现出与红细胞祖细胞和肝细胞相似的特征,表达与氧化磷酸化和糖酵解相关的基因增加。此外,我们的发现进一步揭示了这些细胞中MHC和IFN应答基因表现出适度的表观遗传活性,与免疫检查点阻断免疫疗法中低客观反应率显著相关。我们的研究结果揭示了HNF4A的关键作用,并且肝转移性CRC细胞中的细胞群可能作为关键的治疗靶点,用于处理肝转移和改善CRC患者的免疫治疗反应。版权所有 © 2023. Elsevier Ltd. 发表。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Aug 26
Lan-HsiLin,MohammadG...
Population Pharmacokinetics and Pharmacodynamics of Carfilzomib in Combination with Rituximab, Ifosfamide, Carboplatin, and Etoposide in Adult Patients with Relapsed/Refractory Diffuse Large B Cell Lymphoma.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
在复发/难治性弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者中,营救化疗方案(例如利妥昔单抗、异环磷酰胺、卡铂和依托泊苷,R-ICE)的效果较差。卡替佐米是一种不可逆的蛋白酶体抑制剂,可以克服获得性利妥昔单抗化疗耐药性,并且与R-ICE联合应用可以改善R/R DLBCL患者的疗效。本分析旨在为R/R DLBCL患者的卡替佐米进行种群药代动力学/药效学(PK/PD)模型的开发。 在一项单中心、开放标签、前瞻性1期研究中,患者在每21天内的第1、2、8和9天接受卡替佐米(10、15或20 mg/m2)以及标准剂量的R-ICE(第3-6天,最多三个周期)。利用液相色谱串联质谱法测量了卡替佐米的血浆浓度,持续时间为输注后的24小时。利用稀疏采样评估了外周血单个核细胞中的蛋白酶体活性(PD生物标志物)在第1-2天进行了评估。使用NONMEM v7.4.1与Finch Studio v1.1.0和PsN v4.7.0进行了PK/PD模型的开发。模型选择依据客观函数值、适应度和可视化预测检验进行。使用逐步协变量建模进行协变量选择。 28名患者参与了PK/PD分析,共纳入了217个PK样本和127个PD样本。卡替佐米的PK最佳描述为两室模型,具有线性排泄特征(典型总清除率为133 L/h)。蛋白酶体活性最好用具有不可逆失活的转座模型来描述。所有参数的估计精度良好。未发现具有统计学意义的协变量。 成功开发了验证的基于人群的卡替佐米PK/PD模型。需要进一步研究卡替佐米与R-ICE联合治疗的反应变异性来源。 ClinicalTrials.gov标识号NCT01959698。 © 2023. 作者,独家授权于Springer Nature Switzerland AG。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Aug 19
LisaHong,DennisCBrad...
Small molecule nitroalkenes inhibit RAD51-mediated homologous recombination and amplify triple-negative breast cancer cell killing by DNA-directed therapies.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
亚硝基脂肪酸(NO2-FAs)是内源性生成的脂质信号介质,由共轭二烯脂肪酸与一氧化氮或亚硝酸衍生的活性物质之间的代谢和炎症反应形成。NO2-FAs与高反应性的蛋白质半胱氨酸硫醇可发生可逆的Michael加成反应,诱导蛋白质的翻译后修饰,从而影响蛋白质的功能。在本文中,我们报告了一种新的作用机制,即结构与(E) 10-硝基-顺-十八烯酸(CP-6)相似的天然和非天然硝基烯烃,最近通过临床前新药实验研究和1期和2期临床试验进行了风险评估,发现其通过抑制胸腺上皮样肿瘤的同源重组(HR)介导的DNA双链断裂(DSB)修复而诱导DNA损伤。CP-6特异性靶向在细胞中对RAD51控制的HR介导的DNA DSB修复中不可或缺的Cys319位点。硝基烯烃库筛选发现了两种结构不同的硝基烯烃,一种是非天然脂肪酸(E)8-硝基-酚十九烯酸(CP-8),另一种是二羧酸酯(二甲基硝基 - 辛-4 - 烯二酸酯(CP-23)),在TNBC细胞杀伤、与三种不同的聚(ADP-核糖)聚合酶(PARP)抑制剂和γ-IR的协同作用方面优于CP-6。CP-8和CP-23有效抑制了γ-IR诱导的RAD51灶形成和HR,但对良性人类上皮细胞或细胞周期相没有影响。在体内,CP-8和CP-23的功效有所不同,只有CP-8在HR敏感的TNBC小鼠模型中单独使用和与PARP抑制剂talazoparib联合使用时显示出有希望的抗癌活性。初步的临床前毒理学分析也表明CP-8是安全的,我们的数据支持CP-8作为一种新型的抗癌分子,用于治疗对同源重组介导的DNA修复抑制剂敏感的肿瘤。版权所有 © 2023. 由Elsevier B.V.出版。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Aug 24
SoadLKabil,HayamERas...
Parthenolide repressed endometriosis induced surgically in rats: Role of PTEN/PI3Kinase/AKT/GSK-3β/β-catenin signaling in inhibition of epithelial mesenchymal transition.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
PI3K/AKT/GSK-3β/β-catenin信号通路是子宫内膜异位症发病机制中的诱发因素,其中epithelial to mesenchymal transition (EMT)发挥着关键作用。Parthenolide是一种倍半萜内酯提取物,具有抗炎、镇痛和抗癌特性。因此,我们对Parthenolide在子宫内膜异位组织植入物和细胞系12Z中对EMT的影响进行了研究。我们用24只行手术诱导异位子宫内膜症的雌性大鼠进行了为期4周的parthenolide(2, 4 mg/kg)治疗。用子宫内膜细胞株12Z研究了parthenolide对子宫内膜异位细胞创伤愈合、细胞迁移和侵袭能力的影响。Parthenolide降低了异位内膜组织的total PI3K、PI3K-p85、p-AKT、p/total AKT、p-GSK-3β、p/total GSK-3β 和nβ-catenin的表达,同时增加了E-cadherin的mRNA表达而减少了vimentin的mRNA表达。Parthenolide上调了PTEN的免疫反应活性以及异位组织中的caspase-3、caspase-9、BAX水平,同时降低了Bcl2水平。此外,Parthenolide减少了异位内膜组织植入物的表面积和上皮生长的组织病理得分。我们的发现表明,Parthenolide以剂量依赖的方式抑制了PI3K/AKT/GSK-3β/nβ-catenin级联反应,通过增强PTEN的表达,从而抑制了EMT的发生,表现为上调上皮标记物E-cadherin,减少间质标记物vimentin在子宫内膜异位植入物中的表达,以及逆转了上皮内膜异位细胞系的侵袭和迁移特性。这些发现为治疗子宫内膜异位症提供了有价值的治疗方法。版权所有© 2023。Elsevier Inc.出版。
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European Urology Focus
2023 Aug 24
YukiArita,ThomasCKwe...
Biparametric versus Multiparametric Magnetic Resonance Imaging for Assessing Muscle Invasion in Bladder Urothelial Carcinoma with Variant Histology Using the Vesical Imaging-Reporting and Data System.
European Urology Focus
对于评估变异组织学尿路上皮癌(VUC)的无造影对比剂双参数磁共振成像(bpMRI,结合T2加权成像[T2WI]和扩散加权成像[DWI])的诊断性能尚不清楚。比较bpMRI和多参数磁共振成像(mpMRI,结合T2WI、DWI和动态增强磁共振成像)在评估VUC肌层浸润的诊断性能。这项多机构回顾性分析包括2010年至2019年间进行膀胱mpMRI术前经尿道膀胱肿瘤切除术的118名经病理证实的VUC患者。三名获得认证的放射科医师根据膀胱成像报告和数据系统(VI-RADS)分别评估两组图像,第1组(bpMRI)和第2组(mpMRI)。组织病理学结果被用作参考标准。采用受试者工作特征曲线分析、Z检验和Wald检验评估诊断能力。分析结果显示,在纳入分析的118名VUC患者中,66例(55.9%)和52例(44.1%)分别具有肌层浸润性膀胱癌(MIBC)和非MIBC(平均年龄为71 ± 10岁;男性88名)。对于MIBC的诊断,bpMRI的曲线下面积明显小于mpMRI(0.870-0.884 vs 0.902-0.923,p < 0.05)。以VI-RADS分数4作为截断点,bpMRI的敏感性显著低于mpMRI(65.2-66.7% vs 77.3-80.3%,p < 0.05)。对于所有观察者,bpMRI和mpMRI的特异性没有显著差异(88.5-90.4 vs 88.5-92.3,p > 0.05)。研究的一个局限是VUC罕见导致样本规模有限。对于VUC患者,应用VI-RADS时,bpMRI的诊断结果较mpMRI差,用于评估肌层浸润性。因此,建议采用基于mpMRI的方法评估VUC肌层浸润性。基于无造影对比剂的双参数磁共振成像(bpMRI)的膀胱成像报告和数据系统(VI-RADS)可准确诊断纯性尿路上皮癌,类似于基于传统多参数磁共振成像的VI-RADS。然而,当VI-RADS截断点为4时,bpMRI的VI-RADS可能会错误诊断具有变异组织学的尿路上皮癌的肌层浸润性,这是本研究的局限之一。版权所有 © 2023年欧洲泌尿学协会。由Elsevier B.V.出版。保留所有权利。
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European Urology Focus
2023 Aug 24
WoutDevlies,JoepJdeJ...
The Diagnostic Accuracy of Cystoscopy for Detecting Bladder Cancer in Adults Presenting with Haematuria: A Systematic Review from the European Association of Urology Guidelines Office.
European Urology Focus
血尿可分为肉眼血尿和镜下血尿,可能由多种潜在病因引起。目前,在血尿的情况下,膀胱镜检术是筛查整个膀胱恶性肿瘤的标准诊断工具。本系统评价的目的是确定膀胱镜检术(与其他检测方法如计算机断层扫描、尿液生物标志物和尿液细胞学等)在检测成年人膀胱癌方面的诊断准确性。根据Cochrane诊断试验准确度系统性综述和系统综述与Meta分析(PRISMA)诊断试验准确度研究扩展的检查清单,对文献进行了系统综述。通过Ovid搜索了MEDLINE、Embase、Cochrane CENTRAL和Cochrane CDSR数据库,截至2022年7月13日。人群包括出现肉眼血尿或镜下血尿的患者,但没有先前的泌尿系统癌症。两名评审员独立筛选所有文章,搜索检索到的文章的参考文献目录,并进行数据提取。使用Diagnostic Accuracy Studies (QUADAS-2)评估偏倚风险。总体而言,共有9项研究纳入了定性分析。其中,有7项纳入的试验涵盖了将膀胱镜检术与放射学成像进行比较的应用。总体而言,膀胱镜检术的敏感性为87%至100%,特异性为64%至100%,阳性预测值为79%至98%,阴性预测值在98%至100%之间。两项试验比较了增强或气体膀胱镜检术与传统膀胱镜检术。传统白光膀胱镜检术的敏感性总体范围为47%至100%,特异性为93.4%至100%。在血尿背景下,膀胱镜检术对于膀胱癌的检测的真实准确性尚未广泛研究,导致关于它在血尿患者中的表现的数据不一致。与成像技术相比,只有少数试验前瞻性评估了膀胱镜检术的诊断性能,确认了膀胱镜检术的非常高准确性,超过任何其他成像检查的诊断价值。我们综述了用于检测出现血尿(尿液中有血)的成年人的膀胱癌的测试证据。最常用的测试是膀胱镜检术,它仍然是诊断膀胱癌的当前标准。版权所有©2023作者。由Elsevier B.V.出版。保留所有权利。
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