败血症是一种威胁生命的器官功能障碍，在重症监护病房中是导致死亡的主要原因之一。炎性细胞噬菌作用增强因子（macrophage pyroptosis）与败血症的发生紧密相关，而微小核糖核酸(miRNAs)已被证明在这一过程中起到重要作用。然而，miR-122-3p在败血症进展中对炎性细胞噬菌作用的具体作用和其潜在机制尚未完全阐明。我们采用脂多糖(LPS)激活的巨噬细胞建立了体外败血症模型，随后将miR-122-3p模拟剂转染到RAW264.7巨噬细胞中。随后，我们使用细胞活力、蛋白免疫印迹和实时荧光定量PCR实验确定了miR-122-3p对细胞存活和炎性细胞噬菌作用的影响。然后，我们采用双荧光素酶报告基因实验验证了miR-122-3p与NLR pyrin结构域含1 (NLRP1) mRNA的结合亲和性。最后，我们使用ELISA确定了前炎性细胞因子（白细胞介素(IL)-2、IL-6和肿瘤坏死因子-α(TNF-α))的分泌。结果表明，LPS处理导致RAW264.7细胞中前炎性细胞因子（包括IL-2、IL-6和TNF-α）的产生显著增加。我们观察到miR-122-3p的过表达有效恢复了细胞存活能力，并减弱了LPS促进的关键炎症标志物的表达，如半胱天冬氨酸蛋白酶-1，前半胱天冬氨酸蛋白酶-1，IL-18，IL-1β，NLRP3，包含CARD的凋亡相关斑点样蛋白以及裂解的气孔溶血素-D。我们的数据显示，miR-122-3p能够直接与NLRP1结合并抑制其表达。这些结果证实了miR-122-3p在抑制败血症中通过抑制炎性细胞噬菌作用的NLRP1依赖性途径中起到了关键作用。因此，miR-122-3p成为了败血症的一个有前途的治疗靶点。© 2023由临床科学家协会所有。

对于乳糜泻的发病机制，除了免疫细胞成分外，还包括十二指肠上皮中的病理事件。在乳糜泻患者中，饮食中的麸质暴露会导致上皮细胞分化发生剧变，并引发对炎症细胞因子的细胞反应。乳糜泻的自身抗原转谷氨酰胺酶2 (TG2) 酶据推测也在肠上皮中发挥其致病性麦胶蛋白脱氨基化事件作用。因此，过去利用体外上皮细胞系模型研究这些致病机制，但一直受到其简化性质以及缺乏正确细胞类型组成和肠环境的影响。此外，这些细胞模型也存在许多与肿瘤抑制基因相关的癌变突变，使其不适合研究细胞分化。肠器官样团提供了一种接近天然上皮细胞模型，用于研究与乳糜泻相关的致病因子和机制。在这里，我们描述了初始化和维持乳糜泻患者衍生的器官样团培养的协议，以及如何以不同的方式培养它们，使其能够在不同类型的实验中得到应用。版权所有 © 2023 Elsevier Inc. 保留所有权利。

痉挛解肽表达的化生（SPEM）是胃癌前病变。左金胶囊（ZJC），由中药草乌（Ranunculaceae，中药典名广藿香）和盐肤木（Rutaceae，中药典名石苏）组成，长期以来被用于治疗多种胃肠道疾病。然而，ZJC对SPEM的作用和机制仍不清楚。为阐明ZJC在改善SPEM中的作用并研究其机制，本研究采用250 mg/kg体重的他莫昔芬（TAM）诱导SPEM小鼠，评估ZJC的效果并探究其可能的机制。采用转录组学与网络药理学相结合的策略，探索ZJC在改善SPEM中的靶点和机制。构建了“成分-靶点-通路”网络，并通过RT-qPCR和Western blot实验验证可能的连接。结果显示，ZJC显著减轻了TAM诱导的SPEM小鼠的异常血清指标、胃粘膜结构破坏、胃窝增生、胃粘液增加、CD44和TFF2的大量分泌、胃腺萎缩以及干/祖细胞的大量增殖。通过转录组学和网络药理学分析，得到了与改善SPEM相关的ZJC的50个核心靶标。KEGG结果显示，这些核心靶标在细胞周期和PI3K-AKT信号通路中显著富集。根据蛋白相互作用网络分析，CDK1、CCNB1和CCNA2是排名靠前的靶标，也与细胞周期相关。综合实验表明，ZJC可以通过调节细胞周期相关蛋白（如CDK1、CCNB1、CCNA2）和PI3K-AKT信号通路的异常激活，诱导G2/M期细胞周期阻滞，抑制TAM诱导的恶性增殖。因此，ZJC可能通过抑制细胞周期相关蛋白（CDK1、CCNB1、CCNA2）和PI3K-AKT信号通路的异常激活来改善TAM诱导的SPEM。这一发现支持了将ZJC作为治疗胃癌前病变的潜在药物的使用。版权所有©2023. Elsevier B.V.出版。

复杂的生理过程控制着干细胞是自我更新、分化还是保持静止。两十年的研究将高度保守的Hippo通路，一种高度保守的激酶信号级联，以及它的下游分子效应器YAP和TAZ放置在这个决定的纽带上。YAP和TAZ将作用于干细胞的复杂生物学信号——从机械力到细胞代谢——翻译成全基因组效应，以介导干细胞功能。虽然异常的YAP/TAZ活性在衰老、肿瘤发生和疾病中会驱动干细胞功能紊乱，但通过治疗性靶向Hippo信号和YAP/TAZ可以增强干细胞活性以增强再生。在本综述中，我们讨论了YAP/TAZ在不同环境中如何控制干细胞的自我更新、命运和可塑性，YAP/TAZ在干细胞中的失调如何导致疾病，以及如何通过靶向YAP/TAZ的治疗方式可能有益于再生医学和癌症治疗。© 2023. Springer Nature Limited.

CRISPR-Cas9基因组编辑在遗传病和癌症的治疗潜力上有着很大的希望，但其安全性也是一个关注点。在本研究中，我们使用10x联合读取测序和光学基因组映射来对编辑后的基因组完整性进行全基因组分析，并将其与四个亲本细胞系进行比较。除了之前报道的位点上的大结构变异外，我们还在两个编辑的细胞系中发现了以往意外的非同源非靶位点上两个大染色体缺失（91.2和136Kb），这些缺失与sgRNA序列没有相似性。CRISPR-Cas9编辑引起的观察到的大结构变异可能在分裂细胞中导致病理性后果，从而限制了CRISPR-Cas9编辑系统在疾病建模和基因治疗中的实用性。在这项研究中，我们的全基因组分析可能提供了一个宝贵的策略，以确保基因组编辑后的基因组完整性，以减少研究和临床应用中意外效应的风险。© 2023 Springer Nature Limited.

在医疗领域，机器学习在预测生存时间方面受到了广泛关注。本文通过对利用机器学习和数据挖掘技术预测肺癌生存的临床数据的研究进行综述。系统文献回顾检索了MEDLINE、Scopus和Google Scholar数据库，遵循报道指南并使用COVIDENCE系统。本文纳入了2000年至2023年发表的通过机器学习预测肺癌生存的研究。风险偏倚评估采用了预测模型风险偏倚评估工具。共纳入了30项研究，其中13项（43.3%）使用了监测、流行病学和结果数据库。12项（40%）研究涉及缺失数据处理，主要通过数据转换和转换来解决。19项（63.3%）研究使用了特征选择算法，其中年龄、性别和N分期是最常选择的特征。随机森林是主要的机器学习模型，在17项（56.6%）研究中使用。尽管肺癌生存预测研究的数量有限，但基于临床数据的机器学习模型的使用自2012年以来逐渐增长。考虑到多样化患者队列和数据预处理非常重要。值得注意的是，大多数研究并未考虑缺失数据、归一化、缩放或标准化数据，可能引入偏倚。因此，有必要进行一项综合研究，使用临床数据对肺癌生存进行预测，解决这些挑战。版权所有©2023年作者。由Elsevier出版公司发表。保留所有权利。

致癌基因KRASG12D（KRAS∗）对胰腺导管癌（PDAC）的形成和维持至关重要，并已知为肿瘤免疫的抑制剂。在PDAC的遗传小鼠模型中有条件地消除KRAS∗会导致FAS的重新活化、CD8+T细胞介导的凋亡以及肿瘤的完全根除。KRAS∗的消除有助于激活CD4+和CD8+T细胞，并促进抗原递呈细胞的激活。从机制上讲，KRAS∗介导的免疫逃避涉及通过甲基化其启动子区域对癌细胞中Fas死亡受体的表观遗传调控。此外，对人体RNA测序的分析显示，在PDAC肿瘤中KRAS表达高的病例中的CD8+T细胞比例较低，并且生存期较短，与KRAS表达低的肿瘤相比。本研究强调了CD8 + T细胞在KRAS∗消除后根除PDAC中的作用，并为将KRAS∗靶向治疗与免疫疗法结合控制PDAC提供了合理依据。版权所有 © 2023 Elsevier Inc. 保留所有权利。

转录障碍合成（TLS）DNA聚合酶最初被描述为参与绕过DNA损伤的容易发生错误的酶。然而，过去几十年的广泛研究揭示了这些酶在许多其他细胞过程中的关键作用，不仅包括损伤绕过，还包括DNA复制、DNA修复、表观遗传学、免疫信号以及病毒感染。本综述讨论了TLS聚合酶展示的广泛功能，包括其潜在的生化机制和相关的突变性。由于它们具有缓解复制压力的多任务能力，TLS聚合酶代表了癌细胞的细胞依赖性和关键脆弱性。因此，本综述还重点介绍了在癌症治疗中针对TLS聚合酶的当前和新兴策略。版权所有© 2023 Elsevier Inc. 保留所有权利。

异常增强子激活是许多癌症中促进癌基因表达的关键机制。虽然对真核生物中更大染色体区域调控的机制已有较多了解，但对增强子-启动子相互作用的细节仍知之甚少。最近的研究表明，像BRD4和Mediator这样的共同激活因子对增强子-启动子相互作用几乎没有影响。在由MLL-AF4融合蛋白控制的白血病中，我们使用超高分辨率技术Micro-Capture-C（MCC）展示了MLL-AF4结合促进增强子-启动子相互作用的广泛、高密度区域存在于一部分关键靶点中。这些增强子富集于PAF1C和FACT等转录延伸因子，并且失去这些因子会废除增强子-启动子接触。这项研究不仅为MLL-AF4如何在白血病中驱动关键基因的高水平转录提供了另一个模型，还暗示了一个更一般的模型，将增强子-启动子相互作用和转录延伸联系起来。© 2023. Springer Nature Limited.

瑞士奶酪模型被用来评估各个行业中的风险并解释事故。这个模型可以用来解剖稳态调节机制的累积调控失常，这些失常导致了包括癌症在内的疾病状态。以脑胶质母细胞瘤（GBM）为示例，我们讨论了特定的促瘤机制如何通过影响基因组完整性、表观遗传调控、代谢稳态和抗肿瘤免疫等方面共同推动疾病进展。我们进一步强调宿主因素，如激素差异和衰老，对这一过程的影响，以及在促进肿瘤进展和促使治疗抵抗性方面，这些“系统故障”之间的相互作用。最后，我们研究了考虑这些要素之间相互作用的治疗方法，这些方法可能更有效，因为脑胶质母细胞瘤驱动因素多样且多方面。版权所有© 2023 作者。由Elsevier Inc.出版，概不发布。