研究动态
Articles below are published ahead of final publication in an issue. Please cite articles in the following format: authors, (year), title, journal, DOI.
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Disease Models & Mechanisms
2023 Aug 25
LingLiu,YanCheng,Zhi...
Study on the allosteric activation mechanism of SHP2 via elastic network models and neural relational inference molecular dynamics simulation.
Disease Models & Mechanisms
作为一种普遍存在的蛋白酪氨酸磷酸酶,SHP2参与了PD-1/PD-L1介导的肿瘤免疫逃逸,并经历了重大构象变化。因此,它被认为是肿瘤干预的理想靶点。然而,SHP2与PD-1胞内ITIM/ITSM磷酸肽结合的变构机制尚不清楚,这严重阻碍了基于结构的新型抗癌变构抑制剂的开发。在这项工作中,首先基于该知识构建了SHP2的开放和闭合结构模型;接下来,通过弹性网络模型(如高斯网络模型(GNM)、异向网络模型(ANM)和自适应异向网络模型(aANM))研究它们的运动模式;最后,使用神经关系推理分子动力学(NRI-MD)模拟嵌入人工智能(AI)策略,提出了一条可能的变构信号通路。在GNM和ANM中,N-SH2、C-SH2和PTP结构域均展现了明显的动力学划分,而N-SH2/C-SH2区域相对于PTP呈刚性旋转。根据aANM给出的一系列中间快照图,首先确定N-SH2与pY223特异性结合,使D'E环从β-折叠形式转变为无规卷曲,并且C-SH2作为支点完全将N-SH2旋转110°,使其完全远离PTP的原始活性位点。最后,基于NRI-MD采样提出了一条可能的SHP2变构信号传递路径,即R220-R138-T108-R32。这项工作提供了SHP2的可能的变构机制,有助于设计新型的变构抑制剂,并预计将与PD-1单克隆抗体在临床上协同应用。
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Disease Models & Mechanisms
2023
ZhigengChen,ManxiaHu...
Machine learning for predicting breast-conserving surgery candidates after neoadjuvant chemotherapy based on DCE-MRI.
Disease Models & Mechanisms
本研究旨在通过使用术前和术后增强磁共振成像(DCE-MRI)技术,研究一种机器学习方法,用于预测经过新辅助化疗(NAC)的乳腺保乳手术(BCS)候选人。本回顾性研究包括75例接受NAC和乳腺手术的患者。首先,从术前和术后的DCE-MRI中综合提取了3,390个特征。然后将患者分为两组:第一组为病理学完全应答(pCR)和单个病灶缩小的患者;第二组为主要残留病灶伴卫星灶、多发残留、稳定病(SD)和进展病(PD)患者。采用逻辑回归(LR)建立预测模型以识别这两组。预测性能使用曲线下面积(AUC)、准确度、敏感度和特异度进行评估。放射学特征与NAC后的乳腺癌缩小密切相关。组合模型的AUC为0.82,术前模型为0.64,术后模型为0.70,术前后模型为0.80。在组合模型中,筛选了15个特征,包括九个基于小波的特征、四个高斯拉普拉斯(LoG)特征和两个原始特征。其中,术前DCE-MRI选取了四个特征,术后DCE-MRI选取了六个特征,术前后特征选取了五个特征。结合术前和术后DCE-MRI的模型可以有效预测BCS手术候选人,并为临床医生提供基于人工智能的决策支持,确保安全。高阶(LoG和基于小波的)特征在我们的机器学习模型中起着重要作用。术前后DCE-MRI特征具有更好的预测性能。 Copyright © 2023 Chen, Huang, Lyu, Qi, He and Li.
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Disease Models & Mechanisms
2023 Aug 25
Yu-YangLiu,Ting-Ting...
Association of pre-diagnosis specific color groups of fruit and vegetable intake with ovarian cancer survival: results from the ovarian cancer follow-up study (OOPS).
Disease Models & Mechanisms
背景:水果和蔬菜(FV)的颜色反映了含色素的生物活性化合物的存在。关于诊前摄入特定颜色组的FV是否对卵巢癌(OC)的生存有所贡献的证据是有限且不一致的。 方法:在2015年至2020年期间进行了一项队列研究,共纳入700名新诊断的OC患者。通过经过验证的食物频率问卷评估了诊前膳食信息。我们根据FV食物可食部分的颜色(例如绿色、红/紫色、橙/黄色、白色和未分类组)将FV分为五组。使用Cox比例风险模型计算了特定颜色组FV在诊前与OC生存之间的相关性的风险比(HR)和95%置信区间(CI),评估了潜在的乘性和加性交互作用。 结果:在中位随访37.57个月(四分位数:24.77-50.20个月)期间,有130名患者死亡。我们观察到诊前摄入总FV(HR三分位数3对分位数1 = 0.63,95%CI = 0.40-0.99)、总蔬菜(HR三分位数3对分位数1 = 0.57,95%CI = 0.36-0.90)和红/紫色FV(HR三分位数3对分位数1 = 0.52,95%CI = 0.33-0.82)与生存改善有关。此外,我们观察到诊前每个标准差增加总蔬菜摄入量(HR = 0.79,95%CI = 0.65-0.96)和红/紫色组摄入量(HR = 0.77,95%CI = 0.60-0.99)与OC生存之间存在显著的剂量-反应关系。此外,诊前绿色FV摄入量与更好的OC生存存在边际相关(每个标准差增加HR = 0.83;95%CI = 0.69-1.00)。相反,我们未观察到总水果、橙/黄色、白色和未分类组的诊前摄入量与OC生存之间存在显著关联。 结论:来自不同颜色组的诊前FV摄入量,尤其是绿色和红/紫色的摄入量,可能会改善OC的生存。需要进一步的研究来验证我们的发现。
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Frontiers in Physiology
2023
LaurelAGrisanti
TRAIL and its receptors in cardiac diseases.
Frontiers in Physiology
心血管疾病是全球主要的死因之一。心脏受到缺血性损伤和压力过载等多种伤害时,心肌细胞的丧失会降低心脏功能,因其再生能力有限,同时促进心脏重塑,从而进一步损害心脏。心肌细胞死亡主要通过坏死和凋亡两种机制发生。凋亡是一种高度调控的细胞死亡形式,可以通过内在(线粒体)或外在(受体介导)通路发生。外在凋亡是通过一类肿瘤坏死因子受体(Tumor Necrosis Receptor, TNF)家族受体——“死亡受体”发生的。虽然一些与死亡受体配体有关的配体已在心脏中大量研究,如TNF-α,但其他配体则几乎没有研究。其中一个对心脏TNF相关配体缺乏研究的是TNF相关凋亡诱导配体(TNF-Related Apoptosis Inducing Ligand, TRAIL)。TRAIL与两种凋亡诱导受体,即死亡受体(DR)4和DR5结合。此外,还存在三种TRAIL假死灵受体,分别为假死灵受体(DcR)1、DcR2和骨保护素(OPG)。尽管TRAIL在肿瘤领域已广泛研究,因其能选择性诱导转化细胞类型的凋亡,但新兴的临床证据指向了TRAIL及其受体在心脏病理中的作用。本文将重点介绍TRAIL及其受体在心脏正常和病理状态下的现有认识。Copyright © 2023 Grisanti.
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DIABETES & METABOLISM
2023 Aug
MahfujulZHaque,Aisha...
Pseudohyperkalemia in chronic lymphocytic leukemia and diabetic ketoacidosis.
DIABETES & METABOLISM
假性高钾血症可能导致高钾血症诊断错误,误用降低钾离子的治疗方法,最终导致不必要的治疗并可能引发医源性低钾血症。具有白细胞增多症和血小板增多症的患者应引起临床怀疑,如果没有其他传统高钾血症的症状,高钾血症实验室结果可能暗示假性高钾血症。本文报道了一例慢性淋巴细胞白血病(CLL)并表现严重白细胞增多症的患者,入住重症监护病房(ICU)时发现其血钾水平严重升高。该患者还被诊断为糖尿病酮症酸中毒(DKA),需要增加电解质监测频率。本文将详细阐述识别该患者假性高钾血症的事件,并提出修改机构协议以避免在CLL患者中误诊高钾血症的建议。© 2023 The Authors. Clinical Case Reports published by John Wiley & Sons Ltd.
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DIABETES & METABOLISM
2023 Jul
AhmedMBadheeb,Faisal...
Anemia Profiles in Cancer Patients: Prevalence, Contributing Factors, and Insights From a Retrospective Study at a Single Cancer Center in Saudi Arabia.
DIABETES & METABOLISM
贫血是癌症及其治疗常见的并发症,显著影响了癌症患者的生存率和生活质量。然而,在沙特阿拉伯南部地区,目前对其影响的研究有限。本研究旨在评估正在接受主动化疗治疗的癌症患者中贫血的患病率及其相关因素。本回顾性研究分析了2017年至2022年间在沙特阿拉伯纳杰兰市哈利德国王医院肿瘤科接受化疗的成年癌症患者。我们通过全面的人口统计学和临床评估,旨在确定贫血的患病率和影响因素。进行了单变量分析,以评估需要输血的因素。 共有95名癌症患者接受了化疗,平均年龄为52.2±16.5岁。大多数为女性(65.3%),年龄在18至64岁之间(74.7%)。胃肠道癌(42.1%)和乳腺癌(17.9%)是最常见的恶性肿瘤。大多数患者(56.8%)处于局部晚期。入院时有48名(50.5%)患者患有贫血,结直肠和泌尿系统肿瘤患者的贫血患病率更高。治疗过程中血红蛋白(Hb)的平均下降值为9.1±2.1 g/dL。贫血严重程度分为以下几种:危及生命(7.4%),严重(33%),中度(31%)和轻度(29%)。79%的病例需要输血。年龄较大、化疗周期增加以及慢性病相关贫血(ACD)与贫血严重程度增加显著相关(p<0.05)。化疗周期的增加也与需要输血的次数增加显著相关(p<0.001)。相比年轻患者(<65岁),年龄较大的患者(≥65岁)入院时患有较高的贫血,东部合作肿瘤诊疗组(ECOG)状况较差,治疗过程中Hb下降更多,需要输血次数增加(p<0.05)。 研究发现在接受活性癌症治疗的患者中,特别是在泌尿系统和胃肠道癌的情况下,贫血的患病率较高(50.5%)。高龄、频繁的化疗周期和ACD与贫血严重程度的增加有关。此外,与年轻患者相比,年龄较大的患者在患病率、病情状况较差和化疗周期增加时需输血的需求增加。 版权所有 © 2023,Badheeb等
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DIABETES & METABOLISM
2023 Aug 25
BruceBudowle
Unraveling crime scenes strand by strand: the forensic odyssey of Bruce Budowle.
DIABETES & METABOLISM
布鲁斯·布道尔(Bruce Budowle)就法医科学的进展与挑战向《BioTechniques》杂志发展编辑Ashling Cannon进行了访谈。布道尔在弗吉尼亚理工大学(美国弗吉尼亚州)获得了遗传学博士学位。随后,他在阿拉巴马大学伯明翰分校(美国阿拉巴马州)进行了博士后研究,研究急性淋巴细胞白血病、糖尿病和黑色素瘤的遗传风险因素。布道尔在他的职业生涯早期,并没有在法医科学领域花费太多时间,但是在1982年,有一则广告引起了他的极大兴趣,该广告是FBI招聘人员,用于开发基因标记系统,以识别在犯罪现场留下生物证据的人。布道尔在FBI工作了26年,帮助开发了许多基因分析方法。1985年,DNA能够作为识别个人身份的标志成为现实,DNA法医学分析取得了巨大的发展。2009年,布道尔进入学术界并加入了德克萨斯大学北部健康科学中心(美国德克萨斯州),最终成为人类识别中心的主任,负责失踪人员和传统犯罪案件,教授学生,并开展基础和应用研究。布道尔感到非常幸运,他有资源、机会和学术基础来学习和发展自己的知识。布道尔最近从学术界退休,目前通过美国司法部的国际刑事侦查培训援助计划(ICITAP)以及非政府组织DNAforAfrica,在非洲推动DNA法医应用的能力建设工作。
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CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
2023 Aug 24
HaoQin,YangChen,Zemi...
Biosynthesized gold nanoparticles that activate Toll-like receptors and elicit localized light-converting hyperthermia for pleiotropic tumor immunoregulation.
CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
将肿瘤免疫环境调控至更为活跃的状态可以提高治疗效果。在这里,我们描述了一种易于获取的细菌生物矿化产生的免疫调节剂,我们将其命名为“Ausome”(Au + [exo]some)。Ausome由金纳米颗粒核心覆盖细菌组分而成;前者提供诱导性高温效应,而后者调动多样化的免疫反应。多种模式识别受体积极参与Ausome引发的免疫反应,导致广谱的促炎细胞因子释放以及效应免疫细胞的激活。当激光照射时,肿瘤中堆积的Ausome引发高温反应,提升组织血流灌注,有助于增强免疫刺激模块的渗透,包括细胞因子和效应淋巴细胞。Ausome介导的这种免疫调控策略最终产生全面的免疫反应,并选择性地增强局部抗肿瘤免疫的效果,在雌性小鼠的临床前癌症模型中增强了已确立的化疗或免疫疗法的疗效。© 2023. Springer Nature Limited.
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CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
2023
JuthatipJeenkeawpiea...
Expression of toll-like receptor 4 and its associated cytokines from peripheral blood mononuclear cells in Leghorn chickens.
CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
免疫细胞需要通过释放促炎细胞因子来对脂多糖进行响应,而此过程需要 Toll 样受体4 (TLR4)。外周血单个核细胞 (PBMCs) 用于评估与疾病或病原体相关的细胞因子释放的变化。本研究旨在评估蛋白丰富栖鸡 PBMCs 中 TLR4 基因的表达以及相关细胞因子的释放。从蛋白丰富栖鸡获取的血样中分离出外周血单个核细胞。使用不同浓度的脂多糖 (0.01-1 μg/ml) 刺激 PBMCs 培养物。采用聚合酶链反应检测 TLR4 的表达。使用酶联免疫吸附试验定量检测肿瘤坏死因子-α (TNF-α) 和白细胞介素 (IL-1β 和 IL-6) 的产生量。我们发现无论是未受刺激还是受刺激的蛋白丰富栖鸡 PBMCs 中都有 TLR4 的表达。此外,蛋白丰富栖鸡 PBMCs 中 TNF-α、IL-1β 和 IL-6 的产生量随着脂多糖浓度的增加而显著增加 (0.01-1 μg/mL) (p < 0.05)。尽管 TLR4 在未受刺激和受刺激的蛋白丰富栖鸡 PBMCs 中均有表达,但其在受脂多糖刺激的 PBMCs 中表达较高。因此,可以通过评估 PBMCs 的促炎细胞因子产生来评估鸡脂毒素的反应。版权:© Jeenkeawpieam, 等人。
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CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
2023
KaitlynECollins,Xiyi...
Transcriptomic analyses of ovarian clear-cell carcinoma with concurrent endometriosis.
CYTOKINE & GROWTH FACTOR REVIEWS
子宫内膜异位症是一种良性炎症性疾病,其特点是子宫内膜样组织在子宫外生长,是子宫内膜异位相关卵巢癌的危险因素。特别是卵巢内膜囊肿,即深层浸润性子宫内膜异位病变,被认为是卵巢透明细胞癌(OCCC)的前体病变。为了探究这种转录组景观,我们通过批量RNA和小RNA测序,比较了已被病理学证实为合并子宫内膜异位病变的OCCC(n = 4)与良性内膜囊肿(n = 4)之间的差异。蛋白质编码基因分析发现,在OCCC合并子宫内膜异位病变与内膜囊肿组织中,有2449个上调和3131个下调的蛋白质编码基因(DESeq2,P < 0.05,log2倍变化 > |1|)。基因集富集分析显示,细胞周期调节和DNA复制等通路上调,细胞因子受体信号通路和基质组下调。将临床样本与公开可获得的OCCC细胞株数据集进行通路激活分数比较,发现OCCC合并子宫内膜异位病变与OVTOKO、OVISE、RMG1、OVMANA、TOV21G、IGROV1和JHOC5细胞株之间存在显著的分子相似性。miRNA分析发现,有64个上调和61个下调的成熟miRNA分子(DESeq2,P < 0.05,log2倍变化 > |1|)。在OCCC合并子宫内膜异位病变中,miR-10a-5p代表超过21%的miRNA分子,并且显著上调(NGS:log2倍变化= 4.37,P = 2.43e-18; QPCR:8.1倍变化,P < 0.05)。体外下调miR-10a在OCCC细胞株中的表达水平与卡铂的50%抑制浓度(IC50)呈正相关(R2 = 0.93)。与非靶向控制miRNA转染相比,miR-10a在体外过表达显著降低细胞增殖(n = 6;P < 0.05)。类似地,细胞周期分析显示细胞从S期和G2期转移到G1期(n = 6;P < 0.0001)。生物信息学分析预测,OCCC合并子宫内膜异位病变中下调miR-10a-5p靶基因涉及受体信号通路、增殖和细胞周期进展。体外过表达miR-10a与预测的在增殖、细胞周期调节和细胞存活中起关键作用的miR-10a靶基因(SERPINE1,下调3倍;P < 0.05;CDK6,下调2.4倍;P < 0.05;RAP2A,下调2-3倍;P < 0.05)的表达显著降低。这些OCCC研究表明,miR-10a-5p是一种有影响力的潜在致癌分子,需要进一步研究。 版权所有 © 2023 Collins, Wang, Klymenko, Davis, Martinez, Zhang, So, Buechlein, Rusch, Creighton和Hawkins。
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