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Stem Cell Research & Therapy
2023 Aug 10

MohammadMahdiKhanifa...
Crosstalk between long non-coding RNAs and p53 signaling pathway in colorectal cancer: A review study.
Stem Cell Research & Therapy
结直肠癌(CRC)是全球最常见的恶性肿瘤之一,也是癌症相关死亡的第三大原因。长链非编码RNA(lncRNA)是各种生理过程的关键调节因子,并在广泛的病理生理情况(如CRC)中发生异常表达。研究表明,lncRNA的异常表达明显调节CRC中p53基因的表达水平,从而激活多个下游途径。p53被认为是一个关键的肿瘤抑制基因,它在细胞应激反应中促进细胞周期阻滞、DNA修复、衰老或凋亡。p53在CRC以及各种类型的人类恶性肿瘤中也发生突变。因此,lncRNA以多种方式与p53信号转导通路相互作用,从而显著影响与CRC相关的过程。本文综述了在控制CRC的致癌、肿瘤进展和治疗耐药性中,lncRNA与p53通路之间的相互作用的当前研究进展。对CRC致癌机制的更深入了解可能对CRC的预防和治疗以及更多的研究具有重要意义。版权所有 © 2023 Elsevier GmbH。保留所有权利。
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Stem Cell Research & Therapy
2023 Sep

LaurenDScherer,Rayne...
Targeted cellular therapy for treatment of relapsed or refractory leukemia.
Stem Cell Research & Therapy
尽管高风险或复发、难治性白血病的治疗主要依赖异基因造血干细胞移植(allo-HSCT),但靶向免疫疗法已经成为一种有希望的治疗选择,特别是考虑到在allo-HSCT后复发的患者预后较差。新型细胞免疫疗法以靶向方式发挥免疫系统的细胞毒性能力(通常称为“养育”细胞疗法),改变了我们治疗复发/难治性血液恶性肿瘤的方式,并且随着这些强大而复杂的精确疗法的快速发展,往往可提供较传统抢救疗法更少毒性的替代方案。值得注意的是,对于移植失败或禁忌的患者,养育细胞疗法可以作为一种allo-HSCT的替代选择或治疗选项。由于靠近移植领域以及其固有的复杂性需要特定的专门知识,因此对于造血干细胞移植医师、护士和辅助人员来说,对养育细胞疗法的核心概念有着必要的理解,包括遵守制造、临床应用和风险缓解方面的要求。在本文中,我们将回顾使用定向细胞疗法治疗复发/难治性白血病的情况,重点关注嵌合抗原受体T细胞(CAR T细胞),因为它们在多种血液适应症,包括白血病方面取得了显著持久的临床反应,并简要讨论其他有前景的研究性细胞免疫疗法以及可持续性和可扩展性的特殊考虑因素。
版权所有 © 2023 Elsevier Ltd. 发布。
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COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
2023 Jun 26

LuHan,ZhikuanWang,Co...
Functional identification and prediction of lncRNAs in esophageal cancer.
COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
食道癌是一种高度致命且预后不良的恶性肿瘤,分子生物标志物的鉴定对于改善诊断和治疗至关重要。长链非编码RNA (lncRNAs) 在食道癌的发展和进展中起着重要作用。然而,由于生物实验的耗时,目前只发现了少数与食道癌相关的lncRNAs。目前,计算方法已经成为识别和表征lncRNAs以及预测其潜在功能的强有力工具。因此,本文提出了一种基于变压器的方法来识别与食道癌相关的lncRNAs。实验结果显示,该方法的AUC和AUPR优于其他比较方法,AUC为0.87,AUPR为0.83,而且鉴定的lncRNA靶标与食道癌密切相关。我们重点关注食道癌相关的lncRNAs在免疫微环境中的作用,并充分探索lncRNAs调控的靶基因的功能。富集分析显示预测的靶基因与食道癌的发生、发展和预后相关的多个通路有关。这不仅证明了该方法的有效性,同时也表明了预测结果的精确性。版权所有 © 2023. Elsevier Ltd. 发表。
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COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
2023 Aug 15

YuchunLi,YuanyuanWu,...
Attention-guided multi-scale learning network for automatic prostate and tumor segmentation on MRI.
COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
通过自动准确地分割男性盆腔磁共振成像(MRI)图像中的前列腺和前列腺癌,可以实现基于影像导向的临床诊断。对于手术患者来说,前列腺癌的位置、数量和大小非常关键,以确保准确的肿瘤切除。前列腺和肿瘤区域之间的形态差异很小,肿瘤的大小不确定,肿瘤与周围组织之间的边界模糊,将正常区域与肿瘤分开的分类不均匀。因此,在MRI图像上分割前列腺和肿瘤具有挑战性。
本研究提出了一种基于双分支注意力驱动多尺度学习的前列腺和前列腺癌分割网络。首先,双分支结构提供了两个不同尺度的输入图像用于特征编码,以及一个多尺度注意力模块,用于收集不同尺度的细节。然后,将双分支结构的特征输入到构建的特征融合模块中,以获得更完整的上下文信息。最后,为了提供更精确的学习表示,每个阶段都使用深度监督机制进行构建。
我们提出的网络在多种男性盆腔MRI数据集上进行的前列腺和肿瘤分割的结果显示,其表现优于现有技术。对于前列腺和前列腺癌的MRI分割,Dice相似系数(DSC)的值分别为91.65%和84.39%。
我们的方法在自动分割结果和专家手动分割结果之间保持了高度的相关性和一致性。准确的自动分割前列腺和前列腺癌在临床上具有重要的意义。
版权所有 © 2023 Elsevier Ltd. 保留所有权利。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Aug 23

Abdel-FattahMEl-Saye...
The role of antifreeze genes in the tolerance of cold stress in the Nile tilapia (Oreochromis niloticus).
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
罗非鱼是世界上最重要的养殖鱼类之一。它是一种热带和亚热带淡水鱼,适应温暖水域但对寒冷天气敏感。极冷天气可能导致罗非鱼严重压力和大量死亡。本研究旨在调查寒冷压力对尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)抗冻蛋白(AFP)基因上调的影响。共研究了两组鱼(每组15尾,每组均有5个重复,在玻璃纤维水槽中,每槽容积为70升):1)对照组;鱼经过两周的实验室条件适应,并且整个实验期间水温保持在25℃,饲喂商用饲料(粗蛋白质含量30%);2)寒冷压力组;与对照组相同的条件,唯一不同在于温度。最初,温度每12小时降低1摄氏度。当水温降到6-8摄氏度时,鱼开始出现死亡症状。在这个阶段,分别从两个组中取得了组织(肌肉)样品。采用差异显示PCR(DD-PCR)检测和表征了暴露于寒冷应激的鱼类的免疫反应。结果表明,与对照组相比,寒冷应激组中检测到了九种不同的上调基因。这些基因分别为:整合素α-2(ITGA-2)、间隙连接蛋白γ-1类似蛋白(GJC1)、WD重复含蛋白59异构体X2(WDRP59)、NUAK家族SNF1样激酶、G蛋白偶联受体-176(GPR-176)、肌动蛋白细胞骨架调控复合物蛋白pan1样蛋白(PAN-1)、旋螺蛋白(WHRN)、抑癌性 7蛋白异构体X2(ST7P)和ABC超家族A蛋白 1 异构体 X2(ABCA1)。使用600bp的特定PCR产物进行抗冻基因II型扩增,并进行克隆和测序分析,结果显示检测到的基因为抗冻基因II型,相似性范围为70%至95%。体外转录基因诱导了一个分子量为22kDa的抗冻蛋白。抗冻基因ITGA-2和WD重复蛋白属于凝集素家族(糖蛋白)。总之,在寒冷应激下,尼罗罗非鱼表达了许多防御基因,其中包括一个约0.6kbp的开放阅读框。© 2023 BioMed Central Ltd. ,Springer Nature的一部分。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Aug 23

YuhanYang,HaitaoGu,K...
Exosomal ACADM sensitizes gemcitabine-resistance through modulating fatty acid metabolism and ferroptosis in pancreatic cancer.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
本研究旨在评估癌细胞外泌体对胰腺癌(PC)化疗耐药性预测的潜力,并通过RNA测序和质谱技术探索分子机制。我们试图了解外泌体介导的中链酰基辅酶脱氢酶(ACADM)水平与体内和PC患者对吉西他滨反应之间的关系。我们采用功能丧失、功能增强、代谢组质谱和异种移植瘤模型来研究外泌体ACADM对PC化疗耐药性的影响。我们的结果显示,与吉西他滨敏感性不同的PC细胞之间的外泌体中涉及脂质代谢的分子存在差异。体外外泌体ACADM(外泌体-ACADM)与体内吉西他滨敏感性呈强相关,可用作胰腺癌患者术后吉西他滨化疗敏感性的预测指标。此外,发现ACADM通过影响谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)和甲羟戊酸途径,调节吉西他滨的反应。还观察到ACADM增加了不饱和脂肪酸的消耗并降低了细胞内脂质过氧化物和活性氧(ROS)水平。总之,本研究表明外泌体-ACADM可能是预测患者化疗响应性的可行生物标志物。© 2023. BioMed Central Ltd., part of Springer Nature.
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Aug 23

JinSungSon,RyanChow,...
Liposomal delivery of gene therapy for ovarian cancer: a systematic review.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
为了系统地确定和叙述脂质体载体基因治疗对卵巢癌结局的证据。从开始到2023年7月7日,通过对Embase、MEDLINE和Web of Science的电子数据库进行检索,以确定调查脂质体载体基因治疗对卵巢癌结局影响的原始研究为目标。通过对纳入标准进行评估,检索获得了564份研究,其中75篇符合纳入标准。鉴定出4种主要类型的脂质体:阳离子、中性、聚合物包被和配体靶向脂质体。具有最多证据的脂质体是阳离子脂质体,其特点是其带正电的磷脂(n=37,49.3%)。同样,具有中性磷脂(如1,2-二油基-sn-甘油-3-磷脂酰胆碱)的脂质体也受到了高度的研究(n=25,33.3%)。确定了8个基因治疗研究领域,评估目标蛋白/转录本或分子途径:microRNAs、骚动蛋白A2型(EphA2)、白细胞介素、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、人类端粒酶逆转录酶/E1A(hTERT/EA1)、自杀基因、p53和多药耐药突变体1(MDR1)。脂质体载体基因治疗对卵巢癌在许多体内研究中显示出很好的前景。新兴的聚合物包被和配体靶向脂质体因其更高的稳定性和特异性而受到关注。我们发现,microRNAs是最常研究的基因治疗方法。总体而言,脂质体基因治疗已被证明能减小肿瘤的大小和重量,并改善生存率。进一步研究卵巢癌基因治疗的载体和靶点可能是改善患者结局的有希望的途径。 © 2023. BioMed Central Ltd., part of Springer Nature.
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Journal for ImmunoTherapy of Cancer
2023 Aug

PaolaTrono,AnnalisaT...
hMENA isoforms regulate cancer intrinsic type I IFN signaling and extrinsic mechanisms of resistance to immune checkpoint blockade in NSCLC.
Journal for ImmunoTherapy of Cancer
理解癌症信号通路如何促进免疫抑制性程序,以维持对免疫检查点阻滞(ICB)的获得性或原发性抵抗,是提高免疫疗法效果的关键一步。干扰素(IFN)通路是影响ICB应答的一种通路,可能既有害又有益。免疫感受器基因RIG-I通过扰乱肌动蛋白细胞骨架而激活,诱导IFN活化和分泌。肿瘤细胞的肌动蛋白细胞骨架调控蛋白hMENA以及其亚型是不同实体肿瘤中的一个关键信号中心,最近提出其作为调控编码免疫调节性分泌蛋白基因的转录因子的作用。当hMENA在表达具有低水平上皮特异性hMENA11a亚型的肿瘤细胞时,标识出非小细胞肺癌(NSCLC)患者的预后差。目标是确定由hMENA11a下调调控的与NSCLC中ICB应答相关的癌症内在和外在通路。在这里,我们提出了一种由hMENA11a下调驱动的ICB抵抗的潜在新机制。通过RNA-Seq,ATAC-Seq,流式细胞仪和生化检测对hMENA11a下调的效应进行了测试。使用富含hMENA定制探针的Nanostring IO 360面板对接受ICB治疗的患者肿瘤组织进行了分析。使用OAK和POPLAR数据集对我们的发现队列进行了验证。转录组和生化分析表明,hMENA11a的耗竭导致IFN通路激活,通过RIG-I产生不同的炎症介质,包括IFNβ,维持肿瘤PD-L1水平增加,并激活肿瘤细胞与特定巨噬细胞亚群之间的旁分泌循环,促进上皮间质转化(EMT)。值得注意的是,当我们将结果转化到NSCLC ICB治疗患者的临床环境中时,转录组分析显示hMENA11a的低表达,IFN靶基因的高表达以及高巨噬细胞评分可识别出对ICB治疗耐药的患者。总的来说,这些数据确定了肌动蛋白细胞骨架调控蛋白hMENA11a在调节癌细胞内部I型IFN信号和促进肿瘤相关巨噬细胞以及有利于EMT的外部机制方面的新功能。这些数据突出了肌动蛋白细胞骨架扰动在激活免疫抑制性通路方面的作用,该通路可能参与NSCLC对ICB的耐药性。© 作者(或其雇主)2023。在CC BY-NC许可下允许复用。不可商业复用。由BMJ出版。
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Journal for ImmunoTherapy of Cancer
2023 Aug

NataschjaIHo,LisaGMH...
Saponin-based adjuvants enhance antigen cross-presentation in human CD11c+ CD1c+ CD5- CD163+ conventional type 2 dendritic cells.
Journal for ImmunoTherapy of Cancer
佐剂对于有效预防癌症和慢性传染性疾病的疫苗接种至关重要。皂苷类佐剂(SBAs)在除了抗体产生外,还能诱导强大的细胞介导免疫反应,这在所有佐剂中是独特的。最近的临床前研究表明,SBAs可以在本来难以进行交叉呈递的CD11b+小鼠树突状细胞(DCs)中诱导交叉呈递和脂质小体的形成。在这里,我们通过RNA测序和通路分析、激光扫描显微镜观察脂质小体的发生、抗原向细胞质转位,以及抗原交叉呈递给CD8+ T细胞,研究了人类DC亚群对SBAs的反应。经过SBAs处理的常规第1亚型DC(cDC1)和第2亚型DC(cDC2)亚群的RNA测序揭示,SBAs可以在CD11c+ CD1c+ cDC2s中通过上调与脂质相关的通路来诱导反应,特别是在CD5- CD163+ CD14+ cDC2亚群中表现尤为明显。此外,SBAs还可以在这一特定的cDC2亚群中诱导脂质小体的形成,并增强内质网抗原向细胞质的转位。最后,SBAs只能提高cDC2s的交叉呈递能力,而这需要CD163+ CD14+ cDC2亚群参与。因此,这些数据确定了CD163+ CD14+ cDC2亚群作为人类对SBAs响应最主要的DC亚群,并暗示了优化应用基于皂苷类佐剂的强效抗癌疫苗策略的新途径。© 作者(或其雇主)2023年授权重复使用 依照CC BY-NC 进行。 不可进行商业再利用。请查看权利和权限。由BMJ出版。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Aug 21

SugandhaBhatia,Jenni...
Stochastic epithelial-mesenchymal transitions diversify non-cancerous lung cell behaviours.
Epigenetics & Chromatin
上皮间质可塑性(EMP)是癌症的一大特点。通过使细胞能够在不同形态和功能状态之间转变,EMP促进了侵袭、转移和治疗抵抗。我们报告了靠近二倍体的非癌变人类肺上皮细胞在无遗传改变的情况下自发地沿着EMP谱系进行转变。令人惊讶的是,超过一半的单细胞克隆体采用了间充质形态。我们独立地对上皮样和间充质样克隆体进行了表征。间充质克隆体失去上皮标志物,显示出较大的细胞长宽比和较低的运动性,大部分增殖率保持不变。干细胞标志物表达和代谢重塑独立于表型之外发生改变。在3D培养中,更多的上皮克隆体转化为间充质样。因此,在遗传改变和癌变转化之前,非癌变上皮细胞可能会获得与癌转移相关的特征。版权所有 © 2023。Elsevier Inc.出版。
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