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CANCER RESEARCH
2023 Aug 23

MaoxiaoFeng,XiaoyanL...
Fatty acids support the fitness and functionality of tumor resident CD8+ T cells by maintaining SCML4 expression.
CANCER RESEARCH
CD8+组织驻留记忆T细胞和肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)会调控肿瘤免疫和免疫监视。对Trm细胞和TILs的表征有助于确定潜在的增强抗肿瘤免疫的策略。在这里,我们发现转录因子SCML4对Trm细胞的进程和多功能性起到必需的作用,并与癌症患者的良好预后相关。此外,SCML4还能维持TILs的多种功能。在小鼠CD8+细胞中增加SCML4的表达显着减少了多种类型的肿瘤的生长,而SCML4的缺失则减弱了抗肿瘤免疫并促进CD8+ T细胞的耗竭。机械地说,SCML4将HBO1-BRPF2-ING4复合物招募到T细胞特异性基因的表达重编程中,从而增强了Trm细胞和TILs的存活和效应功能。脂肪酸代谢通过mTOR-IRF4-PRDM1信号通路促进SCML4的表达,并诱导脂肪酸代谢引发Trm细胞和TILs中组织驻留和多功能基因表达的表观遗传修饰。SCML4通过提高TILs中效应分子的表达和抑制TILs的凋亡来增强抗PD-1治疗的治疗效果,通过添加H3K14乙酰去乙酰化抑制剂可以进一步增强该效应。这些结果提供了肿瘤定位的Trm细胞和TILs功能调控的机械性观点,并确定了肿瘤免疫治疗的一个重要激活靶点。
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CANCER RESEARCH
2023 Aug 23

YannanZheng,RuiZhou,...
Matrix stiffness triggers lipid metabolic crosstalk between tumor and stromal cells to mediate bevacizumab resistance in colorectal cancer liver metastases.
CANCER RESEARCH
贝伐单抗是一种抗血管内皮生长因子(VEGF)的单克隆抗体,对晚期结直肠癌(CRC)的联合治疗起着重要作用。然而,抵抗力仍然是限制贝伐单抗疗效的主要障碍,突显出识别抗血管生成疗法抵抗机制的重要性。本研究对与代谢过程和对贝伐单抗获得抵抗性相关的细胞外基质(ECM)生物物理性质进行了调查。对接受贝伐单抗联合治疗的20例CRC患者的肝转移前后治疗样本进行了评估,包括10例对治疗反应良好和10例对治疗反应不佳。结果表明,与对治疗反应良好的患者相比,对抗血管生成疗法不佳的患者的肝转移病灶中ECM沉积和高度激活的脂肪酸氧化(FAO)通路均升高。在小鼠肝转移CRC模型中,抗VEGF增加了CRC细胞中的ECM沉积和FAO,而FAO抑制剂etomoxir的治疗增强了抗血管生成疗法的疗效。肝星状细胞(HSCs)对结肠癌细胞中的基质刚度介导的FAO至关重要。基质刚度通过聚焦粘附激酶(FAK)/是的相关蛋白(YAP)通路激活了HSCs中的脂解作用,并且由HSCs分泌的游离脂肪酸被吸收为代谢底物,并激活结肠癌细胞中的FAO。通过FAK和YAP抑制抑制HSC脂解作用可以增强抗VEGF疗法的疗效。综上所述,这些结果表明贝伐单抗诱导的ECM重塑触发了结肠癌细胞与HSCs之间的脂质代谢相互作用。这种受肿瘤微环境调控的贝伐单抗抵抗性的代谢机制代表了逆转药物抵抗性的潜在治疗靶点。
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BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS
2023 Aug 22

ShengmingZhou,Yetong...
PredLLPS_PSSM: a novel predictor for liquid-liquid protein separation identification based on evolutionary information and a deep neural network.
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS
生物分子凝聚物的形成通过液液相分离(LLPS)已成为细胞中生物活动时空协调的普遍机制,并被广泛观察到直接调控与癌细胞病理相关的关键细胞过程。然而,蛋白质序列的复杂性和构象的多样性是固有的无序的,这给LLPS蛋白计算和实验研究带来了巨大挑战。在此,我们提出了一种新的预测器,名为PredLLPS_PSSM,用于仅基于序列演化信息的LLPS蛋白鉴定。由于寻找真实可靠的样本是构建预测器的基石,我们从三个数据库的最新版本中重新收集和整理了LLPS蛋白。通过比较位置特异性评分矩阵(PSSM)和词嵌入的性能,PredLLPS_PSSM结合了基于PSSM的信息和两个深度学习框架。利用三个现有的独立测试数据集和两个新构建的独立测试数据集进行的独立测试表明,与最先进的方法相比,PredLLPS_PSSM具有更好的性能。此外,我们还对三个数据库中未包含的来自三种昆虫的九个实验鉴定的LLPS蛋白进行了PredLLPS_PSSM的测试。此外,我们还应用强大的Shapley Additive exPlanation算法和热图找到了与LLPS相关的最关键的氨基酸。© 本文作者 2023 年。由牛津大学出版社出版。版权所有。有关权限,请发送电子邮件至:journals.permissions@oup.com。
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Brain Structure & Function
2023 Aug 23

JunWang,ShenglunLi,Y...
Cuproptosis-related gene SLC31A1 expression correlates with the prognosis and tumor immune microenvironment in glioma.
Brain Structure & Function
铜磷酸诱导细胞死亡是一种新发现的细胞死亡形式, 受一系列基因调控。这些基因被发现能影响肿瘤的进展, 但在胶质母细胞瘤中, 与铜磷酸有关的基因研究较少。使用癌症基因组图谱(TCGA)和基因型-组织表达(GTEx)数据库筛选胶质母细胞瘤和健康组织样本中的SLC31A1基因表达。利用基因表达组学数据库(GEO)和定量实时聚合酶链反应(qPCR)验证结果。使用人类蛋白质图谱(HPA)和美国国家癌症研究所临床蛋白质肿瘤分析联盟(CPTAC)验证我们的结果在蛋白质水平。利用多变量分析和Kaplan-Meier生存曲线来研究SLC31A1基因表达、临床参数和生存率之间的关系。使用搜索作用于互作基因/蛋白质(STRING)在线工具查找与SLC31A1相关的基因和蛋白质。使用肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库进行免疫浸润分析。使用小干扰RNA敲低SLC31A1基因表达, 并使用计数套件-8、流式细胞仪和转彗仪分析细胞增殖、凋亡和迁移。胶质母细胞瘤患者具有更高的SLC31A1表达水平, 且随着世界卫生组织(WHO)分级升高而增加。生存分析表明, SLC31A1基因表达与总生存期(OS)、无进展生存期(PFS)和疾病特异性生存期(DSS)呈负相关。免疫浸润分析显示SLC31A1基因与T辅助2细胞(Th2)、巨噬细胞和M2型巨噬细胞呈正相关, 与浆细胞型树突状细胞(pDCs)、自然杀伤(均质小碎细胞)CD56+细胞和CD8+ T细胞呈负相关。体外减岀(SLC31A1敲低)实验显示SLC31A1敲低抑制了胶质母细胞瘤细胞的增殖和迁移, 促进了凋亡率。SLC31A1基因的表达可以缩短胶质母细胞瘤患者的生存时间。体外研究表明SLC31A1可以促进胶质母细胞瘤细胞的增殖和迁移, 抑制细胞凋亡, 促进肿瘤抑制微环境的形成。©2023。作者。(Note: Translated passage is revised to better align with academic writing style.)
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Brain Structure & Function
2023 Aug 23

KDanielO'Leary,Anast...
How often do awake craniotomies in children and adolescents lead to panic and worry?
Brain Structure & Function
清醒脑手术 (AC) 是成人处理优势脑区脑肿瘤切除的首选治疗方法,但对其对儿童和青少年心理影响的了解还不够。手术期患者的不成熟和合作困难可能导致术后心理影响,如焦虑、恐慌和担忧。在本研究中,我们考察了8项对18岁以下患者 (N = 85) 进行 AC 的研究,注意排除标准、采用的干预措施和实施的心理评估。初步评估主要是为了确定患者是否适合进行 AC,而不是限制年龄。没有使用标准化的干预措施来减少与 AC 相关的焦虑。干预范围从未指定到暴露于手术室录像、催眠、与心理学家和语言治疗师多次会面、与手术团队广泛会面、以及对手术室院落进行详尽暴露。除了少数例外,没有标准化的术前和术后 AC 心理影响评估。定性评估表明,大多数儿童和青少年表现出良好的耐受性,但一项研究表明,手术后学校出勤存在不利影响。考虑到大多数 AC 团队都配备了心理学家,有必要使用标准化的焦虑、创伤和担忧测量工具,以及针对 AC 的测量工具,如复学时间、手术后对 MRI 的担忧和手术后功能的自我评估,进行术前和术后的心理评估。总之,明显需要对 AC 患者进行综合的心理评估。© 2023. 作者。
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CANCER IMAGING
2023 Aug 22

AyçaArçayÖztürk,Patr...
FAP-targeted PET imaging in gastrointestinal malignancies: a comprehensive review.
CANCER IMAGING
F18-氟脱氧葡萄糖正电子发射断层成像/计算机断层成像(FDG PET/CT)在肿瘤诊断、分期和治疗反应评估中发挥至关重要的作用,广泛应用于临床肿瘤学实践已有多年。然而,由于FDG亲和性低或干扰性的生理背景活性,它在评估某些特定的胃肠癌类型方面存在一定局限性。成纤维细胞激活蛋白(FAP)是肿瘤微环境中的一种蛋白质,在多种癌症中高度过表达,这使其成为肿瘤成像和治疗的有吸引力的靶点。最近,FAP靶向放射性药物在临床研究中广泛应用,并在肿瘤成像方面取得了良好的效果。考虑到FDG PET/CT的局限性以及肝脏和肠道环路中缺乏生理性FAP靶向示踪剂的摄取,胃肠癌是FAP靶向成像最有前景的应用之一。在本文中,我们对胃肠癌中的FAP靶向成像进行了综述,以阐明这类分子在胃肠肿瘤学领域中的当前和潜在未来作用。© 2023. 国际癌症成像学会(ICIS)。
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BIOSENSORS & BIOELECTRONICS
2024 Jan

EhsanNazarzadehZare,...
Biomedical applications of engineered heparin-based materials.
BIOSENSORS & BIOELECTRONICS
肝素是一种带负电荷的多糖,具有不同的链长度和亲水性的骨架。由于其迷人的化学和物理特性、无毒性、生物相容性和生物可降解性,肝素已广泛应用于不同的医学领域,如心血管和血液学。本综述突出了基于肝素设计材料在各种生物医学应用中的最新进展和未来发展方向。本文讨论了肝素的物理化学和机械性质、生物相容性、毒性和生物降解性。另外,还回顾了基于肝素材料在药物/基因传递、组织工程、癌症治疗和生物传感器等各种生物医学领域的应用。最后,本文总结了制备基于肝素材料所面临的挑战、机遇和未来展望。 ©2023 作者
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BIOSENSORS & BIOELECTRONICS
2023 Aug 23

YuLi,ShuaiZhang,Meng...
A novel PEC and ECL bifunctional aptasensor based on V2CTx MXene-derived MOF embedded with silver nanoparticles for selectively aptasensing miRNA-126.
BIOSENSORS & BIOELECTRONICS
我们建立了一种新型的光电化学(PEC)和电化学发光(ECL)双功能适配体传感器,用于检测miRNA-126,该传感器采用V2CTx MXene衍生的基于卟啉的金属有机框架负载Ag纳米颗粒(简称为AgNPs@V-PMOF)作为强韧的生物平台。由于V2CTx MXene纳米片中存在V节点,我们使用四取代(4-羧基苯基)卟啉作为配体,制备了基于V的金属有机框架,并通过嵌入Ag+离子形成了AgNPs@V-PMOF肖特基异质结。由于V2CTx基底的快速电子转移和光敏Ag纳米颗粒与V-PMOF之间的能带边缘能级完美匹配,构建的AgNPs@V-PMOF肖特基异质结显示出促进的光生载流子转移,表现出卓越的PEC和ECL性能。此外,由于AgNPs@V-PMOF之间的π-π堆积,范德华力和Ag-N配位的综合作用,大量的miRNA-126的互补DNA链可以固定在AgNPs@V-PMOF上。因此,开发的基于AgNPs@V-PMOF的适配体传感器在PEC和ECL技术下表现出极低的检测限(分别为0.78 fM和0.53 fM),在1.0 fM到1.0 nM范围内,优于大多数报道的miRNA适配体传感器。此外,所提供的双功能适配体传感器具有高选择性、良好稳定性、良好再现性和可接受的再生性,以及在分析活体癌细胞中miRNA-126方面具有潜在的应用前景。这项工作推动了适配体传感器早期和准确诊断癌症标志物的发展,并扩展了MOF在生物传感领域中的应用。
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BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY
2023 Aug 23

DavidBPage,GlennBroe...
Spatial analyses of immune cell infiltration in cancer: current methods and future directions. A report of the International Immuno-Oncology Biomarker Working Group on Breast Cancer.
BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY
现代组织学影像平台与机器学习方法的结合,为绘制肿瘤微环境中免疫细胞的空间分布提供了新的机会。然而,目前并不存在描述或分析空间免疫细胞数据的标准化方法,绝大多数已报道的空间分析方法都很简单。在本综述中,我们概述了两种报告和分析空间数据的方法(栅格与矢量基于)。然后,我们提供了一个空间免疫细胞指标的汇编,总结了在各种癌症情境中的预后相关性。最后,我们讨论了两个已被描述的临床生物标志物,乳腺癌基质肿瘤浸润淋巴细胞评分和结直肠癌免疫分数,并描述了改进这些空间生物标志物的临床效用的研究机会。© 2023 英国与爱尔兰伟大的病理学会。
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BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY
2023 Aug 23

JeppeThagaard,GlennB...
Pitfalls in machine learning-based assessment of tumor-infiltrating lymphocytes in breast cancer: a report of the international immuno-oncology biomarker working group.
BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY
乳腺癌中肿瘤免疫相互作用的临床意义已经确立,肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)已成为三阴(雌激素受体、孕激素受体和HER2阴性)乳腺癌和HER2阳性乳腺癌患者的预测和预后生物标志物。如何在试验和日常实践中计算评估TILs以补充手工评估目前存在争议。利用机器学习(ML)自动评估TILs的最新研究成果显示了有希望的结果。我们通过研究ML与手工TIL定量比较中的根本原因,对最先进的方法进行了回顾,并确定了自动化TIL评估的问题和挑战。我们将我们的发现分为四个主要主题:(1)技术幻灯片问题,(2)ML和图像分析方面,(3)数据挑战,(4)验证问题。造成不一致评估的主要原因是在计算实施中基于特定组织模式或设计选择的性能鉴定导致了假阳性区域或细胞的包括。为了促进ML在TIL评估方面的应用,我们深入讨论了ML和图像分析,包括在将可靠的TIL计算报告纳入三阴乳腺癌患者的试验和常规临床管理之前需要考虑的验证问题。© 2023 The Authors. The Journal of Pathology published by John Wiley & Sons Ltd on behalf of The Pathological Society of Great Britain and Ireland.
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