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COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
2024 Aug 14

ZenanWang,MingLiu,Ju...
Colorectal polyp segmentation with denoising diffusion probabilistic models.
COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
早期发现息肉对于降低结直肠癌 (CRC) 发病率至关重要。因此,开发高效、准确的息肉分割技术对于临床CRC预防至关重要。在本文中,我们提出了一种采用扩散模型的息肉分割的端到端训练方法。图像被视为先验,分割被表述为掩模生成过程。在采样过程中,使用训练后的模型为每个输入图像生成多个预测,并通过使用多数投票策略实现显着的性能增强。使用四个公共数据集和一个内部数据集来训练和测试模型性能。该方法在数据集 Kvasir-SEG 和 CVC-ClinicDB 上分别获得了 0.934 和 0.967 的 mDice 分数。此外,应用一种交叉验证来测试所提出模型的泛化性,据我们所知,所提出的方法优于以前的最先进(SOTA)模型。所提出的方法还显着提高了分割精度并具有很强的泛化能力。版权所有 © 2024 Elsevier Ltd. 保留所有权利。
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COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
2024 Aug 14

RehamRMostafa,AhmedM...
Medical image segmentation approach based on hybrid adaptive differential evolution and crayfish optimizer.
COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
图像分割在医学图像分析中起着至关重要的作用,特别是在准确分离肿瘤和病变方面。有效的分割可以提高诊断精度并促进定量分析,这对于医疗专业人员至关重要。然而,由于相关的计算复杂性,传统的分割方法常常难以处理多级阈值。因此,确定最佳阈值集是一个 NP 难题,凸显了迫切需要有效的优化策略来克服这些挑战。本文介绍了一种多阈值图像分割 (MTIS) 方法,该方法集成了差分进化 (DE) 和小龙虾优化算法 (COA) 的混合方法,称为 HADECO。该方法利用二维(2D)卡普尔熵和2D直方图,旨在提高后续图像分析和诊断的效率和准确性。 HADECO 是一种混合算法,通过基于预定义规则交换信息来结合 DE 和 COA,利用两者的优势来获得卓越的优化结果。它采用拉丁超立方采样(LHS)来生成高质量的初始群体。 HADECO引入了改进的DE算法(IDE),对关键DE参数进行自适应和动态调整,并采用新的突变策略来增强其搜索能力。此外,它还结合了自适应COA(ACOA),可动态调整切换概率参数,有效平衡探索和利用。为了评估 HADECO 的有效性,首先使用 CEC'22 基准函数评估其性能。使用 Wilcoxon 符号秩检验 (WSRT) 和 Friedman 检验 (FT) 针对多种当代算法对 HADECO 进行评估,以整合结果。调查结果突显了 HADECO 卓越的优化能力,其弗里德曼平均排名最低 1.08 就证明了这一点。此外,还使用膝关节 MRI 图像和颅内出血 (ICH) CT 扫描对基于 HADECO 的 MTIS 方法进行了评估。脑出血图像分割的定量结果表明,该方法在6级阈值下实现了优异的平均峰值信噪比(PSNR)和特征相似性指数(FSIM)分别为1.5和1.7。在膝盖图像分割中,它在 5 级阈值下达到了 1.3 和 1.2 的平均 PSNR 和 FSIM,证明了该方法在解决图像分割问题方面的有效性。版权所有 © 2024 Elsevier Ltd. 保留所有权利。
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COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
2024 Aug 14

RuiziZhang,YueSun,Yi...
Enhancing targeted tumor treatment: A novel fuzzy logic framework for precision drug delivery strategy selection.
COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
本研究旨在通过引入一种新颖的理论框架来解决为肿瘤患者选择最佳药物递送策略的挑战。我们提出了一种基于模糊逻辑的框架来定量评估肿瘤患者的健康状态(HS)。该框架将量化的 HS 评估与因果关系强度分析相结合,从药代动力学和药效学角度全面了解各种药物输送方案的有效性。我们的方法的有效性通过一系列真实患者案例研究得到证明,强调了其在以下方面的潜力:加强靶向药物递送策略的评估和选择。我们的工作通过展示模糊逻辑在靶向药物递送系统(TDD)中的实际应用并为药物递送策略选择的精确性建立新的基准,为该领域做出了贡献。这项研究具有重要意义用于开发个性化医疗,可能会通过更细致和科学严谨的方法来评估和选择药物输送方案,从而彻底改变该领域。开发模糊逻辑框架,用于精确量化肿瘤患者的健康状态。因果系统的创新整合,用于全面评估靶向给药策略。版权所有 © 2024 Elsevier Ltd。保留所有权利。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2024 Aug 15

CésarGutiérrezPérez,...
Single-center analysis of a real-world cohort of patients with metastatic urothelial carcinoma evaluated by NGS: molecular landscape and efficacy of targeted therapies.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
描述真实世界转移性尿路上皮癌 (mUC) 患者队列的分子概况,并评估下一代测序 (NGS) 组合在指导 mUC 患者治疗中的益处以及推荐的 DNA 匹配治疗的结果由多学科分子肿瘤委员会 (MMTB) 进行。这是对真实世界 mUC 成年患者队列的单中心分析,该队列包括一项正在进行的试验,旨在评估 NGS 对实体瘤的临床效用。对每位患者进行基因组分析,其中大多数使用 Ion Torrent Oncomine Focus Assay。 MMTB 会议期间讨论了基因组结果。我们纳入了 43 名接受铂类联合疗法和免疫疗法治疗的 mUC 患者。 25 名患者(58.1%;95% CI 43.4-72.9)至少有一种肿瘤致病性改变。 MMTB 将我们现实世界 mUC 患者队列中发现的 33 种肿瘤致病性改变中的 16 种 (48.5%) 分类为 ESCAT I,这是可操作的最高级别。在排除不适合靶向治疗的患者后,MMTB 为 7 名患者提供了匹配治疗指南。在这些患者中,三名患者获得部分缓解,总体缓解率为 42.9%,中位无进展生存期为 7.3 个月(95% CI 6.7-7.9),中位总生存期为 10.9 个月(95% CI 2.4-19.5)。 )。考虑到我们现实世界队列中存在致病性改变的患者比例很高,以及接受靶向治疗的患者的疗效数据,我们建议所有 mUC 患者在诊断时接受 NGS。© 2024。作者,独家获得 Federación de Sociedades Españolas de Oncología (FESEO) 的许可。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2024 Aug 15

MingmingZhang,HanChe...
The impact of integrated hepatitis B virus DNA on oncogenesis and antiviral therapy.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
乙型肝炎病毒(HBV)感染的全球负担仍然很高,慢性乙型肝炎(CHB)患者患肝硬化和肝细胞癌(HCC)的风险显着增加。抗病毒治疗的最终目标是实现乙肝病毒的绝育治愈。这就需要消除肝内共价闭合环状 DNA (cccDNA) 并彻底根除整合的 HBV DNA。本文旨在总结HBV整合的致癌作用以及清除HBV整合在绝育治疗中的意义。它特别关注 HBV 整合导致 HCC 的分子机制,包括调节原癌基因和肿瘤抑制基因的表达、诱导染色体不稳定以及截短的突变 HBV 蛋白的表达。该综述还强调了抗病毒治疗在减少 HBV 整合和预防 HBV 相关 HCC 方面的影响。此外,该综述还为慢性乙型肝炎治疗的未来目标提供了见解。目前抑制和消除HBV DNA整合的策略主要包括抗病毒治疗、RNA干扰和基因编辑技术。总体而言,HBV 整合值得进一步研究,并有可能作为 CHB 和 HBV 相关 HCC 的生物标志物。© 2024。作者。
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Epigenetics & Chromatin
2024 Aug 14

MeryemElAzzouzi,Haja...
Comprehensive behavioural assessment of TERT in bladder cancer.
Epigenetics & Chromatin
端粒酶活性在癌症的发生和进展中起着至关重要的作用。因此,通过端粒酶逆转录酶 (TERT) 启动子中突变和表观遗传改变的相互作用来激活端粒酶,可以进一步了解膀胱癌的诱导和进展。在这项研究中,选择了 100 个膀胱肿瘤组织,并分析了四种分子特征:甲基化状态、TERT 启动子突变、端粒长度和 TERT 表达。在我们的研究中,88% 的膀胱癌患者 THOR 区域存在高甲基化,60% 的 TERT 启动子区域存在突变。在膀胱癌的所有阶段和级别中均观察到 TERT 启动子甲基化。同时,TERT启动子突变在晚期和分级中被检测到。在我们的队列中,在非侵袭性膀胱癌病例中发现了高水平的 TERT 表达和长端粒,且 TERT 表达和端粒长度之间存在显着相关性。有趣的是,TERT 表达低的患者和端粒长的患者的无病生存期和总生存期显着延长。TERT 启动子中发生的甲基化和突变与膀胱癌发生有关,提供了额外的预后,并为癌症中端粒生物学提供了新的见解.版权所有 © 2024 Elsevier Inc. 保留所有权利。
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Epigenetics & Chromatin
2024 Aug 13

PatriciaGitaNaully,M...
cccDNA epigenetic regulator as target for therapeutical vaccine development against hepatitis B.
Epigenetics & Chromatin
慢性乙型肝炎病毒感染(CHB)仍然是全球健康问题,目前可用的抗病毒疗法在预防肝细胞癌(HCC)发展方面效果有限。 CHB 治疗中的两个主要挑战包括乙型肝炎病毒 (HBV) 微型染色体、共价闭合环状 DNA (cccDNA) 的持续存在,以及宿主免疫反应未能消除 cccDNA。最近的研究结果表明,一些宿主和 HBV 蛋白参与 cccDNA 的表观遗传调控,包括 HBV 核心蛋白 (HBc) 和 HBV x 蛋白 (HBx)。这两种蛋白都可能有助于 cccDNA 微型染色体的稳定性,并与病毒和宿主蛋白相互作用以支持转录。慢性乙型肝炎治疗的一种潜在途径是使用治疗性疫苗。本文探索了适合 cccDNA 表观遗传学操作的 HBV 抗原,阐明了它们的作用机制,并评估了它们作为表观遗传学驱动的 CHB 治疗疫苗关键成分的潜力。分子靶向药物与治疗性疫苗相结合,通过靶向病毒并增强宿主的免疫反应,为解决慢性乙型肝炎提供了一种有前景的策略。尽管面临挑战,这些疫苗的开发强调需要能够诱导有效免疫反应而不导致 T 细胞耗竭的 HBV 抗原,为慢性乙型肝炎患者带来了新的希望。版权所有 © 2024。由 Elsevier España, S.L.U. 出版。
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Epigenetics & Chromatin
2024 Aug 13

IngeJonkman,MaaikeME...
Trained immunity suppression determines kidney allograft survival.
Epigenetics & Chromatin
先天免疫系统在调节肾移植的免疫反应中发挥着重要作用,但先天免疫细胞影响移植物长期存活的机制尚不清楚。目前的研究强调了训练有素的免疫力在肾同种异体移植物存活中的重要作用。训练有素的免疫描述了先天免疫细胞在初始刺激后经历的表观遗传和代谢变化,使它们对随后的刺激产生更强的炎症反应。我们在体外训练的免疫测定中用肾移植患者移植前和移植后血清以及免疫抑制剂刺激健康外周血单核细胞 (PBMC),并测量肿瘤坏死因子 (TNF) 和白细胞介素 6 (IL-6)上清液中的细胞因子水平作为经过训练的免疫的读数。我们发现,移植后一周收集的肾移植受者的血清可以抑制训练有素的免疫力。重要的是,我们发现血清最强烈抑制训练免疫力的肾移植受者很少经历移植物损失。移植后血清的这种抑制作用可能是由以前未报道的免疫抑制药物的作用介导的。我们的研究结果为先天免疫在肾同种异体移植物存活中的作用提供了机制见解,揭示了训练有素的免疫作为改善移植物存活的潜在治疗目标。版权所有 © 2024。由 Elsevier Inc. 出版。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2024 Aug 15

TetyanaKendzerska,Sa...
Association between a Recalled Positive Airway Pressure (PAP) Device and Incident Cancer: A Population-Based Study.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
飞利浦/伟康公司召回 2009 年至 2021 年间销售的气道正压通气 (PAP) 设备的实际后果尚不清楚。我们使用健康管理数据库(加拿大安大略省)对所有新的成年 PAP 用户进行了一项基于人群的回顾性研究通过省资助系统确定,基线时没有癌症,在 2012 年至 2018 年间开始(声称)PAP 治疗的人。从 PAP 索赔日期到最早的癌症诊断事件、死亡或随访结束,每个人都受到跟踪上(2022 年 3 月)。我们使用治疗加权的逆概率来平衡召回设备和其他制造商设备上的个体之间的基线特征。对各组之间发生癌症的加权危险比进行比较。在已识别的 231-692 名个人中,58-204 名 (25.1%) 声称召回设备,173-488 名 (74.9%) 来自其他制造商。仅通过位置相关协变量注意到组间有意义的基线差异(标准化差异≥0.10);其他变量大多均匀分布(标准化差异≤0.06)。在中位随访 6.3 年(IQR:4.9-8.0)中,11 166 例 (4.8%) 罹患癌症:回忆组中每 10 000 人年未经调整的比率 (95 CI%) 为 78.8 (76.0-81.7)与其他人的 74.0 (72.4-75.6) 相比 (p=0.0034)。倾向评分加权在组间基线特征上实现了极好的平衡(标准化差异≤0.07)。在加权样本中,各组之间的癌症发生风险没有统计学差异:特定原因风险比(回忆与其他)为 0.97,95% CI:0.89-1.06。在我们的现实世界人口研究中,与与其他制造商进行比较并调整混杂因素后,召回的设备似乎与癌症的发生无关。版权所有 © 作者 2024。有关复制权和许可的信息,请联系 Permissions@ersnet.org。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2024 Aug 15

ShefaliChauhan,Emily...
Entinostat as a combinatorial therapeutic for rhabdomyosarcoma.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
横纹肌肉瘤(RMS)是最常见的儿童软组织肉瘤。对于肺泡亚型 (ARMS),PAX3::FOXO1 融合基因和/或转移的存在是不良结果的有力预测因素。转移性 PAX3::FOXO1 ARMS 通常最初对化疗有反应,但随后会复发并产生耐药性,大多数患者在诊断后无法存活超过 8 年。过去 10 年来,尚无针对患者的治疗性 II 期或 III 期临床试验 (ARST0921)。因此,转移性 ARMS 代表了显着未满足的临床需求。 ARMS 中的化疗耐药性先前被归因于 PAX3::FOXO1 介导的细胞周期检查点适应,该适应是由 HDAC3-SMARCA4-miR-27a-PAX3::FOXO1 电路介导的,该电路可通过 HDAC3 抑制来破坏。在这项研究中,我们研究了表观遗传调节剂恩替司他(一种 I 类组蛋白脱乙酰酶 (HDAC1-3) 抑制剂)与 RMS 特异性化疗相结合在 RMS 患者来源的异种移植 (PDX) 模型中的治疗效果。我们在三种 PAX3::FOXO1 ARMS 小鼠模型中确定了复发特异性化疗与恩替司他临床相关药物暴露之间的单药、累加或协同关系。该临床前数据为恩替司他的临床研究提供了进一步的理论依据,恩替司他在儿科 I 期临床试验 (ADVL1513) 中已知具有良好的耐受性。© 2024。作者。
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