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CRITICAL REVIEWS IN ONCOLOGY HEMATOLOGY
2023 Aug 18

YawenLi,HalahatiTuer...
Nrf2--a Hidden Bridge Linking Cancer Stem Cells to Ferroptosis.
CRITICAL REVIEWS IN ONCOLOGY HEMATOLOGY
癌干细胞(CSCs)是存在于癌细胞中的一小部分干细胞,被认为是肿瘤复发、转移和药物耐药的“元凶”。铁死亡(Ferroptosis)是一种有希望的抗癌疗法。由于其独特的代谢特性,CSCs的生长更依赖于铁和脂质,而非普通癌细胞。当铁/脂质代谢紊乱,即氧化还原平衡失调时,CSCs更容易发生铁死亡。核因子E2相关因子2(Nrf2)的表达,是决定细胞是否处于氧化应激和铁死亡的主要调节分子。CSCs中的Nrf2表达水平较高,表明对Nrf2依赖更加强烈。本文阐述了CSCs的独特生物学和代谢特性,并探讨了通过靶向Nrf2诱导铁死亡的机制,从而为消除侵袭性肿瘤和实现治愈肿瘤的目标提供了有希望的新靶点。版权所有 © 2023 Elsevier B.V. 保留所有权利。
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COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
2023 Aug 14

MStoks,IVieco-Martí,...
Digital image analysis workflows for evaluation of cell behavior and tumor microenvironment to aid therapeutic assessment in high-risk neuroblastoma.
COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
数字病理学和人工智能是精准肿瘤学中有前景的新兴工具,因为它们能够对肿瘤细胞及其周围微环境的组织学、形态学和拓扑学特征进行更强大和可重复的分析。本研究旨在开发数字图像分析工作流,用于在体外预临床模型中进行治疗评估。为此,我们生成了能够自动检测和量化异位高危神经母细胞瘤异种移植瘤中的血浆纤维粘连蛋白(vitronectin)和αvβ3的流程,证明了数字分析工作流可用于强大地检测恶性神经母细胞的血浆纤维粘连蛋白分泌和αvβ3表达,并评估传统化疗(依托泊苷)与细胞外基质靶向治疗(西来替)的结合可能性。数字图像分析进一步证明了领土性血浆纤维粘连蛋白作为神经母细胞瘤治疗靶点的相关性,因为其表达在治疗后发生改变,组合治疗瘤中的平均百分比为60.44%,对照组中为45.08%。此外,本研究揭示了西来替降低αvβ3表达的疗效,与对照组相比,西来替处理的材料中平均αvβ3阳性率为34.17%,控制组为66.14%,且与依托泊苷联合使用时肿瘤生长得到减少,组合治疗的最终平均体积为0.04 cm3,对照组为1.45 cm3。本研究结果凸显了细胞外基质为焦点的治疗在高危神经母细胞瘤患者的临床前研究中的重要性。版权所有©2023作者。由Elsevier Ltd.出版。保留所有权利。
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COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
2023 Aug 12

YaoZheng,DongHuang,X...
UniVisNet: A Unified Visualization and Classification Network for accurate grading of gliomas from MRI.
COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
准确评估脑肿瘤在胶质瘤的诊断和治疗中起着至关重要的作用。虽然卷积神经网络(CNN)在这一任务中表现出了很大的潜力,但其临床适用性仍受到模型的可解释性和鲁棒性的限制。在传统框架中,首先训练分类模型,然后生成可视化解释。然而,这种方法往往会导致模型更加注重分类性能或复杂性,使得难以实现精确的可视化解释。受到这些挑战的启发,我们提出了统一可视化和分类网络(UniVisNet),这是一个新颖的框架,旨在提高分类性能和生成高分辨率可视化解释。UniVisNet通过引入基于子区域的注意力机制来解决注意力不对齐问题,取代了传统的下采样操作。此外,多尺度特征图被融合以实现更高的分辨率,从而生成详细的可视化解释。为了简化流程,我们引入了统一可视化和分类头(UniVisHead),它直接生成可视化解释,无需额外的分离步骤。通过大量的实验,我们提出的UniVisNet始终优于强基线分类模型和常见的可视化方法。值得注意的是,UniVisNet在胶质瘤分级任务上取得了显著的成果,包括94.7%的AUC,89.3%的准确率,90.4%的敏感度和85.3%的特异度。此外,UniVisNet提供了超越现有方法的可视化解释。总之,UniVisNet通过同时提高分类性能和生成高分辨率可视化解释,在脑肿瘤分级中创新地生成可视化解释。这项工作为深度学习的临床应用做出了贡献,赋予临床医生对胶质瘤的空间异质性有全面的认识。 版权 © 2023 Elsevier Ltd. 保留所有权利。
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Comput Meth Prog Bio
2023 Aug 08

Tan-CongNguyen,Tien-...
MANet: Multi-branch attention auxiliary learning for lung nodule detection and segmentation.
Comput Meth Prog Bio
目前,在分析胸部计算机断层扫描(Chest CT)以便检测肺癌前兆、提供早期治疗措施以减少死亡率的过程中,肺结节的检测和分割是两个主要任务。尽管已经提出了许多方法来减少误报以获得有效的检测结果,但由于肺结节和背景区域的生物特征相似且大小各异,区分它们仍然具有挑战性。我们的工作目的是提出一种自动检测和分割胸部CT中肺结节的方法,通过增强肺结节的特征信息。我们提出了一种基于UNet的新型主干网络,具有多支路注意力辅助学习机制,其中包括三个新模块,即投影模块、快速级联上下文模块和边界增强模块,以进一步增强肺结节的特征表示。在此基础上,我们建立了MANet,一种同时检测和分割精确结节位置的肺结节定位网络。此外,我们的MANet还包含一个提案细化步骤,用于有效减少误报并产生良好的分割质量。基于LUNA16和LIDC-IDRI两个基准集的综合实验表明,我们提出的模型在肺结节检测和分割任务方面优于现有方法,评价指标包括FROC、IoU和DSC。我们的方法在肺结节检测方面报告了88.11%的平均FROC分数。在肺结节分割方面,结果达到了71.29%的平均IoU分数和82.74%的DSC分数。消融实验还表明了新模块的有效性,这些模块可以集成到其他基于UNet的模型中。实验证明,与原始UNet设计相比,具有多支路注意力辅助学习能力的我们的方法是一种有前景的检测和分割肺结节实例的方法。版权所有©2023年 Elsevier B.V. 发表。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Sep

QiulinFan,WanHe,Yuan...
Forkhead box protein K1‑regulated neurexophilin 4 promotes proliferation, metastasis and glycolysis in colorectal cancer.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
结直肠癌(CRC)是一种常见的恶性肿瘤。目前,对CRC在分子和基因水平上形成、发展和治疗的深入研究是一个研究热点。去神经元粘黏素4(NXPH4)的表达在多种癌症中已被发现异常增高,但其在CRC中的表达尚未报道。首先,使用相关数据库预测NXPH4在CRC中的表达以及与CRC患者生存率的关联。随后,通过细胞实验验证了CRC细胞中NXPH4的表达。使用细胞计数试剂盒-8、5-乙炔基-2'-脱氧尿嘧啶染色、流式细胞术、划痕愈合实验、Transwell实验、Western blotting和试剂盒检测了NXPH4在CRC细胞中的敲低对细胞增殖、侵袭、迁移和糖酵解的影响。使用JASPAR数据库预测了NXPH4和转录因子FOXK1之间的关联,并通过荧光素酶报告基因和染色质免疫沉淀实验证实了这种关联。还讨论了NXPH4的调节机制。结果显示,在CRC中NXPH4高度表达。CRC细胞中的NXPH4敲低可以显著抑制细胞增殖并诱导凋亡。NXPH4敲低抑制了细胞的侵袭、迁移和糖酵解。进一步,在CRC细胞中过表达FOXK1可以逆转上述过程。总之,FOXK1调控的NXPH4在CRC中促进了增殖、转移和糖酵解。版权所有:Fan等。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Dec

LinshiZhang,ZheZhang...
A novel microRNA panel exhibited significant potential in evaluating the progression of laryngeal squamous cell carcinoma.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
喉鳞状细胞癌(LSCC)是人类头颈部常见的癌症。LSCC患者的5年生存率在过去四十年中有所下降。研究报告显示,微小RNA(miRNA)能够预测不同癌症患者的预后结果。然而,关于使用多miRNA模型作为LSCC诊断或预后的标志物方面尚无报道。为建立与miRNA表达相关的LSCC患者诊断、预测和辅助治疗模型,本研究分别入组了107例临床LSCC患者,并从TCGA数据库获取了117个LSCC样本数据进行评估。接下来,依次进行了下一代测序(NGS)、原始数据处理、最小绝对值收缩和选择操作算法、Cox回归分析、诊断模型构建和细胞功能实验(包括增殖、迁移和侵袭实验)。
与正常组织相比,LSCC中miRNA表达发生明显失调。建立了由miR-137-3p、miR-3934-5p、miR-1276、miR-129-5p、miR-7-5p和miR-105-5p共同组成的六miRNA预后模型用于LSCC患者的预测。六miRNA预后模型与LSCC患者的整体生存率(OS,p = 2.5e-05,HR: 4.30 [2.20-8.50])、无进展生存期(PFI,p = 0.025,HR: 1.94 [1.08-3.46])和疾病特定生存期(DSS,p = 1.1e-05,HR: 5.00 [2.50-10.00])密切相关。还基于六miRNA预后模型和临床特征构建了预测2年、3年和5年整体生存率的诊断模型。此外,阻断六个miRNA之一的功能可以抑制LSCC细胞的增殖、侵袭和迁移。
本研究中六miRNA预后模型的性能显示了其对于LSCC进展评估的显著潜力。此外,六miRNA预后模型在临床中可能作为预后和治疗靶点的预测工具。© 2023作者
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Dec

QianZhou,FengliangWa...
Role of miR-301b-3p/5p in breast cancer: A study based on the cancer GenomeAtlas program (TCGA) and bioinformatics analysis.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
乳腺癌是世界上女性中最常见的癌症类型之一。miR-301b-3p/5p是来自相同前体miRNA的成对miRNA,可能在肿瘤中具有不同的临床作用,并需要进一步的探索和研究。为了研究miR-301b-3p/5p的差异表达、临床意义、诊断和预后价值,并探索它们在乳腺癌中的功能,我们从TCGA数据集中提取了有关miRNA的信息进行临床相关性分析,并通过GO、KEGG富集和免疫渗透分析来探索其潜在功能。miR-301b-3p/5p在乳腺癌中都高度表达,它们之间存在正相关。miR-301b-3p和miR-301b-5p具有不同的临床特征。在乳腺癌中,miR-301b-3p可以作为潜在的诊断标志物,而miR-301b-5p可以作为预后分子。GO、KEGG富集和免疫渗透分析表明,miR-301b-3p主要聚焦于分子功能,miR-301b-5p主要聚焦于血管生成调控,并且与免疫细胞相关。miR-301b-3p和miR-301b-5p在乳腺癌中均具有肿瘤促进作用,miR-301b-3p可以作为潜在的诊断标志物,而miR-301b-5p可以作为预后分子和潜在的治疗靶点。尽管miR-301b-3p/5p是同一前体miRNA的两个分支miRNA,它们可能通过不同的途径共同促进乳腺癌的进展。© 2023 The Authors.
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023

RuiChen,MengwenNiu,X...
Targeting mitochondrial dynamics proteins for the treatment of doxorubicin-induced cardiotoxicity.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
多柔比星(DOX)是一种广泛使用的化疗药物,可能引起严重且频繁的心脏毒性反应,限制了其临床应用。尽管关于DOX引起的心脏毒性已进行了大量的研究,但有效的治疗方法仍然缺乏。了解DOX诱导心脏毒性的分子机制,并寻找不会牺牲其抗癌效果的新的治疗靶点是必要的。线粒体被认为是DOX引起的心脏毒性的主要靶标。线粒体动力学失衡,以线粒体分裂的增加和线粒体融合的抑制为特征,经常出现在DOX诱导的心脏毒性中,这可能导致过度产生活性氧,能量代谢紊乱,细胞凋亡和其他各种问题。此外,线粒体动力学失调与肿瘤发生也有关。令人惊讶的是,最近的研究表明,靶向线粒体动力学蛋白,如DRP1和MFN2,不仅可以抵御DOX诱导的心脏毒性,还可以增强或不损害其抗癌效果。在本文中,我们总结了DOX诱导的心脏损伤中的线粒体动态失调。此外,我们概述了目前针对参与线粒体动力学的蛋白的药物和非药物干预方法,以减轻DOX引起的心脏损伤。
版权所有©2023 Chen, Niu, Hu和He。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Aug 18

JingruZhao,RobertBFa...
Spatial promoter-enhancer hubs in cancer: organization, regulation, and function.
Epigenetics & Chromatin
转录调控失调是癌症的一个特点,并且可能由改变的增强子景观驱动。基因组组织中的最近研究揭示了多个增强子和启动子可以在空间上聚集形成动态的拓扑组装,被称为启动子-增强子中枢,与基因表达的增强明显相关。在本综述中,我们讨论了最近在多种癌症类型中鉴定的启动子-增强子中枢的结构和复杂性。我们进一步讨论了驱动启动子-增强子中枢失调的潜在机制,并推测了它们在病理生理中的功能作用。了解启动子-增强子中枢在转录调控中的作用可以为针对基因组组织的这些复杂特征提供新的治疗方法的洞察。版权所有 © 2023 Elsevier Inc. 保留所有权利。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Aug 21

MingpengZhang,DuoKan...
P300/SP1 complex mediating elevated METTL1 regulates CDK14 mRNA stability via internal m7G modification in CRPC.
Epigenetics & Chromatin
N7-甲基鸟苷(m7G)修饰是除了m6A修饰外较常见的一种表观遗传修饰,在mRNA帽子、mRNA内部、转移RNA(tRNA)、pri-miRNA和核糖体RNA(rRNA)中主要存在。已经发现m7G修饰在mRNA转录、tRNA稳定性、rRNA加工成熟和miRNA生物合成中起着重要作用。然而,m7G修饰及其在肿瘤中特别是前列腺癌(PCa)中的mRNA内的作用及其"写入"酶甲基转移酶1(METTL1)尚未揭示。通过RNA-seq和体外实验评估了雄激素敏感型前列腺癌(HSPC)和去势抵抗型前列腺癌(CRPC)之间METTL1的差异表达水平。通过体外和体内实验研究了METTL1对CRPC进展的影响。通过染色质免疫沉淀定量逆转录聚合酶链反应(CHIP-qPCR)、共免疫沉淀(Co-IP)、荧光素酶报告基因实验、转录组测序、m7G AlkAniline-Seq和mRNA降解实验等,探索了METTL1表达上调的上游分子机制和其作用的下游机制。结果与结论:在这里,我们发现METTL1在CRPC中升高,METTL1升高的患者倾向于预后不良。功能上,METTL1在CRPC细胞中的沉默明显限制了细胞增殖和侵袭能力。从机制上看,我们揭示了P300能够与SP1形成复合物,并通过SP1结合METTL1基因的启动子区域,从而介导CRPC中METTL1的转录上调。随后,我们的发现表明METTL1通过在其mRNA内添加m7G修饰,促进了CDK14的mRNA稳定性,最终促进了CRPC的进展。©2023年。意大利国家癌症研究所“Regina Elena”。
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