尽管急性淋巴细胞白血病（ALL）的儿童和青少年存活率较高，但约有15-20％的患者会复发。复发风险通常在诊断时通过生物学因素（包括流式细胞仪数据）评估。这种高维数据通常通过将其投影到一组生物标志物上手动评估。细胞密度和数据的二维投影中的“空白区域”，即没有细胞的区域，然后用于定性评估。在本研究中，我们使用拓扑数据分析（TDA），量化数据中的形状，包括空白区域，来分析已知患者预后的治疗前ALL数据集。我们将这些完全无监督的分析与机器学习（ML）相结合，以识别显著的形状特征，并证明它们能准确预测复发风险，尤其是对于先前被分类为“低风险”的患者。我们独立验证了CD10、CD20、CD38和CD45作为ALL诊断的生物标志物的预测能力。基于我们的分析，我们提出了三个逐渐详细的预测流程，根据技术和技术可用性分析ALL患者的流式细胞仪数据：1. 在数据的二参数投影中对特定生物学特征进行可视化检查；2. 计算此类投影的定量拓扑描述符；3. 在由CD10、CD20、CD38和CD45定义的四参数空间中，使用TDA和ML进行综合分析。我们的分析可轻松扩展到其他血液恶性肿瘤。版权：© 2023 Chulián等人。本文为开放获取文章，依照创作共用许可证的规定，任何人都可以自由使用、分发和复制本文，在保留原作者和出处的前提下。

对肿瘤微环境中癌细胞状态进行适当的表征是准确识别匹配的实验模型和精准治疗发展的关键。为了从批量RNA-seq数据中重建这些信息，我们开发了XDec Simplex Mapping (XDec-SM) 基于参考的去卷积方法，将肿瘤及其组成细胞的状态映射到生物可解释的低维空间中。当存在相关的单细胞编码数据时，该方法通过识别信息丰富的基因集来进行解卷积。应用于The Cancer Genome Atlas (TCGA) 中的乳腺肿瘤时，XDec-SM 推断出组成细胞类型及其比例的身份信息。XDec-SM 还推断出与DNA甲基化模式、驱动性体细胞突变、通路激活和基质细胞与乳腺癌细胞之间的代谢耦合相关的个体肿瘤内的癌细胞状态。通过将肿瘤、癌细胞系和PDX模型映射到同一图上，我们鉴定出具有匹配癌细胞状态的体外和体内模型。地图位置还能预测治疗反应，从而为通过与体内癌细胞状态相匹配的模型系统中的实验指导精准治疗打开前景。版权：©2023年Murillo等人。本文为开放获取文章，根据创作共用许可证，任何媒介下的自由使用、分发和复制均可，只要保留原始作者和来源的信息。

器官样品提供了一个强大的模型，用于研究细胞自我组织、体外特定组织形态的生长以及评估潜在的医学疗法。然而，这些系统的内在机制尚未完全理解，这可能导致器官样品因培养条件和基底膜提取物的差异而产生可变性。改善器官样品培养的标准化对其在临床方案中的应用至关重要。开发工具来评估和预测这些系统的行为可能产生更强大和标准化的生物模型，以进行准确的临床研究。在这里，我们开发了一个算法，用于自动计数体外和体内肠道器官样品的类隐结构。此外，我们修改了现有的二维基于代理的数学模型，以更好地描述肠道器官样品的系统生理，并评估其与我们生成的新实验数据相比，复制成瘤结构的能力。类隐结构的计数算法在近似于培养于种植后第3天和第7天的体外肠道器官样品图像中找到的平均成瘤结构方面证明了其有用性。我们对体外模型的改变保持了产生与体外数据第5天和第7天发现的成瘤结构数量相符的模拟结果的潜力。本研究旨在帮助量化关键形态结构，并为比较体外和体内实验提供一种方法。我们的结果将来可以扩展为三维体外模型。 版权：© 2023 Montes-Olivas等。这是一篇开放获取文章，根据创作共用许可证分发，允许在任何媒介上自由使用、分发和复制，前提是保留原作者和来源的信息。

阿米巴肉芽肿（amoeboma）是异位阿米巴感染的假性肿瘤表现，由阿米巴组织胞浆菌（Entamoeba histolytica）引起的寄生虫感染。它在胆囊的发生极为罕见，文献中仅发现了一例。因此，我们在此报告一例胆囊阿米巴病变（amoeboma）类似于胆管癌（cholangiocarcinoma）的病例报告。 一位62岁的患者因持续4个月的胆绞痛来就诊，没有相关症状。磁共振成像和胸腹部CT显示胆囊癌扩展至肝脏，并可能出现局限性腹膜癌转移。因此，我们进行了扩大切除胆囊并进行淋巴结清扫以确诊胆管癌。病理学结果显示胆囊阿米巴病变扩展至肝脏和十二指肠。 据我们所知，文献中仅有一例胆囊阿米巴病变，使得此病例报告具有重要价值。从这个观察中可以得出一些教训。事实上，在临床症状、生物学（良好的全身状况和肿瘤标志物阴性）和影像学之间存在差异时，我们更倾向于采用以下治疗策略：对肝实质进行活检，进行阿米巴血清学检查以确认诊断。然后给予甲硝唑治疗并通过CT扫描确认可疑损害的消失。 胆囊阿米巴病变是一种罕见的疾病，但在胆管癌的非典型表现时需要考虑该病情。术前提出并确认诊断可以避免过度手术。 © 2023 The Authors. Published by Elsevier Ltd.. All rights reserved.

经口机器人手术(TORS)在肿瘤学控制方面和放射治疗具有相同效果，但潜在提升生活质量（QOL）和降低患者对决策的后悔。本横断面研究纳入了2016年至2021年期间完成决策后悔量表（DRS）、M. D. Anderson吞咽困难评估表（MDADI）和华盛顿大学生活质量评定表（UW-QOL）的早期口咽癌患者。治疗结束至问卷完成的中位时间为1.8年(IQR 1.4-3.3, 范围1.0-5.6)。在65名患者中，84.6%的患者没有或只有轻微的决策后悔。决策后悔与临床参数或辅助治疗无关，但与MDADI(τavg = -0.23, p < 0.001)和UW-QOL(τavg = -0.27, p < 0.001)相关。较差的MDADI与年龄较大有关，而较差的UW-QOL与多部位手术和问卷填写时间较短有关。总体而言，TORS患者非常少表达决策后悔。DRS评分不受临床人口统计学或附加辅助疗法的影响，但决策后悔与较差的QOL和较差的吞咽有关。 版权所有 © 2023 Elsevier Ltd. 保留所有权利。

肿瘤病理治疗中，设计能够选择性破坏肿瘤细胞而保护健康组织的创新治疗策略仍然具有极高的挑战性。在本研究中，我们展示了两种靶向治疗方法的联合应用对移植至小鼠体内的结直肠癌的治疗是有效的。其中一种治疗方法是使用贝伐单抗(Bev)，另一种是使用β-葡萄糖醛酸酶响应型结合白蛋白的单甲基奥瑞斯汀E(MMAE)前药。与目前用于治疗该病的FOLFOX和Bev联合应用相比，这种联合治疗产生了更高的治疗活性。这种增强的抗癌效果是由于肿瘤微环境中由葡萄糖醛酸酶前药选择性释放出的Bev和MMAE之间的协同或加成效应。由于许多药物递送系统，如抗体药物偶联物，使用MMAE作为细胞毒素负荷，这一发现可能对于通过将其与Bev联合应用来改善治疗性指数，特别是用于治疗结直肠癌的治疗，具有极大的意义。

目前，鼻咽癌患者的低生存率和不良预后主要归因于早期和准确的诊断以及对放疗的耐药性的缺乏。与此同时，成像引导诊断和精确治疗的融合在治疗纳米技术领域引起了很大的关注。然而，构建具有理想成像性能和良好生物相容性的双模成像引导纳米治疗仍然具有挑战性。因此，我们开发了一种简单但多功能的纳米治疗剂GdCPP，用于鼻咽癌（NPC）的早期和准确诊断以及有效治疗，将荧光成像和磁共振成像（MRI）结合到单个纳米平台上，用于成像引导下的光动力疗法（PDT）。GdCPP具有适当的粒径（81.93 ± 0.69 nm）和高稳定性，导致足够的肿瘤积累，辐射照射后产生大量的活性氧（ROS），进一步显著杀伤肿瘤细胞。此外，与临床使用的Gd-DTPA（5.034 mM-1 s-1）相比，GdCPP具有更高的r1弛豫度（9.396 mM-1 s-1），并展现出更好的T1WI MRI成像性能。在双模成像引导下的PDT中，GdCPP实现了有效的治疗效果，而不引起明显的组织损伤。体外和体内研究的结果表明，GdCPP可能是适用于双模成像引导的精确肿瘤治疗的合适候选剂。

新辅助免疫化疗在可切除非小细胞肺癌（NSCLC）中具有良好的疗效。然而，在不可切除的IIIB期NSCLC患者中的作用仍存在争议。本研究旨在证明新辅助免疫化疗随后进行手术切除治疗初期不可切除的IIIB期NSCLC患者的疗效和安全性。本研究对2019年6月至2022年4月期间接受Pembrolizumab联合化疗的59例初期不可切除的IIIB期NSCLC患者进行了回顾性分析。收集和评估了临床特征、影像学和病理学反应以及生存结果。识别了59例初期不可切除的IIIB期NSCLC患者，并分为手术组（n=23）和非手术组（n=36），随访时间中位数为15.0个月。手术组的中位无进展生存期（PFS）/无疾病生存期（DFS）显著长于非手术组（未达到vs. 15.5个月，p=0.0031）。手术组和非手术组的中位总生存期（OS）均未达到，并且手术组的OS率为100％（23/23），非手术组为83.3％（30/36）。病理分析提示，23例患者中有13例（56.5％）达到了重要的病理学反应（MPR）或病理学完全缓解（pCR），与非MPR组相比，在MPR组中观察到更多的鳞状细胞癌病例（p=0.034）。手术组的所有患者均进行了R0切除，并且未记录到手术相关的死亡；只有3例患者（13.0％）经历了术后并发症。在这项回顾性研究中，新辅助免疫化疗后的手术切除对于初期不可切除的IIIB期NSCLC患者是有希望的，具有较高的MPR率和良好的手术安全性。版权所有©2023 Elsevier B.V. 发布。

ROS1融合基因在非小细胞肺癌（NSCLC）中属于可有效治疗的异常。除了耐靶向治疗的溶剂前突变（SFM）外，小规模ROS1突变很大程度上尚未被了解。我们对NSCLC患者中不具有ROS1融合基因或SFM的小规模ROS1突变的临床和分子特征进行了探索性分析。我们在网络基因组医学中的NSCLC患者组织样本上进行了下一代测序。我们排除了具有ROS1融合基因和SFM的患者。我们分析了携带小规模ROS1突变、ROS1突变以及共同突变的患者的临床特征以及对全身治疗的反应。在经过分析的10,396名患者中，有101名（1.0%）患者携带有小规模ROS1突变。大多数患者为男性（73.3%）和吸烟者（96.6%）。近一半的患者呈现鳞状细胞癌（SqCC，40.4%）。大多数突变为转换突变（50.5%），并且66%的突变位于激酶结构域。除了TP53突变（65.3%），还伴随发生KRAS（22.8%）、EGFR（5.9%）、PIK3CA（9.9%）和FGFR1-4（8.9%）突变。在10名（9.9%）患者中，ROS1突变是唯一检测到的异常。在具有或不具有KRAS共同突变的患者中，中位总生存期（mOS）显著不同（9.7 vs 21.5个月，p = 0.02），在治疗过程中使用或不使用免疫检查点阻断（ICB）的患者中，mOS也存在显著差异（21.5 vs 4.4个月，p = 0.003）。该队列的临床特征与ROS1融合基因队列不同。KRAS突变的共同发生导致了缩短的生存期，并且患者从ICB中受益。我们的数据不支持ROS1小规模突变作为NSCLC中强的致癌驱动因子的观点，而是将其视为影响治疗策略效果的相关旁观者。版权所有© 2023作者。由Elsevier B.V.出版。保留所有权利。

在家族乳腺癌（BC）的临床遗传检测中，基于人群遗传研究发现的低影响遗传变异通常不作为例行测量。我们研究了将已建立的多基因风险评分（Polygenic Risk Score，PRS）（BCAC 313, PRS313）融入瑞典家族性BC妇女的临床测序中的后果。我们开发了一个附加的测序板，用于在临床筛查遗传性BC基因的基础上捕获313个风险变异。通过比较PRS计算结果，纳入了来自87个家庭的无致病变异的索引患者和1000个人群对照。在包括详细家族病史、测序结果和肿瘤病理学信息的基础上，我们使用BOADICEA（乳腺和卵巢疾病发病率和携带者估计算法）V.6估算了不带和带有PRS313的对侧和终身风险。与人群对照相比，BC但在遗传性BC基因中没有致病变异的女性具有更高的PRS313（均值为0.78 SD，p < 3e-9）。如果在BC诊断前将PRS313纳入临床风险评估，将会改变24%-45%的女性的建议后续随访。我们的结果显示了将PRS313直接纳入家族性BC妇女的临床基因组调查中的潜在影响。 2023©作者或其雇主合法使用。CC BY-NC许可下允许再使用。由BMJ出版。