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Epigenetics & Chromatin
2023

ZahidRafiqBhat,AnujG...
Target validation and structure-based virtual screening to Discover potential lead molecules against the oncogenic NSD1 histone methyltransferase.
Epigenetics & Chromatin
本研究的目的是验证核受体结合SET区域NSD1作为一种癌症药物靶标,然后设计针对NSD1的先导分子。研究使用TCGA临床数据、分子表达技术验证了该靶点,并通过基于结构的虚拟筛选设计了针对NSD1的候选化合物。临床数据分析显示NSD1在多种恶性肿瘤中的转移、预后和总生存的作用。此外,还在多种细胞系中评估了NSD1的mRNA和蛋白质表达谱。通过基于结构的虚拟筛选方法,在两个主要数据库(包括ZINC15和ChemDiv)中利用蛋白复合物S-腺苷甲硫氨酸(SAM)作为内源配体,开发了针对NSD1的抑制剂。随后,通过组合得分来区分具有在所有四个得分(对接得分、XP得分、Gscore得分、PhaseScreenScore得分和MMGBSA delta G Bind得分)中表现良好的前10个化合物。最后,将前三个Zinc化合物进行分子动力学模拟。结合MMGBSA数据的结合位点提示,ZINC000257261703和ZINC000012405780较辛呋胺对NSD1的辅因子结合位点具有更低的MMGBSA能量。我们的数据验证了NSD1作为癌症药物靶标,并提供了有前景的结构,可用于进一步的先导优化和合理药物设计,为癌症治疗领域开辟新的道路。在线版本包含补充材料,网址为10.1007/s40203-023-00158-0。© 作者,与Springer-Verlag GmbH Germany的独家许可,Springer Nature 2023的一部分。Springer Nature或其许可方(如学会或其他合作方)根据与作者或其他权利持有人达成的出版协议,对本文章拥有独家权利;对所接受的手稿版本进行作者自行归档,仅受此类出版协议和适用法律的限制。
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Epigenetics & Chromatin
2023

Dong-XiaChu,YuJin,Bi...
LncRNA HOTAIR Enhances Epithelial-to-mesenchymal Transition to Promote the Migration and Invasion of Liver Cancer by Regulating NUAK1 via Epigenetic Inhibition miR-145-5p Expression.
Epigenetics & Chromatin
长链非编码RNA(LncRNA)HOTAIR在肝癌的表观遗传调控以及癌变和发展过程中发挥重要作用。以往的研究表明HOTAIR的过表达预示着不良预后。本研究通过转录组测序数据和体外实验发现,在肝癌组织和细胞系中HOTAIR的表达更高,并且HOTAIR与NUAK1呈显著正相关。miR-145-5p的表达下调与HOTAIR和NUAK1呈负相关。通过转染Sh-HOTAIR、LZRS-HOTAIR、miR-145 mimic和miR-145 inhibitor来改变HOTAIR和miR-145-5p的表达。HTH-01-015的加入抑制了NUAK1的表达。HOTAIR的沉默、miR-145-5p的上调和NUAK1的抑制均抑制了SNU-387和HepG2细胞的迁移、侵袭和转移,并逆转了细胞上皮间质转化过程。我们还证明了HOTAIR通过与PRC2(EZH2)的结合来表观遗传地抑制miR-145-5p,而miR-145-5p调控了靶基因NUAK1,从而促进了肝癌细胞的上皮间质转化和肿瘤转移。此外,我们还证明了HOTAIR与miR-145-5p/NUAK1在表观遗传调控期间的相互作用。我们的研究结果表明,HOTAIR/miR-145-5p/NUAK1轴扮演了上皮间质转化调控因子的角色,并可能成为肝癌新疗法的候选预后生物标志物和靶标。© 作者。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Aug

YuziWei,VictoriaLeeZ...
YAP/TAZ: Molecular pathway and disease therapy.
Epigenetics & Chromatin
肿瘤相关基因Yes相关蛋白及其具有PDZ结合基序的转录共激活因子(YAP/TAZ) 是位于Hippo、Wnt、GPCR、雌激素、机械和代谢信号调节网络的中心的两个同源转录共激活因子。YAP/TAZ影响代谢循环中下游基因和蛋白的表达以及酶活性、细胞增殖、炎症因子表达和成纤维细胞向肌成纤维细胞的转分化。YAP/TAZ还可以通过表观遗传调控和翻译后修饰调节。因此,这些机制的调节功能使得YAP/TAZ参与代谢相关疾病、动脉粥样硬化、纤维化以及癌症进展和器官再生之间微妙平衡的发病机制。因此,有必要在临床环境中对YAP/TAZ进行深入研究。本文旨在阐明调节YAP/TAZ的信号通路,并探索YAP/TAZ诱导疾病及其潜在治疗干预的机制。此外,我们还总结了目前研究YAP/TAZ靶向治疗的临床研究,同时讨论了现有研究的局限性并提出未来研究的方向。总之,本综述旨在为解析YAP/TAZ介导的信号通路、确定潜在治疗靶点并提供创新解决方案以克服与YAP/TAZ相关的挑战提供新的见解。© 2023作者。由四川国际医药交流促进会(SCIMEA)和John Wiley & Sons Australia, Ltd.出版的MedComm发布。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Jul

OvidiuAghiorghiesei,...
Epigenetic methylation changes: implication as biomarkers in oral and maxillofacial area cancers.
Epigenetics & Chromatin
鳞状细胞癌(SCC)是口腔颌面部头颈区最常见的癌症。对于口腔颌面部癌症的表观遗传变化亟需进行研究,因为观察到的变化可能具有关键的个性化医学诊断价值。本研究旨在鉴定SCC中最常见的高甲基化肿瘤抑制基因启动子,随后与患者生存率进行相关分析。我们评估了一组罗马尼亚(n=9)和保加利亚(n=12)患有口腔颌面部癌症的患者中22个肿瘤抑制基因启动子的甲基化状态。通过包含甲基化敏感和依赖甲基化的限制酶的EpiTect Methyl II PCR Array System对提取的DNA进行进一步消化,随后通过qPCR特异性扩增所得产物,并使用生产商提供的在线平台进行数据分析。观察到了不同的肿瘤抑制基因启动子的甲基化模式。其中,Cccnd2、Chd1、Cdh13、Cdkn1c、Neurog1、Gstp1和Runx3基因的甲基化谱与总体生存率进一步相关。我们的数据强调表观遗传变化对口腔颌面部癌症的临床异质性负有责任,并且显著影响患者的生存。需要对更大的患者群进行进一步研究以验证这些潜在的生物标志物。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Mar

MariaARincon-Benavid...
Engineered Vasculogenic Extracellular Vesicles Drive Nonviral Direct Conversions of Human Dermal Fibroblasts into Induced Endothelial Cells and Improve Wound Closure.
Epigenetics & Chromatin
以血管生成细胞疗法为基础的血管增生和组织修复/再生已成为一种强有力的工具。然而,目前的细胞疗法方法主要依赖于祖细胞,其存在重大风险(如不受控制的分化、肿瘤发生和遗传/表观遗传异常)。此外,用于从诱导多能干细胞产生诱导内皮细胞(iECs)的重编程方法主要依赖于病毒载体,这也带来了额外的转化局限性。本研究描述了开发能够在不需要祖细胞和/或病毒载体的情况下推动基于重编程的血管生成疗法的人工外泌体(EVs)的过程。EVs源于原代人皮肤真皮成纤维细胞(HDFs),并经过工程改造以装载ETV2、FLI1和FOXC2(EFF)的转录因子基因/转录本。我们的结果表明,除EFF外,经过工程改造的EVs还负载有血管生成因子(如VEGF-A、VEGF-KDR和FGF2)的转录本。体外和体内研究表明,这种EVs有效地转染了HDFs,并在7-14天内驱动其向iECs直接转化。最后,在小鼠上的创伤愈合研究表明,经过工程改造的EVs导致创伤闭合和血管化改善。总之,我们的结果表明,经过工程改造的人类血管生成EVs具有推动体细胞向iECs直接重编程的潜力,并促进组织修复/再生。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Oct 28

JingWang,FangfangWan...
Diagnostic and Prognostic Value of Protein Post-translational Modifications in Hepatocellular Carcinoma.
Epigenetics & Chromatin
肝细胞癌(HCC)是一种全球发病率和癌症死亡率较高的常见恶性肿瘤。蛋白质的翻译后修饰对蛋白质功能具有重要影响。几乎所有蛋白质都可以经历翻译后修饰,包括磷酸化、乙酰化、甲基化、糖基化、泛素化等等。许多研究已经表明,翻译后修饰与癌症的发生和发展有关。这些发现为癌症提供了新的治疗靶点,如糖肽-3和粘液蛋白-1。其他与翻译后修饰相关的临床意义也已经在研究中发现。已经确定了其在诊断、预后价值以及对治疗的反应。在HCC中,已经证实糖基化的甲胎蛋白(AFP)对早期肝癌具有比传统AFP更高的检出率。在本综述中,我们主要关注翻译后修饰的诊断和预后价值,以便为HCC中翻译后修饰的临床意义提供新的见解。© 2023作者。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023

Yu-NuoWu,XingSu,Xue-...
The roles of phospholipase C-β related signals in the proliferation, metastasis and angiogenesis of malignant tumors, and the corresponding protective measures.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
PLC-β广泛分布于真核细胞中,是磷脂酰肌醇信号转导通路的关键酶。其四个亚型(PLC-β1、PLC-β2、PLC-β3、PLC-β4)调控的细胞功能对维持生物体稳态起着重要作用。PLC-β及其相关信号通过影响细胞的生长、分化和转移,可以促进或抑制癌症的发生和发展,而针对PLC-β1-PI3K-AKT,PLC-β2/CD133,CXCR2-NHERF1-PLC-β3,Gαq-PLC-β4-PKC-MAPK等的靶向干预,可以为恶性肿瘤的精准预防和治疗提供新策略。本文从增殖与分化、侵袭与转移、血管生成和保护措施四个方面综述了PLC-β在各种肿瘤细胞中的作用机制。版权所有©2023吴某某、苏某某、王某某、刘某某、徐某某。
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CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
2023 Oct 28

XudongZhao,YudanWang...
Roles and Molecular Mechanisms of Biomarkers in Hepatocellular Carcinoma with Microvascular Invasion: A Review.
CLINICAL PHARMACOLOGY & THERAPEUTICS
肝细胞癌(HCC)作为导致癌症相关死亡的主要原因,其相关死亡率和复发率较高。寻找有效的HCC诊断和治疗措施已经成为迫切需要。研究表明,微血管侵袭(MVI)是肝切除术后预后不良的独立危险因素。HCC患者中如circ-RNAs,lncRNAs,STIP1和PD-L1等生物大分子的异常表达与MVI存在强相关性。本文综述了本文提到的几种标志物的失调通过多种复杂机制影响HCC细胞的增殖、侵袭、转移、EMT和抗凋亡过程。因此,这些生物标志物可能在临床中起重要作用,并可作为HCC有前途的干预靶点。在本综述中,我们全面概述了HCC中与MVI相关的生物标志物的功能和调控机制。 © 2023 Authors.
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Frontiers in Genetics
2023

ClémentCordier,Aurél...
Characterization of the TRPV6 calcium channel-specific phenotype by RNA-seq in castration-resistant human prostate cancer cells.
Frontiers in Genetics
背景:瞬时受体电位香草受体亚家族成员6(TRPV6)是一种高度特异性的钙离子通道,已经证实在钙离子平衡方面发挥着重要作用,并且在前列腺癌的生长、细胞存活和药物抵抗等方面在体外和体内中参与其中。其作用及相应的钙离子依赖通路主要在激素依赖型人类前列腺癌细胞系中进行研究,通常用作早期前列腺癌模型。本研究的目标是通过使用抗去势型前列腺癌细胞系,描述TRPV6特异表型及其参与的信号通路。方法:使用RNA测序(RNA-seq)研究由TRPV6影响的基因表达,使用PC3Mtrpv6-/-与PC3Mtrpv6+/+及其衍生物PC3M-luc-C6trpv6+/+细胞株在其本身和TRPV6过量表达形式中进行研究。除了全细胞RNA测序外,还使用免疫印迹、定量PCR和钙成像等方法验证了trpv6基因状态和功能后果,包括trpv6-/-和TRPV6过表达细胞系。结果:使用免疫印迹和定量PCR验证了trpv6-/-状态,并使用钙成像显示了trpv6基因缺失或TRPV6过表达的功能后果。RNA测序分析表明,作为钙信号的关键调节者,钙通道TRPV6显著影响与癌症进展相关的基因表达,例如细胞周期调节、趋化性、迁移、侵袭、凋亡、铁死亡以及药物抵抗和细胞外基质重组。结论:我们的数据表明,trpv6基因参与并调节了与抗去势型前列腺癌细胞的肿瘤进展和药物抵抗相关的多个通路。版权所有© 2023 Cordier, Haustrate, Prevarskaya and Lehen’kyi.
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Frontiers in Genetics
2023

SichengGuo,YutingMa,...
Identification of stromal cell proportion-related genes in the breast cancer tumor microenvironment using CorDelSFS feature selection: implications for tumor progression and prognosis.
Frontiers in Genetics
背景:乳腺癌(BRCA)的肿瘤微环境(TME)是一个复杂而动态的微生态系统,通过其细胞和分子成分影响BRCA的发生、进展和预后。然而,随着肿瘤的进展,TME中间质和免疫细胞的动态变化变得不清楚。
目标:本研究的目的是识别与BRCA TME中间质细胞比例相关的差异共表达基因(DCGs),探索细胞比例变化的模式,并最终评估对预后的影响。
方法:将一种新的启发式特征选择策略(CorDelSFS)与差异共表达分析相结合,以识别TME关键DCGs。分析了TME关键DCGs在不同TME中的表达模式和共表达网络。利用六个TME关键DCGs构建了一个预后模型,并评估了风险评分与TME中间质细胞和免疫细胞比例之间的相关性。
结果:TME关键DCGs模拟了BRCA TME的动态趋势,并形成了特定于细胞类型的亚网络。与IG基因相关的亚网络、浆细胞干细胞特异性表达在BRCA TME中通过其适应性免疫功能和抑制肿瘤进展发挥了重要作用。预后模型显示,风险评分与TME中间质细胞和免疫细胞比例显著相关,并且低风险患者具有更强的适应性免疫功能。IGKV1D-39被鉴定为一种新的BRCA预后标志物,特异性地在浆细胞干细胞中表达,并参与适应性免疫反应。
结论:本研究利用机器学习方法探索了肿瘤微环境中与比例有关的基因的作用,并为发现肿瘤进展和临床预后的关键生物过程提供了新的见解。版权所有©2023郭、马、李、李、何、袁和胡。
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