为了调查当前影像组学研究领域的模型、代码和数据共享实践，并介绍一个影像组学研究数据库，我们对2021年1月1日至2022年12月31日期间在领先放射学期刊（European Radiology，European Journal of Radiology，Radiology，Radiology: Artificial Intelligence，Radiology: Cardiothoracic Imaging，Radiology: Imaging Cancer）上发表的1254篇文章进行了回顾性筛选，其中有257篇原始研究文章纳入了本研究。我们使用 Fisher 精确检验或卡方检验比较了分类变量，并使用学生 t 检验比较了数值变量与发表年份的关系。 在257篇文章中，一半（128篇）通过包含最终模型公式或报告选择的影像组学特征系数来共享模型。共有73个（28%）模型在外部独立数据集上进行了验证。只有16篇（6%）文章共享了数据或使用了公开可用的开放数据集。类似地，只有20篇（7%）文章共享了代码。总共有7篇（3%）文章同时共享代码和数据。本研究所收集的所有数据都在一个影像组学研究数据库（RadBase）中呈现，并可在 https://github.com/EuSoMII/RadBase 上进行访问。 根据本研究的结果，大多数发表的影像组学模型在技术上无法再现，因为它们既没有共享模型，也没有共享代码和数据。在影像组学领域，进行可再现和开放的研究仍有改进空间。 迄今为止，影像组学研究的可再现性以及影像组学研究团体内的开放科学实践仍然非常低。确保影像组学研究的可再现性，采用模型、代码和数据共享实践，将有助于更快地进行临床转化。 • 发表的影像组学论文数量与这些发表的影像组学模型的临床应用之间存在差异。 • 影响临床应用的主要障碍是缺乏模型、代码和数据共享实践。 • 为了将影像组学研究转化为临床实践，影像组学研究团体应采用开放科学实践。 © 2023. 作者（们）。

比较三维（3D）和二维（2D）增强超声（CEUS）技术在评估肝细胞癌（HCC）经射频消融术（RFA）后的消融边缘（AM）效率。共纳入98例98个HCC患者。通过手动比较RFA前后的2D CEUS图像进行2D CEUS点对点成像（2D CEUS-PI），并通过自动融合RFA前后的3D CEUS图像进行3D CEUS融合成像（3D CEUS-FI）。比较这两种技术在区分AM ≥ 5mm上的效果。用Kaplan-Meier方法和log-rank检验分析RFA后局部肿瘤进展（LTP）的风险因素。3D CEUS-FI和2D CEUS-PI的平均注册时间分别为5.0和9.3分钟（p < 0.0001）。2D CEUS-PI与3D CEUS-FI在AM评估中的一致性kappa系数为0.680（p < 0.0001）。通过2D CEUS-PI评估为AM < 5mm的肿瘤均被3D CEUS-FI确认为AM < 5mm。然而，2D CEUS-PI评估为AM ≥ 5mm的16个（26％）肿瘤被重新分类为AM < 5mm的肿瘤。在中位随访时间31.2个月（范围：3.2-66.0个月）中，共发现8个肿瘤发生LTP。估计的1年、2年和3年LTP累积发生率分别为4.4％、8.1％和10.3％。评估为2D CEUS-PI下AM < 5mm的肿瘤LTP累积发生率较高（3年时为27.2％ vs 0％，p < 0.001），同样，评估为3D CEUS-FI下AM < 5mm的肿瘤LTP累积发生率也较高（3年时为20.7％ vs 0％，p = 0.004）。3D CEUS-FI在AM的评估方面优于2D CEUS-PI。在预测LTP时具有相当的效果，3D CEUS-FI由于其自动和节约时间的步骤而更胜一筹。在HCC RFA后评估消融边缘和预测局部肿瘤进展方面，3D CEUS融合成像可作为一种有效的工具。• 2D和3D CEUS派生技术均可以评估HCC RFA后的消融边缘（AM）。• 与2D CEUS点对点成像相比，3D CEUS融合成像在AM评估中更精确，并具有自动和节约时间的优势。• 由CEUS派生技术评估的AM < 5mm是HCC RFA后LTP的唯一风险因素（2D CEUS点对点成像p < 0.001，3D CEUS融合成像p = 0.004）。©2023年 作者在欧洲放射学学会的独家许可下发表。

为了评估CT基于标志物对肌肉萎缩和肌内脂肪沉积的预后价值，与东部合作肿瘤学组（ECOG）评分对接受高强度聚焦超声治疗的晚期胰腺癌患者的生存情况进行比较。对于142名回顾性患者，在介入前的CT上确定上肠系膜动脉水平的骨骼肌指数（SMI），骨骼肌放射密度（SMRD），脂肪肌肉比例（FMF）和肌间脂肪比例（IMFF）。每个标志物与性别，年龄，体重指数（BMI）和ECOG进行相关性分析。使用Kaplan-Meier分析和log-rank检验以及单变量和多变量Cox比例风险（CPH）模型研究标志物的预后价值。观察到以下显著相关性：男性患者BMI和SMI较高。ECOG较低的患者BMI和SMI较低。BMI低于21.8 kg/m2（中位数）的患者还显示SMI和IMFF较低。年龄低于63.3岁（中位数）的患者SMRD较高，FMF较低和IMFF较低。在Kaplan-Meier分析中，ECOG较高或SMI较低的患者显示显著较短的生存时间。在单变量CPH分析中，ECOG较高、BMI较低和SMI较低与1、2和3年生存期间的患者风险增加有关。多变量1年生存期的CPH分析显示ECOG较高、SMI较低、IMFF较低和FMF较高与患者风险增加相关。在2年和3年生存期的多变量分析中，只有ECOG和FMF仍然显著。CT基于肌肉萎缩和肌内脂肪沉积的标志物在评估接受HIFU治疗的晚期胰腺癌患者的生存情况方面具有预后价值。结果表明，在临床评分之外，肌肉脂肪沉积标志物FMF对长期生存与ECOG的多变量CPH分析独立，显示了额外的风险评估作用。• 本研究调查了CT基于肌肉萎缩和肌内脂肪沉积标志物对接受高强度聚焦超声治疗的胰腺癌患者的预后价值。• 肌肉萎缩和肌内脂肪沉积标志物除了根据东部合作肿瘤学组分数进行的体检评估之外，还显示了预后价值。与肌肉大小测量相比，肌肉脂肪沉积标志物FMF与临床评分独立。• 结果表明，肌内脂肪沉积可能在额外的患者风险评估中起着更大的作用，超出了体检评估的范畴。

空间生物学是一个迅速发展的领域，让我们能够同时可视化蛋白质和转录组数据，并保持组织环境和结构的完整性。最初用于发现，越来越多的发展应用于转化和诊断性检测。目前在精准医学方面的应用包括通过更好地理解肿瘤微环境，能够将患者与最佳治疗方案进行匹配。然而，空间生物学还对许多其他学科（如免疫学、癌症、传染病和数字病理学）产生影响。随着越来越多的大规模数据集的产生，数据存储、整理、分析和共享需要更多的计算方法和基于人工智能的工具来充分利用空间工具。在这里，我们讨论空间生物学作为一种重要的交叉科学方法来应对健康等领域的复杂全球挑战。© 2023年澳大利亚和新西兰免疫学协会。

胆道闭锁（BA）为全面理解且需要肝移植（LT）的疾病，儿童终身需要免疫抑制治疗。为了确定其遗传基础，我们在美国、加拿大和英国的医疗中心对811个欧洲BA病例进行了GWAS，并与4654个基因匹配的对照组进行了比较。通过对100例病例进行全基因组测序，评估罕见变异的合成关联。功能研究包括对64例BA病例的整个肝脏转录组分析和实验模型的扰乱。GWAS分析常见的单核苷酸多态性位点（≥1%的等位基因频率），确定了具有全基因组显著性（p=3.93E-8）的AFAP1内含子位点rs6446628和亚阈全基因组显著性（p=1.34E-7）的TUSC3位点rs34599046，均有相邻单核苷酸多态性位点的可靠峰值支持。与以前报道的与BA相关基因一样，AFAP1和TUSC3是纤毛生成和平面极性因子（CPLANE）。基于基因集的GWAS表明，BA与102个CPLANE基因中的6005个SNP相关（p=5.84E-15）。与非CPLANE基因相比，更多的CPLANE基因携带了罕见变异（等位基因频率<1%），这些变异通过预测算法与与肝胆异常相关的人类表型本体术语相吻合，分别为75%和40%，p<0.0001。在大多数BA病例中，罕见变异存在于与与BA相关的常见变异不同的多个基因中。AFAP1和TUSC3沉默可阻断小鼠气管细胞的纤毛生成。纤毛生成的抑制导致斑马鱼胆道畸形。AFAP1和TUSC3在胎儿肝器官、胎儿和BA肝中表达，而在正常或疾病对照的肝中不表达。BA相关变异和肝转录物的综合分析显示异常的血管生成和上皮管形成，解释了BA伴随的门静脉异常。胆道闭锁与CPLANE基因中的多基因易感性相关。罕见变异通过不同于BA相关常见变异的独特基因在易感途径中起到了多基因风险的贡献。肝移植是治愈胆道闭锁的需求，但不了解该疾病机制。移植免疫抑制增加了生命威胁性感染和癌症的发生几率。为了改善通过预防该疾病及其发展为移植而提供的护理，我们研究了其遗传基础。我们发现该疾病与独特基因中的常见和罕见突变相关，这些基因在早期胚胎发育过程中维持细胞正常通讯和运动以及它们组织成胆道和血管。由于这些基因的缺陷也会导致其他先天缺陷，我们的发现可以引导预防策略，降低胆道闭锁和潜在其他先天缺陷的发生率。版权所有 © 2023. Elsevier B.V. 发表。

对于急性肾损伤（AKI）和急性肾疾病（AKD）恢复肾功能的一致性定义尚不存在，不清楚不同人群和临床亚组之间的恢复情况有何差异。本研究采用了来自加拿大、丹麦和苏格兰的四个以人群为基础的队列的联合分析，时间跨度为2011-2018年。我们根据KDIGO AKI和AKD标准内的血清肌酐变化，在48小时、7天和90天内确定了新发生的AKD。另外，我们对365天内的变化进行了分析，以研究使用广泛的超过KDIGO AKI和AKD时间范围的电子报警实施情况。肾功能恢复是基于AKD的解决和随后的肌酐测量结果低于基线值的情况。我们评估了在一年内从非恢复到恢复和死亡之间的转变；在年龄、性别和合并疾病亚组之间的情况；在不同AKD定义下的亚组之间以及在不同队列之间的情况。共有464,868例新发病例，年龄中位数为67-75岁。在一年内，结果在不同队列之间保持一致，根据肌酐在48小时、7天、90天和365天内的变化，泊汇死亡率（和95%可信区间）分别为40%（34-45%）、40%（34-46%）、37%（31-42%）和22%（16-29%）；肾功能非恢复率分别为19%（15-23%）、30%（24-35%）、25%（21-29%）和37%（30-43%）。14天和90天的恢复往往在一年后无法持续。与年轻女性和糖尿病患者相比，年长男性和心力衰竭或癌症患者更容易死亡而不恢复，正好相反。对于多个队列之间的恢复情况，在一年的死亡率和非恢复率上，基于KDIGO AKD（90天内）至少与KDIGO AKI（7天内）具有相似的预后，且涵盖了更多人群。AKD相关的结局因年龄、性别和合并症而异，年长男性更容易死亡，而年轻女性更不容易恢复。© 作者（2023）。由牛津大学出版社代表ERA出版。

癌细胞通过可塑性适应不同的应激条件以求生存。干细胞表现出高度的可塑性，使它们能够产生更多的干细胞或将它们分化为特定的细胞类型，以促进组织发育、生长和修复。癌细胞也可以表现出可塑性，并获得增强其生存能力的性质。TGF-β 是癌细胞利用的无与伦比的生长因子，以获得可塑性。TGF-β介导的信号传导使癌症细胞能够通过上皮间质可塑性（EMP）改变它们的上皮和间质特性。然而，TGF-β 是一种多功能细胞因子，因此，TGF-β 的信号传导对癌细胞的影响在细胞上下文中可能有害或有益。那些克服了TGF-β 的抗肿瘤效应的细胞可以诱导上皮间质转变（EMT），以获得 EMP 的益处。EMP 使癌细胞能够改变其细胞性质和肿瘤免疫微环境（TIME），从而促进其生存。由于 TGF-β 和 EMP 在癌瘤进展中的重要作用，了解 TGF-β 如何实现 EMP 以及癌细胞如何利用这种可塑性至关重要。这一认识将指导有效的针对 TGF-β 的治疗方法的开发，以消除癌细胞的可塑性。版权所有©2023。由Elsevier Ltd.出版。

组织金属蛋白酶抑制因子（TIMPs）是一组保守的蛋白质家族，最初被鉴定为细胞因子样红细胞生长因子。随后，TIMPs被确定为基质金属蛋白酶的内源性抑制剂。这些蛋白酶是病理条件下如癌症侵袭和转移中细胞外基质代谢的主要调节因子。因此，TIMPs立即被认识为组织稳态的重要调节因子。然而，TIMPs还表现出与金属蛋白酶调控无关的独特生物活性。尽管经常被忽视，这些非蛋白酶介导的TIMP功能展示了一系列潜在治疗价值的直接细胞效应。TIMP2是表达最丰富的TIMP家族成员，并且进行中的研究显示它的肿瘤抑制活性不仅限于蛋白酶抑制，还包括对肿瘤、内皮细胞和成纤维细胞在肿瘤微环境中的直接调节。最近的数据表明，TIMP2能够抑制原发肿瘤生长和转移巢生成。TIMP2直接与细胞受体和基质元素相互作用，调节细胞信号转导通路，从而减少肿瘤、内皮细胞和成纤维细胞人群的增殖和迁移。这些效应导致细胞粘附和重点接触的形成增强，同时减少肿瘤和内皮细胞的增殖、迁移和上皮间质转变。这些发现与TIMP2除了简单的金属蛋白酶活性抑制之外的稳态功能一致。本综述文章讨论了TIMP2功能的持续演化、TIMP研究的未来展望以及TIMP2的治疗潜力。 Elsevier Inc.出版。

在哺乳动物中，B细胞在骨髓中发育，然后通过边缘逐渐成熟的生发中心（GCs）严格将增殖与体细胞突变隔离。未能这样做会导致自身免疫和肿瘤转化的风险。最近的研究已经描述了B细胞祖细胞通过细胞因子信号传导通路、表观遗传染色质调控以及3D染色质构象的重构之间的增殖与突变转换。我们提出了一个描述增殖与突变调控的GC三区模型。利用这个模型，我们考虑了B细胞祖细胞最新的机制性发现如何为GC B细胞功能模型提供信息，并揭示了支持体液免疫、自身免疫和淋巴瘤发生的基本机制。版权所有©2023 Elsevier Ltd.

在慢性肝损伤过程中，炎症导致肝纤维化，特别是由于肝星状细胞（HSCs）的激活而引起。详细阐述了炎症细胞因子在HSC激活中的参与以及不同肝细胞之间的相互作用。为了在体外检验它们的相互作用，许多通过器官样或球体样培养的肝组织模型的随机三维结构正在进行中。在这里，我们证明了原代大鼠肝细胞与非实质细胞（如人源性HSC系列LX-2和肝窦内皮细胞系TMNK-1）的分级共培养。共培养组织具有高可用性，操作简单，可以分离固体和液体阶段，并改善肝脏功能，如白蛋白产生和肝细胞色素P450 3A4活性。我们还研究了供氧张力和关键的纤维化促进细胞因子转化生长因子β（TGF-β）对HSC激活的影响。在较低的氧气张力和TGF-β1刺激下，胶原纤维I和α-平滑肌肌动蛋白的基因表达在分级共培养中得到增强。因此，这种层级的体外共培养肝组织可作为疾病模型，为未来肝纤维化研究中各种肝细胞类型和生化信号的相互作用提供有用的平台。 版权所有 © 2023 The Society for Biotechnology, Japan. Elsevier B.V.发行。保留所有权利。