弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)具有高度的分子和临床异质性。自噬是一种以溶酶体驱动的分解过程，致力于维持正常造血干细胞和前体细胞的稳态，其失调在造血系统恶性肿瘤的发生和发展中起关键作用。自噬的一个主要调控因子是BECLIN-1，它可以与BCL-2或PI3KC3交互作用，分别促使细胞凋亡或自噬。BCL2和BECN1的表达变化与淋巴瘤的预后密切相关，但其是否与自噬和凋亡之间的失调交互作用有关尚待阐明。TCGA数据库分析显示，在DLBCL患者中，BCL2和BECN1的mRNA表达呈负相关。在暴露于多柔比星的典型DLBCL细胞系中，高表达BCL-2的细胞对药物具有耐药性，而高表达BECLIN-1的细胞对药物具有敏感性，这与自噬通量低和高相关。靶向BCL-2的Venetoclax增加了细胞对多柔比星的敏感性，而抑制BECLIN-1依赖性自噬的spautin-1则对先前的情况具有相反的效果。通过对TCGA DLBCL数据集进行分析，我们发现BCL2和BECN1在DLBCL中分别作为负和正预后标志。通过对各个队列的差异表达基因分析发现，BCL2与致癌途径（例如葡萄糖转运途径、HIF1A信号通路、JAK-STAT信号通路、PI3K-AKT-mTOR通路）呈正相关，与自噬相关转录本呈负相关，而BECN1则呈相反的趋势。值得注意的是，高表达BECN1的患者显示较长的生存期。我们的数据首次揭示了BECLIN-1依赖性自噬调节对DLBCL患者预后的影响，并提供了支持利用通过刺激自噬来增强淋巴瘤细胞对化疗药物敏感性的治疗用药的机制解释。

多发性骨髓瘤（MM）是一种具有侵袭性的恶性肿瘤，在其进展过程中形成了一种有利于肿瘤生长的微环境，其特点是脐带间充质干细胞（MSCs）的蛋白质分泌和基因表达发生改变。反过来，MM患者的MSCs可以表现出较高的肿瘤促进活性，并发挥强大的免疫抑制作用。我们在此首次展示了与健康供体（HD）来源的MSCs相比，MM来源的MSCs具有更高的细胞活动性，并且伴随FilaminA（FLNA）的激活。此外，我们提出了IRE1a-FLNA轴参与调控MSC迁移过程的可能性。因此，IRE1a可以作为MM治疗的一个良好靶点，考虑到它在MM微环境中的促存活、促破骨细胞和化疗耐药作用。我们的结果表明，IRE1a的下调还可能干扰MSC对MM刺激的反应，可能防止细胞-细胞黏附介导的耐药性。此外，进一步探索IRE1a-FLNA相互作用可能提高MSC作为先进疗法应用中的细胞产品的寻位效率。

在弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中，积极的中期正电子发射断层扫描（PET）预示治疗失败，但通过此方式识别出的高风险患者比例很小。为了提高预测能力，我们将中期PET结果与伴随的IgM型免疫球蛋白G病合并起来。在一项前瞻性试验中，共有108例DLBCL患者参与，其中9例（8％）中期PET积极，19例（18％）有IgM型免疫球蛋白G病。单克隆蛋白与区分的遗传特征无关，其轻链限制与淋巴瘤的轻链限制并不总是一致的。通过中期PET和IgM型免疫球蛋白G病提供的信息，将人群分为存在较大风险（1-2不良因素）和低风险（无不良因素）的两个组，其结果差异很大（人群规模，25％与75％；3年进展风险，51％与10％；3年总体生存率，64％与95％）。包括已知风险因素在内的多变量分析显示，中期PET结果和IgM型免疫球蛋白G病状态是与预后显著相关的唯一因素。关于中期PET反应和IgM型免疫球蛋白G病的信息可能对测试风险适应性治疗策略的研究有用。© 2023. 作者。

巴氏腺病毒（EBV）是一种普遍存在的单纯疱疹病毒，几乎影响到所有人类，并通过感染B淋巴细胞建立终身感染，导致它们永生化。EBV有明确的生命周期，包括潜伏期和溃疡再活化阶段。EBV可以在免疫功能正常和免疫功能低下的人体内再活化，并导致淋巴增殖。对于EBV再活化的监测协议的文献较少，也没有标准化的治疗方案来治疗EBV驱动的淋巴增殖。虽然目前尚无FDA批准的治疗EBV的疗法，但有多种策略可以抑制EBV的复制。这些包括免疫抑制剂减少、核苷类似物、组蛋白去乙酰酶（HDAC）抑制剂、EBV特异性细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）和单克隆抗体（如利妥昔单抗）。目前正在开展一个开放的临床试验，将HDAC抑制剂纳米替诺斯他和甘昔洛韦结合使用以治疗难治性/复发性EBV淋巴瘤。另一种新疗法是锅炉抑制剂他别勒单克隆抗体（tabelecleucel），它是一种适应症为难治性或复发性EBV阳性PTLD的异基因EBV定向T细胞免疫疗法，并已获得欧洲药品管理局的批准，但目前仅在美国有限制地使用。还需要进一步研究，以建立高危人群（如自身免疫性疾病、癌症、HIV感染或接受免疫抑制治疗者）的EBV监测协议。此外，还需要建立高危人群中预防EBV再活化和治疗EBV再活化和淋巴增殖的标准化治疗方法。© 2023. 作者，在Springer Science+Business Media, LLC的专属许可下，属于Springer Nature的一部分。

卵巢癌（OC）是一种威胁女性健康的肿瘤，其高死亡率和不良预后引起了严重关注。热原性细胞凋亡（pyroptosis）作为一种程序性细胞死亡形式，对于决定患者的癌症预后具有重要意义，可能成为一种新的治疗靶点。然而，目前对热原性细胞凋亡相关基因（PRGs）对预后的影响的研究还不充分。本研究利用OC中PRGs的生物信息学分析，构建了预后模型。在OC中，我们发现了18个上调或下调的热原性调节因子。通过分析预后，我们建立了一个基于9个基因的预后模型。每个OC患者都得到一个风险评分，可以将其分为高风险和/或低生存几率的亚组以及低风险和/或高生存几率的亚组。功能富集和免疫浸润分析表明，高风险组中免疫通路的低表达可能是导致生存几率降低的原因。多变量Cox回归研究发现，年龄、临床分期和预后模型是影响OC预后的独立因素。为了预测OC患者的生存情况，我们开发了一个预测性判分卡（nomogram）。此外，我们发现预测性PRGs与临床分期之间存在相关性，表明AIM2、CASP3、ZBP1和CASP8可能在OC肿瘤生长中起到某种作用。经过详细和完整的生物信息学分析，我们在OC中鉴定了lncRNA RP11-186B7.4/hsa-miR-449a/CASP8/AIM2/ZBP1的调控轴。我们的研究可能为OC的预后生物标志物和治疗靶点提供一种新的方法。版权所有 © 2023 Elsevier Ltd. 保留所有权利。

对于医学肿瘤学家来说，选择适当的佐剂治疗以最终降低乳腺癌（BC）复发风险是一项挑战。已经开发了几种使用回顾性临床数据的自动化风险预测模型，并且这些模型在复发预测因子、数据使用和预测技术（统计/机器学习[ML]）方面在多年间有了显著的发展。根据PRISMA指南，我们通过搜索五个数字数据库——PubMed、ScienceDirect、Scopus、Cochrane和Web of Science，对上述统计和机器学习模型在2022年1月至2022年12月期间发表的文献进行了系统文献回顾。这次全面的搜索总共获得了163篇文章，并经过筛选过程，只有23篇文章被认为适合进一步分析。我们使用开发、评估指标和验证策略对这些研究进行了基准评估，同时强调研究中涉及的患者种族多样性。总共，30.4%的研究采用统计技术，而69.6%采用基于机器学习的方法。在这些方法中，传统的机器学习模型（支持向量机、决策树、逻辑回归和朴素贝叶斯）是最常使用的（26.1%），其次是深度学习（26.1%）。深度学习和集成学习提供了最准确的预测（AUC=0.94）。基于机器学习的预测模型表现出色的性能，但其实际适用性可能会受到可解释性有限和泛化能力降低的影响。此外，针对BC复发的预测模型通常集中在与肿瘤、治疗、分子和临床特征相关的有限变量上。不平衡的类别和缺乏开源数据集阻碍了模型的开发和验证。此外，现有模型主要忽视了非洲和中东地区的人群，因为这些模型的训练和验证主要是基于高加索和亚洲患者。

口腔癌微环境在疾病的发展和进展中起着重要作用，揭示了疾病的异质性。多种细胞和非细胞因子，包括二肽，据报道具有推动肿瘤进展和转移的作用。在肿瘤微环境中，脯氨酰-羟脯氨酰（Pro-Hyp）是一种与纤维化和口腔癌相关的胶原降解产物。然而，检测口腔癌患者指甲中的Pro-Hyp是一种潜在的生物标记物，而我们对Pro-Hyp的生物学相关性的了解非常有限。在这里，作者试图使用一种新颖的自制垂直管凝胶电泳（VTGE）方案来评估口腔癌患者和健康受试者指甲中Pro-Hyp的水平。此外，我们还采用分子对接和分子动力学（MD）模拟来预测Pro-Hyp的生物功能。我们通过SWISS-ADME服务器评估了Pro-Hyp和已知的磷脂酶C-β2（PLC-β2）激活剂m-3M3FBS的ADME特性，例如药物相似性和引物相似性。我们报告称，在多种关键代谢物中，脯氨酰-羟脯氨酰（Pro-Hyp），一种二肽，减少在口腔癌患者的指甲中。分子对接和MD模拟有助于提出脯氨酰-羟脯氨酰（Pro-Hyp）作为磷脂酶C-β2（PLC-β2）的激活剂的潜在作用。脯氨酰-羟脯氨酰（Pro-Hyp）显示出良好的结合亲和力（-7.6 kcal/mol），通过与关键残基（如HIS311、HIS312、VAL641和GLU743）的常规氢键发生特异性相互作用。MD模拟显示与已知的PLC-β2激活剂m-3M3FBS类似，激活剂结合残基和复合物稳定性。脯氨酰-羟脯氨酰（Pro-Hyp）的药物相似性和引物相似性的ADME特性与m-3M3FBS高度相似，甚至更好。这项研究是首次报道口腔癌患者指甲中Pro-Hyp作为代谢物生物标记物的，进一步建议Pro-Hyp的作用是激活PLC-β2作为促肿瘤信号级联的。未来可以探索作为标志物和Pro-Hyp类似物的诊断和治疗方法。版权所有© Bentham Science Publishers；有关任何疑问，请发送电子邮件至epub@benthamscience.net。

多种癌症的肿瘤发生受到表观遗传失调的影响。在检查了591个表观遗传调节因子（ERFs）后，我们发现AF9在结直肠癌（CRC）中能够显著抑制恶性肿瘤的扩散，这是基于我们的创伤愈合分析而得出的结果。然而，AF9在CRC中的确切作用尚待探索。 为了研究AF9在CRC中的功能，我们使用小干扰RNA（siRNA）来沉默591个ERFs的表达。随后，我们进行创伤愈合实验来评估细胞增殖和迁移情况。我们进行了体外和体内实验来阐明AF9对CRC的潜在影响。我们分析了临床样本以评估AF9表达与CRC预后的关联。此外，我们采用Azoxymethane-Dextran Sodium Sulfate（AOM/DSS）诱导的CRC AF9IEC-/-小鼠模型来确认AF9在CRC中的作用。为了确定AF9的靶基因，我们进行了RNA测序和共免疫沉淀分析。此外，我们运用生物信息学预测法来识别可能靶向AF9的miRNAs。 在检查了591个ERFs后，我们发现AF9在CRC中表达下调，并且与CRC患者的长期生存率呈正相关。体内和体外实验证明，AF9的缺失促进了细胞增殖、迁移以及糖酵解。具体而言，将MLLT3（AF9）基因敲除在肠道上皮细胞中，显著增加了AOM/DSS诱导的肿瘤形成。我们还发现miR-145可以靶向AF9的3'非翻译区域抑制AF9的表达。AF9的缺失导致糖异生基因的表达下调，包括磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶2（PCK2）和果糖1,6-二磷酸酶1（FBP1），随后促进葡萄糖消耗和肿瘤发生。 AF9对PCK2和FBP1的上调是必不可少的，miR-145/AF9轴的破坏可能成为CRC治疗发展的潜在靶点。© 2023 The Authors. Clinical and Translational Medicine由上海临床生物信息研究所代表John Wiley & Sons Australia, Ltd出版。

阑尾癌（AC）是一种罕见且异质的恶性肿瘤。历史上，阑尾肿瘤被归类为结直肠肿瘤（CRC），治疗策略参照CRC管理指南，因其结构上的相似性和解剖上的邻近性。然而，两者在生物行为和治疗反应方面有显著差异，证据表明它们在基因组上存在明显差异。此外，虽然目前针对阑尾癌的WHO分类仍基于传统组织病理学标准，但研究表明组织学形态与AC的生存或治疗反应无相关性。由于其罕见性，阑尾癌的研究没有像其他胃肠道癌症一样被广泛研究。然而，过去十年间其发病率逐渐增加，这使得寻找新的、更有效的检测和治疗策略变得至关重要。最近对阑尾癌的分子景观进行的研究和理解已揭示了大量信息，这表明阑尾癌具有独特的分子特征，与其他胃肠道癌症不同。本综述主要关注上皮型阑尾癌的表观遗传景观，并旨在全面概述不同阑尾癌亚型的表观遗传变化的现状，并强调在寻找上皮型阑尾肿瘤的生物标志物、治疗靶点、监测标志物以及预测治疗反应和生存的挑战和前景中，应用表观遗传学的潜力。

细胞代谢产物是具有多源性健康和疾病影响的古老分子。除了它们的认同作用外，它们还具有信号功能，作为特定受体的配体和表观遗传或翻译后修饰的前体。乳酸长期以来一直被认为是糖酵解代谢产生的代谢废物和疲劳产物。然而，最近的证据表明乳酸是一种具有多样化信号属性的独特分子，可协调许多生物过程，包括肿瘤免疫和神经元存活。乳酸通过细胞间或细胞内细胞器之间的双向转运所介导的丰富代谢和非代谢功能导致了一种称为“乳酸素”的表型。重要的是，乳酸信号传导的机制已被发现，通过作为分子传感器和NAD+代谢和AMP-活化蛋白激酶信号传导的调节因子，以及通过新发现的乳酸驱动乳酸化作用。此外，我们还对Sertoli细胞中的乳酸自分泌调节摄食作用进行了简要讨论，以促进有利于有氧糖酵解。通过强调乳酸信号传导的最新发现机制的一系列机制，本综述将为未来研究打开令人心动的研究途径，解开乳酸信号传导调控拓扑图谱的神秘之帷。© 2023 Wiley Periodicals LLC.