胶质瘤干细胞（GSC）通过重新塑造肿瘤微环境来维持支持性生态位。在诊断和治疗胶质瘤方面，识别和分层患者干细胞性相关特征可能有所帮助。本研究使用机器学习方法计算了批量和单细胞RNA测序数据集中的mRNA干细胞性指数，并探讨了干细胞性与临床病理特征之间的相关性。利用多元Cox回归分析构建了胶质瘤干细胞关联评分（GSScore）。我们还建立了一种来源于胶质瘤患者的GSC细胞系，并使用胶质瘤细胞系验证了GSScore在预测化疗反应中的性能。将高和低GSScores的GSC之间的差异表达基因（DEGs）用于将低级别胶质瘤（LGG）样本划分为三个干细胞分类亚型。我们在这三个LGG干细胞性相关亚型中确定了临床病理特征的差异，包括生存率、拷贝数变异、突变、肿瘤微环境和免疫和化疗反应。使用机器学习方法，我们进一步确定了基因作为亚型预测因子，并使用CGGA数据集验证了它们的性能。在本研究中，我们确定了与LGG化疗反应相关的GSScore。通过该得分，我们还确定了LGG亚型的新分类和相关亚型预测因子，可能有助于精准治疗的发展。© 2023 The Authors.

食管癌主要分为食管鳞状细胞癌（ESCC）和食管腺癌（EAC）。尽管与ESCC和EAC肿瘤发展相关的各种（表观）基因组变异已有记录，但这两种癌症亚型间转录组的全面比较仍然缺乏。我们从公开来源收集了551个基因表达谱，包括正常、ESCC和EAC组织或细胞系。随后，我们对这些样本的转录组进行了系统分析，包括基因表达、启动子活性、可变剪接（AS）、可变多腺苷酸化（APA）和基因融合等多个层次的比较。 我们在正常、ESCC和EAC组织中的差异表达基因中鉴定出七种不同的基因表达模式群。这些模式在PI3K-Akt信号通路和细胞外基质结构活化方面具有丰富性，并且表现出抑制表皮发育的特征。值得注意的是，我们观察到这些共享通路和与肿瘤发展及免疫激活相关的生物过程中存在额外的基因或独特的表达水平富集。除了差异表达基因外，在ESCC和EAC中，伴随着表皮发育抑制的lncRNA共表达网络富集和启动子活性的下调也常见。这表明这两种癌症亚型之间存在共同特征。此外，在ESCC和EAC中的可变剪接和APA模式似乎部分影响与这些亚型中的细菌或病毒感染相关的宿主基因的表达。ESCC和EAC之间没有观察到基因融合，从而突显了这两种癌症亚型之间的不同分子机制。 我们对ESCC和EAC的转录组进行了全面比较，并发现了多个层次上共享和独特的转录组特征。这些发现表明ESCC和EAC可能在肿瘤发生机制中表现出共同和独特的特点。 © 2023 The Authors. 由Elsevier B.V.代表计算和结构生物技术研究网络出版。

转录为Chingshua证明变化的DNA损伤反应（DDR）基因在转移性去势抵抗性前列腺癌（mCRPC）中很常见。了解这些基因组事件如何影响预后和/或治疗反应对于优化临床结果至关重要。对来自375名mCRPC患者的407个血浆样本进行了定向测序。使用CLIA认证的PredicineCARE™无细胞DNA（cfDNA）分析，评估了152个关键基因（包括27个DDR相关基因）中的致病性变化以及BRCA2的双等位基因丧失的存在和机制。至少有一个DDR变异在34.5％（129/375）的患者中存在（包括单等位点突变）。最常见的DDR基因突变是BRCA2（19％），ATM（13％），FANCA（5％），CHEK2（5％）和BRCA1（3％）。存在BRCA变异的患者，尤其是BRCA2，其无进展生存期（Hazard ratio (HR) 3.3 [95％ CI 1.9-6.0]；回归p < 0.001），总生存期（HR 2.2 [95％ CI 1.1-4.5]；回归p = 0.02）和雄激素受体（AR）通路抑制剂的PSA反应率（32％vs 60％，卡方p = 0.02）明显较差。BRCA缺陷肿瘤中也富集了多个基因的变异，包括AR和PI3K通路。BRCA2变异的杂合性对临床结果没有明显影响，单等位丧失和双等位丧失的无进展生存期均较差（中位数3.9个月vs 3.4个月vs拷贝中性9.8个月）。这些数据强调了BRCA基因，尤其是BRCA2，在mCRPC中的关键预后生物标志物。BRCA2作为不良预后的标志物的临床效用可能独立于检测到的杂合状态，在cfDNA测序中可能是如此。来自BRCA缺陷mCRPC的cfDNA中可操作的基因组变异的富集可能支持未来临床试验中的合理共靶策略。本研究获得了几个资金来源的支持，详细列表请参见致谢部分。在进行该研究期间未收到Predicine, Inc.的资助。版权所有 © 2023 Elsevier B.V. 发表。

近红外光免疫疗法（NIR-PIT）是一种有前景的癌症治疗方法，结合了近红外光辐射、抗体和IR700DX，一种光敏感物质，用于摧毁肿瘤。然而，均匀辐照是困难的，因为光线根据距离和组织环境的不同而变化。因此，需要标记指示足够辐射的标记物。纳米粒子的尺寸在10∼200 nm之间，在肿瘤内表现出增强的渗透和积聚作用，通过NIR-PIT进一步增强（超增强渗透和积聚，SUPR）。我们的目标是通过测量SUPR来监测NIR-PIT的有效性。通过将人源癌细胞接种在Balb/C-nu/nu小鼠的两侧臀部建立异种移植物小鼠肿瘤模型，并仅对一侧进行NIR-PIT。为了评估SUPR，使用QD800荧光纳米粒子和近红外荧光聚（d，l-乳酸-羟基乳酸）（NIR-PLGA）微粒进行荧光信号检测。使用造影剂Sonazoid的微泡和对比增强超声（CEUS）成像评估谐波信号。评估了治疗后立即的SUPR与治疗后一天的NIR-PIT有效性之间的相关性。QD800荧光信号仅在治疗肿瘤中持续存在，并且剩余信号的强度与治疗效果呈高正相关。与对照组相比，NIR-PLGA荧光信号和Sonazoid源谐波信号在治疗肿瘤中的存在时间更长，两室模型的kE值与NIR-PIT的有效性呈相关性。使用Sonazoid和CEUS成像来测量SUPR，可以很容易地用于临床，作为监测和确认NIR-PIT疗效的治疗图像生物标记物。本研究得到了ARIM JAPAN（MEXT）、下一代研究员培养计划（日本科学技术振兴机构）、KAKEN（18K15923，21K07217）（JSPS）、CREST（JPMJCR19H2，JST）和FOREST-Souhatsu（JST）的支持。本研究的资助者仅提供财务支持，并不参与研究设计、数据收集、数据分析、解释和报告编写。版权所有©2023作者。由Elsevier B.V.出版。保留所有权利。

多发性骨髓瘤（MM）至今仍无法治愈，复发/难治性疾病的治疗具有挑战性。该领域需要更多的精准靶向治疗方法。通过对骨髓瘤肿瘤和微环境进行深入的细胞和分子表型分析，可以为此类治疗提供指导。本研究（NCT02431208）评估了抗程序性死亡配体1嵌合单抗阿特伊珠单抗（Atezo）单独或与标准治疗(lenalidomide, pomalidomide和/或daratumumab)联合治疗复发/难治性多发性骨髓瘤（RRMM）患者的安全性和有效性。研究终点包括不良事件（AEs）发生率和总体反应率（ORR）。使用RNA测序、质谱细胞免疫表型和蛋白质组学技术对接受Atezo个体或Atezo + Dara方案治疗的患者的基线和治疗后骨髓样本进行新型无监督整合多组学分析。对预处理数据应用相似性网络融合（SNF）算法。共纳入了85名患者。2名患者出现治疗相关的死亡事件，但与研究治疗无关。ORR范围从11.1%（Atezo+Len组，n = 18）到83.3%（Atezo+Dara+Pom组，n = 6）。对肿瘤微环境的高维度多组学分析和整合SNF分析揭示了肿瘤和免疫微环境的细胞和分子特征之间的新型相关性，以及对患者选择标准和临床结果的影响。针对该患者群体，Atezo单药和标准治疗联合方案均安全，并显示出一定的临床疗效证据。高维基因组和免疫数据的整合分析确定了可能有助于指导骨髓瘤免疫治疗研究中患者选择标准和结果评估的新型临床相关性。© 2023 Wong, Hamidi, Costa, Bekri, Neparidze, Vij, Nielsen, Raval, Sareen, Wassner-Fritsch and Cho.

自从引入到肿瘤学领域以来，深度学习（DL）已经对临床发现和生物标志物预测产生了影响。肿瘤学中的DL驱动的发现和预测基于各种生物数据，如基因组学、蛋白质组学和成像数据。DL基于计算框架可以预测基因变异对基因表达的影响，以及基于氨基酸序列的蛋白质结构。此外，DL算法可以从几种空间“组学”技术（如空间转录组学和空间蛋白质组学）中捕获有价值的生物机制信息。在本文中，我们回顾了人工智能（AI）与空间组学技术相结合在肿瘤学中的影响，重点关注DL及其在生物医学图像分析中的应用，包括细胞分割、细胞表型识别、癌症预测和治疗预测。我们强调使用高度多重成像（空间蛋白质组学数据）相比单染色的传统组织病理学图像的优势，前者可以提供深入的机制见解，即使借助可解释的AI也无法获得。此外，我们还为读者提供了DL-based 管道在预处理高度多重成像（细胞分割、细胞类型注释）中的优缺点。因此，这篇综述也引导读者选择最适合其数据的DL-based管道。总之，DL在与高度多重组织成像数据等技术相结合时仍然被确认为发现新的生物机制的重要工具。在与传统医学数据保持平衡的情况下，它在临床工作中的作用将变得更加重要，为肿瘤学的诊断和预后提供支持，提升临床决策，改善患者护理质量。版权所有©2023 Zidane, Makky, Bruhns, Rochwarger, Babaei, Claassen和Schürch.

免疫治疗（IO）的发现和应用在晚期泌尿系统癌症管理方面引起了真正的革命。最近发现免疫治疗的治疗效益不仅仅局限于弥散性疾病患者，而且在局限性和局部进展的泌尿系统肿瘤中的特定患者中也同样有效。 KEYNOTE-057展示了帕姆单抗治疗对于对卡介苗不敏感的高危非肌层浸润性膀胱癌的疗效，最终获得了美国食品和药物管理局的批准。此外，当前的3期试验（Checkmate274）证实了在根治性膀胱切除术后，与安慰剂相比，辅助奈伐单抗给予的病无生存益处。此外，最近备受关注的KEYNOTE 564试验证明了辅助应用帕姆单抗对于高风险局限性/局部进展的肾癌患者具有无复发生存益处。 在具有侵袭性表型的局限性泌尿系统癌症的管理中，IO的应用和整合正在成为新兴的治疗范式。临床肿瘤学家和科学家应该熟悉这些试验和适应症，因为它们有可能在未来的几个月和几年中极大地改变我们的治疗策略。

在ERBB2（前称HER2）阳性转移性乳腺癌（MBC）中，将曲妥珠单抗和帕妥珠单抗与以紫杉醇为基础的化疗联合应用是标准护理的一线治疗方案。鉴于曲妥珠单抗加帕妥珠单抗在ERBB2阳性MBC中已被证明有效，即使没有化疗，关于最佳的一线治疗策略是否可以仅为曲妥珠单抗加帕妥珠单抗而不使用化疗仍未解决。为评估随机分配至一线曲妥珠单抗加帕妥珠单抗单药治疗组或同时联合化疗后，发展后使用曲妥珠单抗和乳腊胺的患者的2年总生存和无进展生存；评估在曲妥珠单抗加帕妥珠单抗后的二线治疗中乳腊胺的无进展生存；评估ERBB2富集型和非富集型亚型的总生存和无进展生存。本研究是对一项在法国27个中心、瑞士20个中心、荷兰9个中心和德国1个中心进行的多中心、开放标签、2期随机临床试验的二次分析。总共有210名中央确认的ERBB2阳性的MBC患者在2013年5月3日至2016年1月4日期间进行随机分配，试验于2020年5月26日终止。数据分析时间为2020年12月18日至2022年5月10日。患者随机接受帕妥珠单抗（840 mg 静脉注射[IV]，然后每3周静脉注射420 mg IV）加曲妥珠单抗（8 mg/kg IV，然后每3周静脉注射6 mg/kg IV）而不使用化疗（A组）或帕妥珠单抗加曲妥珠单抗（相同剂量）与紫杉醇（90 mg/m2 持续4个月以上，每周1、8、15注射，然后每4周注射一次）或醋镁紫杉醇（第一次注射25 mg/m2，然后每3周在第1和第8天注射30 mg/m2，持续4个月以上）联合化疗，然后在化疗停用后继续接受帕妥珠单抗加曲妥珠单抗维持治疗（B组）。治疗组的总生存率（治疗组在24个月时），一线治疗的无进展生存，二线治疗的无进展生存和患者报告的生活质量（QOL）。共有210名患者纳入分析，中位年龄为58（范围，26-85）岁。对于A组，24个月总生存率为79.0%（90% CI，71.4%-85.4%）；对于B组，总生存率为78.1%（90% CI，70.4%-84.5%）。A组的一线治疗无进展生存中位时间为8.4个月（95% CI，7.9-12.0个月），B组为23.3个月（95% CI，18.9-33.1个月）。与预期不同，ERBB2富集型和非富集型癌症的总生存和无进展生存并没有明显的差异。没有化疗的不良事件较少，A组的生活质量相对基线有轻微改善，而B组的生活质量保持稳定。这项随机临床试验的二次分析结果表明，在总生存方面，不使用化疗的抗ERBB2策略是可行的而且不会对患者造成不良影响。基于50个基因预测分析微阵列签名，不能帮助确定此方法最适合的患者人群。ClinicalTrials.gov标识符：NCT01835236。

生育保留（FP），包括在性腺毒性治疗前冷冻卵子和胚胎，是全面癌症护理的紧迫和必要组成部分。在地理上靠近提供FP服务的中心是确保癌症患者有平等获得未来生育权的重要组成部分。为了描述美国提供FP服务的中心的分布情况，量化生活在地理可及范围之外的自我识别生育年龄女性个体数量，并调查地理可及性与州FP法规之间的关联。该横断面分析根据纬度和经度坐标为每个中心计算了2小时旅行时间等值线图。在这项研究中使用了基于人口的美国地理空间分析。通过2018年疾病控制和预防中心生育诊所成功率报告确定了认定为癌症生育中心的生育诊所，满足以下4个条件：（1）提供卵子和胚胎冷冻，（2）2018年至少完成1个FP周期，（3）为没有伴侣的人提供服务，（4）拥有一个获得认证的实验室。县级数据来自2020年美国人口普查，以生育年龄15到44岁的女性个体作为主要高风险人群。分析时间为2021年至2022年。在癌症生育中心的2小时旅行时间等值线之外。癌症生育中心与未满足条件的中心进行比较，并按美国地区、州FP法规状态、辅助生殖技术周期数量和FP周期数量进行分类。识别生活在州内可获得服务区域之外的高风险患者数量和比例。在456个疾病控制和预防中心报告的生育诊所中，86个（18.9%）未满足癌症生育中心的条件。共有363万（5.70%）生育年龄女性个体在地理上无法获得癌症生育中心的服务。具有FP法规的州具有具有地理可及性的合格女性患者的最高比例（98.54%），而没有现行或即将生效立法的州的比例最低（79.57%）。在地理可及性方面的差距最集中在山西和西北中西部地区。患者面临诸多障碍，包括无法地理可及的提供FP服务的中心。这项横断面研究识别了地理可及性的差距并提供了可能的战略扩展机会。

HLA-B*48:58与HLA-B*48:01:01在外显子2的第17密码子处存在一个核苷酸替代的差异。© 2023 The Authors. 由John Wiley & Sons Ltd出版的《HLA: 免疫反应遗传学》发表。