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肿瘤
Stem Cell Research & Therapy
2023 Aug 03
KonstantinOkonechnik...
Mapping pediatric brain tumors to their origins in the developing cerebellum.
Stem Cell Research & Therapy
对于了解儿童脑肿瘤的细胞起源是理解肿瘤起始和确定特定于祖细胞系的治疗靶点的关键。以往的映射起源细胞的策略通常涉及将人类肿瘤与小鼠胚胎组织进行对比，但由于物种特异性差异的存在，这种方法可能存在局限性。本研究旨在利用正在发育的人类小脑图解，揭示三种最常见的儿童脑肿瘤，即室管膜瘤、脉络丛星形细胞瘤和髓母细胞瘤的细胞起源。我们利用由176,645个细胞组成的正常发育人类小脑单细胞图解作为参考，通过基因集变异分析、相关性和单细胞匹配技术，与4,416个样本和单细胞转录组肿瘤数据进行深入比较。
我们发现星形胶质细胞小脑系列可能是后颅窝室管膜瘤的起源。我们提出，颅下星形胶质细胞瘤来源于少突胶质细胞系，并且MHC II基因在这些肿瘤中特异富集。我们证实SHH和3/4组髓状细胞瘤来源于颗粒细胞和单棘刷细胞系列。放射线诱导的胶质瘤起源于小脑胶质系列，并且与原发性髓状细胞瘤具有不同的起源。我们确定了在起源细胞系列中表达的肿瘤基因和肿瘤特异性基因；这两组基因都代表了未来研究中有希望的治疗靶点。
根据我们的研究结果，肿瘤内的个体细胞可能呈现出局限发展细胞系列中不同细胞类型的特征。因此，我们认为肿瘤可以起源于小脑“起源细胞系列”中的多个细胞状态。
© The Author(s) 2023. Published by Oxford University Press on behalf of the Society for Neuro-Oncology.
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Stem Cell Research & Therapy
2023 Aug 03
XinWang,XinyiChen,Me...
Integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq constructs a stemness-related signature for predicting prognosis and immunotherapy responses in hepatocellular carcinoma.
Stem Cell Research & Therapy
肝细胞癌（HCC）中的肿瘤干细胞与不良预后有关。然而，现有的干性相关生物标记和预后模型有限。干细胞相关标志是通过在批量RNA-seq和单细胞RNA-seq水平上执行WGCNA和CytoTRACE分析并取结果的并集得出的。单变量Cox回归和LASSO法用于过滤与预后相关的标志并选择变量。最后，我们确定了十个基因标志来构建预后模型。我们评估了高风险组和低风险组的生存差异、基因组改变、生物过程和免疫细胞浸润程度。我们使用pRRophetic和Tumor Immune Dysfunction and Exclusion（TIDE）算法预测化疗敏感性和免疫治疗反应。人蛋白质图谱数据库（HPA）用于评估蛋白质表达。构建了一个包含十个基因（YBX1、CYB5R3、CDC20、RAMP3、LDHA、MTHFS、PTRH2、SRPRB、GNA14和CLEC3B）的干细胞相关预后模型。Kaplan-Meier和ROC曲线分析显示高风险组的预后较差，模型在四个数据集中的AUC大于0.64。多变量Cox回归分析验证了该模型在预测总生存期上的独立预测指标，然后建立了一个临床应用的直观图，用于预测HCC的预后。此外，化疗药物敏感性和免疫治疗反应分析显示高风险组有更大的受益可能性。这个新型干细胞相关预后模型是估计HCC总生存期的有希望的生物标记。© 2023. The Author(s), under exclusive licence to Springer-Verlag GmbH Germany, part of Springer Nature.
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Frontiers in Pharmacology
2023
AlexisOliva,Patricia...
Opioid prescription patterns in the province of Las Palmas, Canary Islands, Spain (2016-2020): differences between urban and rural areas.
Frontiers in Pharmacology
引言：在过去几十年间，欧洲国家，特别是在非癌症疼痛治疗方面，镇痛药的使用数量显著增加，包括治疗疼痛性慢性肌肉骨骼疾病。然而，在不同地理区域之间使用水平存在显著差异，并存在明显的上下文特定的弱效和强效镇痛药使用模式。本研究的目的是描述处方镇痛药在西班牙加那利群岛的大加纳利亚岛、兰萨罗特岛和富埃特文图拉岛使用情况的现实趋势。为此，分析了若干因素，如生活在城市或农村地区、65岁及以上的人口、人口密度或社会经济地位。方法：从供应社区药店的批发商那里获取了人口层面的数据。处方镇痛药使用量以每千名居民每天定义日剂量（DDD）计量。使用基于协方差分析的模型，包括两个嵌套固定因素和一个协变量，进行不同层面的对比分析。结果：西班牙的总DDD每千名居民每天和年变化率与大加纳利亚岛和富埃特文图拉岛非常相似（分别为0.967和1.006），尽管发药水平不同（分别为14.75和18.24以及12.7）。在所有问题上，兰萨罗特岛完全不同，镇痛药消费率在研究期内保持稳定，但呈下降趋势。强效镇痛药的发药水平在岛屿之间有所变化，富埃特文图拉岛为56.41%，而大加纳利亚岛为17.61%，尽管这些值保持稳定。与其他类型的弱效镇痛药相比，盐酸曲马多和扑热息痛的混合制剂以及单独使用的盐酸曲马多最为常用，而布洛芬酚丁胺是最常用的强效镇痛药，其次是芬太尼，尽管在岛屿之间需求有所变化，但透皮制剂是最常见的制剂形式。结论：处方镇痛药使用的差异很可能是由每个岛屿的镇痛药处方实践所解释，而城市化水平、人口年龄、人口密度和社会经济地位等因素并不能解释农村和城市地区处方镇痛药使用的差异。版权所有 © 2023 Oliva，González de Chavez，Dévora和Abdala。
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Frontiers in Pharmacology
2023
JunliZhang,XiangqiLi...
To explore the effect of kaempferol on non-small cell lung cancer based on network pharmacology and molecular docking.
Frontiers in Pharmacology
非小细胞肺癌（NSCLC）是肺癌的常见病理类型，严重影响人类生活、健康、心理和寿命。目前，临床常用的化疗、靶向治疗等方法容易产生耐药性和毒副作用。传统中药的天然提取物因其毒副作用小而受到肿瘤治疗领域的广泛关注。山奈酚是一种天然植物中的黄酮类物质，已被证明在许多癌症如肺癌中具有抗癌作用，但具体分子机制尚不清楚。因此，在体外实验的基础上，我们运用网络药理学和分子对接方法研究山奈酚在非小细胞肺癌治疗中的潜在机制。山奈酚的靶标来自公共数据库（PharmMapper、Swiss target prediction），非小细胞肺癌的靶标来自疾病数据库（Genecards和TTD）。同时，我们结合GEO数据库收集了基因芯片GSE32863和GSE75037，获取差异基因。通过绘制文氏图，得到山奈酚与NSCLC的交集靶标。通过富集分析，确定PI3K/AKT为可能的关键信号通路。通过拓扑分析和分子对接，选择PIK3R1、AKT1、EGFR和IGF1R作为关键靶标，通过分析关键靶标的基因和蛋白表达进一步验证了这四个关键基因。这些发现为进一步研究山奈酚治疗NSCLC提供了方向。
版权所有© 2023 张、刘、张、吴、刘、刘、王、苗、邓、曹、商、朱和孙。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Aug 03
KryštofHaratek,Adéla...
Predictors of postoperative complications and functional outcomes in pediatric patients with surgically treated fourth ventricle tumors.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
第四脑室肿瘤是小儿神经外科中常见的病理情况。关于永久性神经功能缺陷、长期功能后果、小脑无言症(CM)、切除程度(EOR)和肿瘤学结局的预测因素的数据十分有限。我们试图通过对我们机构队列的分析来对这个问题做出贡献。回顾性单中心研究中，对2006年至2021年期间(15年)行第四脑室肿瘤原发性手术切除的≤19岁患者进行患者研究。分析的预测因变量包括年龄、性别、手术方式、解剖学模式、肿瘤分级、EOR、肿瘤体积和其他相关因素。纳入了106例患者(男性64例，平均年龄7.3岁)。永久性神经功能缺陷的发生率为24.2％；侧向肿瘤扩展(p=0.036)和肿瘤体积大于38 cm3(p=0.020)是显著的预测因素。缺陷的存在是降低Lansky评分(小于90)的唯一显著预测因素(p=0.005)。CM在20.8％的患者中发生，受小脑母细胞瘤组织学(p=0.011)、侧向肿瘤扩展(p=0.017)和男性性别(p=0.021)的影响。在发生CM方面，横金字桥入路和后颅凹入路之间没有显著差异(p=0.478)。没有找到EOR的显著预测因素。EOR对低级别和高级别肿瘤的总体存活率均无显著预测作用；然而，与近全切除或次全切除相比，肿瘤的总割除(完全切除，GTR)对预防肿瘤复发有保护作用(p<0.001)。此外，年龄较大的患者(≥7.0岁)的存活率更高(p=0.019)。术后并发症的总体发生率仍然较高，由于定位难度高。年龄较大的患者(>7岁)预后和结果更好。在可行和安全的情况下尽量达到GTR对于防止肿瘤复发至关重要。CM在小脑母细胞瘤患者和经卢氏孔扩展的肿瘤患者中更常见。后颅凹入路使用了安全且解剖学上节省的通路；然而，在我们的系列研究中，并未发现与CM发病率和神经系统后遗症发生率降低相关的情况，这表明每个案例都应进行个体评估。© 2023. 作者授予Springer-Verlag GmbH Austria独有的许可权，Springer Nature的一部分。
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Aug 03
XiaoyingXing,FuminCa...
AHSG, a Gene Promoting Tumour Proliferation, Migration and Invasion, is an Independent Prognostic Factor for Poor Overall Survival in Lung Adenocarcinoma.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
近期研究显示，与代谢过程相关的基因AHSG参与了肿瘤的多个病理过程。该研究将探讨AHSG与肺腺癌之间的关系。使用公共数据库进行AHSG的表达分析、生存分析和共表达分析，并进行细胞学和分子生物学实验以探索AHSG在肺腺癌中的作用。与正常组织相比，在TCGA-LUAD数据库中，癌细胞组织中AHSG的表达显著增高，并且全癌症分析揭示了不同类型肿瘤中AHSG的异常表达。生存分析表明，与低表达组相比，高表达组患者在TCGA-LUAD数据库中的总生存期明显较差，并随后的研究证实，AHSG的表达可以作为肺腺癌总生存期的独立预后因子。与AHSG相关的基因参与了多个生理和病理途径。在随后的细胞学和分子生物学实验中，抑制AHSG的表达抑制了肺腺癌细胞系的增殖、迁移和侵袭，并在AHSG敲除后阻断了EMT过程。AHSG可作为肺腺癌患者总生存期的预后因子，可促进肺腺癌的生物学行为，并可能成为治疗的潜在靶点，值得进一步研究。© 2023. 作者，独家授权给Springer Nature B.V.
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MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2023 Aug 03
AnnaRGiuliano,Marisa...
Oral Human Papillomavirus Prevalence and Genotyping Among a Healthy Adult Population in the US.
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
在美国，口咽癌是由高危型（HR）人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的最常见的与HPV相关的癌症，超过了宫颈癌。然而，对于一般人群口腔HPV感染的普遍性和基因型分布知之甚少。为了评估美国一般人群口腔HPV感染的普遍性和与高危型和低危型感染相关的因素，我们进行了名为PROGRESS（全球口腔HPV感染的普遍性评估）的横断面观察性研究。该研究在美国的43个牙科诊所（24个城市、13个城市聚集地、6个农村地区）进行，横跨21个州，于2021年11月至2022年3月进行。符合条件的参与者年龄在18至60岁之间，前往牙科诊所进行常规牙科检查。牙科诊所使用定向抽样方法招募男性和女性以及各年龄组的参与者，确保男女比例和年龄组分布均匀。参与者提供口腔漱口样本进行HPV DNA和基因型检测，并填写行为问卷，牙医报告口腔健康状况。HPV DNA和基因型检测在中央实验室中使用SPF10/DEIA/LiPA25系统进行。口腔HPV感染普遍性。共有3196名参与者纳入研究，平均年龄为39.6（12.1）岁，其中55.5%为女性。任何HPV基因型的口腔HPV感染普遍性为6.6%（95% CI，5.7%-7.4%），高危型HPV感染、HPV-16感染和9价HPV疫苗型感染的普遍性分别为2.0%（95% CI，1.5%-2.5%）、0.7%（95% CI，0.4%-1.0%）和1.5%（95% CI，1.1%-1.9%）。在HPV阳性的参与者中，HPV-16是最常见的基因型（男性中占12.4%，女性中占8.6%）。男性的HPV感染率高于女性，男性51至60岁年龄组的感染率最高（任何HPV、高危型HPV和HPV-16的感染率分别为16.8%、6.8%和2.1%）。与高危型口腔感染相关的因素包括男性（调整后的奥斯比比值[AOR]，3.1；95% CI，1.2-8.5）、年龄为51-60岁（AOR，3.3；95% CI，1.5-7.3）、有26个或更多个生涯男性性伙伴（AOR，6.5；95% CI，2.3-18.7）和有6-25个生涯女性口交伴侣（AOR，3.4；95% CI，1.3-8.7）。在这项横断面研究中，口腔HPV负担在年长男性中最高，这些人可能更容易患上口咽癌。除了男性和年龄较大外，高危型口腔HPV感染还与性行为有关，包括男性性伙伴数量增加和女性口交伴侣数量增加。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Dec
DahongYao,JieshuYou,...
Fragment-based design, synthesis and biological evaluation of theophylline derivatives as ATAD2 inhibitors in BT-549 cells.
Epigenetics & Chromatin
ATPase AAA领域含2的蛋白(ATAD2)已逐渐成为热门的抗癌药物靶点，因其与癌细胞增殖、凋亡、迁移和药物抗性密切相关的癌基因表观遗传修饰。本研究通过基于片段筛选和支架生长策略设计了一系列新型ATAD2抑制剂的茶碱衍生物。发现了一种新的ATAD2抑制剂(化合物19f)，其对ATAD2的IC50值为0.27 μM，采用了经典和非经典结合模式的组合。此外，化合物19f可阻碍ATAD2活性和c-Myc的激活，诱导显著的凋亡，并在BT-549细胞中显示出抗迁移作用。综上，这些结果为开发用于三阴性乳腺癌(TNBC)治疗的新型有效ATAD2抑制剂提供了新的启示。
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Epigenetics & Chromatin
2023 Jul 24
YuanningZheng,JohnJu...
EpiMix is an integrative tool for epigenomic subtyping using DNA methylation.
Epigenetics & Chromatin
DNA甲基化（DNAme）是影响基因表达的重要的表观遗传因素，其变异导致癌症、免疫和心血管疾病的发生。最近的技术进步使得我们能够对大规模人类群体中的DNAme进行全基因组的分析。针对这些异质性群体级的数据，需要一种能够更敏感地检测差异性甲基化谱的分析方法。我们开发了一种端到端的分析框架，命名为“EpiMix”，用于DNAme和基因表达的群体级分析。与现有方法相比，EpiMix在检测只存在于少数患者亚集中的异常DNAme方面具有更高的敏感性。我们将EpiMix的基于模型的分析扩展到蛋白编码基因的顺式调控元件、远端增强子以及编码microRNA和长非编码RNA（lncRNA）的基因。利用来自两个独立研究的细胞类型特异性数据，我们发现了儿童食物过敏的表观遗传机制以及非小细胞肺癌中与生存相关的、甲基化驱动的非编码RNA。© 2023 The Author(s).
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Epigenetics & Chromatin
2023 Jul 21
ShanshanWang,XinYou,...
SMYD3 induces sorafenib resistance by activating SMAD2/3-mediated epithelial-mesenchymal transition in hepatocellular carcinoma.
Epigenetics & Chromatin
药物耐药严重影响索拉非尼对肝细胞癌（HCC）的全身治疗效果。表观遗传学在药物耐药中具有重要的调控作用。然而，组蛋白甲基转移酶SET和MYND结构域含3（SMYD3）在HCC中对索拉非尼耐药的贡献仍然大部分未知。在这里，我们使用建立的索拉非尼耐药HCC细胞和异种移植模型发现SMYD3在索拉非尼耐药肿瘤和细胞中显著升高。功能上，损失和增益功能的研究表明，SMYD3促进了索拉非尼耐药HCC细胞的迁移、侵袭、转移和干细胞特性。机制上，SMYD3通过与SMAD2/3相互作用并表观遗传地促进SOX4、ZEB1、SNAIL1和MMP9基因的表达，在索拉非尼耐药HCC细胞中调控SMAD2/3介导的上皮间质转化（EMT）。总之，我们的数据证明，靶向SMYD3是克服索拉非尼耐药HCC的有效途径。© 2023作者。
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