查看全部
查看全部
肿瘤
GENES & DEVELOPMENT
2023
Zhi-GangYao,FangHua,...
Characteristics of glioblastomas and immune microenvironment in a Chinese family with Lynch syndrome and concurrent porokeratosis.
GENES & DEVELOPMENT
在临床实践中，与皮肤鳞状角化病同时发生的Lynch综合征（LS）相关的胶质母细胞瘤（GBM）较为罕见。本研究分析了LS相关GBM与并发的鳞状角化病的临床病理学和遗传学特征，并评估了LS相关GBM的肿瘤免疫微环境（TIME）。采用免疫组化染色确认病理诊断，评估MMR和PD-1/PD-L1状态，并鉴定免疫细胞亚群。采用荧光原位杂交（FISH）检测EGFR和PDGFRA扩增以及1p/19q和CDKN2A的缺失。靶向下一代测序（NGS）分析体细胞突变、微卫星不稳定性（MSI）和肿瘤突变负荷（TMB）状态，全外显子测序和Sanger测序用于分析种系突变。在LS家族中，有三名成员（I:1、II:1和II:4）受到GBM的影响。失去MSH2和MSH6表达的GBM显示巨型和多核奇异细胞，以及ARID1A、TP53、ATM和NF1基因的突变。所有的GBM都具有高负荷的TMB但不具有MSI-H。CD8+T细胞和CD163+巨噬细胞在每个GBM组织中都很丰富。II:1的初发和复发性GBM显示高表达PD-L1的间充质特征。家族成员携带了MSH2和FDPS基因的新颖杂合性种系突变，确认了LS和浸润性浅表性光化性鳞状角化病的诊断。LS相关GBM在临床病理学和分子遗传学特征上呈现出多样性，并具有抑制性TIME。MMR缺陷和高TMB的存在可能作为GBM对免疫检查点抑制剂治疗反应的预测因子。LS相关GBM的鉴定对患者及其家庭成员具有重要好处，包括准确的诊断、遗传咨询和适当的筛查或监测方案。我们的研究提醒临床医生和病理学家在个体或家庭中考虑可能存在的并发遗传综合征的可能性。版权所有 © 2023 Yao、Hua、Yin、Xue、Hou、Nie、Zheng、Zhao、Guo、Ma、Li、Wang、Liu和Zhang。
Visits: 11
GENES & DEVELOPMENT
2023
NaziaHilal,ZiChen,Mi...
RASopathies and cardiac manifestations.
GENES & DEVELOPMENT
作为生物学和医学领域的科学家，您精通英语和简化汉语。将以下段落精确翻译成简化汉语，符合学术论文的语言模式，并保持原有陈述结构：
作为二进制开关，RAS蛋白在信号传导过程中切换成开启/关闭状态，并在正常条件下受到束缚。然而，在癌症和RAS病理疾病等与RAS相关的疾病中，调控RAS信号传导的基因或RAS蛋白本身的突变会永久激活RAS蛋白。这种开关的结构基础已经得到了深入的了解，然而，调控RAS蛋白的确切机制还不清楚。RAS/MAPK综合征是由与RAS/丝裂原激活蛋白激酶通路相关的基因的生殖细胞突变引起的多系统发育障碍疾病，影响每1000-2500个儿童中的1个。这些疾病包括多种疾病，如努南综合征（NS）和与NS相关的疾病（NSRD），如心脏面部皮肤（CFC）综合征，Costello综合征（CS）和多发性褐黑斑的NS（NSML，也称为LEOPARD综合征）。与RAS病理相关的心肌病（CM）和肥厚型心肌病的频繁表现表明，RAS病理可能是CM的潜在致病因素。然而，目前的支持性证据零散而不清楚。RAS病理患者还表现出广泛的先天性心脏病（CHD）。超过15个基因编码了RAS/MAPK信号传导通路的组分，这些组分对细胞周期至关重要，并在增殖、分化、生长和代谢方面发挥调节作用。这些基因与这些综合征的分子遗传病因学相关联。然而，对于给定的综合征存在基因异质性，在一方面，对于多个综合征存在多个等位基因，这使得在诊断RAS/MAPK相关疾病时进行分类变得困难。尽管在大多数RAS病理中存在一定的遗传同质性，但有几种RAS病理是等位突变疾病。这种等位性揭示了关键信号节点的作用，并揭示了这些相关综合征之间的重叠。虽然在理解RAS病理的发病机制方面取得了相当大的进展，通过鉴定病因突变和对其发病学后果进行功能分析，但仍然有许多被诊断为RAS病理的患者尚未确定致病基因。
© 2023 Hilal, Chen, Chen和Choudhury.
Visits: 11
GENES & DEVELOPMENT
2023 Jan 01
JoséVLima,NilzaMScal...
Germline genetic variants in pheochromocytoma/paraganglioma: single-center experience.
GENES & DEVELOPMENT
嗜铬细胞瘤和嗜铬细胞瘤状神经节瘤（PPGLs）是罕见的神经内分泌肿瘤，携带25-40％致病性生殖细胞系基因变异（PGVs）。我们评估了我院追踪治疗的115名已确诊的嗜铬细胞瘤患者（其中14名患者是8个不同家庭的亲属，用于遗传调查）。患有经典的MEN2A/MEN2B表型和有风险的亲属接受了RET原癌基因的直接分析，其余患者的样本提交进行了完整的下一代测序，共包括23个与PPGL相关的基因：ATM、ATR、CDKN2A、EGLN1、FH、HRAS、KIF1B、KMT2D、MAX、MDH2、MERTK、MET、NF1、PIK3CA、RET、SDHA、SDHAF2、SDHB、SDHC、SDHD、TMEM127、TP53和VHL。此外，我们还制定了一种临床判断评分（CJS），以确定患者患有可能的遗传病的概率。结果显示，67名患者（58.3%）至少有一个基因的变异：34名患者（50.7%）只有致病性或可能致病性变异，13名患者（19.4%）有致病性或可能致病性变异和变异意义不明（VUS），20名患者（29.8%）仅携带VUS。PGVs在RET（n = 18;38.3％）、VHL（n = 10;21.3％）、SDHB和NF1（n = 8;17％每个）、MAX、SDHD、TMEM127和TP53（n = 1;2.1％每个）中发现。直接遗传学检测显示91.3％的敏感性，81.2％的特异性和76.4％和93.3％的阳性预测值（PPV）和阴性预测值（NPV）。CJS用于确定不需要遗传学检测的患者具有75％的敏感性，96.4％的特异性，60％和98.2％的PPV和NPV。总之，从巴西115名患者中发现的PPGL生殖细胞系基因变异情况显示出略高的致病性和可能致病性变异的发生率，尤其是在RET基因中。我们建议使用CJS来鉴别不需要进行初步遗传学评估的PPGL患者，以提高检测的特异性并降低成本。©作者（们）。
Visits: 13
GENES & DEVELOPMENT
2022
ZhenyuWang,HuaminSun...
Demethylase FTO inhibits the development of prostate cancer by upregulating EGR2 expression in an m6A manner.
GENES & DEVELOPMENT
脂肪质量和肥胖相关蛋白（FTO）是一个去甲基酶，在各种癌症中扮演着重要的角色。然而，FTO在前列腺癌（PCa）中的调控机制尚不清楚。本研究旨在阐明FTO在PCa中的机制。通过功能增强实验和RNA-seq确定了FTO在PCa中介导的功能和机制。我们发现，在PCa组织和两株PCa细胞系中，FTO的表达明显低于相邻组织和正常细胞系。过表达FTO后，PCa细胞的增殖、迁移和侵袭能力明显降低。RNA-seq显示，FTO过表达改变了Du145和PC-3细胞中转录组的特征，尤其上调了EGR2的表达。FTO过表达诱导了差异表达基因，包括MYLK2、DNA2、CDK和CDC（6、7、20、25和45），主要富集于细胞周期和生长途径的调节。此外，FTO过表达显著降低了EGR2的甲基化水平。通过EGR2减少，FTO过表达对Du145细胞的增殖、迁移和侵袭抑制效果显著减弱。FTO过表达还显著抑制了肿瘤生长并促进了EGR2蛋白的表达。综上所述，FTO通过调节EGR2的甲基化来抑制PCa的进展。我们揭示了FTO在PCa中的新的调控机制，并提供了一个新的潜在治疗目标。
Visits: 12
EUROPEAN RADIOLOGY
2023 Aug 01
HuanchengYang,Hanlin...
An automatic texture feature analysis framework of renal tumor: surgical, pathological, and molecular evaluation based on multi-phase abdominal CT.
EUROPEAN RADIOLOGY
为了确定多期腹部CT的纹理特征分析能够可靠地预测肾肿瘤的良性和恶性、组织学亚型、病理分期、肾切除风险、病理分级和Ki67指数。共有1051名患者患有肾肿瘤，被分为内部验证组（来自四家不同医院的850名患者）和外部测试组（来自另一家当地医院的201名患者）。提出的框架由3D-UNet构建的3D肾脏和肿瘤分割模型、基于放射组学和图像降维的感兴趣区域特征提取器以及六个由XGBoost构建的分类器组成。使用一种称为SHAP的定量模型解释方法来探索每个特征的贡献。在内部验证集中，提出的多期腹部CT模型对良性和恶性、组织学亚型、病理分期、肾切除风险、病理分级和Ki67指数的预测具有稳健可靠性，AUROC值分别为0.88±0.1、0.90±0.1、0.91±0.1、0.89±0.1、0.84±0.1和0.88±0.1。外部测试集也展现了令人印象深刻的结果，相应的AUROC值分别为0.83±0.1、0.83±0.1、0.85±0.1、0.81±0.1、0.79±0.1和0.81±0.1。其中，一阶统计量、与肿瘤大小相关的形态学和与形状相关的肿瘤特征等放射组学特征对模型预测的贡献最大。腹部多期CT的自动纹理特征分析为多任务提供了可靠的预测，表明了临床应用的潜在价值。基于多期腹部CT的自动纹理特征分析框架可为多任务提供稳健可靠的预测。这些有价值的洞察力可以作为临床诊断和治疗的指导工具，使医学影像成为该过程中的重要组成部分。• 基于多期腹部CT的自动纹理特征分析框架能够更准确地预测肾肿瘤的良性和恶性、组织学亚型、病理分期、肾切除风险、病理分级和Ki67指数。• 进行了预测模型的定量解释，探索提取特征的贡献。• 该研究涉及来自5家医疗中心的1051名患者，结合异质的外部数据测试策略，可以无缝地应用于涉及新数据集的各种任务中。© 2023年。作者(们)，在欧洲放射学协会的独家许可下。
Visits: 13
Disease Models & Mechanisms
2023 Aug 02
CelineMacaraniag,Jia...
Microfluidic isolation of breast cancer circulating tumor cells from microvolumes of mouse blood.
Disease Models & Mechanisms
液体活检在癌症研究和临床中显示出重要的研究和临床意义。尤其是在临床前研究中，循环肿瘤细胞（CTCs）的分离可以提供关于疾病进展的关键信息，从而有助于指导治疗决策。微流体分离系统在癌症研究、疾病诊断和预后中起到了重要的作用。CTCs通常使用异种移植模型或同基因模型等临床前动物模型进行研究。然而，大多数分离系统是在人体细胞系和人血液上进行测试的，而对于小鼠模型中CTCs的验证研究较少。在这里，我们展示并评估了一种基于尺寸的惯性微流体装置的完整工作流程，仅使用小鼠血液和小鼠癌细胞系来分离CTCs。然后，我们结合细胞离心技术，这是一种常用的方法，在玻璃片上计数少量细胞，以量化我们工作流程的总细胞产量。© 2023 The Authors. Electrophoresis published by Wiley-VCH GmbH.
Visits: 10
Disease Models & Mechanisms
2023 Aug
SurjyaNarayanDash,Li...
Flight for fish in drug discovery: a review of zebrafish-based screening of molecules.
Disease Models & Mechanisms
人类疾病和生物实践在斑马鱼（Danio rerio）中以药物开发的不同阶段以及毒性评估作为模型。斑马鱼在体内病理研究和疾病进程高分辨率研究方面具有理想特点。斑马鱼相比其他哺乳动物模型具有成本效益高，外部发育和胚胎透明，易于应用基因操作，并且适用于前向和逆向基因技术。斑马鱼药物筛选适用于靶点鉴定，疾病建模，高通量筛选抑制或预防疾病表型的化合物以及新药研发。最近进入临床或临床试验的几种药物源于斑马鱼。斑马鱼模型中使用的先进筛选方法预计将在推进药物开发项目中发挥重要作用。本综述重点介绍了药物发现过程中的最新进展，包括在疾病背景下理解药物的作用以及在神经疾病、心血管疾病、肾小球病和癌症方面筛选新的候选物的技术和方法。此外，它总结了选择小分子化合物和斑马鱼药物筛选测试执行的当前技术限制。
Visits: 10
Disease Models & Mechanisms
2023
ZhengyanWang,YingWan...
Analysis of cuproptosis-related genes in Ulcerative colitis and immunological characterization based on machine learning.
Disease Models & Mechanisms
铜死亡是一种新型细胞死亡形式，通过蛋白质脂酰化介导，与线粒体代谢密切相关。它在细胞中受到调节。溃疡性结肠炎（UC）是一种经常复发的慢性炎症性肠病，每年在全球范围内发病率都在增加。目前，越来越多的研究表明，与铜死亡相关基因（CRGs）在多种肿瘤的发展和进展中起着关键作用。然而，CRGs在UC中的调控作用尚未完全阐明。首先，我们鉴定了UC中差异表达的基因。同样地，评估了CRGs的表达谱和免疫谱。我们使用75个UC样本，基于CRGs的表达谱对UC进行分型，然后进行相关的免疫细胞浸润分析。使用加权基因共表达网络分析（WGCNA）方法，生成了聚类的差异表达基因（DEGs）。然后，构建并预测了极限梯度提升模型（XGB），支持向量机模型（SVM），随机森林模型（RF）和广义线性模型（GLM）的性能。最后，使用五个外部数据集，接收器操作特征曲线（ROC），ROC曲线下面积（AUC），校准曲线，评分卡和决策曲线分析（DCA），评估了最佳机器学习模型的有效性。共鉴定了13个CRGs在UC和对照样本中差异显著。基于CRGs表达谱鉴定了两个UC亚型。亚型的免疫细胞浸润分析显示不同亚型的免疫细胞之间存在显著差异。WGCNA结果显示了共8个模块，这些模块在亚型之间存在显著差异，其中青色模块最为特异。机器学习结果显示XGB模型的性能满意（AUC=0.981）。最后，通过校准曲线，评分卡，决策曲线分析和五个外部数据集（GSE11223: AUC=0.987; GSE38713: AUC=0.815; GSE53306: AUC=0.946; GSE94648: AUC=0.809; GSE87466: AUC=0.981）验证了基于最终的5个基因的XGB模型的构建，证明了其准确预测UC亚型的能力。我们的研究提供了一个可靠的模型，可预测发展UC的可能性，并系统地概述了CRGs与UC之间的复杂关系。版权所有 © 2023 王，王，严，魏，张，王和冷。
Visits: 10
Disease Models & Mechanisms
2023
JShannonSwan,Michell...
Confirmatory Factor Analysis and Measurement Invariance of the Functional Assessment of Cancer Therapy Lung Cancer Utility Index (FACT-LUI).
Disease Models & Mechanisms
背景。 Functional Assessment of Cancer Therapy-Lung（FACT-L）工具的一部分有助于之前发表的效用指数，即FACT肺效用指数或FACT-LUI。代表肺癌生活质量的六个FACT项目包括疲劳、疼痛、气促、咳嗽、焦虑和抑郁。指数作者已经将两个FACT项目合并为一项，用于描述恶心和/或食欲丧失，最终形成了7个领域。方法。本研究目的在于在确认性因子分析（CFA）框架中进行测量不变性测试，以支持在非基于偏好的心理测量应用中使用FACT-LUI的可行性。原始指数患者构成第1组，另一项发表研究中的相似FACT患者数据（n = 249）构成第2组。评估了一个2因子模型和两个1因子CFA模型，以评估不同群体之间的测量不变性，所有的模型都可以通过文献证明地合理适用于使用少量数据划分和一些残差协方差。结果。1因子模型效果最佳。一个带有1对数据划分的1因子模型在组间部分标量水平上显示了不变性，满足通常的拟合标准，需要2个非约束截距。一个带有3对合理数据划分的1因子模型在组间显示了完全的构型、度量和标量不变性。结论。FACT-LUI项目符合部分到完全不变一因子模型，表明在非基于偏好的应用中可行。影响。结果显示，FACT-LUI项目不仅最初设计用于作为效用指数，而且七个FACT-LUI项目作为一个组合也符合简单的CFA和测量不变性模型。这个意外的结果表明，这些项目作为一个组合在非基于偏好的应用中也是潜在有用的。临床试验可能涉及一些挑战性决策，关于是否包含患者报告的结果评估措施，以及不给患者增加太多负担。然而，文献表明，特别是肺癌和其他癌症的生活质量需要更好的报告。包含更多疾病特异性项目，例如FACT-LUI，可能会减轻患者的负担，同时获取基于偏好和非基于偏好的数据，类似于对一些通用工具的做法。© 作者（们）2023。
Visits: 11
Frontiers in Physiology
2023
DheerendranathBattal...
Fractal dimension: analyzing its potential as a neuroimaging biomarker for brain tumor diagnosis using machine learning.
Frontiers in Physiology
目的：本研究的主要目的是通过检查肿瘤成分和非肿瘤灰质（GM）和白质（WM）区域，全面调查分形维度（FD）测量在将脑胶质瘤区分为低级别脑胶质瘤（LGG）和高级别脑胶质瘤（HGG）方面的潜力。
方法：本研究使用42名脑胶质瘤患者（LGG，n = 27；HGG，n = 15）的回顾性磁共振成像（MRI）数据。使用MRI，我们根据肿瘤和非肿瘤脑GM和WM区域的一般结构、边界和骨架方面计算了不同的FD测量。还测量了肿瘤和非肿瘤区域的纹理特征，即角二阶矩、对比度、逆差异矩、相关性和熵。通过将FD特征与纹理特征进行比较来评估FD特征的有效性。对上述测量进行统计推断和机器学习方法，以区分LGG和HGG患者。
结果：肿瘤和非肿瘤区域的FD测量能够区分LGG和HGG患者。在15种不同的FD测量中，增强肿瘤区域的一般结构FD值的准确度（93%）、灵敏度（97%）、特异度（98%）和受试者工作特征曲线下面积（AUC）得分（98%）较高。非肿瘤GM骨架FD值在分类肿瘤分级方面也具有良好的准确度（83.3%）、灵敏度（100%）、特异度（60%）和AUC得分（80%）。这些测量结果在LGG和HGG患者之间也有显著差异（p < 0.05）。另一方面，25个纹理特征中，增强肿瘤区域的对比度、相关性和熵等特征在LGG和HGG之间显示出显著差异。在机器学习中，增强肿瘤区域的纹理特征表现出较高的准确度、灵敏度、特异度和AUC得分。
结论：纹理和FD特征之间的比较表明，在不同方面对肿瘤和非肿瘤成分进行FD分析不仅具有高度统计学显著性和分类准确性，而且为脑胶质瘤分级提供了更好的洞察力。因此，FD特征可以作为潜在的脑胶质瘤神经影像标志物。
版权所有 © 2023 Battalapalli, Vidyadharan, Prabhakar Rao, Yogeeswari, Kesavadas and Rajagopalan.
Visits: 12