胰腺导管腺癌 (PDAC) 可由前驱病变发展而来，包括胰腺上皮内瘤变 (PanIN) 和导管内乳头状粘液性肿瘤 (IPMN)。先前的研究表明，Acvr1b 的缺失会加速小鼠胰腺中 Kras 介导的乳头状 IPMN 的发育，然而，主要受这些遗传变化影响的细胞类型仍不清楚。我们通过诱导 IPMN 相关突变 - KRASG12D 表达来研究细胞起源的贡献和 Acvr1b 损失 - 特别是小鼠的腺泡细胞（Ptf1aCreER；KrasLSL-G12D；Acvr1bfl/fl 小鼠）或导管细胞（Sox9CreER；KrasLSL-G12D；Acvr1bfl/fl 小鼠）。然后，我们对其胰腺组织进行了 MRI 成像和彻底的组织病理学分析。当腺泡和导管细胞表达 Kras 突变时，Acvr1b 的缺失会增加 PanIN 和 IPMN 样病变的发展。 MRI、免疫组织化学和组织学显示这些小鼠体内存在大的 IPMN 样病变，表现出平坦的胃上皮特征。此外，两种小鼠模型中的囊肿形成均伴有慢性胰腺炎。当腺泡细胞而非导管细胞表达突变型 Kras 并丢失 Acvr1b 时，实验性急性胰腺炎加速了大粘液囊肿和 PanIN 的发展。这些发现表明，在 Kras 癌基因存在的情况下，Acvr1b 的丢失会促进大大小小的癌前病变的发展来自导管细胞和腺泡细胞。然而，IPMN 样表型并不等同于在发育过程中所有胰腺细胞中发生这些突变时观察到的表型。我们的研究强调了细胞环境在外分泌细胞前体病变的发生和进展中的重要性。版权所有 © 2024 作者。由爱思唯尔公司出版。保留所有权利。

人类散发性结直肠癌 (CRC) 是结直肠上皮中特定基因突变连续获得的多步骤途径的结果。 CRC 体内建模对于了解肿瘤微环境至关重要。为了准确地概括人类 CRC 发病机制，小鼠模型必须包括这些多步骤遗传异常。生成更接近地模拟此多步骤过程的散发 CRC 模型，并使用该模型研究新型 Let7 靶点 PLAGL2 在 CRC 发病机制中的作用。我们构建了 CRISPR/Cas9 体细胞诱变小鼠模型，该模型可诱导且多重，可同时灭活与 CRC 发病机制相关的多个基因。我们使用多西环素诱导型转录激活剂和阿霉素失活转录抑制剂来实现 Cas9 切口酶的紧密、非泄漏表达。该小鼠具有多种向导RNA的转基因表达，可诱导肠上皮中CRC、Apc、Pten、Smad4和Trp53中常见突变的四种肿瘤抑制基因的零星失活。这些小鼠与 Vil-LCL-PLAGL2 小鼠杂交，这些小鼠在肠道上皮细胞中具有 Cre 诱导的 PLAGL2 过度表达。这些小鼠在所有四种靶向肿瘤抑制基因中表现出随机体细胞突变，导致小肠和结肠中出现多发性腺瘤和腺癌。与 Vil-LCL-PLAGL2 小鼠杂交表明，肠道特异性 PLAGL2 过度表达会增加结肠肿瘤的生长。该条件模型代表了一种新的 CRISPR/Cas9 介导的结直肠癌小鼠模型。这些小鼠可用于研究新的、以前未表征的基因在 CRC 中的作用，在多个常见突变的肿瘤抑制基因的背景下，从而更接近地模拟人类 CRC 发病机制。版权所有 © 2024 作者。由爱思唯尔公司出版。保留所有权利。

肺癌（LC）是全球癌症相关死亡的主要原因。使用低剂量计算机断层扫描 (LDCT) 的肺癌筛查 (LCS) 计划已被证明可将 LC 死亡率降低高达 25%，并且被认为具有成本效益。欧洲卫生联盟鼓励其成员国探索在各自国家实施LCS的可行性。工作组进行了全面的文献回顾并进行了广泛的讨论以提供建议。这些建议涵盖了按照世界卫生组织制定的指导方针启动濒海战斗舰试点计划所需的基本组成部分。它们是根据葡萄牙医疗保健系统的具体情况量身定制的。该文件讨论了关键方面，包括符合资格的人群、发出邀请的方法、放射学先决条件、报告结果的程序、转诊流程、诊断策略、计划实施和持续监测。此外，工作组强调，将 LCS 与循证戒烟相结合应该成为高质量筛查计划的护理标准。本文件还确定了需要进一步研究的领域。这些建议旨在保证葡萄牙 LCS 计划的实施确保各中心的高质量标准、一致性和统一性。版权所有 © 2024 Sociedade Portuguesa de Pneumologia。由 Elsevier España 出版，S.L.U.版权所有。

 ：基于 CRISPR/Cas12a 的组合筛选在识别遗传相互作用方面显示出巨大的潜力。在这里，我们描述了一种组合遗传筛选的创新方法，通过重叠延伸 PCR (SOE PCR) 进行基因剪接，快速构建双 CRISPR RNA (crRNA) 文库，并采用 CeCas12a，我们之前通过严格的 PAM 识别和识别来识别 CeCas12a。低脱靶，保证保真度和效率。用于双敲除筛选的定制SOE crRNA阵列（SOCA）文库可以在实验室中方便地构建并广泛使用，并且CeCas12a介导的高保真筛选即使在负选择筛选下也显示出良好的性能。通过设计一个 SOCA 双 crRNA 文库，该文库涵盖了 FDA 批准的与肝细胞癌 (HCC) 肿瘤发生有关的药物的大部分激酶和代谢相关基因靶点，两个基因组之间的新型串扰被负选择以抑制 HCC 细胞体外和体内生长，并使用基于 TCGA 数据库的虚拟双敲低筛选进行验证。因此，这种快速、高效和高保真的双敲除筛选系统有望在未来系统地识别多个基因组之间或 FDA 批准的临床转化医学药物组合之间潜在的遗传相互作用。© 2024 作者。约翰·威利出版的《临床与转化医学》

作为最常见的消化系统肿瘤之一，结直肠癌（CRC）对全球人类健康构成重大威胁。随着免疫治疗和靶向治疗的出现，大多数CRC患者的预后显着改善。然而，携带 BRAF 外显子 15 p.V600E 突变 (BRAFV600E) 的患者并未从这些治疗进展中获得显着的益处。因此，研究人员对这种特定亚型的分子病理学和不同治疗药物组合的临床有效性进行了基础研究。该综述全面总结了BRAF突变结直肠癌独特的分子特征和近期临床研究进展。为了探索潜在的治疗靶点，本文对正在进行的涉及 BRAFV600E 突变 CRC 患者的临床试验进行了系统回顾。© 2024 作者。约翰·威利出版的《临床与转化医学》

卵巢癌分子分析的最新进展揭示了许多有前途的肿瘤特异性生物标志物，包括蛋白质、DNA 突变和甲基化；然而，通过低成本方法以令人满意的高灵敏度和特异性可靠地检测此类改变仍然具有挑战性，特别是在早期疾病中。在这里，我们推出了 PapDREAM，这是一种新方法，能够从常规采集的宫颈巴氏标本中检测罕见的卵巢癌特异性 DNA 甲基化畸变。 PapDREAM 方法采用微流体平台，执行高度并行化的数字高分辨率熔解，以单个 CpG 位点分辨率或接近单个 CpG 位点的分辨率（< 1/10）逐个分析位点特异性 DNA 甲基化模式。下一代测序技术的成本。我们通过使用来自 43 名女性队列（包括 18 名卵巢癌患者和 25 名无癌对照）的巴氏涂片样本中的 DNA 评估一组甲基化生物标志物位点中 DNA 甲基化的分子间异质性，证明了该平台的可行性。 PapDREAM 利用位点特异性甲基化异质性的系统多维生物信息分析来改进基于巴氏样本的卵巢癌检测，在检测卵巢癌病例时，其临床敏感性为 50%，特异性为 99%，受试者工作曲线下面积为0.90。然后，我们建立了一个逻辑回归模型，可用于识别高风险患者，以便进行后续的临床随访和监测。这项研究的结果支持 PapDREAM 作为一种简单、低成本的筛查方法的实用性，并有可能与现有的临床工作流程相结合，以实现卵巢癌的早期检测。要点：我们提出了一个微流体平台，用于检测和分析巴氏标本中稀有的、异质的甲基化 DNA，以检测卵巢癌。该平台以适当较低的成本（约 25 美元）实现了常规筛查应用的高灵敏度（分数 <0.00005%）。此外，它还提供逐个分子的定量分析，以方便进一步研究异质甲基化对癌症发展的影响。© 2024 作者。约翰·威利出版的《临床与转化医学》

机化性肺炎（OP）是间质性肺炎中最常见和致命的疾病之一，与肺癌一样。脂质代谢的重编程是许多疾病的新标志，包括癌症、心血管疾病以及肝纤维化和硬化。由鞘氨醇和脂肪酸组成的神经酰胺水平升高与急性和慢性肺部疾病的发展有关。然而，它们在 OP 中的病理生理学意义尚不清楚。本研究的目的是调查脂质代谢重编程在 OP 中的作用，重点关注炎症和纤维化。综合多组学分析方法，包括单细胞 RNA 测序、Visium CytAssist 空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学和质谱分析，用于分析组织。利用OP小鼠模型，对巨噬细胞中的分子机制进行研究。结果显示OP与脂质代谢重编程之间存在显着关联，其特征是与脂质代谢相关的多个基因的异常表达，其中CD36、SCD1和CES1主要在巨噬细胞中表达异常。肺泡巨噬细胞中 CD36 缺乏，导致线粒体中积累的 C16/24 神经酰胺表达增加，导致线粒体自噬或线粒体功能障碍。 OP中肺泡巨噬细胞的数量显着减少，这可能是由于OP中涉及GSH/SLC3A2/GPX4的铁死亡信号通路通过CD36下调所致。此外，巨噬细胞分泌的DPP7和FABP4影响上皮细胞纤维化。CD36通过调节脂质代谢，抑制OP组织肺泡巨噬细胞中涉及SLC3A2/GPX4的铁死亡途径，从而代表了CD36介导的新的抗铁死亡和抗纤维化作用。至少部分是由神经酰胺引起的。我们的研究结果揭示了机化性肺炎与脂质代谢重编程之间的显着关联，并将为理解患者机化性肺炎的机制做出重大贡献。© 2024 作者。约翰·威利出版的《临床与转化医学》

人工智能 (AI) 的最新进展加速了对未知蛋白质结构的预测。然而，准确预测融合蛋白的三维（3D）结构仍然是一项艰巨的任务，因为当前基于人工智能的蛋白质结构预测主要集中在WT蛋白上，而不是自然界中新融合的蛋白质。遵循生物学的中心法则，融合蛋白是从融合转录本翻译而来的，融合转录本是通过癌症中染色体重排在两个不同基因座之间转录融合基因而产生的。准确预测融合蛋白的 3D 结构对于理解新型嵌合蛋白的功能作用和作用机制非常重要。然而，使用基于模板的模型预测其 3D 结构具有挑战性，因为已知的模板结构通常在数据库中不可用。利用多级蛋白质信息的深度学习 (DL) 模型彻底改变了蛋白质 3D 结构的预测。在这篇综述论文中，我们重点介绍了使用深度学习模型预测融合蛋白 3D 结构的最新进展和持续挑战。我们的目标是探索使用 AlphaFold2、RoseTTAFold、tr-Rosetta 和 D-I-TASSER 进行 3D 结构建模的优点和挑战。亮点：这篇综述提供了融合蛋白 3D 结构预测的总体流程和前景。本综述提供了在每个步骤中使用 AI 方法预测融合蛋白 3D 结构时应考虑的因素。本综述重点介绍了使用深度学习模型预测融合蛋白 3D 结构的最新进展和持续挑战。本综述探讨了使用 AlphaFold2、RoseTTAFold、tr-Rosetta 和 D-I-TASSER 进行 3D 结构建模的优点和挑战。© 2024 作者。约翰·威利出版的《临床与转化医学》

免疫检查点阻断 (ICB) 的治疗潜力涵盖多种癌症；然而，其治疗肝细胞癌 (HCC) 的有效性经常受到固有耐药性和发展性耐药性的影响。本研究探讨了安罗替尼（一种广谱酪氨酸激酶抑制剂）与程序性死亡 1 (PD-1) 阻断剂相结合的有效性为治疗 HCC 的更有效策略提供了机制见解。使用患者来源的器官型组织球体和原位 HCC 小鼠模型，我们评估了安罗替尼联合 PD-1 阻断的有效性。使用飞行时间质谱流式细胞仪、RNA 测序和蛋白质组学跨细胞系、小鼠模型和 HCC 患者样本评估对肿瘤免疫微环境和潜在机制的影响。安罗替尼与抗 PD-1 抗体的组合增强临床前模型中针对 HCC 的免疫反应。安罗替尼通过 VEGFR2/AKT/HIF-1α 信号轴显着抑制转铁蛋白受体 (TFRC) 的表达。 CD8 T 细胞浸润到肿瘤微环境与 TFRC 的低表达相关。安罗替尼还增加了趋化因子 CXCL14 的水平，这对于吸引 CD8 T 细胞至关重要。 CXCL14 作为 TFRC 的下游效应子出现，在 TFRC 沉默后表现出表达升高。重要的是，低 TFRC 表达还与 HCC 患者更好的预后、对联合治疗的敏感性增强以及对抗 PD-1 治疗的良好反应相关。我们的研究结果强调了安罗替尼增强抗 PD-1 疗效的潜力通过靶向 TFRC 并增强 CXCL14 介导的 CD8 T 细胞浸润来治疗 HCC。这项研究有助于开发新的 HCC 治疗策略，强调精准医学在肿瘤学中的作用。安罗替尼和抗 PD-1 免疫疗法在 HCC 临床前模型中证明了协同作用。安罗替尼通过 VEGFR2/AKT/HIF-1α 通路抑制 TFRC 表达。通过抑制 TFRC 上调 CXCL14 可促进 CD8 T 细胞募集。 TFRC 成为评估晚期 HCC 患者预后和预测抗 PD-1 疗法反应的潜在生物标志物。© 2024 作者。约翰·威利出版的《临床与转化医学》

尽管传统上认为 ATP 结合盒亚家族 C 成员 2 (ABCC2) 是一种多药耐药相关蛋白，与较差的预后相关，但我们之前和其他几项研究表明，在胃癌 (GC) 中事实恰恰相反。我们旨在探索这一发现的潜在机制。我们的研究利用了对 80 份胃癌样本的全外显子组测序 (WES)、RNA 测序和微滴数字 PCR (ddPCR) 分析，以及对 1044 份人类样本的综合免疫组织化学 (IHC) 分析。 GC组织样本。通过利用CRISPRCas9对具有ABCC2-24C>T（rs717620）点突变的细胞系进行遗传修饰并进行双荧光素酶报告基因检测，我们确定转录因子SOX9和ETS1作为ABCC2表达的负调节因子。海马测定和质谱用于发现改变的代谢模式。在GC细胞系和临床前模型中进行功能获得和丧失实验来验证ABCC2的生物学功能。ABCC2高表达与更好的预后相关，rs717620可以通过破坏ETS1和SOX9的结合来影响ABCC2表达。 GC 细胞系的功能获得和丧失实验表明，氨基酸剥夺会降低 ABCC2 高 GC 细胞的增殖、迁移和耐药性。 ABCC2 会导致细胞内氨基酸池减少并破坏细胞能量代谢。这种现象依赖于 ABCC2 介导的 GSH 挤出，导致氧化还原状态的改变，从而增加细胞对铁死亡的易感性。此外，使用患者来源的类器官和患者来源的肿瘤样细胞簇来观察ABCC2对治疗效果的影响。在ABCC2高表达的异种移植模型中，我们观察到限制氨基酸摄入与GPX4失活相结合导致肿瘤显着消退。我们的研究结果表明ABCC2通过介导GC中的GSH外流在氨基酸代谢和铁死亡中发挥重要作用。这一发现强调了结合多个铁死亡靶点作为治疗高ABCC2表达GC的有前景的治疗策略的潜力。ABCC2通过增强谷胱甘肽外流在诱导胃癌代谢脆弱性和铁死亡中发挥着至关重要的作用。 ABCC2 24C>T多态性是影响其表达的关键因素。这些结果凸显了 ABCC2 作为胃癌预测生物标志物和治疗靶点的潜力。© 2024 作者。约翰·威利出版的《临床与转化医学》