环境中的物理、化学和生物因素不断影响体内和体外的生物过程，包括与癌症和代谢有关的各种组蛋白修饰。然而，乙酰化调节的复杂机制仍不清楚。在哺乳动物精子发生过程中，乙酰化在修复双链DNA断裂、调控基因转录以及调节各种信号通路等方面发挥着至关重要的作用。本文总结了小鼠睾丸中的组蛋白乙酰化位点，并全面概述了组蛋白乙酰化如何参与精子发生过程。组蛋白脱乙酰酶调控下精子发生的不同阶段。强调了精子发生过程中各类组蛋白脱乙酰酶的调节功能以及组蛋白乙酰化和其他组蛋白修饰之间的交叉点。了解组蛋白去乙酰化酶在精子发生过程中调节组蛋白乙酰化的机制势在必行，这有助于预防和治疗不孕相关疾病。© 2024 美国男科学会和欧洲男科学会。

真核基因组的相当一部分经历转录，导致产生缺乏蛋白质编码信息并且不进行翻译的非编码RNA分子。这些非编码 RNA (ncRNA) 被公认为在多种生物过程中发挥重要作用。长非编码 RNA (lncRNA) 代表了人类基因组中发现的最广泛的 ncRNA 类别。许多研究集中在调查顺式作用 lncRNA 在调节特定靶基因表达中的作用。在大多数情况下，有义基因表达通过其相应的反义对的调节以消极（不一致）的方式发生，导致靶基因的抑制。然而，有义和反义配对之间存在负相关的概念并不普遍有效。事实上，最近的几项研究报告了植物、芽殖酵母和哺乳动物癌细胞中相应的顺式反义对之间的正相关关系。反义转录本和有义转录本之间的正相关（一致）导致相同基因组基因座内有义转录本水平的增加。此外，改变染色质结构、形成 R 环和招募转录因子等机制可以通过反义对增强转录或稳定有义转录物。这项工作的主要目的是提供对反义调控两个方面的全面理解，特别关注真核基因表达背景下有义转录本和反义转录本之间的正相关性，包括其对癌症进展的影响。本文分类如下：RNA 处理 > 3' 末端处理调节 RNA/RNAi/Riboswitches > 调节 RNA。© 2024 作者。 WIREs RNA 由 Wiley periodicals LLC 出版。

基于诱导多能干细胞（iPSC）的细胞治疗应用显得非常有前景，同时也充满挑战。在制造 iPSC 及其差异化后代时，良好生产规范 (GMP) 法规对质量和一致性提出了必要但苛刻的要求。鉴于缺乏可用的 GMP iPSC 细胞系，我们建立了相应的生产工作流程来生成第一套合规细胞库。因此，这些品系符合一套全面的发布规范，并且，例如，显示出较低的总体突变负荷，反映了它们的新生儿来源——脐带血。基于这些 iPSC 系，我们还开发了一套 GMP 兼容的工作流程，能够以极大提高的效率改进基因靶向，并定向分化为关键细胞类型：用于生成视网膜色素上皮 (RPE) 的新方案具有高度简单性和效率。源自 iPSC 的间充质基质细胞 (MSC) 显示出出色的扩增能力。完全优化的心肌细胞分化方案的特点是批次间一致性特别高，纯度高于 95%。最后，我们介绍了一个通用的免疫细胞诱导平台，可将 iPSC 转化为多能前体细胞。这些造血前体细胞可以选择性地被刺激成为巨噬细胞、T 细胞或自然杀伤 (NK) 细胞。 NK 细胞分化时培养条件的改变诱导了数千倍的扩增，这为以不依赖于饲养细胞的方法放大这种关键细胞类型开辟了前景。总而言之，这些细胞系和改进的操作平台将在细胞治疗和基础研究中具有广泛的用途。© 作者 2024。由牛津大学出版社出版。

PSC 衍生细胞治疗产品 (CTP) 中残留的未分化多能干细胞 (PSC) 是其临床应用的一个主要安全问题，因为存在 PSC 衍生肿瘤形成的潜在风险。作为健康与环境科学研究所细胞治疗追踪、循环的一部分，进行了一项国际多学科多中心研究，以评估液滴数字 PCR (ddPCR) 方法，以检测 PSC 衍生的 CTP 中残留的未分化 PSC

F-肌动蛋白的协调激活和抑制支持形态发生的运动。了解调节 F-肌动蛋白的蛋白质非常重要，因为这些蛋白质在癌症等疾病中受到错误调节。我们对线虫胚胎表皮形态发生的研究确定了 GTPase CED-10/Rac1 是 F-肌动蛋白的重要激活剂。然而，我们需要确定在胚胎细胞迁移过程中激活 CED-10/Rac1 的 GEF（即鸟嘌呤核苷酸交换因子）。已知双组分 GEF CED-5/CED-12 可激活 CED-10/Rac1 以促进细胞运动，从而导致胚胎发生过程中吞噬垂死细胞，以及随后幼虫远端尖端细胞的细胞迁移。据信，CED-5/CED-12 通过促进 F-肌动蛋白形成来为尸体吞噬和 DTC 迁移的细胞运动提供动力。因此，我们测试了CED-5/CED-12是否参与胚胎迁移，得到了矛盾的结果。 CED-5/CED-12 绝对支持胚胎迁移，因为它们的丢失导致胚胎因表皮细胞迁移失败而死亡。然而，CED-5/CED-12 抑制迁移表皮中的 F-肌动蛋白，这与 CED-10 GEF 的预期相反。为了解决在尸体吞噬和细胞迁移过程中 CED-12/CED-5 如何对 F-肌动蛋白产生两种相反的影响，我们研究了 CED-12 是否具有 GAP（GTP 酶激活蛋白）功能。 CED-12 中的候选 GAP 区域背向 CED-5 GEF 催化区域。 CED-12 GAP 区域 (R537A) 中候选催化精氨酸的突变改变了表皮细胞迁移功能，但没有改变尸体吞噬功能。我们通过干扰 CED-5 结合 Rac1/CED-10 的能力来干扰 GEF 功能。 CED-5/DOCK 中的丝氨酸-精氨酸突变预计会结合并稳定 Rac1 进行催化，导致腹侧外壳和尸体吞噬的损失。遗传和表达研究强烈支持 GAP 功能可能作用于不同的 GTP 酶。因此，我们建议 CED-5/CED-12 通过使用不同的结构域来支持多种 GTPases 的循环，以促进和抑制 F-肌动蛋白成核。版权所有：© 2024 Venkatachalam 等人。这是一篇根据知识共享署名许可条款分发的开放获取文章，允许在任何媒体上不受限制地使用、分发和复制，前提是注明原始作者和来源。

人参中的人参皂苷因其潜在的健康益处而闻名，包括抗氧化特性和潜在的抗癌作用。除了各种编码基因外，人参皂苷还通过靶向非编码 RNA 发挥功效。长链非编码RNA（lncRNA）因其参与增殖、凋亡、转移和自噬等多种癌细胞活动而受到基础和临床肿瘤学领域的广泛关注。这些事件可以通过单独的 lncRNA 或与 microRNA 或蛋白质联合来实现。本综述旨在总结人参皂苷调节的lncRNA的多种活性，重点关注其在人类疾病中通过信号通路调节靶基因的作用。我们重点介绍人参皂苷诱导的 lncRNA 表达谱的研究结果，以抑制癌细胞增殖。最后，我们讨论了利用 lncRNA 作为疾病治疗诊断标记物的潜力和挑战。© 2024 韩国人参学会。 Elsevier B.V. 的出版服务

网络药理学已成为了解天然产物的治疗效果和机制的强大工具。然而，缺乏对基于网络的天然产物方法在确定治疗效果和关键机制方面的全面评估。我们以人参作为案例研究，系统地探索了基于网络的天然产物方法的能力。人参是一种广泛使用的草药，具有多种治疗功效，但其活性成分和对慢性疾病的作用机制尚未完全了解。我们的研究通过收集和整合有关人参的数据，编制并构建了一个关注人参的网络成分、蛋白质目标和已知适应症。然后，我们评估了不同的基于网络的方法总结已知和未知疾病关联的性能。预测结果在肝星状细胞模型中得到了验证。我们发现，我们的基于多尺度相互作用的方法实现了 0.697 的 AUROC 和 0.026 的 AUPR，优于其他基于网络的方法。作为案例研究，我们进一步测试了基于多尺度相互作用组的方法识别活性成分及其治疗乳腺癌和肝硬化的合理机制的能力。我们还验证了未报告和最预测成分对肝硬化和胃肠道肿瘤的有益作用。我们的研究为系统地探索天然产物的治疗效果和关键机制提供了一个有前途的框架，并强调了基于网络的潜力天然产品研究方法。© 2024 韩国人参学会。 Elsevier B.V. 的出版服务

食管腺癌（OAC）是一种高度异质性癌症，生存率较差。标准治疗方法是化疗加或不加放疗，然后进行食管切除术。基因组异质性是 OAC 的一个特征，并与治疗耐药性相关。分析了来自 29 名 OAC 患者的 59 个初治样本和 18 个治疗后样本的全基因组测序数据。其中 27 人参加了由澳大利亚胃肠试验组赞助的 DOCTOR 试验。对每个未接受治疗的肿瘤进行两次活检，以定义“共享”（两个样本之间）和“私有”（存在于一个样本中）突变。突变特征 SBS2/13 (APOBEC) 和 SBS3 (BRCA) 几乎只在未经治疗的肿瘤的私人突变群体。呈现这些特征的患者的疾病特异性生存率明显较差。此外，仅在治疗后样本中检测到与铂类化疗治疗相关的突变特征以及高铂富集分数。此外，在一些未经治疗的样本中检测到了具有高推定新抗原结合分数的克隆，这表明对克隆进行了免疫编辑。这项研究证明了 OAC 的高肿瘤内异质性，以及肿瘤进化过程中治疗诱导变化的指标。肿瘤内异质性仍然是 OAC 成功治疗策略的一个问题。© 2024。作者。

从测序数据中识别癌症驱动基因对于加深我们对肿瘤生物学的理解和扩大靶向治疗选择至关重要。然而，除了最常见的改变基因之外，其他突变对癌症获得的贡献机制仍未得到充分研究。利用最大的亚洲肺腺癌 (LUAD) 队列 (n = 302) 的全外显子组测序，我们现在对新型驱动程序 PARP4 的机制作用进行功能评估。体外和体内致瘤性测定用于研究功能PARP4 缺失和突变对多种肺癌细胞系的影响。通过定量质谱法进行相互作用组学分析，以确定 PARP4 的相互作用伙伴。来自细胞系和患者肿瘤的转录组数据用于研究剪接改变。PARP4 缺失或突变 (I1039T) 促进 KRAS 或 EGFR 驱动的肺癌细胞的致瘤性。 PARP4 通常与之相关的穹窿复合体的破坏不会改变致瘤性，表明 PARP4 的肿瘤抑制活性是独立介导的。剪接调节因子 hnRNPM 是一种潜在的新型 PARP4 相互作用伴侣，其缺失同样会促进肿瘤形成。 hnRNPM 丢失导致剪接扰动，具有内含子剪接失调的倾向，这在 PARP4 敲低细胞和 PARP4 拷贝数丢失的 LUAD 队列患者中也类似地观察到。 PARP4 是肺腺癌的一种新型调节剂，其肿瘤抑制活性不介导通过穹窿复合体，与传统认为的不同，但与其新颖的相互作用伙伴 hnRNPM 相关，因此表明剪接失调在 LUAD 肿瘤发生中的作用。© 2024。作者。

在平等的环境中，黑人男性患前列腺癌 (PC) 的风险更高，并且比白人男性患前列腺癌的级别更高。本研究旨在确定患有 PC 的黑人和白人之间的差异转录调控。我们对达勒姆退伍军人事务医疗中心治疗的 305 名黑人和 238 名白人进行了根治性前列腺切除术组织块的微阵列分析。通过差异表达、基因集富集分析、主调控因子分析和网络建模来比较不同种族的基因表达。使用基因表达综合 (GEO) 数据库中提供的外部数据集对研究结果进行了验证。第一个是由 1152 名前列腺癌患者（596 名黑人，556 名白人）组成的多机构队列，具有微阵列数据（GEO ID：GSE169038）。第二个是由 106 名患者（22 名黑人、48 名白人、36 名未知种族男性）组成的埃默里队列，具有 RNA 测序数据（GEO ID：GSE54460）。此外，我们使用来自黑人和白人的配对 AR ChIP-Seq 数据集（GEO ID：GSE18440 和 GSE18441）分析了雄激素受体 (AR) 染色质结合谱。我们鉴定了黑人和白人之间的 871 个差异表达基因。白人男性的 MYC 相关通路活性较高，而黑人男性的炎症、类固醇激素反应和癌症进展相关通路的活性增加。我们进一步确定了黑人患者中排名前10位的转录因子（TF），它们形成了以AR为中心的转录调控网络。在多个队列和 PC 分子亚型中，黑人与白人的该网络和通路的活动显着不同。这些发现表明黑人和白人的 PC 具有不同的肿瘤转录谱。此外，以 AR 为中心的高度互动的 TF 网络驱动着黑人男性的差异基因表达。需要进行更多研究来了解转录调控元件的这些差异对 PC 健康差异的影响程度。© 2024。这是美国政府的作品，在美国不受版权保护；外国版权保护可能适用。